玄科正本并注
开科偈
即虚涵实，即实返虚，实虚镕一，身世可医。
功法详后。
镕一真言
唵引
不计遍，以造清空一炁，无世无身声臭亦泯，乃为镕一焉。体其功用，乃在唵字，故其音韵绵长。盖括②字精义于唵字韵中耳。然按内典，是名净界，不名镕一也。
圣诰
天宝灵宝神宝，玉清上清太清，一炁流行，三清演化，含光默默，不言而运布四时，正色空空，无为而化生三境，大罗天上，金阙宫中，虚无自然，三清三境三宝天尊。
此即玉清神母诰，太乙所颁，元初乃出，世本称为三清总诰，其来旧矣。泥丸氏曰：士育此诰，忌杂知见，总以空洞无涯，声臭亦泯为宗。余体诰文，直写道体，圣非神母，不足当也；笔非太乙，不能述也。士修至道，当刻内持，世虽讹认，三清全义备焉，谓之总诰，亦无不可。
情词
伏以运值下元，惟一能更，我承宥密，摄世归心，崇仁崇顺，凡庶炁新，伏望宏慈，普垂照注。
天炁下施曰仁，地炁上承曰顺。一呼一吸间，两义互自循环者，初则存运，纯则自致，总以毋住毋所乃妙。
忏解真言
考诸内典，乃大明咒，自在菩萨之心音。人诚持诵，世感物化，身尸应顺，能发无上菩提念，故能消释业案。然按功法，精严之至也。泥丸氏曰：吕祖取用者。下元劫厄，皆由人造。造物因而运行尔，业案不消，世运难亨也。
唵引吆呢钵纳铭吽（音吼）
功法，还自观空始，须观造身心两忘，世身乃一。自得现有粟如，游行于中，而色黑如漆者，乃是下元身世，黑乃习染所致。法于现时，神忆真言，而须造至持若勿持，乃有声入心通之应。切戒起有思议，斯便致得无音之音，响彻十方，不识声音自何来。乃自学造诚极，得于不持持中者，乃犹魂梦持诵之验也。学既造此，方有世感而物化，身应而炁凝焉。吕祖医科圣功如此。夫岂喉舌持诵者，所得造至哉。然而道不离世，致造入圣，端自喉舌起也。学者不可不悟焉。
云篆
按此云篆，太乙有言，名曰玄蕴。盖言先天真炁之所凝，神母之心华，篆篆蕴有天地山川。三教经义者，其体可究，其用不可穷也。尔时果老会之，为着玄蕴真言以授世。世故假作开经偈，乌知专贴云篆而说哉。其体可究，元命是也，故可假以医世运。凡从持运，功行两全，世身并利。盖此篆蕴道体，体既至真，其用自神，第非私智可测。故谓用不可穷，玄蕴偈释，非虚语也。
有八十四篆。神母布之，皇人摹之，谌母订之，旌阳集之，果老阐之，纯阳用之，泥丸袭之，一炳承之。我师泥丸氏曰：太素云篆，散布太虚，一时之胜因，皇人天真，见而摹之藏诸天府，授诸世真。譬犹一斛牟尼，散盛（音成）人世，并无句读（音豆），亦无音韵可稽，旌阳集得而慨曰：散寿无方，寿难圆寿。兼之篆体离奇，摹仿真非易也，谌母因而感降，为授音韵，使人可读。旌阳领之，从而翻译成楷，随更集而成文，始有大洞玉经之名。然犹未辑入藏者，延至刘宋，乌程陆静修，奉诏辑入。余按世用，盖有用
，而统将译楷，逐字分砌钩中，均有玄义存焉者。吕祖医科，独取玩包，稽谓元始玉法为尔，乃即篆集经文南无珏法句义也。我师又曰：物物有自而生者。云篆之生，生自金书。金书之现，现在王倪。王倪惟何，元命是也。学如假究，是为穷源。知而谨运，化化生生，不违道体。要知道本太虚，体本至无。此义一明，虚无二字，又为王倪所自出也矣。此之谓澈，学者凛体毋忽。以下十二篆，吕祖所续，然其玄义，可度而测者。
普应真言
娑诃
按出内典，而用法随心。故尔佛法斗法，统取用之。谨按尔法，⑿⒀
之下亦即直接娑诃。而于娑诃之上，亦皆注曰二合。第按西法，合音葛者。故其念法，唵韵隐于喉鼻间，其韵长而幽。开口念之，乃始合诀，其下⑿韵短而缩，⒀
韵放而洪。再下两字，娑音速，诃音霍，义盖用以降（音杭）伏诸魔，故名一字顶轮王真言。此咒声出，四十里内，诸魔器械，尽自震落。我宗宗斗，斗法合音喝者，义则重（平声）言以申之。故有一合二合，以至八合九合者。吕祖用从斗，故名普应真言，意在普感普应焉尔。泥丸又曰：持运已毕，总应礼诰而退。至如次数，学戒贪多。即日持八篆，亦不为少。总以神完无漏为主，而功法惟以升得冲和，降得清明为真验焉。
回向誓偈
二氏科本或经或忏，均有回向文言。盖以所持所运精义，回存个中，令守勿失。是即释兹在兹也。
愿承宥密，摄世入微，假虚涵静，假静还虚，虚极静笃，三无合化，互相医运，征验新奇（音几），刻斯时斯，毋间须臾，志心完神，愿达希夷。
愿，乃医世宏愿。承者，踵而承行是也。宥乃安义，密乃不见不闻，鬼神莫测是也。假，借也，即此明彼，对治功法乃尔。摄乃收摄，世兼身世而言。征乃几征，元性性源是也。虚指心，静指身。涵乃涵养，还乃还元，极乃极处，笃乃笃实。三元，天元地元人无也。机乃真机，先天真一之炁机。互乃交互，征乃征信，验乃应验。奇音几，不贰之义。刻乃片刻，时乃暂时，间乃间断。视之不见曰希，听之不闻曰夷。念毕三叩，起诣圣前，肃礼三礼而退。
右科乃正本，而所持惟八，可谓简易之至。准而行之，捷应如响者，为能致虚致寂而致诚耳。学鲜克成，乃在不恒。学用体注，功法并行也。
神人李蓬头法言一则
何为混化，继何加以混忘乎。曰混化之义，犹以晶瓶，承照日下也。其入手，乃由假始。假法惟何。存此身世，等同晶若也。诚而行之，切戒期效，毋住见闻。法惟混化此身世，于虚寂之中⒁。在汝入手，须先明澈其义，方不堕入幻妄，何可草草。体会明澈，乃可行焉。我为言之，其义惟何。有形之实，不是真实。可见之虚，不是真虚。故尔古哲有言，真实之虚，金玉得之故坚。真实之实，虚空得之故溥。我今更以两造言之，苍苍之天，乃合地炁结成者，然而不可不谓天也。块然之地，乃承天炁结成者，然而不可不谓之地也。学由是义，以行混照，念自无得而着，心自得而不贰焉。如是体行，实虚必自熔一，功到熔一，已造化境，以无分别，故名曰浑。而必继以浑忘者，并此存浑体用而悉释之，乃得深造自然地位耳。学造自然，永无流弊，古哲所谓百尺竿头更进一层是也。