道光七年，移台湾镇标右营游击一人驻彰化县竹堑，为北路右营游击。移原驻竹堑守备一人并右营千、把、外委各一人同驻大甲，又右营把总一人驻铜锣湾，又外委一人驻斗换坪。
十三年，复设台湾镇标右营游击。改原设台湾北路左营为嘉义营，设参将一人，驻嘉义城；归台湾镇总兵统辖。移原设北路左营都司驻斗六门，为斗六门营都司；归嘉义营参将兼辖。移原设斗六门汛守备驻嘉义，为嘉义营参将中军守备。
十四年，移加溜湾汛外委一人驻台湾城守营，属萧垄汛；移旧社汛外委一人驻茅港尾汛、移猫雾捒汛千总一人驻葫芦墩、移原设葫芦墩外委一人驻大墩汛、移大安口汛外委一人驻吞霄汛、移下淡水营随防把总一人驻阿缑汛、移南路营把总一人驻阿里港汛，归下淡水营管辖。移下淡水营额外外委一人驻九槐厝，归阿里港汛管辖。移枋寮汛外委一人驻湖州庄。
同治八年，拨台湾镇标右营游击、守备各一人归道标，并设都司、千总各一人；隶台湾道管辖。裁台湾镇标右营、台湾协中营、澎湖协左、右二营各游击一人，改设都司一人。裁噶玛兰守备一人，改设把总一人。裁台湾协中、右二营、澎湖协左、右二营各守备一人，裁台湾镇中、左二营、台湾城守右军、北路协中营、台湾协中、左、右三营、澎湖协左、右二营、噶玛兰营、沪尾营各千总一人，裁南路营、嘉义营、北路协右营各千总二人，裁台湾镇标中营、南路下淡水营、北路协中营、台湾协右营、沪尾营各把总一人，裁澎湖协右营把总二人、台湾协中、左二营各把总三人、北路协右营把总四人。裁台湾镇标中、左二营同新改道标之台湾镇标右营、台湾城守左、右二军、南路营、北路协中、右二营、嘉义营、台湾协中、左、右三营、澎湖左、右二营、艋舺营、沪尾营噶玛兰各外委四十六人。又移台湾道标千总一人驻枋寮。
光绪元年奏定：福建巡抚驻台湾，其台地自千总以下，由巡抚考拔；守备以上，仍会同总督拣选题补。台湾总兵撤去“桂印”字样，归巡抚节制。又裁安平协副将。
四年，奏拨台湾左营游击以下等官归抚标左营，驻郡城；台湾中营游击以下等官，随台湾镇移扎安平。改台湾协中、右两营都司为台湾镇标陆路，又拨左、右两营所属千、把、外委归镇标左右营。改台湾水师协左营游击为北路协陆路左营。改原驻省城之抚标左营参将为中营参将，所属备弁改为中营名目；原设台湾水师协左营守备、中、右两营水师千总、把总、外委、额外外委为陆路。
五年奏定：督标轮流赴台，抚标及台湾改设水陆各缺，仍应复旧。移台湾镇标左营游击一人驻恒春县，为恒春营游击。其守备以下，一律改隶台湾镇节制，作为游击中军，分驻车城；以千总同驻恒春为专营。以把总、外委派拨县属枫港大树房。
九年，移分防车城汛守备一人驻鹅銮埔石厝口，仍留把总一人驻车城汛。
十一年，改福建巡抚为台湾巡抚。
十三年，拨新改之澎湖镇标左营游击、守备归台湾外海水师左营；台湾镇总兵官及澎湖镇总兵官均归闽浙总督、福建台湾巡抚、福建水师提督节制。
——以上见“钦定大清会典事例”卷五百五十一。
职制
武职开列
雍正八年议准：福建台湾水师营副将俸满之日，该督、提查核题报；遇有水师总兵官员缺，于开列本内将俸满之处声明。
武职陛见
嘉庆十五年谕：‘台湾远隔重徉，在海疆中尤为最要之区。该处文武大员惟镇、道二人管辖兵民，职守綦重；虽洋面肃清、漳泉客民斗案亦俱完结，但地处重镇，时资弹压，该镇岂容暂离！即如新疆办事大臣，从无奏请陛见之事。边疆、外海，宜同一例；嗣后台湾镇总兵，除有升调准其奏请陛见外，余俱不得奏请陛见。着为令’。
——以上见“钦定大清会典事例”卷五百六十。
铨选
康熙十一年（？）题准：双月……守备员缺，以开复、降调、捐还三项相间轮用一人（为还班一）；武进士用二人（为科班二），年满保送千总注册候推者用二人（为委班二），澎、台俸满千总与难荫守备以营用者相间轮用一人（为扎班一），无职任之功加应用守备考验一等者用一人（为功班一），效劳期满以营用者用一人（为劳班一），候补候选守备捐即用者用一人（为捐班一），武进士充补提塘年满者用一人（为效力班一），分发各省题补之千总用一人（为分发千总班一），巡捕营当差千总用一人（为当差千总班一），荫生改武以营用者用一人（为荫生改武班一）。
乾隆十五年奏准：随营候推之年满千总壅滞甚多，虽经疏通，约计每年选用不过十余人；而未经选用者日渐加增，铨选竟无限期。按双月选用守备扎班，系澎、台俸满千总与难荫守备以营用者相间轮补。令难荫无人，澎、台俸满千总注册候推者人亦甚少；每值此班因无人轮用，将缺归于下班用别项之人。嗣后双月轮用扎班之时，如遇本班有应用之人，先尽本班选用；如无应用之人，即将随营候推千总选用。
十八年议定：……各省副将之中军多系都司，惟台湾、澎湖、兴化、闽安、延平、张家口之副将中军现系游击，陕甘督标、河东河标、两广督标、广州将军标及江南太湖营之副将中军现系守备，体制皆未画一。除澎、台系海外重地，应仍留游击以资弹压，毋庸议改；其余游击、守备，均改都司。合之各省，通改都司八十员，以为守备升用之地。其现任游、守，仍照原官升转，离任后陆续更换。