衙署
巡道署：在府治西定坊。
府署：在东安坊。
台防厅署：在西定坊。
府经历署：在府署东南。
教授署、训导署：在凝南坊府学（兼辖澎湖学务）。
台湾县署：在镇北坊赤嵌楼右。
典史衙：在县署右。
罗汉门巡检署：在城东罗汉外门番薯寮街。今署塌。
大武壠巡检司署：在湾里街。
教谕署、训导署：在县学。
凤山县署：在城东畔。
下淡水县丞署：在港西里。
典史署：在县署左。
兴隆里巡检司署：在兴隆庄旧城。
教谕署、训导署：在县学。
嘉义县署：在城东门。
笨港县丞署：在大槺榔保。
斗六门县丞署：在斗六保。
典史署：在县署右。
佳里兴巡检署：在盐水港保。
教谕署、训导署：在县学。
彰化县署：在城东偏。
理番厅署：在鹿仔港粟仓南。
南投县丞署：在南北投保。
典史署：在县西偏。
猫雾捒巡检司署：在犁头店街。
教谕署：在县学。
淡水厅署：在竹堑城内。
艋舺县丞署：在新庄街。
大甲巡检司署：在大甲土堡内。
竹堑巡检司署：在竹堑城内。现兼司狱。
训导署：在城东南（兼辖噶玛兰学务）。
噶玛兰厅署：在城东门。
头围县丞署：在头围保（管理乌石港口挂验）。
罗东巡检司署：因兼司狱，暂驻城内。
澎湖厅署：在大山屿文澳。
武营：详具营制。
铺舍
台湾县铺四：府前铺、二层行溪铺、三嵌店铺、曾文铺。
凤山县铺七：县前铺、下淡水铺、楠仔坑铺、中冲铺、鲫鱼潭铺（俗呼二滥）、冈山铺、府前铺。
嘉义县铺七：本城南门铺、下茄苳铺、铁线桥铺、大仑脚铺、笨港铺、朱晓陂铺、盐水港铺。
彰化县铺七：县口铺、员林铺、东螺铺、鹿场铺、龙目井铺、寓鳖头铺、鹿仔港铺。
淡水厅铺一十四：大甲铺、猫盂铺、吞霄铺、後壠铺、老衢崎铺、竹堑铺、南嵌铺、艋舺铺、锡口铺、水返脚铺、暖暖铺、柑子濑铺、灿光寮铺、三貂岭铺。
噶玛兰铺五：兰城铺、沙仑铺、乌石港铺、北关铺、嶐嶐铺。
澎湖厅，海屿回环，向无铺舍。
台属亦谓之站。所有铺司、铺兵，现奉文拟裁。
营制
挂印总兵官，驻劄府城；统辖本标中、左、右、城守四营及台、澎水陆一十三营官兵。
镇中营游击，驻防府城中路口；管辖本营官兵，随防兼管中军事。中军守备一员、千总二员、把总四员、外委五员、额外外委三员，马步战守兵八百二十六名。
镇左营游击，驻防府治北路口；管辖本营官兵，随防。中军守备一员、千总一员、把总二员、外委四员、额外外委三员，马步战守兵七百四十六名。
镇右营游击，驻防府治南路口；管辖本营官兵，随防。中军守备一员、把总三员、外委五员、额外外委二员，马步战守兵六百四十六名。
以上镇标三营，向无分管汛塘。
城守营参将，驻防府治；管辖左、右军官兵。
左军守备一员，驻防凤邑冈山。千总一员，与把总递年轮防罗汉门冈山。把总二员，一员随防府治、一员与千总轮防冈山。外委四员，递年轮防盐水埔、猴洞口、茂公、罗汉门。额外外委一员，随防府治。马步战守兵四百九十五名，以八十五名随防府治、一百五十五名分防冈山、七十七名分防罗汉门、八十一名分防猴洞口、二十八名分防茂公、一十九名分防盐水埔等汛，以五十名分防涂墼埕、南炮台、港冈、埤仔头、角带围、大湖、半路竹等塘。
右军守备一员，驻防嘉邑下茄苳。千总二员，一员随防府治、一员协防下茄苳。把总二员，递年轮防目加溜湾、大武壠。外委六员，递年轮防旧社、大穆降、萧壠、麻荳、茅港尾、下茄苳。额外外委一员，协防旧社。马步战守兵六百零二名，以一百五十三名随防府治、四十六名分防大穆降、四十名分防旧社、五十三名分防大武壠、三十五名分防加溜湾、二十名分防萧壠、三十名分防麻荳、二十五名分防茅港尾、一百三十六名分防下茄苳等汛，以六十四名分防柴头港、茑松、木栅、溪边、西港仔、下水窟头、铁线桥、急水溪、八奖溪、北势埔等塘。
南路营参将，驻防凤山县治；管辖本标并下淡水营官兵。
中军守备一员，协防县治。千总三员，分防旧城、水底寮，轮防石井。把总三员，随防县治，分防攀桂桥、石井。外委六员，轮防坪仔头、芋蓁林、兰坡岭、番薯寮及随防县治。额外外委四员，随防县治。马步战守兵一千零一十九名，以五百名随防县治、一十名分防坪仔头、二十名分防枋寮、九十名分防水底寮、一百一十六名分防旧城、一百名分防石井、四十五名分防芋蓁林、十名分防兰坡岭、五十一名分防攀桂桥兼土地公崎、四十二名分防番薯寮等汛，以三十五名分防打鹿潭、苦苓门、观音山、小店、二滥、溪边等塘。
下淡水营都司，驻凤属山猪毛口；管辖本营汛官兵。千总一员，驻防新园。把总三员，分防阿猴、阿里港、万丹。外委三员，随防山猪毛，分防东港、潮州庄。额外外委二员、随防山猪毛，分防九块厝。马步战守兵三百八十九名，以一百九十名随防山猪毛、六十九名分防阿猴、八十名分防阿里港、五十名分防万丹、三十名分防东港、九十五分防新园、二十名分防九块厝、四十名分防潮州庄等汛，以一十五名分防茄藤、放索、大崑麓等塘。
嘉义营参将，驻防嘉义县治；管辖本营汛官兵。守备一员，协防县治。千总一员，分防笨港。把总三员，随防县治及轮防城外汛、盐水港汛。外委二员，分防朴仔脚、店仔口。额外外委四员，随防县治。马步战守兵六百五十一名（统斗六门都司管辖汛塘兵四百八十七名，共马步战守兵一千一百三十八名），以四百名随防县治、七十四名分防笨港、一十五名分防朴仔脚、九十名分防盐水港、四十名分防店仔口等汛，以三十二名分防城外、外西山、牛椆溪、打猫、水窟头、八奖溪等塘。
都司一员，驻斗六门；管辖嘉、彰八汛四塘。千总二员，一员协防斗六、一员分防水沙连。把总一员，轮防西螺。外委八员，随防斗六一员，分防嘉属六员、彰属一员。马步战守兵四百八十七名，以一百五十名随防斗六门汛、十名随防水沙连、五十九名随防西螺、二十名随防大黄林、四十名分防他里雾、一十九名分防虎尾溪、三十四名分防土库、三十名分防林圮埔、一十名分防集集等汛，以三十五名分防中路头、三条圳、虎尾溪、大仑脚等塘。
北路副将，驻防彰化县治；统辖本标二营官兵。
中营都司一员，兼管中军事。千总二员，一员随防县治、一员分防葫芦墩。把总四员，递年轮防南北投、燕雾、寓鳌头、许厝埔。外委九员，一员随防县治，八员递年轮防大墩、八卦山、嵌顶、大里杙、四张犁、二林、东螺、内木栅。额外外委五员，三员随防县治，二员轮防触口、大肚。马步战守兵一千二百二十四名，以六百名随防县治、五名抵塘、四十名分防八卦山、四十名分防、八十九名分防南北投、三十五名分防燕雾、五十名分防嵌顶、五十名分防大里杙、十五名分防葫芦墩、三十名分防四张犁、三十名分防触口、二十五名分防寓鳌头、十五名分防大肚、十五名分防二林、十名分防东螺、十名分防内木栅、六十名分防许厝埔等汛，以三十五名分防沙辘、溪口寮、大武郡、枋桥头、赤涂崎、燕雾等塘。
北路右营游击，驻防淡水竹堑城；管辖本营官兵。守备一员，驻防大甲。千总三员，一员随防堑城、一员随防大甲、一员分防後壠。把总六员，一员随防大甲，五员分防大安港口、铜锣湾、中港、杨梅坜、桃仔园。外委九员，二员随防堑城，二员随防大甲、中港，五员分防吞霄、白沙墩、加志阁、斗换枰、南嵌。额外外委三员，二员随防堑城、一员分防海口。马步战守兵一千零一十六名，以二百八十八名随防堑城、二百名分防大甲、七十四名分防大安海口、三十名分防吞霄、十名分防白沙墩、五十三名分防後壠、三十八名分防加志阁、六十名分防铜锣湾、五十八名分防中港、四十八名分防斗换枰、十二名分防海口、六十七名分防杨梅坜、二十五名分防桃仔园、三十六名分防南嵌等汛，以六十五名分防大甲、猫盂、香山等塘。
艋舺营水师参将，驻防艋舺；管转水陆守备二员并兰营官兵。
中军陆路守备一员，随防艋舺。千总一员，轮防大鸡笼。把总二员，一员随防艋舺、一员轮防三貂港。外委五员，随防艋舺，轮防海山口、水返脚、三瓜仔、马鋉。额外外委二员，随防艋舺。马步战守兵七百名，以三百一十五名随防艋舺、九十名分防海山口、三十五名分防水返脚、一十名分防三瓜仔、三十名分防三貂港、一百五十名分防大鸡笼、四十名分防马鋉等汛，以三十名分防龟仑岭、暖暖、灿光寮等塘。