扈尔古应着，跳上马，赶出城去，点齐了四千人马，飞也似的跑进来，立刻把城门闭上。分二千兵士看守四门，一千兵士看守都督府；自己却带着一千兵士，赶到舒尔哈齐府中，把前后门围得铁桶相似。带着三百亲兵，闯进门去，把全府的人，吓得个个两只脚好似钉住在地面上一般，动也不敢动。扈尔古喝一声：“绑起来！”那兵士们一拥上前，把全家老少都推在院子里。一片号哭的声音，好不悲惨。只有那舒尔哈齐，他仗着自己有功，便不肯奉命。他手里擎着大刀，见人便砍，那兵士们被他砍倒的不少。扈尔古十分恼怒，忙从腰间扯出一张令旗来，喝一声：“杀！”便有三五十兵士，割下舒尔哈齐的脑袋来；一面赶着老小出门去。走过褚英的家门口时，扈尔古进去，把褚英传出来绑上了，一块儿送进府去。到了努尔哈赤跟前，褚英仗着自己是一个大儿子，想来总有父子之情。便抢上前去，扑地跪在地下，大声哭嚷道：“父亲饶了孩儿罢！”
谁知努尔哈赤一见了褚英，不觉无名火冒十丈！他想：“别人计算我倒也罢了，你是我亲生的儿子，也打着伙儿计算起我来！”便不由分说，找出马刀来，只一刀，可怜褚英立刻杀死在他父亲脚下了。那边阿敏、济尔哈朗见了，吓得魂不附体；忙也上去跪倒。努尔哈赤见了，气得两眼冒火，擎起那口刀，正要砍下去，忽然想起舒尔哈齐来，忙问时，那扈尔古忙送上首级来。看时，只见他双眼紧闭，血肉模糊。努尔哈赤不觉心中一动，想起从前他们弟兄三人，被父亲赶出家门，在路上吃苦的情形，如今落得这样下场。又想起自己一时之愤，杀死了亲生的儿子。因想起褚英，便又想起他母亲那时和他思爱的情形，不觉落下眼泪来。忙上去扶起两个侄儿，劝他们好好地改过为善，从此饶了他们以前的罪恶。当下阿敏兄弟两人，给他伯父磕过头谢了恩，哭着回去了。
努尔哈赤因连杀了子弟两人，心中郁郁不乐，便也无心和明朝去打仗了。他住在府中，天天和几位大臣战将，商量改变兵制。商量了许多日子，便定出一个八旗的制度来。他的军队，是拿旗色来分别的。满洲兵制，原有黄色、白色、蓝色、红色四旗；如今又拿别的颜色镶在旗边上，称做镶黄旗、镶白旗、镶蓝旗、镶红旗，共是八旗。那武官分牛录额真、甲喇额真、固山额真、梅勒额真四等。每一牛录手下，领三百名兵丁；每一甲喇，又领着五个牛录；每一固山，又领五个甲喇；每个固山手下，又管着两个梅勒。出兵的时候，地面阔宽，便把八旗的兵排成一条横线；地面狭窄，便排成一条直线，不能乱走的。到打仗的时候，便把穿坚甲拿长枪快刀的兵充前锋，穿轻甲拿弓箭的兵走在后面。另外又有一队骑兵，在步兵前后照看着。坚甲便是铁甲，拿缎子或是木棉做成衣服，里面缝着二寸或一寸四分厚的铁板；轻甲便是棉甲，是拿缎子或是木棉做成，却没有铁板的。兵制编定了，便分给各大将，日日操演着。又叫额尔德尼巴克什，和噶盖札尔克齐两人，仿着蒙古字音，造出满洲文字来。
这时建州占据的地方，除去开原附近以南，辽河内边，由连山关附近通凤凰城一带外，凡是广宽的南北满洲平原肥地，都在努尔哈赤一人掌握之中。便是那朝鲜的北部，也被建州占了去，讲努尔哈赤的兵力，单是苏子河谷一带，已有精兵八万。那时明朝人有一句俗话道：“女真不满万，满万不可敌。”看看努尔哈赤的行为，却是一个有大志的人。这个消息传到明朝宰相叶向高耳朵里，不觉吓了一跳，说道：“我们得赶快防备着！”当下提起笔来，向皇帝写上一本。说道：窃念：今日边疆之事，惟以建州夷最为可患，其事势必至叛乱。而今日九边空虚，惟辽左为最甚。李化龙为臣日：此酉一动势必不支，辽阳一镇，将拱手而授之虏；即发兵救援，亦非所及。且该镇粮食罄竭，救援之兵，何所仰给？若非反戈内向，必相率而投于虏。天下之事，将大坏而不可收拾！臣闻其言，寝不安席，食不下咽，伏希讲备御之方为要。
神宗皇帝看了奏章，也不禁吓了一跳，忙把兵部尚书宣进宫去，吩咐他赶速多添兵马，把守关隘。那兵部尚书领旨出来，便打发颇延相去充辽阳副将，蒲世芳去当海州参将；带兵一万，驻扎在抚顺、辽阳两处。这时广宁总兵张承荫和广宁巡抚李维翰，也接到兵部尚书的加急文书，叫他们随时察看建州情形，报告消息。
谁知明朝上下正忙乱的时候，那努尔哈赤自己称金国，登上了汗位了。这时候是明朝万历四十四年，兴京大殿造成，由大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极，和八旗许多贝勒，带领各大臣，站在殿前，按着八旗的前后，立在两旁。努尔哈赤全身披挂，坐上殿来。礼官喝声行礼，那些贝勒大臣，带着文武官员，一齐跪倒，黑压压地跪满在殿下。静悄悄地一起一起地跪倒，行着三跪九叩首的礼。满院子只听得袍褂靴脚悉索的响声，带着那朝珠微微磕碰的声音。大家磕下头去的时候，努尔哈赤在宝座上望下去，只见满地的翎毛，根根倒竖着，好似一座菜园，他心中便有说不出的一阵快乐。行礼已毕，那领着八旗的八位大臣，出班来跪在当地，两手高捧着表章；当有侍卫阿敦巴克什额尔德尼，下来接过表去，抢上几步在宝座前跪倒，高声朗读表文，称努尔哈赤为复育列国英明皇帝。英明皇帝听罢了表文，便走下宝座来，当天烧着三炷香，告过天；又带着全殿官员，行过三跪九叩首的礼。礼毕，皇帝又升宝座，许多贝勒和大臣，都分着班儿上去行礼道贺。当殿传下圣旨来，改年号称天命元年。退朝下来，便在东西两偏殿赏文武官员领吃酒；英明皇帝也退入后殿去，自有那继大妃继妃和庶妃等，带各公主各福晋上来道贺。行过家礼，在内殿上摆着酒席。大家陪着皇帝吃酒。努尔哈赤到了此时，便开怀畅饮，不觉酩酊大醉；那宫女上来扶着皇帝，到乌拉纳喇氏宫里去睡。这一夜，他和纳喇氏不用说得，自然是颠鸾倒凤，百事都有了。
第二天五更时分，英明皇帝便起来坐朝。从此他在宫殿各处，都仿着明朝的格式；又时时召各贝勒大臣进宫来游玩，又和文武官员商量国家大事。英明皇帝这时深恨明朝欺他，常常和大臣提起，便切齿痛恨。这时有把守边关的来报说：明朝沿边的百姓，每年越界来偷采人参东木。英明皇帝便立刻下圣旨，着达尔汉、侍卫扈尔汉，带领兵队到边界地方去巡查，见了明朝人，抓住便杀。那侍卫奉了圣旨，赶到边地上去，杀死明朝五十个人。英明皇帝又打发纲古里、方吉纳两人，去见广宁巡抚李维翰，责问明朝人越界采参的事体。
李维翰听说杀了自己的百姓，便大怒，喝叫把金国来的两个使臣和九个侍卫，一齐捆绑起来。一面修书信给努尔哈赤，要他偿命。努尔哈赤心下虽然愤恨，但自己的使臣被明朝捉住了，也无法可想，只得把自己以前从叶赫部捉来的十个犯人，送到抚顺关去，一齐杀死，算是抵了明朝的人命。那纲古里、方吉纳两人，才得逃着性命回来。英明皇帝虽说一时忍辱含垢，但他报仇的念头，越是深一层了。
天命三年正月，有一天黎明，努尔哈赤起来准备坐朝。推窗一望，只见那边挂着一个淡淡的明月，有一道黄气横遮着月光，有二尺多宽，四尺多长。英明皇帝见了，不禁哈哈大笑。说道：“这是明朝的气数完了，我金国气数旺盛的预兆呢！”那继大妃也站在他身后，一同看着，听英明皇帝说了这句话，便接着说道：“陛下这话可有什么凭据？”英明皇帝说道：“你不看见吗？那一轮明月，不是明朝吗？这光淡淡的，不是衰亡的预兆吗？你再看看那道黄光，不是我们金国吗？那金子不是黄色的吗？这黄光如此发旺，不是我国应该兴盛的预兆吗？再者，这黄光罩住在明月上面，不是金国灭去明国的预兆吗？”