大甲溪自吴骧败倭後，屡战互胜负。七月初三日，我军出队与倭遇。倭以我奸民为前锋，分十三人为一队，每队督以倭兵一，而以马炮队随其後；前队败，则马炮队列横阵继进猛击，弹急如雨。我大队千人当其冲，死伤枕藉，大败退；倭来追，会彭年率兵伏路侧猛轰之，倭阵乱；我军反戈乘之，倭大奔。彭年穷追十余里，至一小溪，倭凫渡及半，而徐骧自对岸林中出。盖骧率义民三十余人先伏林际，乘其半渡出击；彭年追亦至，倭张皇急遁，毙倭五十余人，夺枪械甚夥。彭年收队归，道经海口，见倭粮舶数艘泊港内；亲兵吴正川者，勇敢善战，率七星队数人踊跃登竹筏，将追及；倭人格以枪，正川避弹跃登倭船，戮运兵、水手略尽，夺其舰。初四日寅刻，倭大队猛攻大甲溪。汤人贵率福军先锋营当其冲，与相持；袁锦清、徐骧由溪湾左右绕出攻其两腋，倭已少却。忽闻後路大营陷，各军震骇，遂譁退。盖新楚军统领李惟义素畏葸，台中知府黎景嵩介诸永福，率军为大甲溪後继；时倭兵阻於人贵、锦清，不得进，以重金购土匪伪称倭兵，往袭惟义营；惟义遽遁，前敌乃大挫。锦清扼大甲溪，抵死不退；率健卒五十余人冲倭队，颇有斩获。旋倭人炮队至，弹雨下，锦清死之，健卒五十余人无一还者，倭遂据大甲溪。永福闻警，令知县忠满率四营赴援；忠满逗留不进（後台中府城失守，忠满率兵急进，道遇土匪，全军尽覆；忠满逃去）。
大甲溪既失，永福令各军择彰化境内大溪扼守。初五日，徐骧率义民三百人为前锋，与倭遇；倭人枪甚厉，势不敌。骧伏义民山弯丛竹中，自率数十人颭大旗招之；倭队至，急攻，骧狂奔，引倭过山弯；适台民李邦华率义民数千人至，值倭炮猛轰，义民死千余人，遂大溃。於是营官李仕高率镇海中军正营来接应，而营官陈尚志率新楚左营由左路，生员吴汤兴、粤人沈仲安率义民四千人由右路包抄至，截倭兵为两；汤兴、仲安乘之，倭後队先遁，为徐骧伏兵所要，死甚众，气大阻。汤兴要各营前进，将争大甲溪；倭人列炮守甚严，不克拔，夜半始收队归。初七日，前敌战倭人，败之。倭窜入後山，彭年自率队穷追，将截其回大甲溪归路；告捷永福，谓必扫荡此虏，不遗丑类。乃未几，八卦山告警矣。盖倭人入我腹地，率以重金购奸民刺官兵虚实并山川道路，结为内应，以掩我不备；斯时倭之窜後山者，以有土匪导，知後山有小路数枝可达八卦山。八卦山俯临台中府城，若为倭踞，则彰化不守；永福电令彭年速扼八卦山以待。初八日，台中知府黎景嵩电请援兵，谓“土匪导倭攻八卦山，彭年死守，恐不能胜”云。方彭年之赴前敌也，景嵩颇龃龉，徵调不即应；及大甲溪失守，彭年咎景嵩之荐用李惟义也，景嵩亦咎彭年之不知兵也，隙益深。初八日午刻，彭年自出搏战；酉刻始收队，丧千余人，士气大颓。是夜，营务处吴孔抟率旱雷营至，议战事；彭年使孔抟往八卦之阳，距彰化二十里伏地雷以待，谓“倭退道必经此，俟其至，发地雷轰之，可大捷也”。孔抟辞去，彭与景嵩议移时，令吴汤兴为前队、陈尚志为後队、李仕高为左队、林鸿贵为右队，严守八卦山。丑刻，倭大队攻我，以快枪、快炮环叠而进。彭年持及辰刻，汤兴中炮死；鸿贵率七星队百余人冲入，将夺汤兴屍，而炮雨下，鸿贵亦殉；军队大溃。彭年立山顶不去，挥七星队三百余人奋争；倭猛发大炮，七星队伤亡几尽。左右掖彭年行，不可；死之。八卦山遂陷。倭人置炮山顶，将轰城，城中奸民树白旗迎倭入；李仕高、沈仲安、杨春发俱巷战死。彰化陷，知府黎景嵩遁去。
初十日，倭连陷云林、苗栗二县。十一日，进踞大莆林。十二日，薄嘉义县，锋锐甚。方八卦山之警，景嵩请援，永福察局储军械惟云者士得枪二千数百枝、毛瑟枪数十枝、林明敦枪三千数百枝，余土枪、土药半遭湿蒸，不堪用；急令潮州武举黄国华、知州杨友琴（以字行）乘民船渡海赴香港购枪械。初九日，彰化失守警电至；夜亥刻，电令守备王德标统七星营防守嘉义，副将杨泗洪统镇海中军正营、後营、前军右营、武毅右军右营兼吉林炮队赴前敌援攻，永福亲赴曾文溪筹防御。是时前敌倭张甚，其兵舰复窥台南以缀我军；十一日，以十艘分扰布袋嘴、凤山、旗后、恒春、鹅鸾鼻及安平海口；其大铁甲直犯白沙墩海口，炮声终日不绝。永福闻警，驰归台南。是日，前敌倭兵据大莆林。时台南土匪塞道，解前敌饟械行次嘉义，悉为掠之（此十二日事）。永福从文案吴桐林、罗绮章策议抚，仿内地保甲行联庄法，令各乡自近及远，渐次举行。先是，着名匪首黄荣邦（原定丑）、林义成（原名苗生）、简成功者及成功之子精华（原名大肚）为群匪冠，永福已令人招之。倭之据大莆林也，精华宰羊豕、除道路迎倭；倭至，责精华献妇女二百人；精华不应，倭酋怒，挟精华至其家，搜得妇女六十余人，纵兵淫污，精华家人奸辱尤酷。精华怒，送款台军；於是荣邦、义成皆受抚，愿效死。十一日，泗洪率所部星夜进攻大莆林，精华、义成等率义民数千助战，倭败；泗洪急追，倭反兵袭击，泗洪中炮死官朱乃昌率健卒数百人夺泗洪屍归，反身再战，倭队炮声震山谷；乃昌奋战，精华助之，历三刻，倭兵大溃。乃昌挥兵竞进，将抵大莆林，遥见火光烛天，声喧甚，乃义成、荣邦已率义民抄至；前後夹击，遂复大莆林。毙倭数百，乃昌身受殊伤，裹创血战，中炮死；永福令都司萧三发统福军前敌各营，进代泗洪。十二日，令文案李郁华挈银三千两赴前敌犒师。十三日，檄简成功总统义民军，荣邦率义民二千五百人、义成率义民三千人随精华大队进图恢复；各给以翎顶。是日申刻，德标率七星队与嘉义知县孙育万及简精华诸义民出队攻云林；亥刻，遂复云林县。倭走，德标会义民进追。精华率军独进，冲倭队为两；倭窜入观音堂庙，荣邦、义成围之，攻甚力。倭人惶急，以连环枪出击；围兵稍却，倭乘势冲出，精华复猛进。倭误窜入山，义成断其归路，擒斩殆尽。十四日，进攻苗栗；歼倭兵二百余人，我兵阵亡千数百人，遂复苗栗。云、苗既复，三发亦至；十五日，三发督荣邦、精华进，各军就地设伏。倭大队来，行及竹仔塘，见丛竹不敢进；踰二刻，义成率义民由竹林出，倭以枪炮猛击，义成即退；倭追至山前，三发立山顶指挥；倭酋怒，遂仰攻。我兵散伏山畔，倭及半山，径益狭，多竹石，黄荣邦由竹石间用土枪轰击而出，毙倭数十，倭仍退竹仔塘。时日将暮，三发追至；倭反扑，精华从丛竹兜出，乃溃遁。我军蹑之，擒倭三十三人、枪械数十枝、马十余匹。十六日，三发督诸军进攻彰化；自辰至申，倭炮如雨，诸军不得进，三发令各军择地屯驻。
时台兵军声颇起，已逼彰化而军。盖自精华等受抚，义民趫捷可用；虽用土枪，能卧击无虚发；且稔习地势，蓦山越涧，尤其长技；聚散前後，颷忽猱腾；每绕倭兵後路，倭人畏之。於是，台北、台中颇思反正。适联庄法已及台中，颇着成绩。台北乡民闻之，愿潜入联庄受约束；期大军至，即内应同举，为台湾全局一大转机。而台南饟械已匮，不能派兵前进，台民觖望。二十三日，（原书阙文五十一字）………数月，台中军民望甚切；至是复至，昌言内地不能接济状。於是，人心益涣，议员、营弁纷逃不可止，台事遂不可为。二十四日，三发电请饟械；永福仅括得银二千两以应。二十七日，官银票局绅庄序端请给见银以利灌输；言“官局发用银票，通当见银二十五万数千两，军民信使；今□□至，台人知饟源已竭，西人银行及大小商民纷至索银，请发银收票，暂安众心”！永福无以应，仍令文案知县吴桐林内渡求接济（桐林遍走沿海各省，无应者）。当三发诸军之逼彰化，倭舰复来台南。二十二日，与我凤山海口炮台互击；船卒、台兵各有死伤，仍驶去。二十五日，精华、荣邦战连捷，精华获酋虏十三级、马三匹，解台南；荣邦电请饟械。二十九日，三发夺倭人大炮一、擒倭兵四、斩首数十级。八月初二日，精华、荣邦、义成仍电请饟械，语悲痛；永福括得银一千五百两济之，令姑给军食。初三日，商民持票索银愈急，卧守不去；局绅庄序端匿不敢出。於是楮贝填委，市易梗绝；军民饥困，日益不支。
方彰化之陷，生员徐骧率义民二十人逃後山，间道归台南；永福奖慰之，令往埤南番界募悍卒数千人助战。骧果集七百余人，皆壮健敢死，永福令为先锋营；是时驰抵前敌。初四日，与倭战，获小胜。而我屯彰化诸军饥困愈甚，三发与精华等议：“相持非久计，不如并力前进，夺回彰化，或可驻足”。初五日，遂合军进攻；而扼於城外炮台，不得进。初六日，荣邦先攻炮台；猛战，中炮死。初七日，义成亦攻炮台；受殊伤，诸军气益馁。十三日，倭兵大举来攻；三发率诸军力战，受创甚。徐骧、简精华率义民往援，斩十余级；倭始退。十四日，前敌诸军求饟益急，无策搜括；永福谓“内地诸公误我，我误台民”！旁皇莫能应。十九日，倭大队攻我，精华、义成御之，陷重围，及夜不得出；徐骧援之，三更始拔归营，而各负重伤。二十日复战，诸军大败，将士丧二千余人。二十二日，徐骧为军锋，奋战，诸军继之，倭颇却；骧旋中炮死，诸军夺气，大溃；云林、苗栗复陷。於时前敌诸军溃败相寻，而海口警报亦叠至。是月十一日，倭舰窥台南；永福自驻安平炮台，拒之。十七夜，倭舰分五路攻台南，炮声震郡城；永福历各台，督防守。十八日晓，倭船驶去，海岸解严。未几，前敌丧败，云林、苗栗相继陷。
二十三日，倭以炮队攻嘉义。王德标初营城外，倭至，走入城；倭踞营，夜半地雷发，轰毙倭七百人；倭惊退，德标设伏邀之，倭多死，大忿。二十四日，以车炮攻城，陷之；总兵柏正才、营官陈开檍、同知冯练芳、武举刘步升、生员杨文豹等皆死之，德标随精华奔後山。嘉义去府城百二十里；嘉义陷，而台南不可守。
先是七月初旬，日本台湾总督桦山资纪自英兵轮致永福书，说其率所部去台，谓将以礼送之内渡；永福复书却之，辞甚峻。八月，倭人渡兵澎湖；二十三日，其战舰、运船三十余艘载兵械，将以全力攻台南，直指安平海口。时陆路前敌诸军，已饥溃不支。嘉义将陷，英驻台领事欧思讷复为永福与倭约：和让台南，听永福内渡；已成言签名矣。会嘉义复陷，倭责永福徒手归命；永福怒，约乃绝。二十五日，倭舰攻旗後炮台；永福之子成良登炮拒守。奸民夜引倭由僻径登岸，突入大营，陷之。进陷炮台，台兵持两日，伤死枕藉，饥不能战；成良乘间冲出。二十六日，倭进凤山。义民拒战，大败；倭遂入凤山，屠戮甚惨，进犯台南府城。二十七日，台南戒严，永福移驻安平炮台。二十八日，各军饥譁，徐散去。二十九日，倭攻城外炮台，永福自发炮击之，毙倭数十人。九月一日，城中无食，饥军悉溃。初二日，永福驻炮台；城中土匪起，倭兵亦集，永福逃登德国爹利士商轮内渡（倭兵登船大索四次，不得）；从之者，其子成良与陈树南、柯壬贵诸部将及幕客数人。而溃军、台民数百万，胥委之去。台南亡。