九月，芝龙举其众降。差芝燕、芝凤带金银币帛，同毓英入泉州城。先见王猷，次见邓良知，代芝龙陈始末，愿拜门下，缴上厚礼。各大喜，即行文本府沿海卫所，许芝龙军士登岸采买。又为申请军门，内称：芝龙倾心向化，情愿自新立功赎罪，从此沿海地方得以宁靖等语，交毓英上省。英至省投缴文灿，文灿即传英进问。英一一代芝龙禀上：愿充辕门犬马报效，所有福建以及浙、粤海上诸盗，一力担当平靖，以赎其罪。并呈重礼。文灿大喜，收之。立即通行全省，准芝龙招安，候旨定夺；遂以义士郑芝龙收郑一官功题，委为海防游击。又委毓英为监督，督芝龙军平诸盗。立功之日，再为题请（按芝龙与思齐为盗时，名一官，迨齐死，问天筊时，改名芝龙。当道缙绅受赂庇护，无可为辞，故以芝龙收郑一官题请）。
毓英齎军门檄谕同芝凤回泉，见府道。府道亦为英喜，嘱其速督芝龙立功。英星驰到旧镇，会芝龙。龙询凤、燕，同道府口气，并观军门题禀，大悦，致谢毓英。即整顿船只，以便征剿。英曰：将军此行先平何人？龙曰：陈衷纪等原有八拜之交，今为李魁奇所并，当誓师先除此贼，则公私可以两尽。英曰：将军情义深重，调度有方，真令人感激敬服。龙随差快哨出洋，侦探魁奇住处（李魁奇者，渔父也，泉州惠安人。从幼出入湄洲沿海。深识水性，身藏水底，半日不起，口能转气，眼见诸物。年二十九，两臂有七百斤之力，纠合诸渔船，劫掠商艘。适会集澎湖，候截吕宋洋艘。其陈衷纪等自与芝龙分别，复往台湾。因众咸沾疫症，及知芝龙逸出，不能前进。后诸人略痊，方统船过来聚首。不料至澎湖遇李魁奇，奇即挥船围击。陈衷纪、杨天生、陈勳等原虽猛勇，终是新病才好，安能敌奇新出之犊，随为所伤。仅存李英同通事何斌一船，仍回台湾。故此李魁奇独霸横行，目空群盗）。
崇祯二年四月，奇正率诸船在辽罗地方候劫商艘。郑芝龙得报，令芝虎、芝豹为先锋，芝彪、芝鹏为应援，自领芝鹗、芝豸等同卢毓英为合后。时彪、虎、燕、豸四船齐到，各逞夙威，两相攻打。守金门之哨船忽听炮响，亦驾船从城仔角出，而芝龙大队亦至。魁奇寡不敌众，就转舵欲遁。适南风起，龙一船牵舵乘势冲下。芝蟒持火罐抛过，魁奇忙将木棍打落水中。芝豹藉风合击，赶将搭钩搭住，被魁奇一刀洗断开去。芝麟又将火烺喷筒烧来，魁奇遂将船舵摆开，悉为横风吹散。不提防芝虎船从后赶杀，声如巨雷，大喝：死贼！今日决难饶汝！搭钩搭住，执牌跃过。魁奇接敌，互相交鬪。奇伙合并，虎逞力支御，势已危迫。幸陈霸、陈秀亦跳过。霸砍散环众，秀一枪刺倒魁奇（陈秀，海澄人，后封武功伯。献仙霞关投诚。陈霸，南安石井人，吕姓，为陈氏养子。人品肥矮，浑号三尺六，踞南澳。入粤东投诚，封忠勇侯）。芝虎乘势连砍二人，余悉伏舱或赴水者。龙见魁奇被砍，遂大呼：降者不杀！你等原是良民，投顺自然重用。是以所有船只咸落头帆降，龙收其众。令割魁奇首级，设位哭祭陈衷纪等。然后回师，申报军门。文灿接捷，知龙阵斩李魁奇，收其全伙。差旗鼓张彬齎谕帖银牌，前到辽罗犒赏，并许转题参将。巡道与泉府，亦差知事林旭齎银牌羊酒犒赏，并安插魁奇党。芝龙大悦，各答厚礼，具禀伸谢。
六月，芝龙斩叛贼杨六、杨七于浯洲港（浯州，金门别名），收其众。
八月，褚彩老掠闽安，文灿檄芝龙。龙追于南日，灭之。
崇祯三年庚午夏五月，芝龙因忆火光梦中之异，修书遣芝燕驾船往日本，迎接翁氏并其子回来。日本国王因颜思齐集船谋夺不成，从此加意防范唐人。而翁氏与芝龙倏尔别去，虽屡翘首云山，其奈盈盈带水何；惟日抚其子。喜子颇可人，又举止异众。一日报唐船到，父女正在计念间，突闻呼叫之声。翁翊皇出接，两未谋面；询其由来，方知为芝龙差，欲接其女与甥回也。芝燕曰：奈与国王再三说无此例，岂不徒费其劳？翊皇曰：国王见书欢喜，抑有怒色？燕曰：国王见书甚喜。翊皇曰：见书若喜，再作商量。燕曰：自然还要恳求国王，难道就回么？唤从人将所带物件行李悉迁上翊皇家，住下。
然芝龙自遣芝燕去后，偶闲谈间，见南风大盛，屈指芝燕到日本矣。旁有日本旧唐者到芝龙面前言曰：到，谅到矣，恐国王未必允从。芝龙曰：汝何所见？旧唐者曰：日本从来未有妇人入我中国，国王焉肯特破此例。必用一计服他，然后可。芝龙猛省：尔言有理。可觅画师画我形图，驾统无数艨艟，旌旗飞扬，军威雄壮。令芝鹗带好汉六十名，新盔亮甲，器械坚利，乘此南风尾过去。声言若不依允，即欲兴师前来。鹗领命行，八昼夜到日本。芝鹗入港，将旗帜器械摆列整齐，金鼓喧天。一时日本骇然，恐是侵犯之船，炮台预放，以观动静。迨至落椗，其疑方释。芝鹗上山，将画图送入。国王收阅，集诸文武会议曰：郑芝龙连发两书，遣人前来，未知作何发付？辅国将军（日本之权，全在辅国）启曰：迩闻郑芝龙兵船甚盛。今连发两书前来，欲依他，从无此例；若不依他，恐一旦加兵，亦是费事。以臣管见，不如将儿子送还他，其妇女说从无此例，则一举可以两得矣。国王大喜曰：此议甚当。立传翁翊皇面谕。皇领命回家，与燕、鹗及女儿说知。
九月北风起，国王回郑芝龙书，送其子交芝燕、芝鹗载归。翁氏临别之际，悲喜交集（喜者，喜其父子相会；悲者，悲未得见夫君，今反失其子），牵衣恸泣。芝燕、芝鹗共慰之，劝曰：归去商量，自当设法再来迎接。随解缆。顺风十月到安海。芝龙望见其子仪容雄伟，声音洪亮，屈指已七岁矣。追忆生时奇兆，甚喜。延师肄业，取名森，字大木，读书颖敏。但每夜必翘首东向，咨嗟太息，而望其母（日本在东）。森之诸季父兄弟辈数窘之；独叔父郑鸿逵甚器重焉（逵字圣仪，别号羽公，庚戌进士）。每摩其顶曰：此吾家千里驹也！有相士见之曰：郎君英物，骨格非常！对芝龙称贺。芝龙谢曰：余武夫也，此儿倘能博一科目，为门第增光，则幸甚矣。相者曰：实济世雄才，非止科甲中人。性喜春秋，兼爱孙吴。制艺之外，则舞剑驰射；楚楚章句，特余事耳。事其继母颜氏最孝。于十一岁时，书斋课文，偶以小学洒扫应对为题，森后幅束股有汤、武之征诛，一洒扫也；尧、舜之揖让，一进退应对也。先生惊其用意新奇。
崇祯六年癸酉冬十一月，刘香老焚劫小埕，芝龙统船击之。香败，遁粤东。时诸贼咸称其香老。姓刘，漳之海澄人，五短身材，性极骁勇。勾引无赖，驾小船出金门，劫掠商舡。突起猖獗，聚众数千，有船大小百余号，杀伤官军，横行粤东、碣石、南澳一带地方。
崇祯七年甲戌夏五月，熊文灿擢两广总督。十二月，文灿檄惠、潮分守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之木、张一杰，亲到香船招安，被香留困。
崇祯八年乙亥春三月，文灿会同闽抚邹维琏檄郑芝龙，统所辖船收刘香老。芝龙将新旧船只分为三程：第一程芝虎、芝豹为先锋，领船十只，快哨四只；第二程中军坐驾芝龙同卢毓英、芝鹏、芝蛟等，亦领船十只；第三程芝彪、芝凤、芝麟、芝豸、芝鹤、芝鹗、芝獬、芝鸾等，各领船一只为援剿。择日祭江出师。
四月，南风已发，芝虎等船不顺，行稍缓。刘香在甲子，闻芝龙奉两广令牌，统船会粤师，不日即到。刘香大怒曰：一样皮毛，素无仇敌，何苦为人作鹰犬也！他见我们前岁小埕之役稍避其锋锐，彼就洋洋得意。吾誓必擒此，方快我愿。即令李虎三、杨韬、陈玉、林武带船前去田尾洋防御。又令其弟金同康钟、李飞熊、张斌带船来往救援，自领大队胁洪云蒸共船迎敌。
芝虎船行至十日，方到田尾洋，与李虎三相遇。自巳至申，互相冲击，军士各损伤，而未分胜负，遂两收金。次日又战，适香督船至，合击，芝豹、芝虎受困几危，幸芝鹏、芝豸、芝麟、芝燕船到，冲救出，退十里停泊。是晚芝龙大队到，询问情由。天明，芝龙率诸船列阵分击。香出洪云蒸退敌，云蒸大呼曰：吾矢死报国，亟击勿失！亟击勿失！香大怒，立刃云蒸。各飘扬互攻终日，会天晚罢战。
芝龙大队泊赤湖，谓诸弟曰：今晚我们船泊在下风，半夜水转，刘香必乘潮水冲来。芝豹汝可带船往来飘驶，以防不测。芝虎汝可带船五只，在前椗寄椗。如遇有警，可放起连珠火箭，以便前来接应。又发令：凡有船只浮水寄椗，头帆勿落，火炮预备，军士衣甲在身。刘香船仍收田尾，虎三过船见香曰：郑芝龙恃强，不识水性，今晚在赤湖。主公可点齐船只，多设火器，俟夜半水起乘潮顺风冲去，芝龙可擒。香曰：此计甚妙。遂各预备。至二更时分，潮起，风果微来，香加额曰：此天助我诛此狂奴！即统全队行。甫至半途，忽前队了望报曰：前面一派黑影，恐是船来。虎三曰：他船泊在赤湖港，何得此处有船？令各船提防，听我炮响一声，齐赴杀进！芝彪见水涨二分，即令椗起浮水，徐行而进。远望前面摇动似船，乃曰：不出所料，今果来矣。椗帆俱起，安炮守候。听吾掌号，一面攻打。一面放起连珠火箭。虎三一船先到，即喝：前面何船？芝彪不应。令掌开炮，直冲过去。芝虎、芝豹望见火箭连起，炮声轰天，随督轰前来。刘香大队亦至。浑杀至日午，稍停战。芝龙曰：刘香调度有法，虎三真个勇猛！芝虎听见，大喊曰：此贼有甚难破？俟吾擒他；一船破直入。手执藤牌，口含大刀，爬在船末。望香船将近，一跃过去乱砍。香即接战，众又合鬪。龙遥见，忙督船往救。芝鹄一船从横冲去，被香横身熕发出，裂开沈下。芝蟒船逼进，踮在斗头上，抛过火罐，香船着火。虎三见香船发火，急来救时，不防芝豹从后赶来，发一门斗炮，竟穿虎三船尾楼，打死舵公，透入官厅碍火桶而药发，直从桅边斗头出，其船亦发火。虎三救不及，情急抱铳沈于海底。芝虎与刘香见火炽，难以脱身，互相乱砍，一并焚死。芝豹、芝彪又连击沈船数只，方挥招旗招降，遂鸣金收其部众，仅走刘金三船投琼州去。送康承祖、夏之木、张一杰等回粤，并发还掳掠妇女，具文申报。大痛哭芝虎、芝鹄身亡，令人广捞尸首，五日不可得。停甲子所，延僧建七昼夜梁皇宝忏，祭奠二人暨阵亡诸将士，然后班师。刘香既灭，海波不兴，鲸鲵屏迹，实赖芝龙之威制（附记：芝虎，龙胞弟，胆略猛勇，浑名蟒二。因听龙夸刘香、虎三好汉，心忿跳船，并香同死。常显圣零丁洋；今粤东虎门外，群奉祀之，甚然灵感）。
崇祯十一年戊寅五月，郑森进南安学弟子员。