九月，奢、安二酋平。先是，土司奢崇明、安邦彦先后称叛，云、贵不靖者，七年于兹。去冬复起，朱燮元总督云、贵、川、湘、广西五省，专任讨贼。而贼据大方，阻险负隅。崇明僭号大梁王，邦彦自称四裔大长老，谋先犯赤水。燮元侦知之，命守将许成名佯北，诱贼深入。度贼已抵永宁，分遣林兆鼎从三坌入，王国祯从陆广入，刘养鲲从遵义入。邦彦分兵四应，力颇不支。复遣监军副使刘可训同降将罗象干，以奇兵绕出其背夹击之。贼大惊溃，崇明、邦彦皆没于阵，官兵斩其首以献。捷闻，燮元等俱进爵赍银币，子荫有差。御史毛羽健疏请添设永宁巡抚，即以刘可训为之，以靖地方，以劝劳臣。不报。
是冬，拟册立东宫，中外皆望大赦。九月二十六日，上召阁臣进，已素袍角带，决意行刑。二十七日，御笔勾逆案倪文焕、李夔龙、梁梦环、田吉，封疆则总督镐、抚臣张翼明、总兵渠家祯，监造则工部高道素偕内臣黄用。督造桂王府第时，惠王封荆州，桂王封衡州，并在湖广管计者，臆揣就国，必以齿序，经费每急荆缓衡。天启七年夏，桂王之国，距惠王仅数日，巡按温皋谋疏乞展期，逆奄矫旨切责，有司仓皇那济。道素与用，画工趱造，道素督正殿以外，用督寝殿以内，皆潦草塞责。今年三月初三夜，大风雨，雷震寝殿，压死宫女六人。以后每遇风雨，王同诸宫眷即露立庭中，盖深恐覆压之惧也。事闻，黄用司礼监拿问，道素革职，法司究问。用狱未具，道素在刑部，先拟赎徒。董御史羽宸疏激上怒，屡谳屡驳，加等论死。至是勾及之。阁臣韩爌以为请，上曰："朕若出藩邸，这就是榜样。高道素监造王府，而使数百宫人死于非命，即寸斩之，未足蔽辜，又何请焉？"是日，道素意必无他虞，同醉以往，及行刑，则已醒矣，仓皇不能出一语，但连呼"如何如何"而已，多冤之。黄昏，大雨雪。
十月之朔，上御殿颁历，忽有声冤自刎于丹墀者。究竟之，乃民间词讼事。其人刎而不死，上命刑部提问其事，立案不行。时先文肃语当事曰："此怪兆也，宜修边！"逾月，即有辽警。
毛文龙向为辽东参将，辽阳陷没，文龙逃至海滨。适有难民数千人，文龙以术笼络之，遂同航海至皮岛。盖皮岛居辽东、朝鲜、登莱之中，称孔道。文龙斩荆棘，具器用，招集流民，通行商贾，南货缯币，北货参貂，咸于文龙处输税挂号，然后敢发。不数年，遂称雄镇。又掠沿海陵丁，或指建州奸细，或称临陈斩获，以是积功官都督，挂平辽总兵印。逆贤时，各边出内奄镇守，文龙亦疏请内奄监其军。上即位，严核军饷，敕下山东抚按，檄登莱后备王廷试往。廷试，多欲人也，既饱其欲，遂盛诩文龙忠勇可用，士饱马腾，绝无破冒。文龙亦惮上英明，思有以自立，乃通情于清，愿捐金三百万，易金、复二卫地，奏恢复功邀上赏。已成约矣，袁崇焕督师出关。
上召问方略，以五年为期，可以平辽。及履任，觇知文龙有成约，急遣喇嘛僧入清，啖以厚利，欲解文龙议以就己。而清最重盟誓，坚持不可，强之再四，不听。喇嘛僧曰："今惟有斩毛文龙耳。在清不为负约，在我可以收功。"崇焕遂以阅武为名，直造皮岛，大阅军士，文龙置酒高会。次日，文龙进谒，崇焕亦置酒留宴，酒半，称有密旨，即座中擒文龙，斩于辕门外。时崇焕立营严整，众亦不敢犯，文龙部下千余人，散往他处，余众悉就抚。事定，然后入告。朝廷亦姑容之，时七月间事也。先是，崇焕出都，阁臣钱龙锡叩以辽事，答以当先从东江做起。龙锡谓："舍实地而问海道何也？且毛帅亦未必可得力。"崇焕云："可用则用之，不可用则杀之。"至是，疏中即入钱语。上以问锡龙，锡龙谓实有之。而文龙既杀之后，清来索赂，崇焕无以应，特疏请增三百万，谓："五年之后，全辽皆复，并从前所加各项，皆可蠲余，此一劳永逸之计也。"上集群臣廷议，皆执奏不可。崇焕无所出，遂听清入犯，由喜峰口、马兰谷、松棚路阑入，直抵遵华。时新令严汰冗兵，被汰者阴谋为乱，清兵临遵北城下，蓟抚王元雅尚汰兵四百人，兵即开门延师，元雅死于乱军，清兵遂破三屯营。蓟镇总兵朱国栋自缢，山海总兵赵率教统兵赴援，营于七家镇岭，猝与清兵遇，众溃，率教死之。报至，举朝震恐。上命蓟辽总督刘策戴罪立功，控扼石门，以防西轶。又命保定巡按解经传同仓储总督南居益驻守通州，专护仓储。又命太监李凤翔提督京营，与总、协二臣料理城守。又命兵部急征宣大、山西兵入卫。
枚卜一案，以乌程、虞山故，高阁不行。至是，蒲州乞休，力请点用。十一月初六，上点大名成基命一员，至岁底，复点桐城何如宠，又于会推外，特点宜兴周延儒及会稽钱象坤，共四员。
王在晋被谴后，上召对群臣，升工部右侍郎王治为兵部尚书。洽，山东人，相貌极伟岸，上私语云："好似门神。"卜者周生问之曰："中枢之座不久矣。"以门神一年即易故也。至是，清兵阑入，十一月十一日，上召对，礼部右侍郎周延儒奏："中枢备御疏虞调度乖张，既不能预授方略，拒敌于塞外；又不能整顿兵马，歼敌于城中。谁任中枢决裂？"简讨项煜继之，且引世庙庚戌丁汝夔故事云："斩一丁汝夔，将士震悚，虏闻风宵遁。"上遂下王治于狱。说者谓："既例丁汝夔，必有为杨守谦者矣。"以左侍郎申用懋代王治，升口北兵备梁廷栋为顺天巡抚，起旧帅杨肇基为蓟镇总兵，起旧辅孙承宗于家，督师通州，诏天下勤王。
申甫者，游棍也，始为僧，号本初。游滇、黔中，得彼中役鬼之术，小试辄验。庶吉士金声荐之。上召问，颇惑其术，特授为副总兵，捐内帑七十万金，听其造车募兵之用。授金声为御史，监其军。时庶吉士刘之纶，四川人，请缨甚锐。上壮其志，超授兵部右侍郎，募兵剿虏。
大同总兵满桂，夷种也，勇悍敢战，率兵五千入卫，营于胜德门外。虏骑以十一月初三破遵化，十五至坝上，二十日薄都城。自虏冲突而西，从城上望之，如黑云万朵，挟迅风而驰，须臾已过。满桂身带重伤，血染征袍，所存仅三千人。
袁崇焕入援，抵都城下，上召对，问行间方略，赐御膳，解上所御貂裘被之，与祖大寿皆赐盔甲一副。然崇焕虽名入援，听虏骑劫掠，焚烧民舍，不敢一矢相加。城外戚畹中贵园亭庄舍，为虎骑蹂躏殆尽，皆比而揭其罪状入告。民谣云："投了袁崇焕，达子跑一半。"兼崇焕出言无状，对百官讼言："达子此来要做皇帝，已卜某日登极矣。"户部尚书毕自严，至挢舌不能下，举朝皆疑之。
阁部孙承宗虽奉旨督师通州，而南居益、解经传皆不受调度。时都城盛传通州、三河等处皆陷，承宗遣人赉奏至，上喜曰："通州固无恙乎？"即奉旨，督抚等官俱听枢辅节制。
时廷臣请缨者甚众：祭酒锡畴，愿任募兵，可得二十万人。简讨项煜，荐举尚书李腾芳可当大任。请面对者，不一而足。上传各官，俱于本衙实修职业，诸臣俱废然而退。
十二月初一日，上复召崇焕、祖大寿入，上温谕大寿，而历数崇焕之罪，遂擒崇焕，下诏狱。阁臣力谏，谓"临敌易将，兵将所忌。"上曰："势已至此，不得不然。"大寿出朝，悍然，竟率众东行。中朝无可如何，敕阁部孙承宗抚谕之。