读此，可以知道他奔走国难所经历的艰苦何如了。明统既绝，他才绝意国事，奉母乡居，从事着述。其后设“证人讲会”于浙东，从游者日众。“证人”者，以蕺山所着书名其会也。康熙十七年，诏征博学鸿儒，许多人要荐他，他的门生陈锡嘏说：“是将使先生为叠山九灵之杀身也！”乃止。未几，开明史馆，清廷必欲罗致他，下诏督抚以礼敦聘，他力辞不往。乃由督抚就他家中将他的着述关于史事者抄送馆中。又聘他的儿子百家、他的门生万斯同入馆备顾问。他晚年在他父亲墓旁自营生圹，中置石床，不用棺椁。子弟疑之，他作《葬制或问》一篇，援赵邠卿、陈希夷例，戒身后无得违命。他所以如此者，据全谢山说是“身遭国变，期于速朽”,但或者是他关于人生问题一种特别见解，也未可知。总之我们佩服梨洲，不仅在他的学问，而实在他的人格。学者若要稍为详细的知道，请读全谢山的《梨洲先生神道碑铭》。《鲒埼亭集》卷十一梨洲的父亲被逮入狱时，告诉他一句话“学者最要紧是通知史事，可读《献征录》”。所以梨洲自少时即致力史学。他家里藏书本甚多，同乡钮氏世学楼、祁氏澹生堂、范氏天一阁的书，都到处借抄借读，所以他记诵极博，各门学问都有所探索。他少年便从刘蕺山受学，终身奉为依归，所以清初王学，不能不认他为嫡派。全谢山总论梨洲学术曰：
“公谓：明人讲学，袭语录之糟粕，不以六经为根底，束书而从事于游谈。故受业者必先穷经。经术所以经世，方不为迂儒之学。故兼令读史。又谓：读书不多，无以证斯理之变化，多而不求于心，则为俗学。故凡受公之教者，不堕讲学之流弊。公以濂洛之统，综会诸家，横渠之礼教，康节之数学，东莱之文献，艮斋、止斋之经制，水心之文章，莫不旁推交通，连珠合璧。自来儒林所未有也。”陈悔庐汝咸说：
“梨洲黄子之教人，颇泛滥诸家，然其意在乎博学详说以集其成。而其归穷于蕺山慎独之旨，乍听之似驳，而实未尝不醇。”全谢山《大理陈公神道碑铭》
这两段话对于梨洲学风，说得最为明白。谢山虽极其崇拜梨洲，然亦不阿其所好。他说：
“先生之不免余议者则有二：其一，则党人之习气未尽，盖少年即入社会，门户之见，深入而不可猝去。其二，则文人之习气未尽，不免以正谊明道之余技，犹留连于枝叶。”《鲒埼亭集？答问南雷学术帖子》
这段话把梨洲的短处，也说得公平。总之梨洲纯是一位过渡人物，他有清代学者的精神，却不脱明代学者的面目。
梨洲之学，自然是以阳明为根底。但他对于阳明所谓“致良知”有一种新解释，他说：
阳明说致良知于事事物物。致字即是行字，以救空空穷理，只在“知”上讨个分晓之非。乃后之学者，测度想象，求见本体，只在知识上立家当，以为良知。则阳明何不仍穷理格物之训，而必欲自为一说耶？《明儒学案》卷十《姚江学案》
像他这样解释致良知——说致字即是行字，很有点像近世实验哲学的学风。你想认识路，只要往前行过，便自了然；关着门冥想路程，总是枉用功夫。所以他于对本体的测度想象，都认为无益。梨洲的见解如此，所以他一生无日不做事，无日不读书，独于静坐参悟一类工夫，绝不提倡。他这种解释，是否适合阳明本意，另为一问题，总之和王门所传有点不同了。所以我说梨洲不是王学的革命家，也不是王学的承继人，他是王学的修正者。
梨洲有一部怪书，名曰《明夷待访录》。（注一：梨洲极自负他的《明夷待访录》。顾亭林亦极重之。亭林与梨洲书云：“读《待访录》，知百王之敝可以复振”,其折服可谓至矣。今本篇目如下：原君、原臣、原法、置相、学校、取士上、取士下、建都、方镇、田制一、田制二、兵制一、兵制二、兵制三、财计一、财计二。凡二十篇。惟据全谢山跋云：“原本不止于此，以多嫌讳不尽出。”然者书尚非足本，很可惜。此书乾隆间入禁书类。光绪间我们一班朋友曾私印许多送人，作为宣传民主主义的工具。〇章太炎不喜欢梨洲，说这部书是向满洲上条陈，这是看错了。《待访录》成于康熙元、二年。当时遗老以顺治方殂，光复有日，梨洲正欲为代清而兴者说法耳。他送万季野北行诗，戒其勿上河汾太平之策，岂有自己想向清廷讨生活之理？）这部书是他的政治理想。从今日青年眼光看去，虽象平平无奇，但三百年前——卢骚《民约论》出世前之数十年，有这等议论，不能不算人类文化之一高贵产品。其开卷第一篇《原君》，从社会起源说起，先论君主之职务，次说道：
……后之为人君者不然。以为天下利害之权，皆出于我，我以天下之利尽归于己，天下之害尽归于人，亦无不可。使天下人，不敢自私，不敢自利，以我之大私为天下之大公，始而惭焉，久而安焉，视天下为莫大之产业，传诸子孙，受享无穷。此无他，古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也，是以其未得之也，屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业，曾不惨然，曰：我固为子孙创业也。其既得之也，敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐，视为当然，曰：此我产业之花息也。然则为天下之大害者，君而已矣。而小儒规规焉以君臣之义无所逃于天地之间，至桀、纣之暴，犹以为汤、武不当诛之。岂天下之大，于兆民万姓之中，独私其一人姓乎！……其《原法》篇云：
……后之人主，既得天下，唯恐其祚命之不长也，子孙之不能保有也，思患于未然以为之法。然则其所谓法者，一家之法，而非天下之法也。法愈密，而天下之乱即生于法之中，所谓非法之法也。夫非法之法，前王不胜其利欲之私以创之，后王或不胜其利欲之私以坏之。坏之者固足以害天下，其创之者亦未始非害天下者也。论者谓有治人无治法，吾以谓有治法而后有治人。其《学校》篇说：
……必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备。天子之所是未必是，天子之所非未必非。天子亦遂不敢自为非是，而公其非是于学校。像这类话，的确含有民主主义的精神，虽然很幼稚，对于三千年专制政治思想为极大胆的反抗。在三十年前，我们当学生时代，实为刺激青年最有力之兴奋剂。我自己的政治运动，可以说是受这部书的影响最早而最深。此外书中各篇，如《田制》《兵制》《财计》等，虽多半对当时立论，但亦有许多警拔之说。如主张迁都南京，主张变通推广“卫所屯田”之法，使民能耕而皆有田可耕；主张废止金银货币，此类议论，虽在今日或将来，依然有相当的价值。
梨洲学问影响后来最大者，在他的史学。现行的《明史》，大半是万季野稿本；而季野之史学，实传自梨洲。梨洲替季野作《历代史表序》，其末段云：
嗟乎！元之亡也，危素趋报恩寺，将入井中，僧大梓云：“国史非公莫知，公死是死国之史也。”素是以不死，后修《元史》，不闻素有一辞之赞。及明之亡，朝之任史事者众矣，顾独藉一草野之万季野以留之，不亦可慨也夫！《南雷文约》卷四前明遗献，大率皆惓惓于国史。梨洲这段话，足见其感慨之深。他虽不应明史馆之聘，然馆员都是他的后学，每有疑难问题，都咨询他取决。《历志》则求他审正后才算定稿，《地理志》则大半采用他所着《今水经》原文，其余史料经他鉴别的甚多。全作《神道碑铭》，缕举多条他关于史学的着述，有重修《宋史》，未成书；有《明史案》二百四十卷，已佚；有《行朝录》八种：一、《隆武纪年》，二、《赣州失事记》，三、《绍武争立纪》，四、《鲁纪年》，五、《舟山兴废》，六、《日本乞师纪》，七、《四明山寨纪》，八、《永历纪年》。其余如《赐姓本末》（记郑成功事）、《海外恸哭记》《思旧录》等，今尚存，都是南明极重要史料。而其在学术上千古不磨的功绩，尤在两部学案。