初，贼出攻，不敢迫城，后皆薄城门，皆倚菻荼以避枪炮。二月二日，巡道会伐菻荼，郭义首领众先出。台令薛志亮闻郊众出，督所部乡勇亦出。署中营吉凌阿、都司许律斌、守备护游击官赞朝等俱以伐菻荼出，与郊众遇，众请攻洲仔尾，并言可复状。嗣爱总镇至，众以告，总镇意决，遂下令。郊众先行，过凹仔社，有贼藔，焚之；贼奔归。比洲仔尾得信，而近家之贼以是日归；寿福德神，其远贼在藔又毫无设备，而官军义勇突至、泊内港舟师亦登岸，贼急施枪炮相拒。少顷，后面火起，巢穴既失，首应蔡牵伪授将军之周添受、陈番等各逃命去。翌日，总镇统兵勇收桶盘栈。贼首陈棒得洲仔尾败信，不战而溃。又翌日，总镇出哨大穆降。蔡牵知为山贼所误，于初六日暗谋脱身。
官军力拒不得出，乃落帆放椗。夜遣人密驾杉板船探路，潜拔椗起帆。天色微明，不施枪炮，循前路急遁。兵船以起驾不及，尽发枪炮轰击；黑焰遮天，对面莫辨。贼船无烟障蔽，得躲避冲出三十有八号，顺风而南。南路贼首陈棒自初四日桶盘栈溃归，屡出战不利。十四日，再回埤，败走桃仔园，仍回生番社。吴淮泗逃入逆船。有许姓绰号和尚者，贼据凤山时，为大股头，曾悬赏格购获。至是，与陈番以次擒献，皆伏诛。十二日，爱总镇会新到之延平协张良树、北协金殿安、参将莫琳等领兵南下，次埤头。粤人探知，十五日，至埤头城迓。总镇守备陈名声、同知钱〈雨上澎下〉俱至；自内埔庄与总镇会剿余贼，而凤山平。十有六日，蔡牵复泊鹿耳门，新到之汀州镇李应贵移札大东门。十八日，水师李提军追至，蔡牵移泊王爷港避去。二十一日，知府马夔陛至自嘉义。三月初一日，钦差将军赛冲阿入城。同日至者，翼长参将庆熙、翼长游击如柏、汀漳龙道清华、平潭同知署直隶龙岩州汪楠、布政司经历借补建阳县丞邹贻诗、候补江西布政司经历温邦达、理问范玉琳。初十日，将军劳义首凡十人。十四日，同知钱〈雨上澎下〉至自埤头。四月十五日，将军巡台北，驻嘉义。前卸事淡防厅胡应魁领乡勇冒险援郡城，阻兵嘉义；南北路既通，以嘉义令陈起鲲署凤山、胡应魁摄县事。
五月十七日，蔡牵再据鹿耳门，劫商船。二十二日，将军自嘉义回郡督战。值海涌，舟师不得前；将军怒，遣千总林青高持令箭出督。于是，福宁镇张见升、澎湖协王得禄率众军直迫蔡牵。蔡牵急旗招众船冲浪出，溺死无数，为六月一日。自是，蔡牵不复来。
其先时，战守员弁镇道各随功入奏。由将军奏者，有功义首分别给顶戴：兼水师义首候补郎中吴春贵，加一级、纪录二次。廪生黄化鲤，以获许和尚，授训导。武生林玉和，以获陈番，授千总（具载学志内军功题名）。其奉旨续查出力人员，署凤山令陈起鲲、摄嘉义令胡应魁、典史任元〈与上土下〉、台湾县学教谕郑兼才、训导黄对扬，皆由巡道保举。将军至嘉义，则削应魁、元〈与上土下〉名入奏。起鲲赏戴蓝翎，兼才、对扬以应升之缺升用。巡道庆保赏戴花翎，并给玉牌荷包；旋升本省臬司，以汀漳龙道清华为台澎道。同知钱赏戴花翎，擢知府，加道衔。知县薛志亮，赏给知州衔。总镇爱新泰，赏给云骑尉世职；以劳瘁，没沪尾，续至翼长武隆阿代焉。游击吉凌阿，升参将；病终官署。都司许律斌，赏戴花翎。千总林青高等，擢守备。道幕布政司经历柯纬章，以同知升用。宋炳，授知县。知府马夔陛，以他事，有旨撤回；调建宁府知府高叔祥至，旋病殁；前发戍杨廷理返自伊犁，奉旨驰驿继其任。蔡牵既遁去，李提军仍督水师穷追。十三年二月二十五日，战于黑水外洋，几成擒；提军忽中贼炮，知不治，犹料理军事，移时身亡。事闻，上震悼，追封伯爵，赐谥壮烈，并赐祭葬，予专祠；以总镇王得禄提督浙闽水师。十四年八月十七日，同提督邱良功连〈舟宗〉南下，迫蔡牵，遇于鱼山外洋，即招集闽、浙两省护总兵孙大刚、护副将谢恩诏、参将陈登、护游击陈宝贵等各兵船，并力围击。十八日，追至黑水深洋，贼船节次击沉，遂并力攻蔡牵船。蔡牵及其妻并伙党数十人，俱落海死。奏入，王得禄晋封子爵，赏给双眼花翎。邱良功晋封男爵，各赏赉有差。总督阿林保、巡抚张师诚，均从优议叙；巡抚加赏大小荷包等物。其余各官，俱以次升用，或开复原职，而海寇悉平。
延平途次上张抚军书
窃某海外闲员，未谙军务。前冬蔡牵滋扰，亲履戎行，台湾情势因得略悉梗概。大约平时操纵全赖官司，而临事机谋半资义首。就义首论之，惟有力绅衿及庶士中稍知大义者，虑陷于贼，为能一心协力；余多计较于成败两途。
当蔡逆自沪尾南下，嘉、凤两县山贼并发，彰民动摇，有私图待城陷恢复易邀厚赏者；复屈于正议，乃止。夫不协力固守于未破之前，而欲侥幸邀功于既陷之后，人心如此，岂复可问！然既计较功利，势必至此。惟有好官，足以镇抚慑服之，则始终乐为我用。今之台民，半产于漳、泉，特台湾地隔重洋，民鲜土着，较二郡为易动难静；然其尚气劲直之性则一也。
蔡逆既动，郡城势在不测。本道及薛令开诚晓谕，一纸招呼，万人立应，性命身家有所不惜，谓非有以慑服？信从与非是，则祗为私不为公；官长呼唤既不灵，其游手好闲之辈无所羁縻，必转而从贼。况经此次剿办后，公私俱渐形萧瑟；文武员弁各怀己见，又非如前庆本道威望为武营所畏惮。逆贼如敢再蹈前辙，我军兵骄将宽，需用无出，县令益形掣肘，其势恐易决裂。故为此时台湾计，非得贤郡守以维持整饬不可也。
近时官闽习气，多藉借寇事以粉饰善政；无论非出父老意，就使有之，亦未必关一时急务。惟台湾数经兵燹，人心惧乱，得一好官如生父母；一旦有事，啼笑皆真。前十一月五日，郡城乍得杨守撤回之信，则相与惊顾咨嗟，不知所以。越四日，某至鹿港，远县绅士已纷纷赴郡，其攀留情状，若不可少停。岂非以杨守在，有所恃而不恐耶？杨守莅台未逾年，然前次协剿林逆声势，既众所共知，此时击走朱匪勤劳，尤众所亲见，而又谙熟风土、练达人情，公义私恩，二者俱有。杨守在台，真所谓乘风载响，势处于易；若回内地，反难见长。此中旋转之功，非执事与制宪，其孰任之？
某学识浅陋，昨以领咨晋谒，谬叨虚心博采。叩别以来，私衷耿耿。盖深虑在台当道大人不能为民代达天听，致辜民望，且弛人心耳。教官以文字为职，不宜言外事；然既尝亲见，且关海外要务，势不容无言。窃谓守令全乎官，教官则未离乎民。其职居官民之间，故能得官民情势者，莫如教官。古郡县之官，非惟官知民，民亦知官，故事治而令行。今官民俱不能相知，一有扞格不行，往往藉教官以达之；非教官之贤于守令也，去民未远，其势易知也。闽中教官，不少博学能文而能通晓事体；某所知，惟嘉义学谢教谕金銮，台湾情势尤为熟悉。近将俸满内渡，故敢荐达，以备采访。其所着作，多关经济，某不能及也。途次冒昧渎陈，伏望监察。
上杨双梧太守书
兼才学业荒浅，不自揣量，通籍以来，历以会试虚费俸钱。今夏榜后，自悔薄宦废学，乃循前例留都肄业；既得请，交游屏绝，俗累一空。惟离台未久，诸凡在心。八月阅邸钞，知执事已内渡抵省。古之君子官于其地，身虽去而心常留；况台湾为执事前后立功之地，想尤不能一日忘也。今之官台湾者，病在惑于民情浮动之说，往往多设仆役以备不测；甚至莅任之初，民壮导前、乡勇随后，长枪利刃照耀街衢，自谓时地宜然，实则徒滋纷扰。台民好动之习，未必不缘是启之。执事再来，悉事简易；两役淡北，骑从益轻减于平时。此其志在平贼、不为炫众，急于卫民、不自为卫，非徒矫前弊之失，以静制动，理本如是也。
台地漳、泉之民，在南易协而难齐，在北则易齐而难协。难齐，故粤人得以乘之；难协，故两郡自为并。能习其性、明其势，则皆可以用。要惟以情动、以理夺，而不可以威迫。今台民之感执事至矣，林爽文之变，全之于贼势猖獗之时；蔡牵之变，安之于贼势既败之后。夫安之非有他术也，不扰而已矣。县令者，仰听于郡守也；今四县得轻于供费，则皆曰是救命之上宪也。百姓者，受治于令以统于郡守也；今四县之民得倚以无恐，则皆曰是救生之大父母也。古之忠君爱国者，皆恤令以爱民。台湾虽海外微区，然其民实天子之民。天子以台湾之民属之执事，既仅念前功，亲慰谕以劳之；又询知清苦，命驰驿以优之。太守四品阶，得此于天子，盖亦寡矣夫。是以来台深自节抑，厚恤下而勤事上，往来蚕丛、出入番社，驱苏澳之贼、抚五围之民，险阻备尝，终事后已。盖将以尽力于台湾者，上报天子也。而台湾之民，自土着及番众，亦各挟其党、出其力，争奔走，乐为执事用者；其图报岂异也哉！
兼才离台湾在旧冬十一月之六日，其时初得执事掣回之信，兼才不暇为台民惜，而先自为惜。台学祠祀一门，与定例多歧；昭忠祠所祀，尤多缺略不全。去岁十月间，已录案由县备详；而执事适卸郡篆，事会不就，莫此为甚！然如蛤仔难之请内附、郡志之重修，明为执事最关心之事，今尚付之虚愿；如兼才者，又何足云！忘分缕陈，伏惟慈监。