本书初稿卷四，于康熙二十二年九月戊寅之后有‘十月己酉（十二日），九卿、詹事、科道官请上尊号，上不许’之文。并载其疏云：‘臣等窃惟无所不覆之谓峻德、无所不统之谓大勋，是以称尧、禹之圣者，一则曰“光被四表”、再则曰“声教四讫”；称汤武之圣者，一则曰“海外有截”、再则曰“通道八蛮”。诚以幅〈巾员〉包乎无外，而后治化跻于郅隆也。惟我朝自定鼎以来，方隅僭窃次第削平，绝徼穷荒咸遵正朔，固已垂大一统之宏规矣。惟是三孽分镇，渐成尾大之形，包藏不轨，实为异日隐忧。而海氛出没大洋，伪奉名号，流毒东南，亦匪细故。迨三逆辜恩反叛，仰赖皇上睿谟独断，选将厉兵，密授成画，不数年间，凶渠悉皆授首，丑类殄灭靡遗，乱本祸根，一时拔去。躬数年之劳瘁，以贻万世之治安，诚所云大圣人作为超出寻常万万者也。三逆既灭，仍命攻剿台湾。庙略指挥，决胜万里，披其阃奥、抉其腹心，遂使海孽穷蹙无策，纳其伪印伪敕、籍其土地甲兵，归命乞降。台湾乃开辟未通之地，一旦尽入版图；郑氏乃积纪梗化之寇，迄今悉为臣仆。自古国家疆宇之广，未有如我朝者；自古帝王威德之盛，未有如我皇上者。臣等窃惟成天下之大功者，必膺天下之大名；平天下之大难者，必赐天下之大庆。恭惟皇上孝养两宫，凡可以致其尊崇者，无所不极。今永清耆定，中外同欢，恭请照例加上太皇太后徽号，及诸王贝勒大臣、内外文武官员行进表庆贺礼。又考前代人主有盛德大业者必上尊号，以致臣子爱戴之忱。今皇上神功圣德超迈古今、武烈文谟炳着天地，为生民拨祸乱、为万世开太平，自非膺受鸿名，何以发扬显绩？前灭吴世璠之后，诸王、九卿、詹事、科道等会议，奏请上尊号皇上圣不自圣，秉让执谦，未蒙允许，而臣子推戴愚诚，未尝一日暂释。今恭遇台湾荡平，海宇宁一，尤为殊常大庆。伏乞俯允臣等所请，恭上尊号，以协神人之休、慰臣民之望’。又载上谕云：‘台湾乃海洋岛屿，今虽荡平，与闽省版图原无关涉。前因逆寇殄除，四方底定，已经颁布诏赦，为时未久。且朕孜孜图治，以吏治民生为念。惟期力行实政，无取崇尚虚文。所请不必行’。改稿将此十月己酉之文并奏疏、上谕全删。
朱逖先先生曰：‘当时谕旨，虽未见允，然自有此疏稿，可以表曝当时廷臣之谄媚！康熙三十九年有旨云：“朱成功明室遗臣，非朕之乱臣贼子，特敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安”（见郑亦邹海上遂志录、日本川口长孺台湾纪事卷三）；而史臣编纂方略，则称为“海寇”。虽当时未见用，弃之故纸堆中然自有此方略稿，亦可以表曝当时史臣之谄媚’！
兹并附录本书之末，以见专制政体下臣事其君之态度，兼存当日史料之一端。（百吉）
“郑氏史料初编”刊出之后，我们又见到中央研究院历史语言研究所新印的明清史料辛编。其中除第一本八七八九页的“就闽言闽残件”已经见于郑氏史料初编卷一“会剿广东山寇钟凌秀等功次残稿”外，还有十二个可用的文件被抄出来附在此书之后，作为“郑氏史料初编”的补充。这些文件，虽然只有一处提到郑芝龙，但也能帮助我们了解明末闽、浙、粤、赣诸省所受“山海寇祸”的情形。（百吉）
兵部题“福建小埕寨把总李应龙允宜遣戍”残稿
（上缺）道右参议蒲秉权会审无异。问过犯人李应龙招罪略节缘由内称：年三十四岁，湖广长沙府长沙县人，北京锦衣卫舍人，繇武举会试中式，除授福建小埕寨钦依把总，天启三年九月初九日到任。状招：本寨设立海滨，该应龙管领哨捕目兵戈鸟船只，不合失于调度备御，以致贼船三十余只，于天启五年六月二十七日侵突本寨铜鼓洋。应龙督率哨兵王重隆等驾船在彼，见贼势猖獗，具文请行路将会剿间，本夜贼船前来诱敌，突进本寨后澳，徉作登岸，澳民惊惧，喊声求援。应龙明知贼拥大众入寇，官军卒遇交锋，损伤被虏数十人之上者，俱问守备不设，被贼侵入境内虏掠人民本律，发边卫充军事例，又不合故违。时夜饮酒方醉，陡闻军民喊声，不思聚众固守，即轻身登舟，止带随行兵六船前去御寇。比天时昏黑，不能交锋。贼船随战随走。应龙追至竿塘大洋，被贼众三十余船，将应龙等船围住，放火烧毁船六只，并军器一百五十余件，火药旗帜悉被烧废无存，哨捕目兵刘应等一百二十一名被焚溺死，并将应龙虏去。时游击张梦征闻知应龙陷阵，具繇通详院道，严行沿海卫所陆营堤备戒严，及移总镇亲督各将夹剿间，贼知应龙系钦依把总，不敢杀害，用别船送至竿塘山上。至七月初一日，应龙见海上有不在官林一进等渔船，召号伊等渡归至定海所登岸。密访旧识军人不在官黄四借取衣服，被门军探知禀报张游击。比应龙方赴标自陈颠末。随蒙本官备繇呈报抚按，题奉明旨，下部咨行勘问间，应龙复具状赴诉。蒙批：李应龙在醉梦中以致被贼擒，犹哓哓对敌，夫谁信之！事干钦犯，按察司速确招完案报。随蒙本司会同巡海道审得：小埕寨把上风寒处也。李应龙身为钦总，责任匪轻。况六月终旬，当兵船收汛之日，尤海寇窃发之时，宜何如其申警者，而应龙且漫不为备矣。迨至二十七日，贼船联〈舟宗〉飘突铜鼓外洋，宜急调兵船为守御计，而应龙泄泄自若也。是夜贼船直逼本寨后澳，宜震炮传烽为声援计，而应龙酪酊莫知也。迨仓皇而闻报，遂踉跄以登舟，醉乡深处，黑浪风前，直以角巾微服之身，往遗贼擒，而付六舟樯橹于灰飞，沉百甲犀渠于海底。是谁作孽，夫非应龙失律之辜与？竿塘小艇，放置空山，应龙之醉眼方开。而亦知前日兵船，今谁何在耶？查虏杀目兵一百二十余名，不止数十人之上。而身为主将，亲被贼俘，坐以被虏边遣之律，其何词焉！本犯暮夜冥行，不与翼游相闻。即该寨前澳兵船，且不知其私出，而况左翼兵船，遥隔海面，能相救乎？若原疏所称朘削军士等情，查未经告发，难以悬坐。蒙将应龙取问罪犯，议得李应龙所犯，合依守备不设、被贼侵入境内、虏掠人民者律，杖一百、发边远充军，照例免杖，候详定发边远充军，拘佥妻解，招达部知，仍候题示施行。照出充军李应龙免纸。小埕寨把总员缺业奉推补外，招称李应龙当日临敌被贼焚毁军船军器一百五十余件，目兵陷贼一百二十一人已经防馆亲诣按核造册关府附卷讫，取李应龙着伍收管缴照。其五虎游击海坛游离小埕寨隔远，不及相闻，合应免议，别无余照等因呈详到臣。
该臣看得：李应龙委琐弁流，滥总戎伍，方投牒而请济师，又提戈而称利涉。角巾击楫，正在若醉若梦之时；暮夜即戎，安有知彼知己之略。坐见北风烧尽，付一炬者六舟；堪哀精卫同填，葬江鱼者百命。临阵无勇，漫言不忘丧元；弃甲复来，真是有腼面目。为主将而若此，坐边戍以何词。若朘削审无实据，然丧师之为重而此可轻；至邻哨何无应援，盖近澳之不闻而况于远。相应照依免议。其李应龙应遣卫分，听部覆议，候旨定夺。理合具题，伏乞敕下该部查照施行等因。天启七年五月三十日奉圣旨：该部知道，钦此。钦遵于六月初一日抄出到部，送司案呈到部。