母亡三周年。乞善友课持经咒。撰为母三周求拔济启。及为母发愿回向文。
秋。游栖霞。始晤自观印阇梨。赠以偈云：“举世不知真。吾独不爱假。羡君坦夷性。堪入毗尼社。”
是冬。同归一筹师结制龙居。第三次阅律一遍。至除夕。第三次阅律藏毕。录成六册。计十八卷。
撰礼大报恩塔偈。持准提咒愿文。礼大悲铜殿偈。起咒文。除夕白三宝文。
撰尚友录序。
庚午。三十二岁。
春。病滞龙居。正月初一。然臂香。刺舌血。致书惺谷。三月尽。惺谷同如是昉公从金陵回。至龙居。请季贤师为和尚。新伊法主为羯磨阇梨。觉源法主为教授阇梨。受比丘戒。经三阅律。始知受戒如法不如法事。彼学戒法。固必无此理。但见闻诸律堂。亦并无一处如法者。
是春。归一筹师作毗尼事义集要跋。
撰阅律礼忏总别二疏。安居论律告文。为母四周愿文。为父十二周求荐拔启。结夏安居。为惺谷寿、如是昉、雪航檝三友细讲毗尼事义集要一遍。添初后二集。共成八册。虽然尽力讲究。不意或寻枝逐叶。不知纲要。或东扯西拽。绝不留心。或颇欲留心。身婴重恙听不及半。其余随缘众。无足责者。大师大失所望。
拟注梵网。作四阄问佛。一曰宗贤首。二曰宗天台。三曰宗慈恩。四曰自立宗。
频拈。得天台阄。于是究心台部。而不肯为台家子孙。以近世台家与禅宗贤首慈恩。各执门庭。不能和合故也。时人以耳为目。皆云大师独宏台宗。谬矣谬矣。
“案”大师法语。示如母云：“予二十三岁。即苦志参禅。今辄自称私淑天台者。深痛我禅门之病。非台宗不能救耳。奈何台家子孙。犹固拒我禅宗。岂智者大师本意哉！”复松溪法主书云：“私淑台宗不敢冒认法派。诚恐着述偶有出入。反招山外背宗之诮”。“然置弟门外。不妨称为功臣。收弟室中。不免为逆子。知我罪我。听之而已。”
撰结坛水斋持大悲咒愿文。为父回向文。
辛未。三十三岁。
是春。撰毗尼事义集要序于臮亭古永庆寺。先是真寂闻谷老人。博山无异禅师。劝将毗尼事义集要付梓流通。乃同璧如、归一二友商榷参详。备殚其致。惺谷以此书呈金台法主。随付梓人。至今岁于臮亭佛日寺刊成。
春。同新伊法主礼大悲忏于武林莲居庵。
撰楞严坛起咒及回向二偈。
八月。惺谷师示寂于佛日。师病时。大师割股救之。并赋偈云：“幻缘和合受兹身。欲剜千疮愧未能。爪许薄皮聊奉供。用酬严惮切磋恩。”
九月。入孝丰。取道武林。晤璧如师。不旬日。师示寂。着惺谷、璧如二友合传。
始入北天目灵峰山过冬。即灵岩寺之百福院也。有句云：“灵峰一片石。信可矢千秋。”时山中无藏。为作请藏因缘。
是冬。在灵峰讲毗尼事义集要七卷。次夏。续完。听者十余人。惟彻因比丘能力行之。
是冬。有温陵徐雨海居士。向大师说占察妙典。大师遣人特往云栖请得书本。一展读之、悲欣交集。撰读持回向偈。
壬申。三十四岁。
结夏灵峰。为自观师秉羯磨授具戒。
撰龙居礼大悲忏文。及礼大悲忏愿文。
癸酉。三十五岁。
是春。为灵峰请藏至。未装。
第三部分
撰西湖寺安居疏。结夏金庭西湖寺。细讲毗尼事义集要一遍。听者九人。能留心者。唯彻因、自观及幻缘三比丘。
撰前安居日供阄文。前安居日。大师自念再三翻读律藏。深知时弊多端。不忍随俗誵讹。共蚀如来正法。而自受具。心虽殷重。佛制未周。爰作八阄。虔问三宝。若智旭比丘戒从心感得。十夏行持。当得作和尚阄。若得戒前。轻犯未净。当得礼忏作和尚阄。先行忏法。若未得不成遮难。或已得未堪作范。当得见相好作和尚阄。礼忏求相。若不成难而未得。当得重受阄。如法秉受。更满十夏。若成盗难而通忏。当得礼忏重受阄。若已成难。当得菩萨沙弥阄。若不许沙弥法。当得菩萨优婆塞阄。若一切戒法悉遮。当得但三归阄。若得作和尚等三阄。誓忘身命。护持正法。宁受剧苦。作真声闻。不为利名。作假大乘。若得重受等二阄。敦弟子职。誓不藐法。若得菩萨沙弥阄。誓尊养比丘。护持僧宝。若得菩萨优婆塞阄。誓以身命护正法。终不迷失菩提心。若得但三归阄。誓服役佛法僧间。种种方便。摧邪显正。并然香十炷。一夏持咒加被。至自恣日。更然顶香六炷。撰自恣日拈阄文。遂拈得菩萨沙弥阄。
撰礼净土忏文二首。
冬。述占察行法。
甲戌。三十六岁。
癸酉、甲戌之际。大师匍匐苦患。彻因比丘独尽心竭力相济于颠沛中。毫无二心。
是冬。在吴门幻住庵。讲毗尼事义集要一遍。听者仅五六人。惟自观、僧聚二比丘能力行之。
撰礼金光明忏文。
乙亥。三十七岁。
春。阻雨祥符。始晤影渠、道山（字灵隐）二师。为莫逆交。是冬。大师遘笃疾。二师尽力调治。不啻昆季母子也。
撰讲金光明忏告文。
夏初。住武水智月庵。讲演占察经。是时即有作疏之愿。病冗交沓。弗克如愿。
述戒消灾略释、持戒犍度略释。盂兰盆新疏。
丙子。三十八岁。
是春。大师自辑净信堂初集。
三月。遁迹九华。礼地藏菩萨塔。求决疑网。拈得阅藏着述一阄。于彼抱病。腐滓以为馔。糠秕以为粮。忘形骸。断世故。续阅藏经千余卷。
撰九华地藏塔前愿文。亡母十周愿文。
丁丑。三十九岁。
是岁夏、秋之际。居九子别峰。述梵网合注。先是如是昉公。远从闽地。携杖来寻。为其令师肖满全公。请讲此经。以资冥福。复有二三同志。欢喜乐闻。大师由是力疾敷演。不觉心华开发。义泉沸涌。急秉笔而随记之。共成玄义一卷。合注七卷。
“案”梵网合注初刊之板。存金陵古林庵。后康熙丙辰岁。沈书准应成时师之请。重刻板。送嘉兴楞严寺入藏流通。（见沈书准跋）日本元禄五年所刊之板。即据此也。
撰完梵网告文。赞礼地藏菩萨忏愿仪。
自观印阇梨自武水寻大师于九子别峰。商证梵网佛顶要旨。大师见其躬行有余。慧解不足。设坛中十问拶之。
梦感正法衰替。痛苦而醒。写怀二偈云：“魔军邪帜三洲遍。孽子孤忠一线微。梦断金河情未尽。醒来余泪尚沾衣”。“休言三界尽生盲。珠系贫衣性自明。肯放眼前闲活计。便堪劫外独称英。”
戊寅。四十岁。
结夏新安。重拈佛顶妙义。加倍精明。
四十初度诗云：“物论悠悠理本齐。年来渐觉脱筌蹄。拳开非实掌元在。翳去惟空眼不迷。流水有心终汇海。落花无语亦成溪。刹那生处生何性。却笑威音劫外提。”
自辑绝余编。
秋。践诵帚师之约。入闽。渡洪塘。往温陵。
十一月撰陈罪求哀疏。
己卯。四十一岁。
住温陵。
诵帚昉师及一切知己坚请疏解大佛顶经。大师感其意。兼理夙愿。在小开元撰述玄义二卷。文句十卷。
刊佛顶玄义。板藏大开元寺之甘露戒坛。
如是师示寂。助其念佛。并为撰诵帚师往生传。
撰为如是师六七礼忏疏。挽如是师诗。
庚辰。四十二岁。
住漳洲。
述金刚破空论。（在温陵刊）蕅益三颂。斋经科注。
辛巳。四十三岁。
结冬温陵月台。有郭氏问易。遂举笔述周易禅解。稿未及半。以应请旋置。
（录者注）今泉州大开元寺藏有大师施赠之梵网经两部。卷末有大师亲笔题识。文曰：“崇祯辛巳。古吴智旭。喜舍陆部。奉大开元寺甘露戒坛。永远持诵。”
壬午。四十四岁。
是夏。自辑闽游集。
自温陵返湖州。
述大乘止观释要。
灵峰山中藏经装成。
撰铁佛寺礼忏文。
癸未。四十五岁。
结夏灵峰。
是岁结制。简阅藏经。仅千余卷。
崇祯十七年（清顺治元年）甲申。四十六岁。
是秋。居槜李。游鸳湖宝寿堂。撰游鸳湖宝寿堂记。
返灵峰。有句云：“灵峰片石旧盟新。”
九月。述四十二章经、遗教经、八大人觉经解。
是岁。大师退作但三归依人。
撰礼慈悲道场忏法愿文。佛菩萨上座忏愿文。
乙酉。四十七岁。
自去岁退作但三归人以来。勤礼千佛、万佛及占察行法。于今岁元旦获清净轮相。
夏。撰周易禅解竟。
撰大悲行法道场愿文。
是秋。住祖堂及石城北。共阅藏经二千余卷。
是岁。紫竹林颛愚大师遣七人来学。
丙戌。四十八岁。
晤妙圆尊者于石城之隈。同住济生庵。
撰占察行法愿文。
丁亥。四十九岁。
三月。述唯识心要。相宗八要直解。九月。述弥陀要解。四书蕅益解。
去岁。颛愚大师坐脱于紫竹林。门人以陶器奉全身供于林之山阳。今年弟子请归云居。于是金陵缁素以所存爪发衣钵。就山阳建塔供养。大师为撰志铭。
是冬。自辑净居堂续集。
居祖堂幽栖寺。除夕普说。