十月初二日，后冲镇刘进忠率其众入黄岩海门所投诚。功闻报，驰令周全斌追之。全斌督快哨二十只，星夜飞赶。至海门，将城围困攻打，进忠御之。忠恐成功大队齐至，于半夜乘斌无备，开西门突围而去。斌亦不追，拔其城，报成功。功擢黄昭为后冲镇。
十一月初七日，成功破磐石卫，分诸提镇就汛养兵。
十二月，成功率众劄沙关取粮。
顺治十六年己亥（附永历十三年）二月，成功仍回磐石卫，调各提镇至磐石听令。
四月，成功众至定海关。二十九日，入宁波港焚船。
五月初一日，退出。初四日，抵舟山烈港。
十八日，到崇明县。守崇明总兵梁化凤（系陕西西安府长安县人）敛兵坚守，功欲顺风入瓜州。冯澄世曰：欲进兵瓜州，必当先取崇明，庶可流通蓄积以为外援。功曰崇明城小而坚，取之必迟延日月，反使瓜州有备，不如先取瓜州镇。若得瓜镇，则江南门户已破，先截其粮道，是腹心有疾；然后乘势取江南，则崇明不攻而自破。外则修书遣监纪刘澄，密通江南提督马进宝。又差罗蕴章同张煌言为长江乡道使，命顾忠前往探乌喇、宁古诸港路（顾忠，浑名瞎子，去八个月方回。时成功已入长江，败绩回厦。忠是以不果行）。随问：谁敢领先锋印，以取瓜州？建威伯右提督马信向前曰：信蒙藩主眷顾，爵居人上，并无寸功。今瓜州之地方险要、兵马之多寡虚实，颇知其详，愿为先锋破敌。成功壮其勇，喜曰：公肯效力，此城必破。即拨黄安、蔡文、黄昭、蓝衍四将与统辖。又分四队：周全斌居中，甘煇居左，翁天佑居右，万礼居后；陈瑞龙诸镇为接应，或取木营、或断拦江坝、或取谈家州（在瓜州镇之中，与瓜州柳堤炮台相对）、或抄瓜州之后，而攻其城。
六月十四日，成功至焦山。时有镇江操江军门朱衣佐，虽然防范，不意功突至，又恃江中有滚江龙之拦，故马信等一时舟师扬帆呐喊，旌旗蔽港，金鼓震天，惟有标下巡江营都司罗明升督兵五百守谈家州瓜镇之中列炮与瓜州柳堤炮台相对以待之。信督众环攻，明升分头死拒力战。至炮尽矢绝，全军覆没（明升，山西人。戌岁，敕建祠于谈家洲。今上南幸，念其忠勇，御书奋勇致身四字。令有司春秋祭祀）。信拨蔡文守之。乘胜，合周全斌师飘扬大进，悉为拦江坝所阻，不得前。全斌、张亮、陈大胜等令善泅水者十余人，漾去斩断，遂无阻碍。扬帆直进，登岸列队。朱衣佐闻报海贼至，即率游击左云龙出御。全斌奋勇冲阵，连斩十余人。而马信从其后攻城，韩英、杨祖以藤牌护身，首先上梯，江防同知徐腾鲸弃城遁。衣佐知城已破，无心恋战，同左云龙欲走扬州。陈泽尾追至大表桥下，斩云龙，活擒衣佐。
十七日，陈瑞龙督诸镇焚夺木浮营三座，长江与共（木浮营者，用大杉木结排，另用木为栅，内架大炮十余门，从上流压下，船遇之，一击立碎）。
十八日，成功移屯瓜州，纪马信、周全斌第一功。押朱衣佐见成功，功曰：此腐儒也，杀之徒污吾剑，释之足见我们宏度。去缚，与衣服，放之归。周全斌曰：今瓜州已得，可乘势速取镇江，反掌之易。倘若迟缓，彼得深沟固守，徒费士卒。成功然之，以援剿后镇刘猷守瓜州，柯平督理江防事。
十九日，成功亲督诸军，进泊镇江南岸七里港。二十二夜二更，直抵银山下。寅时，传令列阵，分为五队而进。陈魁统铁人逼栅，守银山将见之，骇然不敢出战；惟齐射之，箭不能入。铁人冒死而进，栅遂破。全斌呼曰：时不可失，乘此破竹之势攻夺其城，必可得也！即转身首先向前，连砍数人，众军随之。守镇江总兵高谦闻贼攻银山，领兵出援。遇全斌赶杀势雄，不敢战，敛兵入城。斌见谦怯，乘势尾追，抢门而入，高谦与知府戴可进亦即投降。成功入城安民毕，加高谦为破虏将军。以工官冯澄世为常镇道，兵部主事李征为镇江知府，监纪林若霖为理刑。荆州卫粮船十四只来降，功大悦，擢其首李文正为卫指挥，其余各授以千百户之职。太平府守将刘世贤遣人献城，功加为镇南将军，令罗蕴章带所部去太平协守。扬州文武各遁，城空；百姓彩旗羊酒，前到镇江请师。功受其款献，厚待父老，给示严禁与之归。
六月二十七日，成功议兴师取江南。参军潘庚钟曰：今既一鼓而克瓜镇，是则江南门户已破。虽军声大振，天下摇动，未可骤然进兵。当暂住瓜镇，遣将分据淮阳诸郡，扼其咽喉，收拾人心，窥其衅隙，然后大队齐进。况北都满、汉兵民人等不下百万，一旦粮道断绝，待哺不足，两月之间，其兵必溃、其民必乱。如此可不劳而定，此正曹公之所以取胜于官渡也。冯澄世曰：江南城池广阔，进攻不易。不如且听庚钟之谋，驻劄瓜镇，据其险要，断其粮道。一面收拾人心，一面遣人从间道报捷请旨，命李定国等合师，乃为上策。成功曰：不然，时有不同耳。昔汉祚改移，群雄分据，袁、曹争胜，故曹操常以算胜。我明朝历年三百，德泽已久，不幸而有甲申之变，以致百姓遭殃，庸臣剥削、乡绅欺凌，四海鼎沸。彼得假其时，排闼入关，鼠窃乌合，狐假虎威。今大兵一至，自然瓦解。若不进兵，恢复旧业，呼召天下豪杰，是自老其师。倘征各省兵马齐至，首尾合击，我势岂不自孤？况太祖昔日一得廖永忠、俞通海等水师，乘势夺釆石而并金陵。破竹摧枯，正贵神速耳！遂不听二人之言。周全斌同镇江降将高谦守镇江，遣人招抚江南、江北。二十九日，义师陈文达等统船二百余号归成功，功授以指挥向导使，句容、仪真、六合、浦口、宁国、池州、滁州悉遣人纳款。
七月初二日，功用太牢祀天地，并告太祖、列圣曰：成功痛恨中原陆沉，不敢偷安，请命恢复，重兴故土。伏祈在天之灵，默加佑相。初三日，祭江。初四日，扬帆直犯江南。初七日，至观音门，以黄安为水师总督，督洪善等船泊三叉河口，御芜湖、釆石诸隘。
十一日，功由凤仪门登岸，领甘煇、马信等数十骑、侍卫亲随数百人，绕观钟山，采踏地势。潘庚钟曰：如此山川形势，龙幡虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而兴。今天资藩主瓜镇，神速进兵，倘一鼓而下，迎驾西来，中兴指日。功点首曰：然。我于昔日苟徇诸将臆见，日事争战于边海，何日得望中兴乎？尔等诸将，各协力齐心，千载一时！得此，居中调度，便可号召天下英杰，正所谓不入虎穴，焉得虎子。
十二日，成功率诸文武祭太祖，哭奠列宗毕，令甘煇、余新劄狮子山；万礼、杨祖劄第二大桥山上；以翁天佑为救应，御凤仪门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯劄汉西门，连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨好屯劄东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯劄西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯劄岳庙山，连诸宿镇护卫成功大营。各设鹿角了望，深沟木栅防御。江南一时震动。
总督管效忠初闻瓜州失守，继报镇江又陷，正在调集各处兵马，忽闻海寇临境。登城观望，见旌旗闪烁，金鼓闹轰，未敢出敌，闭门避锋。陡报操江军门朱衣佐单骑至城下，随开门延入，细询始末。衣佐曰：海贼虽是猖獗，其众不过数万、其船不过数百。瓜镇之失皆由一时无备，故遭所破。今可速遣人卑辞宽限，以骄其志。然后设守御之策，征援兵破之。管效忠然其言，即遣能言者前往成功营中，限期纳款。成功督诸镇据险开壕，参军潘庚钟曰：细观城内，必然空虚，可令四面攻击，齐倚云梯，此城必然可得。成功深以为然。正发令各提镇预备云梯、木牌、布袋，以便攻城，忽报王秀奇送城内纳款人到营请见。功令之入，其人叩禀曰：大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降。功允其请，而厚赏之；复谕之曰：本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降。攻入之时，寸草不留！差者叩首而去。潘庚钟曰：此乃缓兵之计，不可凭信。可速攻之！成功曰：自舟山兴师至此，战必胜、攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑。庚钟曰：孙子有云：辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策。功曰：古者攻城为下，攻心为上。今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也。功实以江上两次之捷，遂不听庚钟之言。发令诸提镇，严防谨守。日则了望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。管效忠得差回报允限之言，喜曰：此乃朝延之福。随密檄附近救援。
十八日，有漕标副将梁化凤率援剿骑兵五百经过，探知海寇犯境，遂入城请见。愤曰：谅此狐鼠之辈，妄自猖横；且彼孤军深入，焉能久住？俟其锐气稍懈，一鼓破之。效忠抚其背曰：此贼之破，专赖将军。化凤跃然曰：食君之禄，当死王事，岂敢临难苟免？忠留其协守（凤，陕西西安府长安县人）。惟化凤日夜上城观望，见其营垒，步步相关，首尾相应，无计可施。偶巡到东北角，见一营人马屯劄在白土山下，稍疲可破；奈不得即至。忽思此处原有城门，名曰神策门（今此门改为得胜门），因出入者少，故垒塞之。不如将此门乘夜挖开冲出，方为胜计。二十一夜三更时分，化凤率兵挖开城门。天色微明，率骑兵五百突出。果然此营以非冲要之地，无甚关防，其伏路、了望俱各疏略。忽轻骑直至，疑为天降，披挂不及，遂大溃。化凤率众追杀，至余新营前。新督兵出战，各营列阵以看。因前在镇江，周全斌夺城，各镇争功，互相攻讦，功怒，有不得吾令，擅自进兵者，罪之之语，不敢向前对敌。俄而新败，投萧拱宸。凤乘势冲入，萧拱宸接战，当不得箭如雨下，亦败而遁。时万礼在桥头山，欲来救援，而化凤已收兵矣。总督管效忠接梁化凤乘夜挖开城门通贼报，效忠曰：梁将军素心忠贞，决无是事，其中别有隘情。乃差人侦看。随即亲率将士登城，飞报东北角厮杀，随开门接应，出劄城外。
二十二日，甘煇、林胜、潘庚钟等劝成功暂抽兵将出观音门，相机以图再举。功曰：小挫锐气，便欲思退；明日正欲观诸君建功耳。令万礼诸军勿动，调马信、吴豪、韩英由水路抄其后，姚国泰、杨祖、蓝衍、杨正抽屯山上，甘煇、张英伏在谷内，林胜、陈魁列于山下，陈鹏、蔡禄往观音门接应救援。