桓玄筑别苑于冶城，移冶城寺僧出居太后寺，广起楼榭，飞阁复道，延属于宫城。
三年正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。玄以其祖彝以上名位不显，不复迫尊立庙。秘书监卞承之谓徐广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣！”
玄自即位，常不安。二月己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之惧，曰：“奴辈作矣！”
刘裕从徐、兖二州刺史桓修入庙。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有知鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可者；俟关河平定，然后别议之耳。”
二月乙卯，建威将军刘裕帅沛国刘毅、东海何忌起义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口、青州刺史桓弘于广陵，裕以刘穆之为主簿。丁巳，义师济江，刘裕率二州之众千七百人，军于竹里。
三月戊午朔，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落桥。玄使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中后将军卞范之屯覆舟山西。己耒，裕军食毕，进至覆舟山东。玄潜使殷仲文具舟于石头，帅亲信数千人出南掖门，西趋石头，与仲文等浮江南走。
玄遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏服裕。裕与刘毅等分为数队进突谦阵，裕以身先之，将士皆殊死战。时东北风急，因纵火焚之，烟炎熛天，谦等诸军大溃。庚午，刘裕置留台备百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事，假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉及子绥、司州刺史温详。丁卯，刘裕还镇东府。丙戌，密诏以幽逼于玄，万几虚旷，令武陵王遵依旧典称制，总万几，加侍中、大将军，惟桓一族不宥。
刘敬宣、司马休之自南燕南走至淮泗间，闻桓玄败，遂来归。
四月，武陵王入居东宫，内外毕敬，迁除百官称制书，教称令书。桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣等共击破之。
七月戊申，永安皇后何氏崩。
八月癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
九月，刁骋谋反，伏诛。刁氐素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之。
十月，刘裕自领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。
三月甲午，帝至自江陵。乙未，百官诣阙待罪，诏慰曰：“此非诸卿之过。”庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，诏曰：“朕以寡昧，遭家不造。逆臣桓玄，乘衅从慝，穷凶肆虐，滔天泯夏。诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨斯飧。若坠渊谷，未足斯譬。皇祚有晋，固纵英辅，镇军将军，青、徐二州刺史裕忠诚天发，神武命世。义声一唱，二溟波卷，英风振路，宸居清翳。冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈迭挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱，而宗庸命德，圣哲攸先。镇军可进位侍中、车骑将军、录尚书。毅进位左将军，无忌进位右将军，会稽内史道规辅国将军、荆州刺史。”戊戌，刘裕、何无忌等抗表逊位，不许，加裕都督中外诸军事。
四月戊辰，刘裕旋镇京口，帝饯于东堂，改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州并前十六州诸军事，兖州刺史，解青州。
五月癸未，诏禁绢扇及樗蒲。
桓玄余党桓亮、苻弘等拥寇乱郡县者以十数，刘毅、刘道规、檀祗等分兵讨灭之，荆、湘、江、豫皆平。诏以毅为都督淮南等五郡军事，豫州刺史。（按：五郡内历阳有乌江县为今苏境。）北青州刺史刘该反，引魏为援，清河、阳平二郡太守孙全聚众应之，六月，魏豫州刺史索斛真、大将斛斯兰寇徐州，围彭城。刘裕遣其弟彭城内史道怜、东海太守孟龙符将兵救之，斩该及全，魏兵败走。
二年三月，刘裕加督交、广二州。
十月，论匡复功，进封刘裕豫章公，邑万户，绢三万匹；刘毅南平郡公，五千户；何无忌安成公，刘道规华容公，檀凭之曲江公，各三千户；孟昶临汝公，刘藩安陆公，诸葛长民新淦公，魏咏之江陵公，各二千五百户。自余封赏各有差。乙亥，以孔安国为尚书左仆射。
十一月，申前命，镇军将军裕加侍中，进车骑、开府仪同三司，裕固让。裕入朝。
三年闰月，以府将骆冰作乱，诣阙固让；见听旋京口。诛东阳太守殷仲文及桓胤、卞承之等。己丑，大赦，除酒禁。
十二月，司徒、扬州刺史王谧卒。
四年正月甲辰，以琅邪王德文为司徒。刘毅等不欲刘裕入辅政，议以中领军谢混为扬州刺史，或欲令裕于丹徒领扬州，以内事付孟昶。遣尚书右丞皮沈以二议咨裕，刘穆之密疏白裕曰：“皮沈之言不可从。”裕呼穆之问之。穆之曰：“晋朝失政已久，天命已移。公兴复皇祚，勋高位重，岂得居谦，遂为守藩之将。刘，孟诸公，与公俱起布衣，共立大义，以取富贵，事有先后，故一时相推，力敌势均，终相吞噬。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出权道；今若复他授，便应受制于人。一失权柄，无由可得，将来之危，难可熟念。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，措辞又难，惟应云：‘神州治本，宰辅崇要，此事既大，非可悬论，便应入朝，共尽同异。’公至京邑，彼必不敢越公，更授余人。”裕从之。朝廷乃征裕为车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。裕表解兖州，以诸葛长民为青州刺史，镇丹徒，刘道怜为并州刺史，戍石头。庚辰，武陵敬王遵卒。
四月，尚书左仆射孔安国卒。甲午，以吏部尚书孟昶代之。
九月，镇军将军扬州刺史裕以刘敬宣征谯纵失利，降号中军将军，开府如故。
五年正月辛卯，大赦。庚戌，以刘毅为卫将军、开府仪同三司。
二月，南燕寇淮北，其将慕容兴宗等拔宿预，大掠而去。又遣公孙归等寇济南，俘男女千余人而去。自彭城以南，民皆保聚以自固，诏并州刺史刘道怜镇淮阴以备之。
三月，刘裕抗表伐南燕，朝议皆以为不可，惟左仆射盂昶、车骑司马谢裕、参军臧熹以为必克，劝裕行。裕以昶监中军府事。或荐王镇恶于刘裕，裕与语，说之，因留宿；明旦，谓参佐曰：“吾闻将门有将，信然。”即以为中军参军。
四月己巳，刘裕发建康，帅舟师自淮入泗。
五月，至下邳，留船舰、辎重，步进至琅邪，所过皆筑城，留兵守之。或谓裕曰：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不惟无功，且不能自归。”裕曰：“吾虑之熟矣，鲜卑贪婪，不知远计，不过进据临朐。退守广固，必不能守险清野。”南燕主超闻有晋师，引群臣会议。桂林王镇出谓韩曰：“主上既不能逆战却敌，又不肯徙民清野，延敌入腹，坐待攻围，酷似刘璋矣。”超怒，收镇下狱。乃摄莒、梁父二戍，修城隍，简士马以待之。刘裕过大岘，燕兵不出，以手指天，喜形于色。曰：“兵已过险，士有必死之志，余粮栖亩，人无匮乏之忧，虏已入吾掌中。”
六月己巳，刘裕至东莞。超先遣征虏将军公孙五楼、辅国将军贺赖庐及左将军段晖等将步骑五万屯临朐，闻晋兵入岘，自将步骑四万往就之，使五楼帅骑进据巨蔑水。前锋孟龙符与战，破之，五楼退走。裕以车四千乘为左右翼，方轨徐进，与燕兵战于临朐南。日向昃胜负犹未决。参军胡藩言于裕曰：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵间道取其城，此韩信所以破赵。”裕遣藩及咨议参军檀韶、建威将军向弥潜师出燕兵之后，攻临朐，声言轻兵自海道至矣。向弥擐甲先登，遂克之。超大惊，单骑就段晖于城南。裕因纵兵奋击，燕众大败，斩段晖等大将十余人，超遁还广固，获其玉玺、辇及豹尾。裕乘胜逐北至广固。丙子，克其大城，超收众入保小城。裕筑长围守之。于是因齐地粮储，悉停江淮漕运。