初八日（丁丑），常青奏言：前派赴淡官兵，因闻竹堑已被贼踞；旋又据巡检王增錞禀报，于艋舺地方召募乡勇人等设守，随又密饬统兵之总兵官郝壮猷，相度情形，非于新庄抵御，即赴南路应援。今该抚臣又经派兵一千五百名前往，实为紧要得力。惟是臣续调之督抚二标兵一千名，已派令副将徐鼎士带领；而抚臣所谓之督抚二标兵一千五百名，据称亦派该副将带领，实缘省城距泉相隔数百里，同时调派，以致关会不及。至查督抚两标除派拨防守外，统计备战兵四千四百名，现在派出之数，已共三千三百名，会垣重地，尚须驻兵留守。据抚臣札称，复调上游之建宁、延平镇营兵一千名来省，以备调遣。应俟该二处兵丁到省，即留于会城驻扎。其抚臣所调之督抚二标兵一千五百名，即令副将徐鼎士带领，前赴北淡。臣随改派在省之延平副将林天洛带领臣续派督抚二标兵一千名，仍遵前奏，由省城南台配船飞渡，经由鹿耳门进口，随同水师提臣黄仕简协力进剿。
同日徐嗣曾奏言：臣以淡水地方紧要，即将派备之省兵一千五百名，饬令闽安协副将徐鼎士、臣标游击吴秀等统领，克日进发。连日接据蚶江通判陈惇、厦门同知刘嘉会禀报：‘查讯鹿仔港回桌商船，鹿仔港亦有泉州、兴化、广东客民各用布书写“义民”字样，共相守护’等语。复准提臣黄仕简，亦因王增錞禀报，咨会拨兵救援。臣现已雇备船只，添派督标都司朱龙章、获水师营参将罗礼璋，随同副将徐鼎士等，迅速领兵前赴。正在候风遄发，接准督臣来咨，于未接臣咨之先，督标拨兵六百名，臣标二营拨兵四百名，交副将徐鼎士统领，由闽安出口至鹿耳门协剿等因。查淡水、新庄等处，待援既急，而鹿耳门一路，诚如督臣筹酌，尤当厚集兵力。臣前摺奏明预调延建兵一千名，原以备督臣调遣之用，与督臣所调兵数，适相符合，应即饬令赴泉，听候督臣派员统领，赴鹿耳门进剿。查厦门对渡鹿耳门，较之由闽安出口，更为便捷。臣飞札厦门速备船只，该兵到厦之日，即可飞渡。同日，浙江提督陈大用奏言：接准福建抚臣徐嗣曾咨会：‘浙省水师兵内挑拨备战兵二、三千名，前往交界处所，以备调遣。温州、黄严二镇各拨兵一千名，尚少一千名、于提标及所属水师兵内酌量选拨。并将一切战船军械妥协料理’等因。臣随选派标下右营兵五百名，附近之镇海营兵五百名，共足三千名之数；委派署右营游击俞世盛、左营游击裴起鳌、冯扬、镇海营参将白国梁、右营守备江得胜、署守备张殿魁，并千把外委三十员，于十二月三十日带领起程，赴闽浙交界之平阳县属北关洋面处所，以为声援。并即飞咨督臣常青，酌量调用。再查有温州镇总兵魏大斌、瑞安营副将詹殿擢，均由福建台湾水师升补来浙，彼处情形，素所熟悉，随派委该镇将作为总领，统率前往。其温州地方，界联闽省，现饬乐清协副将李长庚前往弹压稽查。至宁波沿海口隘，均关紧要，现在臣会同宁绍台道印宪曾选派员弁，时刻留心稽察，分路查缉截拿。均奏入。
上命军机大臣传谕常青、徐嗣曾曰：总督统辖管制全省兵弁，凡有调遣，自当听督臣主政。巡抚虽亦有封疆之责，不得稍存膜视；但调发兵弁，应札商督臣公同檄调。况无迫不及待之情形也。此乃国家体制，不可紊越。今徐嗣曾惟恐毫无调度、迹涉推诿，是以纷纷征发，以见留心努力；并咨会广东、浙江等处，挑备战兵，预资策应，使本省兵弁号令两岐，事权不一；且省垣重地，自应多兵驻守，今辗转更调，亦非慎重根本之道。该抚于此案初起时，尚能镇定，其后何以冒昧若此？但究属为地方起见，尚无大咎。亦不得因有此旨，过于畏葸，而置要务于不问。且督抚因此或致不睦，更于公事无益。徐嗣曾惟当与常青彼此和衷，筹酌机宜，协同妥办，以期迅速蒇事。至该督等摺内所称，鹿仔港等处有客民义民共相纠集，守护地方等语。该此商民等，激发公义，保护地方，甚属可嘉！着该督抚俟事竣后，会同查明，分别奖励。
初十日（己卯），上谕内阁曰：台湾奸民林爽文等纠众滋事一案，该督常青剿捕逆匪，一切调度堵御机宜，办理尚属镇静妥协。现在，水陆两提督业经渡台，会剿逆匪，自无难立时扑灭。惟是海疆重地，将来善后事宜，均须妥协筹办。常青系初任总督，恐未能料理裕如，李侍尧久任封疆，虽于军旅未娴，而办理地方事务，于轻重缓急机宜，较为熟练。李侍尧着调补闽浙总督，即驰驿前赴新任。湖广系腹地省分，且地方宁谧无事，常青自能胜任，即着调补湖广总督。俟李侍尧到闽接印后，常青即来京请训，再行赴任。现在李侍尧自京启程，常青到楚，往返尚需时日。李封年老，兼署督篆，恐精神未能周到。所有湖广总督印务，着舒常驰驿前往署理，俟常青抵任后，再行回京。
臣等谨案林爽文纠众滋扰，府城经该镇道等保护无虞，淡水、鹿仔港等处，又有义民帮同守御，尔时两提督渡台，即可合兵痛剿；而督臣常青于一切调度机宜，尚无贻误。我皇上先事预筹，以常青初任总督，恐未能料理裕如，特命李侍尧调任闽浙，委以内地诸务，令驻厦门，用资经画。厥后，总兵郝壮猷失守凤山，退回府城，而黄仕简病中昏愦，人心未免惊慌，次日，常青即抵府城，郡治得以无虑，兵民咸获安堵。若非圣主知人善任，算秉几先，则凤山一失，郡城必至失守，迥非常情所能窥测万一也。
上又命军机大臣传谕常青、徐嗣曾曰：常青甫经摺用总督，即遇地方有此等案件，亦其年运所致，会逢其适。但伊于办理此案，尚无不合。惟是事定后，一切善后要务，均须妥协筹办。常青究系新任，恐未能料理裕如，李侍尧久任封圻，能知事体之缓急轻重，是以降旨将伊与常青对调。所降谕旨，俟李侍尧将次到闽时，再行发抄。若不然，该省一闻李侍尧来闽之信，常青必心疑获咎，恐钦差查办、意存畏惧，转致惊惶失措，于事尤属无益。常青接奉此旨，固不可因调任在即，于调度剿捕一切事宜，稍存观望；尤不可稍露端倪，致地方文武员弁闻总督业经更换，各存弛懈之见，以致呼应不灵。并传谕徐嗣曾一体慎密，诸事帮同常青实力妥办。若稍有泄漏，致文武员弁闻知，常青遇事掣肘，朕必重治其罪，恐徐嗣曾不能当此重戾也。
同日常青奏言：署淡水营都司守备易连禀称；‘因营兵稀少，先发示招募义民七千余人，铺户捐备口粮器械，实力防御。十二月初十日，有八芝兰贼首赖水、郭稳等，树立大旗，招匪千余人，遣伙吴异人（即贡生吴志赵同胞叔）、吴尊、伊弟吴淑、夜游异等，挺身到艋舺，声称“带兵前往接应，借道经过，不必惊惶阻挠”等语。经防御义民报知易连，将吴异人等四人拿解营中，讯确，随押赴教场斩首枭示。同日，贼匪四处蜂起。新庄贼首林小文、刘长芳、林三奇、赖欲等，下鹿仔、中港厝贼党黄祖成、叶山林、陈轩、李壬等，摆接庄贼党赖树、赖国等，户尾、八里坌、长道坑等庄贼党何马、何记、吴三奇、庄汉等，各招匪千余人，俱竖立大旗，占踞各处地方民房、店房，男妇老幼俱被焚杀，拆毁新庄衙门。