噶玛兰营（嘉庆十七年新设）
都司一员（驻劄五围，管辖本营官兵，原设守备，道光五年守备移驻头围，增设都司）、守备一员（驻劄头围）、千总二员（内一员道光五年增设，递年轮防头围等汛）、把总二员（一员随防五围，一员驻防溪洲）、外委四员（内二员道光五年增设，递年轮防五围、梗北关等汛）、额外三员（随防五围、头围）、步战兵四百五十五名、守兵二百四十名，共兵六百九十五名（内三百名，道光五年增设，以三百六十名驻五围噶玛兰厅治，以三百四十五名分防头围、溪洲、梗北关、三貂各汛塘）。
台湾水师协副将一员（驻劄安平镇，统辖本标三营官兵）
台协中营
游击一员（副将中军，驻劄安平镇，管辖本营官兵）、守备一员（驻劄安平镇）、千总二员（一员随防安平镇，一员驻防鹿耳门口）、把总四员（二员随防安平镇，一员分防大港汛，一员分防蛟港汛）、外委五员（旧制六员，嘉庆十四年裁归艋舺营水师一员、额外三员、步战兵三百五十一名、守兵四百二十二名（内除舵工、炊粮十五名、乌龙江水兵一名），实共兵七百五十七名（以四百十七名驻防安平镇，以一百五十名分防鹿耳门汛，以五十名分防大港汛，以一百名分防蚊港汛，以四十名分防茄藤仔、喜树仔、崑身头、蛲港、南鲲身、青鲲身、北门屿、马沙沟各塘）、平字号战船十五只。
台协左营
游击一员（乾隆五十三年移驻鹿仔港）、守备一员（驻防笨港）、千总二员（一员分防王功大突港口，一员随防鹿仔港）、把总四员（递年轮防笨港、新店、鹿港等汛）、外委六员、额外二员（旧制三员，嘉庆十四年裁归艋舺营水师一员）、步战兵三百二十六名、守兵三百九十八名（内除舵工、炊粮十六名、乌龙江水兵一名），实共兵七百零七名（以三百零七名驻防鹿仔港，以一百名分防王功大突港口，以一百十五名分防笨港，以七十五名分防新店，以五十名分防三林港，以一十名分防水里港，以二十名分防海丰港，以三十名分防番仔挖、〈鱼逮〉仔挖、猴树各塘）、定字号战船十六只。
台协右营
都司一员（旧制游击，嘉庆十四年移驻艋舺营，将北路淡水营都司裁改台协右营都司，驻劄安平镇，管辖本营官兵）、守备一员（驻防安平镇）、千总二员（一员随防安平镇，一员驻防鹿耳门）、把总四员（内一员嘉庆十四年裁归艋舺营水师添防）、外委五员（旧制六员，嘉庆十四年裁归艋舺营水师一员）、额外三员、步战兵三百五十一名、守兵四百二十二名（内除舵工、炊粮十五名、乌龙水兵一名），实共兵七百五十七名（以四百二十七名驻防安平镇，以一百五十五名分防鹿耳门汛，以六十名分防打鼓山，以五十名分防东港汛，以六十名分防蛲港、赤嵌、万丹、岐後、大林埔、下淡水、西溪、加藤、大军麓各塘）、澄字号战船十五只。
澎湖水师协副将一员（驻劄澎湖妈宫，统辖本标二营官兵）
澎湖左营
游击一员（驻劄妈宫，副将中军，管本营官兵）、守备一员（驻防妈宫）、千总二员、把总四员（递年轮防妈宫、将军澳、大妈祖澳）、外委六员、额外三员、步战兵四百十九名、守兵五百名（内除舵工、炊粮十六名、水兵…名），实共兵九百零二名（以四百五十六名驻防妈宫，以一百名分防妈祖澳港口，以二十八各分防妈祖澳新城内，以二十八名分防挽门汛，以二十八名分防新城东港，以二十八名分防水垵汛，以三十名分防嵵里汛，以二十五名分防嵵里炮台，以六十名分防将军澳，以九十名分防文良港，以十名分防风柜炮台）、绥字号战〔船〕七只。
澎湖右营
游击一员（驻劄妈宫，管辖本营官兵）、守备一员（驻防妈宫）、千总二员、把总四员（递年轮防妈宫、北山、妈祖澳等汛）、外委七员、额外三员、步战兵四百一十九名、守兵五百名（内除舵水、炊粮十五名、水兵一名），实共兵九百零三名（以三百二十三名驻防妈宫西路，以一百名分防妈祖澳，以二十八名分防新城西炮台，以二十八名分防妈祖澳新城内，以一百名分防西屿内堑汛，以二十八名分防内堑炮台，以五十名分防外堑汛，以五十名分防外堑炮台，以三十名分防小门汛，以一百名分防北山汛，以一百名分防吉贝汛）、宁字号战船一十六只。
台湾府治（总兵官一员，中、左、右三营游击三员，守备三员，千总五员，把总十一员，外委十六员，额外八员，共兵二千五百一十八名，马兵一百二十名，城守营参将一员，左军把总一员，额外一员，兵八十五名，马二十匹，右军千总一员，兵一百七十一名，马二十匹。
岳帝庙堆（中营安兵五名）、府衙门堆（中营安兵五名）、十字街堆（左营安兵五名）、关帝庙堆（左营安兵五名）、枋桥头堆（右营安兵五名）、开仙宫堆（右营安兵五名）、涂墼埕塘（城守左军安兵五名），以上俱府城内。
南炮台塘（在府治小西门外，安兵五名）、盐水埔汛（在府治南十里，外委一员，安兵一十九名）、角带围塘（在府治东南十三里，安兵五名）、港冈塘（在府治东南十里，安兵六名）、埤仔头塘（在府治南十五里，安兵十名，嘉庆十年移雁门关塘置此）、大湖搪（在府治南二十里，安兵五十名）、半路竹塘（在府治南二十五里，安兵六名）、岗山汛（在府治东南三十里，驻防守备一员，千总一员，安兵一百四十五名，嘉庆十五年裁山头、山腰、山尾三塘，并入此汛）、罗汉门汛（在府治东六十里，驻防把总一员，外委……，安兵七十七名，嘉庆十五年裁康蓬……濑口、南至一塘并入此汛）、猴洞口汛（在府治东三十五里，外委一员，兵八十一名，嘉庆十五年裁……口汛、狗昆仑、磱碡坑，土地公岭各塘，并入此汛）、茂公汛（在府治东一十五里，外委一员，安兵二十八名），以上系城守营左军管辖。
北炮台塘（在府治小北门外，安兵五名）、柴头港塘（在府治北五里，安兵五名）、茑松塘（在府治北十里，安兵五名）、木栅塘（在府治北十里，安兵五名）、大穆降汛（在府治东北二十里，驻防外委一员，安兵四十四名，嘉庆十五年裁小桥、大湾、崁下三塘并入此汛）、旧社汛（在府治东二十五里，驻防外委一员，额外一员，安兵四十四名，嘉庆十五年裁拨佳里兴汛、北岸塘并入此汛）、湾里溪塘（在府治北三十里，安兵五名）、麻荳汛（在府治东北三十里，驻防外委一员，安兵三十名）、目加溜湾汛（在府治北二十五里，驻防把总一员，外委一员，安兵四十一名，嘉庆十五年裁拨水仔尾、乌山头、茇仔林三塘并入此汛）、水堀头塘（在府治北三十五里，安兵五名）、茅港尾塘（在府治北四十里，安兵五名）、铁线桥塘（在府治北五十里，安兵五名）、大武垄汛（在府治东北六十里，驻防把总一员，外委一员，安兵七十名，嘉庆十五年裁拨本县庄汛并入此汛）、急水溪塘（在府治北六十里，安兵五名）、下加冬汛（在府治北七十里，驻防守备一员，把总一员，安兵九十一名）、八奖溪塘（在府治北八十里，安兵五名）、北势埔塘（在府治北八十里，安兵五名）、大排竹汛（在府治东北八十里，驻防外委一员，安兵四十五名，嘉庆十五年裁拨三嵌汛、哆罗嘓塘并入此汛）。以上系城守右军管辖。
二滥塘（在府治南三十里，安兵五名）、竿蓁塘（在府治南四十里，外委一员，安兵十五名）、小店塘（在府治南五十里，安兵五名）、观音山塘（在府治南六十里，石井汛千总管辖巡防，安兵十名）、兰坡岭塘（在府治东南七十里，外委一员，安兵十名）、石井汛（在府治东南六十里，千总一员，把总一员、安兵一百二十名，分防观音……）、溪边塘（在府治东南七十五里，安兵五名）、苦苓门塘（在府治南七十里，安兵五名）、凤山城（在府治南八十里，参将一员，千总一员、把总一员、外委二员，额外四员、兵五百名，马三十匹）、打鹿潭塘（在府治南九十里，安兵五名）、坪仔头塘（在府治南九十里，外委一员，安兵十名）、攀桂桥汛（在府治东南八十里，把总一员，安兵五十一名）、旧城汛（在府治西南六十里，把总一员，安兵一百六十名）、蕃薯藔汛（在府治南六十五里，外委一员，安兵一十二名）、水底藔汛（在府治南一百六十里，驻防守备一员、千总一员，安兵一百五十名）。以上系南路营管辖。
阿猴塘（在府治东南一百里，离凤山县二十里，安兵十名）、山猪毛口汛（在府治东南一百一十里，离凤山县三十里，都司驻劄，把总一员、额外二员，安兵二百五十九名，马十匹）、阿里港汛（在府治东南八十里，外委一员，安兵六十名，兼武洛汛）、新园汛（在府治南一百里，千总一员，安兵一百名）、东港汛（在府治西南一百一十里，外委一员，安兵四十五名）、万丹汛（在府治东南一百里，把总一员，安兵五十名）、茄藤港塘（在府治南一百一十里，安兵五名）、放〈糸索〉塘（在府治南一百二十里，安兵五名）、大崑麓塘（在府治南一百三十里，安兵五名）、枋藔汛（在府治南一百四十里，外委一员，安兵三十名）。以上系下淡水营管辖。