癸巳，遥祭诸陵。
戊戌，三法司以王之明狱上，再命严究往来踪迹。先是，太子之至也，都人皆喜谓王未有子，且以为嗣；至是，人情汹惧，指马士英、王铎共谋戕害太子。得功再疏保留。乃命养之狱中，勿遂加刑。封郑芝龙为南安伯。命黄斌卿以原官挂征蛮将军印，镇守广西；方国安挂镇南将军印充总兵官，驻防池口。刘良佐上疏，并言太子、童妃二事，谓上直为群臣所欺；王命法司先将二案审明情节宣布中外，以释群疑。然而流言日甚，称士英等朋奸导王灭绝伦理。
己亥，徙祟王居福州。上懿安皇后谥曰孝哀慈靖、恭惠温贞、偕天协圣晢皇后，更上皇考谥曰孝皇帝。命黄得功移镇庐州与刘良佐合力防御。
壬寅，思宗忌辰，王于宫中举哀；百官于太平门外设坛遥祭，以东宫、二王祔祭。
癸卯，高成自杭州解至（梦箕子也），命三法司覆审王之明等。命毁黄得功疏，以绝奸谋。
甲辰，封妃戚黄九鼎雒中伯。左良玉以李自成兵至潜江口，遣使告急。加朱大典为兵部尚书兼右副都御史，巡抚应天、安徽等处。
乙巳，大清兵从河南下，总兵王之纲走宿州。是日，取归德府；巡按御史凌駉及其子润生死之。
丙午，罢安庆巡抚。
丁未，许罪废诸臣输银复官。
戊申，左良玉举兵，以奉太子密旨诛奸臣马士英为名，黄澍主其谋；焚武昌东下。
已酉，赠故兴平伯高杰太子太保，荫一子锦衣卫百户。以钱继登为佥都御史，总理两淮盐法，兼督江防军务。罢巡盐御史。大清兵取颍州、太和。加李本深太子太保左都督，提督兴平标下兵马。
夏四月癸丑朔，命史可法驰扼徐、泗。
丙辰，左良玉兵陷九江府；寻死，其子梦庚自称留后。命阮大铖、刘孔昭率师出御。
丁巳，追恤三案诸臣刘廷元等二十人，并复原官，仍各荫赠有差。左梦庚兵陷建德。戊午，陷彭泽。乙未，陷东流。京师戒严，以公侯分守长安等门及都城十三门。征靖南、广昌、东平三镇兵入卫，命可法至江北调度。命阮大铖会同朱大典、黄得功堵剿。
庚申，戮光时亨、周钟、武愫于市，周镳、雷演祚赐自尽；其余从贼诸臣拟死罪者戍边、流罪以下为民。
辛酉，左兵前哨及采石，黄得功驻兵荻港扼之。大清兵自归德分道一趋亳州、一趋砀山，徐州总兵李成栋奔扬州。
壬戌，封常澄为襄王，命居汀州。是日，都督黄斌卿等与左兵战于铜陵之灰河，败之。明日复战，沉其船三十艘。命劳诸将银币。
乙丑，左梦庚陷安庆。大清兵取泗州；丙寅，渡淮。史可法退保扬州，刘良佐提兵入卫。
丁卯，选淑女于元辉殿。潞王在杭州上书，请僻静一郡；戊辰，命驻湖州，赐敕奖谕。且命移周、鲁二王于江西、广东。
庚午，王永吉总督防河兼巡抚凤、庐、淮三府，钱继登兼抚扬州。左兵至池州。诏暴良玉罪状。京口总兵郑鸿逵破乱兵于江中；奏闻，命黄得功移家太平。
辛未，大清兵围扬州，七日城破；丁丑，督师太傅、兵部尚书建极殿大学士史可法死之。扬州知府任民育、江都知县周志畏等不屈死，总兵官刘肇基等逆战死，原任兵部侍郎张伯鲸、都督兵部右侍郎卫胤文、监纪主事何刚先后俱殉难。城遂屠。
戊寅，追封于谦为临安伯。
五月壬午朔，进封黄得功为靖国公世袭，诸将各升荫有差；遣司礼监太监王肇基赍银币往劳。以李彬为佥都御史，巡抚河南。
癸未，移惠王于嘉兴。得功击左梦庚于坂子矶，败之。
丁亥，封郑鸿逵靖卤伯。分苏松、常镇为二巡抚。以杨文骢为佥都御史巡抚常镇二府，兼辖扬州沿海等处军务。
己丑夜，大清兵乘雾自七里江渡。
庚寅，援师悉溃；杨文骢走苏州，郑鸿逵以水师奔福建。
辛卯，我兵入镇江府；王出奔太平，刘孔昭斩关遁。
壬辰，马士英奉太后出奔，由广德至杭州。京城溃，乱兵拥立王之明。是日薄暮，王至太平，居察院公署；如得功营，旋御舟如芜湖。以扬州府同知李继晟为佥都御史，巡抚安庆。命阮大铖、朱大典兼东阁大学士督师。
甲午，总督京营忻城伯赵之龙、魏国公徐用爵、内阁大学士王铎、礼部尚书钱谦益具表迎降。
乙未，大清兵自丹阳趋句容；夜，前队至郊坛门。丙申，营于城北；之龙、谦益等尽率诸勋戚文武出降。刑部尚书高倬、礼部主事黄端伯、户部郎中刘成治、主事吴佳胤、中书舍人龚廷祥、钦天监博士陈于阶皆死之。吏部尚书张捷、右副都御史杨维垣走之不脱，亦就死。监生吴可箕、武举黄金玺、布衣陈士达俱殉之。
丁酉，刘良佐以所部至上新河降。
戊戌，大清兵奉豫亲王进守皇城。
癸卯，刘良佐引兵追王，左柱国太师靖国公黄得功死之。丙午，其将田雄、张杰等执王至南京。
秋九月甲寅，王北去。闽中唐王立，遥上尊号曰圣安皇帝。
明年五月，王殂，潞王等亦见杀。粤中永明王立，上谥曰安宗简皇帝。
“佚史”曰：按李清“南渡录”云：“上燕居深宫，徘徊诧叹，每谓诸臣“无肯为我用”。素少读书，章奏未能亲裁；故内阉、外臣相倚为奸，卒归过于上。如端门捕虾蟆，此宫人旧例；而加以秽言，且谓娈童季女死者接踵，以致内外腾谤。及国亡，宫人逸出，始得其真也。惟一为士英所挟，太阿旁落，乱政亟行，以沦胥于亡。盖仁厚有余，刚明不足。论者谓士英听大铖奸谋，欲以“三朝要典”大兴党人之狱，累请不允；亦可想见其为人矣”。
“勘本”曰：李映碧之言，亦为其臣者卫其君耳。呜呼！王之考福恭王之死也，闯贼沥其血入酒杂鹿肉咽之，名曰“福禄酒”；较献贼借襄王头为尤惨矣。奈何南都立国，声色是耽，不共之雠置诸弗议？以北来太子为假，以故妃童氏为妖，疑案重重，五伦俱绝；忠言格格，一事无成。亦无惑乎后之人以赧王为伪也。
大兵南下，警报沓闻。王于除夕怃然不怡，亟传部院诸臣进见。众谓兵败地蹙上烦圣虑，各各顿首谢罪。王良久不答。既而曰：“吁！此非朕所及也。今之所急在后宫寥落，欲广选良家女充掖庭，且新春南部无新声耳。卿等盍早计诸”！或对曰：“臣等以陛下忧兵警、念先帝，故不俟驾而来，乃作此等想邪”！群起拂袖出。兴宁宫告成，命翰林官拟上楹帖俱不称旨，已闻王铎一联大获奖赏。或进内殿观之云：“万事不如杯在手，一年几见月当头”；旁注“东阁大学士臣王铎奉敕书”。钱东涧诗：“一年天子小朝廷”，其兆已见于斯；而赧王中心之藏亦可概矣。“金陵剩事”言：是秋有内竖奉旨采合媚药，需雀脑蟾酥；市中一夕踊贵，甚至乞儿手捉一虫一介亦贴黄书“上用”，而人不可犯。噫！如此作为，读史督辅三疏则不胜抱玉投珠之泣已。隐哉！
伪太子之狱，士英欲并倾姜、黄，令严究主使附逆者。寻有内员上密疏，王手示之；士英翻覆指驳。御史陈以瑞奏愚民观听易惑，将谓诸臣有意倾先帝血胤，请勿加刑。时李沾以左都御史会审午门，喝令上拶；乃号呼皇天上帝，声彻内廷。旧东宫伴读邱致中趋至，抱持大恸。夜有题诗皇城者曰：“海上扶苏原未死，狱中病已又奚猜”！一时中外沸腾。黄靖南具奏：“东宫之来，何人定为奸伪？先帝子即陛下子，岂有不明不白付之刑狱者”！左宁南疏：“吴三桂于东宫实有明验，朝廷诸臣但知逢君，罔顾大体。前者逆贼尚锡王封，何至一家视同仇敌。明知穷究必无别情，必欲展转诛求，使陛下忘屋乌之德、臣下绝委裘之义。亲亲而仁民，惟陛下省之”！湖督何腾蛟言：“马士英何以独知其伪？既云王昺侄孙，何以无一人确认，而泛云自供？高梦箕两疏何以不抄发？事关天下万世是非，可不慎邪”！江督袁继咸言：“太子气体非外间儿童所能假。王昺固系巨族，而高阳未闻屠害，岂无父兄群从，何至只身流转到南？望勿信及偏辞，使一人免向隅之泣，则宇宙享荡平之福矣”。案北都之变，太监栗从周、王之俊以太子、二王献于贼；贼系之军中，尝使侍宴，愤泣几凌于死，贼复幽诸刘宗敏家。后乃遯而之南。吴三桂谓凿凿有据，今无可考矣。
伪妃之狱，士英亦言“苟非至情所关，谁敢拚死与陛下为敌体”？刘良佐言：“南案未协舆论，恳求曲全两朝彝伦，毋贻天下后世口实”！考童氏为赧王继妃，生子已六岁矣。南渡后，王迎邹太妃而不召妃，妃乃自陈于官。巡按陈潜夫以闻，王勿报。刘良佐会同抚臣越其杰假仪卫送至京；王不悦，诃之为妖妇，即命付锦衣卫监候。妃从狱中自书入宫年月及乱离情事甚晰，王又弗顾。已而命严刑拷讯，血肉狼籍，人不忍看。妃初则徒跣诅骂，既则直声呼号，宛转于地下者不三日而死。夫史职所以传信也，不信不足以言史。两案若太子之伪，证之狱词、质之公论，虽百世亦未能创断；若童妃之冤，则彰彰可信者也。后之人因妃之死而更议赧王为不道、为伪托矣。佚史氏颇信王之为伪。甬上全氏题“戾园疑迹”云：“见诸“所知录”、“林太常茧庵集”中证伪尤详”。吴兴杨氏跋语曰：“半壁荒朝，传闻滋谬。又有率臆凭胸者以好恶为增损事迹，真赝相参，是非混淆莫辨。其伪之甚者，为先帝，为太子，为永王、定王、齐王、福王之父恭王，为太后，为故妃，为皇姑、潞王之弟郡公，而犹有异论谓福王亦伪。堂堂留都，以史大司马之定策，且名贤林立其闻，而使卜者王郎辈践天子位邪”？今案当时致伪之说，其故有二：盖以马、阮济奸，将尽杀东林、复社诸君子。向后诸君子追憾其事，造词洿蔑；并恨王之任奸不悟也，乃奋而断之曰：“此马瑶草诡谋迎立，本非明室宗支也”。其说一也。次则童氏为糟糠故配，亦曾患难相依，有何大过，而必欲置诸死地。且弃其母并弃其子，妃则榜掠宛转以死；已而六岁孩提杳无下落，曾无一语及之焉。有自己骨血而忍残至此？始于太妃之至，有括取金钱充赏之举，极邀其欢。殆恐故妃入宫识破机关，因而必不与面，急灭其口也。其说二也。是皆甚疾之之词。而伪益言伪、疑更传疑，亦王之所以自致之尔。
杨氏言：“士英挟奔之太后为伪，固也。然据浙中之迎请、后从潞藩北去而跃入水中者，岂又伪之所能为邪”？附此以俟博考。