上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：现在该省兵差往来，正需熟手，所有降调人员，自应留本任，以资驾轻就熟。但该省似此等降调人员，自必尚有，李侍尧到闽后，应于剿捕事竣，会同徐嗣曾核其功过，分别办理。此时，祗须汇总咨部存案，亦可毋庸逐员特奏也。又，徐嗣曾奏：拿获匪犯陈樵，讯系贼匪遣回探听官兵消息，恐所遣不止一人，亦不止一处，现经督臣提犯审讯等语。此应留心者，该督等务须严饬各属慎密查拿，加意防范，毋任窜逸偷渡。
同日孙士毅奏言：现在接准闽浙督臣常青咨称，天地会根源起于粤东，有和尚洪二房及朱姓人住居后溪凤花亭，不知何俯何县地方？该犯杨咏等现已解京，令臣密查办理等因。查天地会名目起于逆犯林爽文，而根源由于该二犯平日必系素为众匪信奉亲近之人，实系何府何县人氏，伙犯断无不知之理。臣一面饬属密速查拿，一面札覆常青，如再获有他犯，将洪、朱二犯籍贯究讯明确，立即移知到臣，查拿更易。就臣臆见，总不离惠、潮二府民人。缘潮郡民人赴台贸易者多，惠郡次之，煽惑入伙，事所应有。臣于上年腊底，即严饬惠、潮二府州县密查平日曾经赴台贸易之人，此时曾否回家？有无别项诡秘踪迹？现据地方官拿获数人，未经究有端倪。今思洪姓、朱姓，此时或现在台湾抗拒官兵，或已潜回粤东，惟有即于此项贸易人内，切实追求，自不难由影响而得实际。臣已就近严谕潮属州县上紧设法侦拿。此案逆犯将来窜逸必多，必须大员专司督办。已飞札臬司姚棻星速赴潮，不动声色，专办缉拿匪犯一事。省城现无紧要案件，藩司许祖京可以料理；抚臣图萨布二月中旬，即可回任，为期亦属不远。又派赴厦门听候调遣之南澳右营及澄海、海门营之兵丁五百名，分作两起先行。其碣石镇标之五百名，现亦到齐，接续前进。计正月初十至十六日，所有水师一千名，俱全数入闽省境。
同日左翼镇总兵李化龙奏言：抵闽粤交界之黄冈地方，经督臣孙士毅会同署提臣彭承尧将派拨水师战兵一千名，配足军火器械，裹带一月口粮，分作四起，自初十日起，间日行走；计十六日俱可入闽省诏安县境。臣察看弁兵，俱各精壮踊跃。臣即定于十六日自黄冈起程，统领前往，听候闽浙督臣调遣。均奏入，报闻。
二十八日（丁酉），常青奏言：闻提臣黄仕简、总兵郝壮猷、副将丁朝雄等所带兵船，俱于初三日自澎湖开驾，初四日进鹿耳门登岸。提臣任承恩统领各营官兵船只，于初六日齐抵鹿仔港。查台湾郡城，前经差探，固守无虞。其鹿仔港一路，署守备陈邦光率同目兵义民四处搜捕，焚毁贼巢；复擒获贼伙简鸠，刘实、张文、林天球、林耽、朱开六名。并闻北淡水署都司易连、新庄巡检王增錞统领弁兵，招集义民，屡次杀贼。惟淡水同知程峻、竹堑巡检张芝馨，均已被害。又厦门同知刘嘉会禀称，贼人已知大兵将到，纷纷散去等语。伏思贼匪本属么（麻上骨下）乌合，今两提臣俱经到台，南北两路会合搜剿，定可克期歼灭。臣惟严饬内地沿海各口岸，加紧巡查，以防窜逸。并飞提获解匪犯到泉究审办理。又浙、粤二省，前经抚臣徐嗣曾咨请酌拨战兵，原系预为准备，俾资策应。旋准两广督臣孙士毅以台地远隔重洋，风汛靡定，先拨官兵一千由陆来厦。现在尚未到齐。臣计两提臣捷音亦不日可到，应否再令前往，俟得有确信，随宜斟酌。其余浙、粤备拨兵丁，仍咨明该督抚各于本境暂驻，毋庸遽行赴闽，致滋跋涉。至逆首林爽文籍属漳人，臣因虑漳民或有勾串情事。但匪徒纠众，岂必定为何处之人，若漳、泉民人果能应募拒贼，即系良民。臣惟有核其顺逆，分别诛赏，断不存岐视之见，少露形迹，以致漳民疑惧。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：昨据徐嗣曾奏称，黄仕简到台后，开炮打死贼匪二千余人，贼俱星散奔逃内山等语。内山系生番巢穴，向闻遇有内地民人到彼，即行杀害。但现在贼匪被官兵追剿，穷蹙逃窜，明知一经官兵擒获，万无生理，或将所掠财物，贿结生番，容留藏匿；或恃其人众胁制生番，而生番畏其凶恶，任听窜处。并恐将来撤兵后，贼匪等转勾结生番，潜出滋扰，更为可虑。犹不可不预行筹办，净其萌孽。现在水陆两提督带领多兵，在台会剿，自应乘此兵力，搜剿歼除，勿令贼匪得以逃匿负嵎。但黄仕简与任承恩均系提督，一同带兵在彼办理，体制不相上下；且水陆各有所辖，难以统摄。常青于办理善后事宜，自不如李侍尧之谙练；而督率搜剿，则常青为优。着李侍尧抵闽后，即驻扎蚶江，常青即亲自渡台，督同黄仕简统领官弁，将窜入内山贼匪余党，尽数搜捕，务净根株。仍不得因追捕贼匪，或致扰动生番，方为妥善。其任承恩于常青抵台后，即令先回本任，以资弹压。如此，庶事权归一，有所责成。现在湖广有舒常署理督篆，常青无须急赴新任，惟当督同黄仕简悉心妥办，镇戢海疆，以为一劳永逸之计。再台湾地方，前闻杨景素在道员任内，设立土牛分别内外地界，其是否办理妥协？并着常青会同黄仕简于剿捕事竣后，亲往履勘，斟酌妥善，归于善后事宜内，一并妥办。
二十九日（戊戌），常青奏言：官兵登舟之后，虽因风阻不能迅速直达，但节次探明台湾郡城固守无虞。其鹿仔港及台北之艋舺等境，均有官兵及义民人等互相保护，较之从前朱一贵滋事，全台失陷一案，情形已属不同。且两提臣俱经率师前往，更易办理。臣已传知该提臣等务须并力合攻，以期一举蒇事。一俟得有收复各县及歼匪情形，即将拿获首伙各犯，该处迅速正法。并将一切善后事宜，留交黄仕简办理。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：本日，常青由六百里加紧奏到一摺，以为剿灭台湾逆贼之信，及至拆看，祗系覆奏事件，又何必由驿驰递，徒劳驿马乎！常青何不知事体轻重若此。前曾有旨，令蓝元枚赴闽署理陆路提督，并谕常青探听台地消息，一俟蒇功，即可传知，蓝元枚行抵何处，速回江南本任。今思任承恩在台统兵会剿，于该处情形皆所目击，而松江提督已有人署理，现无紧要应办之事。着常青自抵台后，即令任承恩迅速驰驿来京，候朕面加询问一切。其福建陆路提督着蓝元枚仍行署理，毋须即回江南本任。至林爽文、王芬二犯，系此案首恶渠魁，如经官兵生获，着该督等派委妥干员弁解京审办；并饬该委员等沿途小心，加意防范，毋得稍有疏虞，致干咎戾。
二月初一日（巳亥），徐嗣曾奏言：闻淡水守备董得魁招集泉民，剿捕贼匪。十二月十八日，有原署淡水同知程峻之幕友寿同春，用计退贼，会同俸满巡检李生椿及堑城书院掌教之原任榆林县知县孙让，率励义勇，收复竹堑，追获贼匪王作等三十余人正法。
该守备驰往堑城，协同守御。又署淡水都司易连、新庄巡检王增錞于十二月二十三及二十六、七、八等日，分路剿杀大姑坑等处贼匪，官兵、义民各皆奋勇，杀贼百余人、数十人不等；先后擒获陈轩等十名正法；夺获旗杆器械。义民间有受伤。贼匪虽屡经剿杀，旋散，旋聚。现闻提臣黄仕简、总兵郝壮猷皆于初四日由鹿耳门登岸，贼匪知大兵已到，纷纷散去。黄仕简定于十三日前往收复诸罗。陆路提臣任承恩初六日抵鹿仔港登岸，亦定于十三日分兵进剿。查鹿仔港、鹿耳门相距颇远，两提臣先后进口，皆克期于十三日剿贼，正与圣训相符。而鹿仔港署守备陈邦光，于提臣任承恩未到之先，又擒获贼匪简鸠等六名。鹿仔港与北淡水相去较近，徐鼎士等兵抵北淡水，又复适当其时，三路围攻，自必一举蒇事。此时沿海一带，犹宜严密截拿，防其窜逸。但贼匪内窜，必不敢由正口迳入，自漳、泉、兴化至福州、福宁滨海各县，（氵义）港纷岐，在在皆可偷渡。臣先已严饬文武员弁选拨兵役，于凡可偷渡之处，罗织巡查。现复通饬，以贼匪洗荡在即，加意堵防，毋使一名漏网。至郡城既保守无虞，而彰化、淡水等处，又有乡勇、义民协同剿御：大兵一到，贼即纷纷逃溃。不但无须邻省策应，即本省官兵亦不值多为调派。臣知识短浅，身亲其事，不能辨晰，实深感愧！奏入。