驻劄南路口（右营地方）：游击一员，千总二员，把总三员。官自备马一十六匹。步战守兵七百五十名。
分防桶盘栈汛（千把轮防）：千把总一员，步战守兵七十名。
分防中港冈汛（千把轮防）：千把总一员，步战守兵八十名，内分：角带围塘目兵三十名，白面塘目兵十名。
分防鹿耳门汛（系水师三营官兵轮防）：千把总一员，步战守兵三百名。战船五只。
分守鲲身头汛，步战兵十名。
分守鲲身蛲港汛，步战兵五十名。
澎湖水师营制台地既辟，以澎湖附于首邑，额设副将一员、游击二员、守备二员、千总四员、把总八员、步战守兵二千名、战船三十六只。官自备马五十六匹。官之陞转、兵之换班，与陆师同。
水师防汛驻劄妈宫汛，兼防虎井等澳屿：副将一员，游击二员，守备二员，右营千把总一员。官自备马五十二匹（内副将自备马十二匹、左营各官自备马二十匹、右营各官自备马二十匹）。步战守兵四百零六名（内左营步战守兵二百二十五名、右营步战守兵一百八十一名）。战船十四只（内左营战船七只、右营战船七只）。
分防八罩汛等澳屿（每年十月起至正月止，系游守轮月扼守：单月游击、双月守备；二月起至五月止，系游击带领兵船，分巡本汛洋面；六月起至九月止，系守备带领兵船，分巡本汛洋面）：千把总一员（接季轮换），步战守兵二百四十名。战船四只。
分防将军澳等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵一百名。战船二只。
分防嵵里汛兼防双头挂等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵六十名。官自备马二匹。战船一只。
分防文良港汛兼防龟鳖港等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵五十名。战船一只。
巡防各澳屿：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
巡防妈祖澳港口：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
来台押运粮米：千把总一员，步战守兵五十名。战船一只。
分防西屿头、内外堑、竹篙湾、缉马湾等澳屿（每年十月起至正月止，系游守轮月扼守，单月游击、双月守备，二月起至五月止，系游击带领兵船，分巡本汛洋面；六月起至九月止，系守备带领兵船，分巡本汛洋面）：千把总一员（按季轮换），步战守兵二百四十名。战船四只。
分巡大北山、瓦硐港、通梁港、赤嵌澳等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵二百名。官自备马二匹。战船二只。
巡防各澳屿：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵一百名。战船二只。
巡防马祖澳港口：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
来台押运粮米：千把总一员，步战守兵一百名。战船二只。
炮台、墩台
鹿耳门：炮台二座（康熙五十六年奉文筑造，安炮十位。水师三营轮拨千总一员，带兵防守），墩台三座，望高楼一座。
柴头港海口：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮三位。镇标左营拨兵防守）。
鲲身蛲港汛：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮一位。水师中营拨兵防守），墩台一座，望高楼一座。
鲲身头汛：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮一位。水师中营拨兵防守），墩台一座，望高楼一座。
澎湖炮台、墩台新城一座（在妈祖宫西。伪时所筑，年久倒坏。康熙五十七年，闽浙总督觉罗蒲捐俸，委右营守备林亮重新建筑，安炮一十二位）。千把总一员（两营轮拨，带兵防守），步战守兵二十八名。
新城东港口：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守）。
挽门澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
水垵澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
将军澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
嵵里澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵一十五名防守），墩台一座。
风柜尾澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵一十名防守），墩台一座。
文良港澳：炮台一座（康熙五十六年修筑，安炮三位。左营拨兵一十名防守）。
新城西港口：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵二十八名防守）。
内堑澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵二十八名防守），墩台一座。
外堑澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵一十五名防守）。
小门澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵三十名防守）。
附澎湖各小澳屿：暗澳、小管港、东西卫、案山仔、洪蓝罩、网垵、金鸡澳、港尾、城前、中墩、后寮、镇海港、小赤嵌、崎头、吉贝屿（以上各澳屿俱有民居）、虎井屿、桶盘屿、鸡笼屿、四角仔、林投澳、香炉屿、阴屿、阳屿、椗齿屿、马鞍屿、铁砧屿、头巾屿、半平屿、碀仔屿、大屿、船帆屿、东吉、西吉、北崎屿、白沙仔屿、湾贝屿、目屿、空壳屿、姑婆屿、险礁屿、蓝笨仔屿、大烈屿、小烈屿、鸟屿、大仓仔屿、南白沙仔屿、花屿、猫屿（以上各澳屿俱无人居）。
教场
一在镇北坊，镇营操阅之所。
一在宁南坊，道标操阅之所。
一在澎湖妈宫澳，协营操阅之所。
武职
总兵官杨文魁，辽东人，正黄旗。参领陞受。康熙二十三年任，二十六年陞本旗副都统。
王化行，陕西咸宁县人，庚戌武进士。康熙二十七年任，秩满，调湖广襄阳总兵。
穆维雍，辽东人，镶黄旗，参领。康熙三十年任。德威翔洽，兵民辑怀。将满代，玺书预擢入典禁军，兵民浮海吁留者无虚日。
王国兴，陕西宁夏人，将材，康熙三十三年由澎湖协奉旨陞补，康熙三十四年任。
王万祥，陕西会宁县人，行伍。兴化镇调补。康熙三十六年任，秩满，陞本省陆路提督。
张玉麒，陕西榆林卫人，世袭阿达哈哈番。温州镇调补。康熙三十七年任，秩满，改调福宁镇。
李友臣，陕西安定县人，行伍。福宁镇调补。康熙四十一年任，秩满，改调漳州镇。
王杰，辽东易州人，正白旗，荫监。漳州镇调补。康熙四十四年任。辑柔有方，奸宄屏迹。卒于官。
王元，福建晋江县人，将材。汀州镇调补。康熙四十六年任，卒于官。
崔相国，河南汝宁府人，行伍。温州镇调补。康熙四十七年任。
姚堂，山东人，福建籍。处州镇调补。康熙五十一年任。礼士爱民，雅歌投壶，有古儒将风。所辖十营，皆属内郡调拨。公至台，严部伍，时简阅，民不知兵；自开辟以来，兵始知有法。而又念其饥寒，恤其疾苦。及粤东命下，扳辕莫遂，而后乃铸金事之。
欧阳凯，福建漳浦县人，功加左都督。江南苏松水师总镇调补。康熙五十七年任。
镇标中营游击王嘉禄，山东曲阜县人，行伍。康熙二十三年任，秩满，陞云南鹤丽游击。
刘化儒，陕西固原卫人，行伍。康熙二十八年任，秩满，陞兴国营参将。
王五琅，福建长乐县人，行伍。康熙三十二年任，卒于官。
李培芳，直隶河间府人，行伍。康熙三十四年任，秩满，陞汾州营参将。
储埙，浙江钱塘县人，己未科武探花。罗源营游击调补。康熙三十九年任，秩满，陞甘肃抚标左营游击。
徐进才，直隶人，行伍。陆路提标后营调补。康熙四十三年任，秩满，陞广东提标右营。
张彪，江南徐州人，行伍。水师提标右营调补。康熙四十七年任，秩满，陞督标左营参将。
张国裕，陕西庆阳府人，行伍。督标右营调补。康熙五十二年任，秩满，陞邵武营参将。
罗万仓，陕西宁夏卫人，行伍。本标左营游击（调补）。康熙五十七年任，五十八年陞北路营参将。
镇标左营游击韩又琦，陕西宁夏卫人，己酉科武举。康熙二十三年任，秩满，陞直隶抚标游击。
陈致远，福建平和县人。康熙二十七年任，秩满，陞四川梁万营参将。
宋皞世，京卫人，武进士。康熙三十三年任，三十三年以疾休致。
王荣遴，直隶真定府人，行伍。康熙三十四年任，三十五年卒于官。
安定相，陕西宁夏卫人，行伍。延平城守左营调补。康熙三十七年任，卒于官。
曹公捷，江西宁都县人，行伍。抚标右营调补。康熙三十八年任，秩满，陞均房营参将。
丁鋐，京卫人，武进士。康熙四十三年任，秩满，陞四川永宁协右营游击。
钱世龙，陕西宁夏卫人。康熙四十七年任，秩满，陞陕西白土路游击。
李斯援，山东长山县人，武进士。康熙五十二年任，秩满，陞襄阳城守营游击。
罗万仓，陕西宁夏卫人，行伍。康熙五十六年任，五十七年保题本标中营游击。
孙文元，北直人，行伍。康熙五十七年任。
镇标右营游击马升，陕西临洮府人，行伍。康熙二十三年任，二十五年原缺奉裁，离任。
宰调元，山西平阳卫人，将材。康熙二十五年任，二十六年军政革职。
林孺，福建诏安县人，将材。康熙二十八年任，秩满，陞两广督标前营参将。
沈鹏，陕西宁夏卫人，将材。康熙三十三年任，三十四年陛见绕道，降级离任。
李达，陕西甘州人，行伍。长福营调补。康熙三十六年任，秩满，陞山西新平路参将。
丁祀昌，四川广安州人，难荫兴化协左营调补，康熙三十九年任，秩满，陞广东督标左营参将。
崔应麟，镶红旗人。福宁镇右营调补。康熙四十四年任，秩满，陞江西吉安营参将。
丁廷植，山西安邑县人，武举。云霄营游击调补。康熙四十八年任，卒于官。
倪兴，福建漳州人，行伍。水师提标前营调补。康熙五十年任，五十三年荐举陞见，奉旨辽阳督造战船，教习水操。五十八年，陞彝陵镇中军游击；以总督荐，调铜山营游击。五十九年，水师提督施世骠保题本标中军参将。
澎湖水师副总兵詹六奇，福建海澄县人，将材。康熙二十六年任，二十八年陞赣南镇。
张旺，山西老营堡人，外委。康熙二十九年任，三十年陞赣南镇。
王国兴，宁夏左卫人，行伍。康熙三十年任，三十三年陞台湾镇。
陈国任，陕西长安县人，行伍。福州城守副将调补。康熙三十七年任。
王三元，陕西甘州卫人，行伍。福州将军中军副将调补。康熙三十九年任。
尚宣，直隶腾骧卫人，兵部效劳。康熙四十三年任，四十五年改调三屯营副将。
赵呈烜，陕西安定县人，投诚。康熙四十五年任。
叶国鼎，福建闽县人，功加左都督。建宁协调补。康熙四十六年任。
张进，福建漳州府人，行伍。万安协调补。康熙五十年任，秩满，改调福州将军标副将。
朱杰，顺天府人，武举。福州将军副将调补。康熙五十三年任，秩满，调兴化城守副将。
许云，海澄县人。兴化城守调补。康熙五十六年任，五十七年调台湾水师副将。
蓝廷珍，漳浦人。温州镇中军游击陞补。康熙五十七年任，是年陞南澳镇。
罗光干，山西天城卫人。由闽浙督标中军副将调补。康熙五十八年任。
澎湖协标左营游击陈简，福建福清县人，行伍。康熙二十三年任。
李大训，河南人，四川籍。康熙二十四年任。
康运昌，陕西广阳人，行伍。康熙三十年任。
杨明锦，直隶天津卫人，功加。康熙三十六年任，秩满，陞水师提标中营参将。
高天位，陕西西宁卫人，武进士。康熙三十九年任。
王贵，浙江西安县人，功加。康熙四十二年任，卒于官。
洪德，福建人，功加。康熙四十五年任，秩满，陞江西吉安营参将。
巩廷瑞，陕西盩厔县人，武进士。康熙四十九年任。
陈国璸，晋江县人，行伍。康熙五十四年任，五十八年告病休致。
陈国星，同安县人。金门镇右营游击调补。康熙五十八年任。
澎湖协标右营游击胡恺，直隶宛平县人，行伍。康熙二十三年任。
方冰，福建福清县人，行伍。康熙二十六年任，秩满，陞水师提标参将。
张锦，陕西榆林卫人，行伍。康熙二十九年任，三十三年以病去。
薛奎，辽东人，行伍。康熙三十四年任。