正德十二年，又该南京兵部奏行会议，原给银一百两不敷成造。南京工部添银二十两，兵部添银一十两，其底船不许变卖，存留改造扁浅船，装载芦柴等用。除去板钉银一十两，每船共银一百二十两，每年成造六只。
嘉靖元年，又该南京兵部车驾司奏议，每船一只，兵、工二部各加银一十五两，共银一百五十两，每年成造一十二只。
嘉站四年。又该南京兵部议处底船，为照每年成造快船，小甲赔补不下万两，所有底船因仍丢弃，诚为可惜。今后快船听差二、三年，委果损坏，覆查明白，即将钉板估计价值。内除十两资助本船打造工食，余们定三分，南京工部坐二分，兵部坐一分，于该给银内各自扣除作数。兵部覆议，所穴底船，必须会同南京工部差委该司经管官员眼同验估，责只付本船小甲变责，不必拘定年限，挨次成造。咨行兵部会同本部议处施行。
又，嘉靖八年，南京兵部为会议重大事宜，请圣裁以裨修省事。题准：内开修船费多，会同南京工部查议，得旧例成造快船一只，该料价银—百五十两，其底船临期看估扣算。但人得挪移或生弊骗，且官须会勘，未免后时。合无比照漕运底船事例，每只定作银二十两外，给官银一百三十两。今奉钦依，藏造四十只，除底船外，每年共用官银五千二百两。宜酌量各衙门钱粮广狭，以定分数。合无以二千五百两坐派南京户部，于北新关商税余银内支给；以一千六百二十两坐派南京工部，于芦课银内支给；以一千零八十两坐派南京兵部，于缺官及扣剩柴薪银内支给。其户、工二部银两，听兵部每年于正月内支取过部，以便应用。间行遭遇风水，漂流损坏，底船难拘定数，临时扣算，不在二十两之限。所造船式，合查役旧，稍从浅狭，使易于撑笃牵挽。奸人不得多搅装截以缓行，船甲不至添赔工料以受累，且又便江防之用，不失立名风快之初意。至造船之时，兵工二部各委主事，督同该厂把总，指挥等官，照依时俨收买船料，立限成造。务使官钱费有所归，船只坚而可久。（以上快船例。）按，修造快船，兵部司之，而海船、蜈蚣船废亦久矣，略之可也。然会督之责，协济之费，犹属本部，且遗制遂泯，亦稽古者所憾也。故附录之，以示存羊之意云。
成规凡事体遵行已久，卷籍可稽，而未经奏请，或虽经奏请，而条例所不载者，不敢混入。别为成规，附录于后，以便检阅。
一、扁浅黄船卷。查专为进贡荐新之用。先二百料扁浅船三十只，成化二十三年，俱因朽烂，拆卸停造。正德十四年，外守备衙门会议，大船沿途搁浅不便，题咨到部议处。先，料船十只造完，给与南京锦衣等卫小甲领驾，工料比小黄船间有多寡。
一、添设哨船卷。查嘉靖十二年，大胜关备申兵部转行本部，札付提举司照哨船式成造，发该司领驾巡逻，工料如例出给。
一、抽分座船。嘉靖九年以前，原系龙江抽分竹木局打造。嘉靖十四年，始送提举司修理。至嘉靖二十三年，送司改造，遂为定例。
一、计料。船只凡遇该修造，黄船由外守备、战巡船由操江各该衙门移文本部，一行督造主事，一行龙江提举司，相勘应否。督造主事吊查卷簿，果及年限，看验委系破坏，龋躩提举司官吏匠作不扶结状，呈报本部，复委都水司会助是实，札行料计。（近年不复会勘，止是督造主事勘报。）提举司开具工料揭帖，送督造主事酌定，发回誊写，呈堂准发都水司案呈，将合用竹木等料行抽分，委官查会。抽有者，萎会有；无者，谓之会无。查会至日，应修者，札行督造主事及龙江提举司，将会有者开支，会无者收买兴工。工完呈报。仍行提举司将用过物料造册，一申本部，一申督造分司各查照。若改造者，具题候旨。工部移咨至日，方得委官兴工。
一、解领船只。凡战巡船该修造者，该营批差千户或百户解泊桥外投批，督造分司行委提举司官吏查照本船点单，将船上浮动什物逐一点齐。如船身破坏者，查原造文卷，点完板片，方准开桥放入。随禀督造主事亲临覆验，无欠，仍令驾船车士将应改造者，拆卸堆垛，方给批回。修造完日呈报本部，移文原发衙门，差官各具印信领状领驾。督造主事复委官查照本船点单，点齐交割。官军领驾赴营；操江衙门委官躧看，有无坚固。
嘉站三十一年，操江衙门移咨本部，内开查验造完战船八只渗漏，要得重修等因。该主事李照得造船虽十分完固，看守不慎，搁浅撞岸，不日可破。前船八只，俱经督同各官人等，眼同验过出厂。到营未久，岂遂渗漏，彼此推误，终致误事，深为未便。合于船完之日，呈报本部，移咨操江衙门委官前来厂前，与本部委官眼同验看。如式，方始领驾。如有前弊，退回重修，经管匠作如法究治。到营之后，不拘久近，但有损坏，责有攸归。具呈本部，准行遵守，以为定规。
一、会支物料。凡修造合用楠、杉等料，抽分常掁会有者，都水司案呈本部，札行该局，知会提举司差经管匠作，具印信领状，赴虞衡司关领勘合，赴抽分分司挂号发局。查对无差，出给查同，仍赴抽分分司告领准票，前赴该场支领。到厂查验明白，给作领用。
嘉靖二十年带管督造主事沈启查得，会有木植，向来文移止分大次、根数，并无围圆长短。领者、发者，但凭见数关支，节该领到楠木中有空烂弯小，及照两关与提举司相离一十余里，彼此授受原无记号，又无围长丈尺，数里之间，木商辐辏，匠作通同，以小易大，何从稽考。况原料丈尺有限，若料大用小，不无破费之欺；若料小而用大，难免包赔之累。及查黄船小甲所领，每盈所估之数，战巡船所领多系不堪之材。该局不无轻重之弊。议欲会查之时，就将根数、围长、丈尺核实开报，照数派拨。委官并提举司对验相同，方许印烙支出，赴厂验实给用等因。具呈本部，准立定规，札付各委官并龙江、瓦屑二局，龙江提举司查照施行。
一、收买物料。凡会无物料，俱督造主事拘招商铺照数买办，丈量、秤验明白，发提举收贮待用。其铺商随各具到状三纸告标，纳过数目，一存照、一封送都水司查明印记、一发提举司，出给印信实收，申部都水司。案呈，移付屯田司估价，商铺亲自赴库关支。