戊戌、永历十二年举兵向浙江（即顺治十五年）。
议欲大举直取南京。诸将曰：‘南京地远城坚，非数十万人不可；不如就近攻取为得计也’。国姓曰：‘入据长江，则江南半壁皆吾囊中物矣’。以中提督甘辉、后提督万礼、武卫林胜、统余新、虎卫左镇陈魁水陆甲士五万（号十万）、战船千余北行；入浙江，攻陷乐清等县。将进长江，次羊山，暴风覆舟，没数千余人；退泊舟山，整顿舟楫，以图后事。诸将劝回岛，不从。
己亥、永历十三年
己亥、永历十三年册封延平王（即顺治十六年）。
永历在粤西，年年问遗，修表不绝。至是，遣周金汤齎印册从广东龙门航海至思明，封延平王；诸将升擢有差。时举兵江南；及回，仍称招讨大将军，不受王爵。六月，破瓜州、下镇江。
瓜州沿边设兵置炮。六月，南风盛发，鼓桌而进，遂破瓜州；柯宸枢子柯平时在军前监纪，以为瓜州同知。瓜州既破，清管提督、朱操江统兵迎战。两军未及交，周全斌率所部先登陷阵；诸军继之，清兵大溃。擒朱操江，纵之北去；管提督遁回镇江，不守。国姓以全斌违令先动，将杀之；诸将力请，乃免。全斌带伤守镇江。
秋、七月，围南京，不克而还。
瓜州已破，进围金陵。江、浙郡县望风愿附，江北遥有献款者，京师震动。江南周围百余里孤军深入，又狃于江上捷，可谓垂手得也。未几，余新一军为梁化凤所破；诸军奔溃赴舟，溺者不可胜数；甘辉、余新被获，甘辉不屈死之。出长江，（攻）崇明，不克而还。化凤，西安人，时为崇明副将；是役有功，升江西提督。辛亥病死，标兵鼓噪围其家，索取扣克之银至十余万。
庚子、永历十四年
庚子、永历十四年夏、五月，大败清将达素于海门（即清顺治十七年）。
清遣达素为将军，大船出漳州、小船出同安，会粤中许龙、苏利舟师，水陆并举。乃遣右虎卫陈鹏督诸军守高崎，以遏同安；郑泰率所部舟师出浯屿，御粤舟；自率周全斌、黄廷等次海门。初十黎明，漳船顺风乘流逼海门；五府陈尧策传令诸将按舟勿动，俟其齐，出击之。呼吸间，漳船已至，诸船奉令不敢发；闽安侯周瑞先为漳船击破，与陈尧策皆死焉。继攻陈辉船；举火药烧之，满兵跃起，且战且却。近午，风发潮涌，亲率巨舰冲之；郑泰复自浯屿引舟合击，北兵大败，横尸浮海。时有满兵二百余见风势不利，弃舟登鸟（圭？）屿（屿距厦门数步）死力拒战；遣北将马信招降，夜溺死之。是日，同安满兵驾小舟趋高崎，陈鹏约降，敕所部勿动；北兵传有内应，未及近岸，弃舟争前。鹏部将陈蟒谓曰：‘事急矣，岂可坐而待毙’！乃与殿兵镇陈章合兵出击；北兵皆指言鹏降，争赴之；比至，战遂不支，蹈海死者十有七、八。收陈鹏，凌迟处死；以陈蟒代之。粤舟后二日方至，知漳州、同安兵败而回。自是，对垒阅月；空岛北徇，清兵竟不敢渡。达素回至福州，自尽死。
辛丑、永历十五年
辛丑、永历十五年春、三月，收台湾（即顺治十八年）。
初，红夷欲城浯屿，依粤澳例互市，以巨舰入犯。泊台湾，筑二城：曰赤崁、曰王城；余皆土番。立法甚严，咸奉约束，三十余年无敢犯者。至是，顺治新丧、未暇连兵，遂决意取之。先，亦有人献策也；诸将谓夹板多、炮火难近，鹿耳门水浅难入；献策者引红夷译何斌进曰：‘台湾沃野千里，通外洋、横绝大海，足与中国抗衡。土番受红夷威凌，每欲反噬；天威临之，譬如豺狼逐群羊也。得其地足以广国，取其财足以饷兵；进战退守，无逾于此’。且陈可取状甚悉；从之。三月，率舟前行；次澎湖，下令曰：‘惟吾鹢首是东’。至鹿耳门，则水涨丈余，大小舟衔尾而渡，红夷惊为自天而下。引兵登岸，先取赤崁；红夷弃城奔王城，死力拒守。复烧其夹板，尽歼之。围至十二月，食尽，红毛出降；生存者仅五百余人，纵其归国。
铜山守将郭义、蔡禄归清；忠匡伯张进死之。
忠匡伯张进原镇铜山；以郭义、蔡禄协守。畏往台湾，遂率师降清，挟张进同行。进不从，曰：‘吾守土者，死而已’！密置火药署中，欲侯二镇来，并焚之；二镇遣人促行，遂举火，阖家自焚。进在铜山，威惠甚着，人咸惜之。原知思明州薛联桂同降清，授江西粮道。
冬、十月，清杀平国公。
公在京屡以书谕抚，不则，必见诛戮；国姓回书云：‘设有不幸，儿当缟素复仇，以结忠孝之局而已’！顺治在日，犹不加害；及康熙嗣位，执政者与公不协，遂促杀之；以十月初三日死于燕京之菜（柴）市，子孙在京者皆与焉。
清迁沿海居民于内地。
闽海历年用兵，损兵折将，倾帑协饷；苏纳海议曰：‘厦门、金门，弹丸两岛，得延今日，实恃沿海一带交通接济。今将山东、江、浙、闽、广滨海人民一尽迁入内地，立边界、设防守、严稽查，片板不许下海，粒货不许越疆，则海上食尽，鸟兽散矣’。从之；分遣满员督迁。四省数千里生聚，一旦流离，古未有也。
壬寅、永历十六年
壬寅、永历十六年春、正月，平台湾为东都（即康熙元年）。
红夷既平，改台湾为东都；王城号安平镇，赤崁为天兴府。以郑省英为府尹（省英，芝莞长子也）。及清迁界，叹曰：‘举数省鱼盐之区千里尽委而弃之，岂得计哉？吾养兵蓄锐，天下事未可知也’！于是辟草莱、兴屯聚、严法令，稍犯者虽亲信不免；有谏用法宜稍宽者，国姓曰：‘子产治郑、孔明治蜀，皆以严从事。立国之始，不加一番整顿，则流弊不可胜言矣’。严敕诸将移眷。时地方初辟，人不服水土，多死者；又惮法严，皆迁延不行。
三月，遣周全斌击忠勇侯陈豹于南澳。
豹原姓吕，为石井陈氏养子，因冒姓陈。先隶芝虎麾下；追刘香，芝虎没于海，豹复为平国公部将。有勇力，身才甚短，人号“三尺陈”。镇守南澳十余年，迹通海运；许龙、苏利畏之如虎。但不学无术，性专恣，人多忌之。至是，讹语日起，乃命周全斌回思明率黄昌等舟师攻之。豹仓卒不能自明，又不敢御敌，举家引师入粤投诚；清封为慕化伯。盖为谣言所误，逃死而去，原无异志也。未几，病盲。养子陈士鳌家资之在船者归全斌；后同全斌投诚，豹遣人索家资，不应，遂以病死。
夏、四月，诸将谋拒命。
自入台湾，果于用法。忽有户官郑泰监杀元子之令；泰骇愕，又恐获罪。时参军蔡鸣雷亦惧罪自台湾回，声言将尽诛诸将；诸将皆大惧，又畏往台湾。于是会议拒命，以元子子也，不可拒父；诸将臣也，不可拒君；郑泰为兄行，谓兄可以拒弟也。克期举事。值周全斌平南澳回，素与诸将不协；恐其为变，诱执之。
五月，国姓招讨大将军殂于台湾。
五月朔，国姓感风寒；文武官入谒，尚坐胡床，诸将不知其病。数日，遂殂；年三十九，时永历十六年五月初八日，即康熙元年也。国姓初起时，无兵、无将，又无现粮，徒以忠义自誓，众遂日附。治军严整，临阵身先士卒，明赏罚；北将来归，推心置腹，故乐效死力。遥传永历遇害，有劝改年号者；叹曰：‘皇上西狩，安危尚无实据，何忍改年’；终身尊奉永历年号。威行东南，以两岛抗天下，从古未有也。
六月，元子嗣位思明州。
元子，号称“嗣世子”；发丧，嗣位思明。
清遣使至思明。
清靖南王耿继茂、总督李率泰遣旗鼓王明、赏功李有功至思明；郑泰与洪旭、黄廷、蔡鸣雷议曰：‘先王在日东征，犹有权宜通好之意。今沿海迁移，惨至此极；纵不为他省计，独不念桑梓乎’？众议韪之于世子；世子曰：‘先王开国东都，草创未半，遽尔崩殂，余将奉承遗绪；诸君苟能息兵安民，无堕先王一生孤忠苦节为善’。泰等议早照鲜例复李、耿，使疏请之；乃遣杨来嘉同入京侍命。不报；驿杨来嘉回。后来嘉归清，擢为襄阳镇。
清遣官安辑投诚。
清以连年用兵糜饷，乃严迁界，复议解散。江、浙、闽、广各设满、汉兵户部一员，专安辑，尽招诱之术；多张大其事，真伪莫辨，上下相蒙。武职率众投诚者，照原衔议叙；只身投诚者，降四级；文官亦降四级，优叙者降二级，考试字义补授。又有武改文之例：都督、副将改副使、佥事，参、游改同知。于是海上文武多往投诚，而幸功名者藉此为捷径。或目不识丁，谬膺监司、府厅县佐；力无缚鸡者，滥受副、参、游、守；名器狼藉，不可胜数。
冬、十月，世子入台湾。
初，平国公子六人：长国姓，次曰恩、三曰度、四曰荫、五曰袭、六曰脉（恩为颜夫人所生）；咸死于京，惟袭在家，令眷入台湾，以其生事安置之（？）。五月，诸将奉袭为护理，遂谋即位；引黄昭、萧拱宸为心腹，结姻谋自立。世子出周全斌为五军，以陈永华为谘议参军、冯锡范为侍卫。十月，率师渡海而东。至台湾，黄昭会诸将出兵，皆阳受命；值大雾昼冥，跬步不可视，诸将皆迷茫失道逾期，独黄昭先至，破营而入。世子所部多新募，未谙战，少却；会周全斌率左右数十人战，黄昭中流矢死。忽雾消天朗，日向午矣。其众惊乱曰：‘吾君之子也’。解甲投戈。世子慰谕之，遂入安平镇。遣人请郑袭至，待之如初；袭委罪于其仆蔡云，云自缢。收杀季应清、曹从龙、萧拱宸等，余皆不问；曰：‘令反侧子自安’。