南渡后，继咸有疏驳袁侍御弘勋，亦言诸臣风影传说，立论偏苛，当以此为戒。予犹疑未确，念张明经自烈与继咸交最深，持书询其虚实，自烈答云：“往过浔，晤袁临侯，果如乔先生所言。”因自述其所记云：“甲申，过袁临侯署，临侯问：“三案要典具在，操何说折衷之？”余曰：“处国事必平心观理，而后是非明，公论定。张差事，宜如神庙初年王大臣入干清宫及四十一年奸人孔学例，捕执论如法，不复穷诘。上可全国体，下可杜支蔓。王之寀【
万历戊戌，蒲州人。】必欲重加鞠讯，词连郑国泰，【贵妃弟。】欲危皇太子，见不逮胡士相【万历丁未，平湖人。】远甚。假令朝廷惑于何士晋【
万历乙未，宜兴人。】之说，不兴大狱不已，如国体何？崔文升、【内侍。】李可灼【鸿胪寺丞。】
进药徼幸，罪与春秋许止同，非诚，谋弑逆也，按其不可逭之罪，如律治之，国法既伸，浮议自熄。诸臣必讦以行鸩，必坐以弑君。惠世扬【万历丁未，清涧人。】
必纠方从哲，与赵盾并诛，崔李与辅臣死不服也。李选侍【泰昌宫人。】
闇陋怙宠，一孱妇人耳，何至与牝朝比？方东宫正位时，选侍晏处干清，诸臣义不得不争，既移宫，则名分已正，诸臣宜密请上加礼选侍，宣示中外，使晓然知朝廷仰体先帝至意。李进忠【
内监。】
盗库果否，讯实拟罪如律。一切蜚书选侍徒跣欲自裁及皇八妹失所投井之说，皆可不入告。熹庙曾谕阁臣，缕举选侍殴抗圣母，威挟朕躬之罪。已，又诏暴李选侍过恶，何其失优容也。论者必指选侍为武后，必责选侍以垂帘，皆非。”三案功过不揜盖如此。”
流寇攻陷雒阳，福王遇害，上召阁臣及礼兵二部科召对，言及福王，声泪俱下。诸臣皆请罪，或以气数为言，上曰：“此说不得气数，就是气数，亦须人事补救。”已，备讯福世子所在，并旌死慰生等事。范辅复粹言：“福王有内臣二人，忠义可嘉。”上曰：“还有地方道府县各官及乡官士民，皆当一体褒嘉。”复粹惭而退。
上因雒阳陷，召对诸臣，兵垣李给谏【崇祯甲戌，晋江人。】
奏曰：“凡兵以取威为胜，今督师杨嗣昌出兵载余，惟初次报玛瑙山一捷，近遂寂寂。似宜另遣一大将助之。”上曰：“督师去河南数千里，所谓鞭长不及马腹，若汝等爱憎起见，无乃太过！”其爱惜嗣昌如此。
旧制，太庙祧庙诸帝，皆止一正后，即奉先殿亦依太庙定制，凡继后、生母后俱不得入。孝宗初，别建奉慈殿以奉生母纪太后，于是宪宗生母周太后与献帝生母邵太后皆祀奉慈。嘉靖十五年，迁主祔陵，罢奉慈祭。穆宗初，奉安继母方太后于景云殿，更名弘孝，又奉生母杜太后于神霄殿。万历三年，奉孝烈、孝恪俱附享奉先，而弘孝、神霄之祭俱罢。以故，神宗继母陈、生母李二太后俱附奉先，然其忌辰皆不得设祭服青。上追念生母刘太后，以不得色养为恨，故欲于宫中再建祧庙，合七后共祀。然自古无二祧庙，再建非礼也。蒋少宗伯德璟以为，必不得已，宁复奉慈。既而上疑其非礼，卒寝。
崇祯十四年，杨督师嗣昌以襄阳失事，为兵垣张都谏缙彦所纠，上是其言，有“自督师以下，调度失宜，巧言善欺”等语，着按法议罪。一时大小诸臣争弹嗣昌，语多过甚。上召六部九卿科道等官入干清宫，怒甚，谕曰：“杨嗣昌系朕特简，用兵不效，朕自鉴裁，况尚有才可取，各官见朕有议罪之旨，大家排击，纷纭不已。如出忠直，何不于兵科未具疏时先言之也？姑不深究，各疏皆留中，谕尔等知之。”
上将枚卜，召周辅延儒、贺辅逢圣、陈辅演入德政殿，赐坐。逢圣以上允其休致，惓怀圣恩，忽大哭，闻者大骇，哭久不止。已，上移驾过中左门，入中极殿，三辅臣亦入殿，留赐宴。逢圣复大哭，拜跪十数不止，上命之出。及出殿槛外，行五拜三叩头礼，复絮哭不止。见者怪之，以为不祥。已，枚卜后，果有拏问下狱者。
上枚卜阁臣，面加召对，蒋少宗伯德璟言：“边臣须当久任，如蓟督何等关系，半载已更五人，恐难展布。”上曰：“不称当更。”德璟曰：“与其以不称更，不如慎之于始。”上又问：“天变如何消弭？”德璟对曰：“天意只在百姓身上，救得百姓一分，即消得天变一分。近为加派所苦，万历年间各边旧饷只三百余万，今加新饷几百余万，又加练饷七百三十余万，民何以堪？”又言：“祖制，三协只一督一抚一总兵，今增二总督三巡抚六总兵，又有副总兵数十余人，总兵太多，不相统摄，督师亦提掇不灵，故皆不用命，宜裁之。”上颔其言。时宋少司空玫亦召对娓娓，九边地形，画成地图，上疑其干进，反不悦。惟徐少司寇石麒称疾不至。