二月，巡抚张学圣会提督马得功袭厦门，明文渊阁大学士吏部尚书曾樱死之。
成功兵南下，舟次平海卫；学圣、得功乘虚来袭厦门。时鸿逵弃揭阳回师未至，芝鹏不能守；得功先遣数十骑渡五通登岸，兵民望见皆溃。时曾樱在城中，或邀之遁；樱曰：‘此一块清净土，正吾死所，岂复泛海求活耶’！遂自缢；时二月三十日也。门人阮旻锡、陈泰等冒险出其尸，乡绅王忠孝殓之，殡于金门。奏闻永历行在，追赠光禄大夫上柱国太师，谥文忠，赐祭葬；荫一子中书舍人、一子锦衣卫，世袭。
夏、四月，成功回师厦门，承制杀郑芝鹏。
先时，马得功既入岛，张学圣及兴泉道黄澍于三月初一日至；见厦门孤悬海外，汪洋万顷，愕然曰：‘此绝地也！若有缓急，援兵岂能渡哉’！即先引回。不数日，鸿逵至，截港围攻。得功欲退，不得渡，窘甚；乃谓鸿逵曰：‘公等家口皆在安平，脱得功不出，恐不利公家’！鸿逵患之，且不虞（疑有脱字）。成功旋师，得功渡海已三日矣；成功大悔恨，按芝鹏以失守罪罪之，奉尚方剑斩以徇；诸将股栗，兵势复振，凡六万余人。鸿逵退泊白沙，筑寨居之。
明左先锋施琅来降。
琅，晋江人也。事成功，年最少，知兵善战；自楼橹、旗帜、阵伍之法，皆琅启之。前在南澳，兵付苏茂代将，意回必复任；成功不与，遂请为僧。成功令再募兵，许授前锋镇。偶有亲丁曾德逃于成功营，琅擒治之，成功驰令勿杀，琅竟杀之；成功大怒，捕琅并逮其家口。琅乘间逸去，密渡安平，依郑芝豹；成功收其父大宣及其弟援剿左镇施显，杀之。
五月，成功入南溪。
成功自回厦门，申严纪律，军声大振。率众入漳之南溪，漳镇王邦俊率兵迎战，败绩；又败于漳浦，降者数百人，漳州戒严。
冬、十一月，提督杨名高及郑成功战于小盈岭，名高败走。
名高自福州率步骑援漳，成功迎战于小盈岭；名高大败，仅以身免。成功乘势攻漳浦，守将陈尧策以城降。
壬辰、九年（明永历六年）春、正月，成功攻海澄；守将郝文兴以城降。
成功引兵向海澄。是日，潮乍涨，舟达城垣，守将郝文兴降；成功以举人黄维璟、冯澄世先后知县事。
三月，总督陈锦及郑成功战于江东桥，大败；成功乘势拔长泰，漳州属邑俱下。
成功遣中提督甘辉攻长泰，遇副将王进于北溪。二人俱雄健着名，久念一决雌雄；乃奋戈传矢，两马相当。自已至午，纵横跌荡，观者竦踊。既而两家兵至，乃解。王进入长泰，甘辉日夜攻城，弗克。会总督陈锦来援，成功选精锐迎战于江东桥北。陈锦狃先年同安之捷，颇轻敌，全军皆没；奔回泉州。成功乘势攻长泰，拔之；王进独以数十骑遁入漳州城，属邑俱下。
夏、四月，成功攻漳州。
成功引兵围漳城。五月，浙镇马逢知（原名进宝）率兵来援，纵其入城；引兵出战，连败之，遂婴城固守不出。成功累攻不下，乃壅（原文为拥）镇门之水灌之，堤坏不浸；复列栅围之。城中食尽，人相食，枕藉死者七十余万人。
秋、七月，库成栋杀其主总督陈锦归成功，诛之。
陈锦军于凤尾山，惭江东之败，号令峻刻；为其仆库成栋所刺，持首归成功。成功叹曰：‘仆隶之人而叛其主，是大逆也；大逆何以劝后’！命斩以徇。成栋疾呼曰：‘陈锦暴戾不仁，众心已离；宽我一死，必有望风续至者：八闽可不劳而定也’。众咸为之请；成功曰：‘得八闽者，一时之私利也；诛叛逆者，万世之公义也。吾终不忍以一时之私利废万世之公义焉’！命斩之。
冬、十月，固山金砺及成功战于古县，败之，解漳州围；成功退守海澄。
漳州久围，中外隔绝，固山金砺来援。时成功久顿坚城，师老粮匮，退屯古县；迎战累败，收兵退保海澄。
明主在安隆。
是时，明主封李定国为西宁王；定南王孔有德、敬谨王尼堪皆为所败（有德败于桂林，尼堪败于衡州）。
癸巳、十年（明永历七年）春、正月，成功遣定西侯张名振率水师攻复浙直州县。
夏、五月，固山金砺攻海澄，成功亲督兵迎击；金砺退。
金砺既解漳围，悉满、汉精锐之兵进攻海澄。城坏百余丈，成功立雉堞防御；张盖而坐，与诸将饮于敌楼。砺兵望见，矢炮雨集；成功益语治军，指挥自若。方易位而坐，而原坐为炮击碎；成功呼曰：‘天佑孤臣，诸将无虞矣’！于是众各奋气力十倍。〔砺〕兵临城，蜂拥而上；有厮养卒郑仁举斧以砍，众从之，登者悉坠，积尸填河。甘辉复率兵击之，擒斩无遗；金砺宵遁。是役也，成功论功行赏，以忠孝伯印授甘辉，辉不敢受；召郑仁，拜都督。乃更筑短城，而海澄之守益固。
明主遣兵部主事万年英赍敕晋漳国公成功延平王；成功表辞。
成功既败固山金砺，遣监纪池士绅以蜡表奏明主行在，并叙破提督杨名高及歼总督陈锦之功。明主即命晋封成功为延平王，成功表辞；甘辉、黄廷等及各镇皆有封爵。
秋、九月，成功率师南下，剿鸥汀贝；寻引还。
时郝尚久守潮，被兵求援；成功先遣陈六御率兵救之，尚久狐疑不敢纳。及潮州破，自焚死。寻破鸥汀贝而还。初，鸥汀贝恃其土城险固，聚众剽掠，海上商船多被擒截，抽肠刳腹，惨酷非常。至是，成功攻破之，屠其城，丁壮无遗。
甲午、十一年（明永历八年）春、二月，遣官议抚，以海澄公印封成功；成功弗受。
初，芝龙在京密令李德回劝成功就抚，阳许之；帝遂封芝龙同安侯、芝豹左都督，遣郑、贾二官赍诏及海澄公印敕授成功，且授封鸿逵为奉化伯。成功不受。十一月，再遣内院学士叶成格、理藩院阿山及芝龙少子郑度赍敕至，许以泉、漳、惠、潮四府安插兵众；成功坚执不从。李德泣曰：‘将军不听，恐太师祸且不测’！
成功戚然久之；谓曰：‘非不知清朝待我厚，但我受明室厚恩，义不可屈’。因泣；挥之去。叶、阿二官回奏，帝大怒；置芝龙于高墙、戍芝豹宁古塔。
冬、十一月，成功起兵。
成功遣辅明侯林察、闽安侯周瑞督水师，戎旗镇王秀奇、左先锋苏茂督陆师，率官兵战舰百余艘南下勤王。差效用官林璇奉表诣明主行在，并持书会西宁王李定国。
十二月，郑成功陷漳州。
时十一月晦，成功自厦门入海澄。夜严部署，四鼓直抵漳州；入其城，兵不血刃。于是，守将卜世用、魏标等及知县周琼、知府房星璨皆降；十县皆下。泉州属邑，望风而溃；独泉帅（原文为师）韩尚亮守泉州，不下。
乙未、十二年（明永历九年）春、二月，明招讨大将军延平王成功承制设六官。
初，成功以明主行在遥隔，军前所委文武职衔一时不及奏闻，明主许其便宜委用：武职许至一品，文衔许设六部主事。成功复疏请，以六部主事衔卑，难以弹压；明主乃赐诏，许其军前所设六部主事秩比行在侍郎、都事秩比郎中、都吏秩比员外。于是设六官：以潘赓钟（壬午举人）为吏官、洪旭为户官、陈宝钥（丙戌举人）为礼官、张光启为兵官、程璠为刑官、冯澄世（丙戌举人）为工官；设协理各一员、左右都事各二员。以常寿宁为察言司，邓会、张一彬为正副审理。
又设储贤馆、育胄馆。
以前所试洪初辟、杨芳、吕鼎、林复明、阮旻锡等充之。先是，明主开科粤西，诸生愿赴科举者，成功给花红、路费遣之。岛上衣冠济济，犹有升平气象。又以死事诸将及侯伯子弟柯平、林维荣充育胄馆。
明郑成功改中左所为思明州。
中左所，即厦门城。至是，改称思明州；以薛联桂（原文为柱）、郑会先后知州事。
郑成功奉明鲁王居金门。
时监国鲁王及宁靖王诸宗室避难至厦门，成功皆礼赡优给，奉之居金门。
又给避难诸缙绅卢若腾、王忠孝、辜朝荐、徐孚远等银币。
时缙绅避难入岛者众，成功皆优给之；岁有常额，待以客礼，军国大事辄咨之，皆称为老先生而不名。若卢、王、辜、徐及沈佺期、郭贞一、纪许国诸公，尤所尊敬者。
郑成功诛饷镇黄恺。
成功自起兵以来，军律严明，禁止淫掠；犯者立斩。破城之日，诸军虽争取财物，遇妇人在房内，则却退不敢入，远近称快。以饷馈不足，命黄恺为饷镇，供给军需。恺克剥不堪，怨声载道；成功怒，收斩之。
夏、五月，明总督水陆兵马林察、周瑞、王秀奇、苏茂等无功引还；成功怒，贬责有差。