夏五月，大清兵至杭州。黄道周、曾樱、何楷、郭朝汾、黄景昉，蒋德璟、路振飞、张家玉、朱继祚等逃入闽。镇海将军郑鸿逵、总兵郑彩俱陈师江口。而唐藩从河南逃难至，逵、彩请见。语及国难，泣沾襟袂。二人奇之，令副将江美鳌（字龙弼，泉之同安高浦所人。复改文职，任广东连平知州，投诚）、郑升带兵卫之入关。逵、彩闻杭城降，撤全师回至闽省。会巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙，议立唐藩监国（唐藩，讳聿键，性刚直，喜读书，善文翰，洒洒千言。初封南阳，以父騕失爱于祖端王，两姬谋夺嫡，未得请名。及端王薨，守道陈奇瑜、知府王三桂始为请嗣。后以统兵勤王，擅离南阳，被锢。会被难，逃于江口）。黄道周执笔为谕曰：孤闻汉室再坠大统，犹系人心；唐宗三失长安，不改旧物。岂独其风俗醇厚，不忘累世之泽哉？亦其忠义感愤，豪杰相激，使之然也。孤少遭多难，勉事诗书；长痛妖氛，遂亲戎旅。亦以我太祖驱除群雄，功在百姓；方十三叶，而属彝骜然，睥睨神器。为子孙者，诚不忍守文自命，坐视其凌迟也。二十年来，狂寇荐惊，孤未尝兼味而食、重席而处。北方二载，两京继陷，天下藩服，委身奔窜。孤中夜卧起，尝涕纵横。诚得少康一旅之师、周平晋郑之助，躬率天下，以受彤弓，岂板荡哉？今幸南安（芝龙）、定卤（鸿逵）二大将军志切匡复，共赋无衣。一二文臣，以舂陵、琅琊之义过相推戴。登坛读誓，感动路人。呜呼！昔光武、昭烈，皆起布衣，所遭绝续，与大敌为仇；而能正言举义，躬承旧业。况今神器乍倾，天命未改。孤以藩服感愤，间关逢诸豪杰，应节投袂。知明赫之际，神人叶谟，上天眷顾我太祖绍其子孙，犹未有艾也。书曰：与治同道，罔不兴。传曰：多助之至，天下顺之，得道者多助。自六月初二日监国伊始，一切民间利病，许贤达条陈。孤将悉与维新，总其道揆，以副海内喁喁之意焉。
唐藩监国正议出师，有艳翊戴者，咸请正位，方可号召天下。诸臣多言监国名正，出关尺寸，建号未迟。李长倩亦有急出关，缓正位，示监国以无富天下心之疏。惟郑芝龙、郑鸿逵亟请正位，不正位无以压众心以杜后起。遂定议。于闰六月十五日，共奉唐藩即位福州，改元隆武。命礼部尚书黄道周草诏曰：朕以天步多艰，遭家末造，忧劳监国，又阅月于兹矣。天下勤王之师，既已渐集；向义之心，亦以渐起；匡复之谋，渐有次第。朕方亲从行间，鼓舞淬励，以观厥成。而文武臣僚咸称：萃涣之义，贵乎立君；宠绥之方，本乎天作。时哉不可失，天命靡不胜。朕自顾觖然，未有丕绩以仰对上帝，克慰祖宗；而临安委辔，尊让无期，大小泛泛，如河中之水。朕敢不黾勉，以副众志，而慰群望？稍稽载籍：汉光武闻子婴之信，以六月即位鄗南，即以是年为建元元年，诞膺天命；昭烈闻山阳之信，以四月即位汉中，即以是年为章武元年，立宗庙祖稷。艰危之中，岂利大宝？亦惟是兴义执言，系我臣庶之故也。以今揆古，即以是年为隆武元年。其承天、翼运、定难功臣，悉以次第进爵，分茅胙土。稍俟恢复，以勒勳猷。其翊运、宣猷、守正文臣，亦以次第进级，别需表章。
孝秀、耆宿军民人等，俱依前谕优给。所在山川鬼神，除淫祠外，皆遣官祭告，以示朕缵绪为天下请命之意焉。以布政司署为大内，改福州府为天兴府。以黄道周、何楷、蒋德璟、苏观生、黄景昉、路振飞、曾樱、陈洪谧、林欲楫、黄鸣俊、朱继祚为大学士，入阁办事；张肯堂为吏部尚书，李长倩为户部尚书，曹学佺为礼部尚书，吴春枝为兵部尚书，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，马思理为通政使，郑英为锦衣卫都指挥使，郑芝龙为平卤侯，郑鸿逵为定卤侯，郑彩为永胜伯，林察、张明振、周鹤芝、陈霸等各为伯。分天、建、延、兴为上游四府，汀、邵、漳、泉为下游四府，合两浙、两粤、滇、黔、晋、楚地方。隆武凡有批答，皆亲为之，不假阁臣。且曾皇后性亦贤敏，颇知诗书；群臣每召对，辄于屏后听之，共决进止。隆武同廷臣共议战守，定兵二十万。自仙霞关起，宜守者一百七十处，每处兵多寡不同，约计十万；其余十万，演习操练，以便出师。遣兵科给事中刘中藻齎诏往浙。熊汝霖曰：吾知奉吾君而已。不受诏。国维曰：同是高皇子孙，当此之际，岂可异视，而受前龙后虎之迫乎？遂勒手疏驰上隆武曰：国当大变，凡为高皇子孙臣庶，所当同心并力。成功之后，入关者王。监国退守藩服，礼制昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易。且监国当人心奔散之日，鸠集为劳。一旦南面正朔，鞭长不及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可及！臣老矣，岂若朝秦暮楚之客也哉？隆武览疏，虽止问罪之师；然闽、浙水火矣。马士英欲谒鲁王，张国维参其误国十大罪。英惧，不敢入，依方国安。
时张国维督师夺富阳。八月，复夺于潜。虽兵马云集，而各治其军，地方反受骚扰。
隆武以翊戴功，晋郑芝龙为平国公，加太师；郑鸿逵为定国公；林察、周瑞、张明振、周鹤芝、陈霸等，各为侯；陈秀、郭曦、杨济时、施天福、刘全、张进等，各为伯。以御史郭承汾巡按贵州（陈秀、郭曦系芝龙旧将，命守二关。刘全系香胞弟。承汾字懋衮，别号有水，泉之晋江人、癸未进士。至己丑岁，被可望所执，不屈而死。尸弃东郊，历月余，颜色如故，诸兽虫不敢犯。总兵许尽忠暗称奇，阴令家人黑夜瘗之）。隆武召黄道周、何楷、曾樱、路振飞、黄景昉、苏观生、何吾驺等诸文武入朝，会议战守策。郑芝龙首站东班。楷让之曰：文东武西，太祖定制。今郑芝龙妄自尊大，不但欺凌臣等，实目无陛下。龙曰：文东武西，虽古来定制，然太祖已行之，徐达业站东班首。道周曰：徐达乃开国元勳。汝敢与达比乎？龙曰：以今日较之，我从福建统兵恢复，直至燕都，功亦不在徐达下。楷曰：俟尔恢复至北京，那时首站未迟。遂互争殿上，隆武亦无奈何，各为慰解罢。自此文武不睦（东旭曰：余读摄政王之书，中华全力受制潢池；又南中诸君子，苟安旦夕，不审时机，聊慕虚名，顿忘实祸。阅崇祯血诏：朕非亡国之君，诸臣实亡国之臣！又：贼裂朕尸，勿伤百姓一人！则未死之臣独无耳目心思乎？应须猛省，志切匡君报国。若天命有在，人事不臧，然后如文相国也可。
乃尺寸未建，空慕虚名，共相推戴，既正大位，身为宰辅，当如萧相国筹饷关中，以佐军需；否则，如狄梁公汲引人才，以巩皇国。何计不及此？徒以区区班位，互讦廷陛，此愚之所不解也！然何楷、黄道周、蒋德璟、黄鸣俊、黄景昉、林欲楫、朱耀祚、陈洪昆、王忠孝、唐显悦、林兰友、沈佺期、郭贞一等，皆与芝龙梓里，当痛哭流涕，导以忠义，感以贞诚：今日之事，不但东班首位，且薄天子而不为也。抑鄙芝龙出身绿林，非资格正途，不屑教诲耶？即不屑教诲，不应比肩事主；既已比肩事主，宜效蔺相如朝而称病、遇而避舍，先国家而后私仇。顽石尚可点头，况于人乎？诸君子不顾其君以全国，徒重其礼以使气，互相讦激，一旦芝龙拂袖，不接粮饷，群然计绌；不得已，请师募兵，请从海道。且有甚者，急而散去，致隆武孑然一身，挈后而奔。噫！是谁之咎欤？诸君子有知，不但不敢再阅崇祯帝诏语，且亦不敢再读摄政王书也）。
九月，隆武听知于潜、富阳之捷，即仿淮阴故事，令人筑坛郊外，拜郑鸿逵为大元帅，率周鹤芝、张明振、杨济时、陈秀、郭曦、陈霸、郑升等领兵五万，诸葛倬等为监军，出仙霞关，往严、衢接应张国维、方国安等恢复浙东；郑彩为副元帅，率施天福、郑联、郑斌、张进、朱寿、刘全、江美鳌等领兵五万，以张家玉为监军，道出五福、杉关，连江抚杨廷麟，会楚抚何腾蛟合师。
同月，张国维、方国安等与贝世子对江相拒，屡战未分胜负。王之仁上书监国曰：事起日，人人有直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟。天下事何忍言？臣为今日计，惟有前死一策。愿以所隶沈船一战。今日死敌，犹战而死。明日即死，恐不能战也！鲁王览毕，计无所出，遂遣都督陈谦入闽，启称皇叔父，不称陛下。隆武不悦，下谦于狱。芝龙力救。监察御史陈邦芑密奏：谦为鲁王心腹，芝龙至交。今日若不除，恐为后患。隆武信之，夜半出片纸，斩谦于狱（弘光时，曾差陈谦为使，齎印敕到闽封芝龙南安伯，敕内误写安南伯。谦教龙留印换敕。谦回至浙，弘光已蒙尘。故龙与谦厚。谦系狱，芝龙力救不得。以为有虞必经门首，然后免冠请救；岂知夜半斩于狱中，有我未曾杀伯仁，伯仁实为我而死之句哭祭之）。
郑鸿逵引其子肇基陛见，隆武赐姓出。芝龙闻知，次日亦引其子森入见。隆武奇其状。问之，对答如流。隆武抚森背曰：恨朕无女妻卿！遂赐姓，兼赐名成功，欲令其父顾名思义也。封为御营中军都督，仪同驸马、宗人府宗正。自此中外咸称国姓。
十月，日本国王惧芝龙威权，认翁氏为女，妆奁甚盛，遣使送到安平，即成功生母也。
郑鸿逵、郑彩各提师逾关，未及百里，上疏请饷，逗遛不前。大学士黄道周、何楷因与芝龙争班位不睦。楷辞回，过乌龙江，被劫，截其耳而去。道周愤诸将不前，以其坐而待亡，不如身自出关。奏请以师相募兵江南，江南多臣门生故吏，必有肯效死力者。且可连杨廷麟、何腾蛟等，伺动静作进取计。隆武允请，朝饯启行（东旭曰：拚他七尺酬千恨，何必三年卧一楼）。道周率诸门人中书蔡春溶（有刻蔡绍谨者，误也）、赖继谨（有刻赖雍者，误也）、陈骏音、兵部主事赵士超、毛玉洁等，并子弟可千人。次芋源，作责躬诗一章：