九月乙卯，上在扬州，遣都督宋彬祭旗纛之神于蕃厘观。戊午，上自扬州北还。庚申，上至宝应，复渔于范光湖。镇守太监丘得，索进贡物不得，以铁索系知府蒋瑶，窘辱备至，数日乃得释。辛酉，上驻跸淮安，都御史丛兰、总兵官顾仕隆等进贺功金牌，花红采帐。上戎服簪花，鼓骑入城，过山阳县学入焉，视廊庑肖像，移时复入教官舍，取《资治通鉴》等书以出。先是，有司治故尚书金濂第，以俟临幸，是夜止濂第。癸亥，重阳节，上在淮安，左右竞进菊花，旗牌官遂缘此责取于民，城中大扰。丙寅，上至清江浦，复幸太监张阳第。逾三日，上自泛小舟，渔于积水池。舟覆溺焉，左右大恐，争入水掖之而出，自是不豫，遂返北京。
十一月己巳，南京三法司会审罪囚，坐死者三人，情可矜疑，谪戍者八人，其一妇人杖而释之。壬申，升刑部左侍郎金献民为南京刑部尚书；都察院右都御史丛兰为南京工部尚书。升贵州布政司左布政使赵文奎为应天府府尹。癸酉，升南京太仆寺卿毛珪为南京都察院右副都御史，提督操江。
十六年正月乙卯，以旱灾免淮、徐等州县粮草有差。己巳，升吏部左侍郎廖纪为南京吏部尚书。
五月戊午，以都察院右佥都御史许廷光提督漕运。先是，提督漕运都御史兼巡抚凤阳等府。是年春，部议淮、扬诸郡，岁饥多盗，漕运往往稽误，京储告乏，非一官所能兼理，宜择人分职，仍久任以责成效。乃改原督漕运都御史臧凤巡抚凤阳等府，而命廷光代之。癸酉，革苏、松等府并通州漕运参将。以南京后军都督府署都督佥事杨宏充总兵官，提督漕运，镇守淮安地方。
六月丙戌，工部都水司郎中杨最言：“宝应县范光湖西南高，东北下，往来粮运等船，入湖行三十余里，始出东北堤岸，去湖面仅三尺许。每雨潦风怠，辄至冲决，不惟粮运阻碍，兼盐城、兴化、通、泰等州县良田悉遭淹没。请如昔年刑部侍郎白昂修筑高邮康济河例，专敕大臣一员，加修内河，仍将旧堤增石积土，以为外堤，一劳永逸，可保百年无患，是为上策。其次，莫如照湖埨密次桩栅数层，以为备塘，砥障风波，而旧堤重加修葺，亦可支持数年。若但如年例修补漏缺，苟冀无事，一遇淫潦骤发，即无所措其手足，策之下也。”疏上。下工部议复，用其次策。
癸巳，南京户科给事中陈江上言：“南京除孝陵、江淮、济川等宿卫外，余卫各有快船二十只或十七八只，每船轮编看守军甲、余丁十四五名。其初打造，官给银百两有奇，本船军甲、余丁仍出银如官给之数，方克完造。及至起运装载，内官差占繁多，往来不息。水工舵手俱系军甲、余丁，雇募供给为费甚巨。其船大约三年即坏，仍责军甲、余丁修理，计所费又如初造之数，修理三次，方许更替。故虽殷实军丁，无不破产逃亡者，以致册籍空虚，营伍困瘁。乞敕南京兵、工二部议，其初造，须官给全价，比其修理，估定价值，官给其二，军丁佐其一，庶苦役调停，逃亡可免。”又言：“南京长安，东、西安，北安等门内官、内使克减上直军人饭米，私役卖放，每日守卫不及一二十名。禁卫严重，岂宜疏纵若此。乞严行禁革。”诏下所司议闻。乙酉，淮、扬诸郡俱旱，自正月不雨。
七月庚申，南京户部言：“龙江盐仓二岁所积余盐，青色者四十九万五千六百七十余斤，足支南京百官俸银十之二，宜令如例兼支，以省京储，其白色者九千六百三十余斤，请留给太常。”户部复奏。从之。南京给事中陈江上言三事：“一、恤解户。言南京甲字等库及各监、局内官科索百端，浮费与正额等，民不胜苦，宜严加禁革；一、恤民隐。言仪真以北，张家湾以南，诸濒河地方，疲困已极，复被水灾，宜加优恤，令民无出今年租；一、通商贾。言通州张家湾密切京畿，当商贾之辏，而皇亲贵戚之家，列肆其间，尽笼天下货物，令商贾无所牟利。宜亟禁治，使商民乐业。”疏下户部，复言：“濒河诸郡，诏书已减半税，不得悉竭，致亏国计。恤解户，通商贾，俱如御史言。”上是之。乃禁皇亲贵戚家，不得列肆夺民产，仍敕御史察不法者以闻。
庚午，巡抚风阳副都御史臧凤言：“淮、扬二府水灾，民困甚，请以本色马匹改折色，量减其价，如初例。俟丰年而后复之。”兵部言：“先岁马多，寄养于民，故马价贱。顷以南征数征发，马少价贵，民率以四十金致一马。而征折色止二十金，最为便民。且本折中半出，旧制未可猝改，请如抚臣言，今岁未征马匹，暂改折色，其迁延误事及侵冒者，太仆按有司罪状以闻。”报可。丁丑，南京户科给事中易瓒，请以仪真见积皇盐及南京诸逆犯田宅已籍入者，官为鬻卖，以给南京官军俸粮。许之。
八月癸巳，巡抚江西右副都御史王守仁升南京兵部尚书。甲辰，命总理粮储、巡抚应天兼修水利、工部尚书李充嗣兼都察院左副都御史，仍旧任。赐之敕。复添设工部郎中二员，协理水利。丙午，总理粮储、工部尚书李充嗣言：“苏州、松江、常州、嘉兴、湖州五府，正德间，内府新添小火者五千三十一名，岁用食粮各府增派共二万四千一百八十四石余，解进供用库，及节年所派南京酒醋局等衙门复不下数千，通计加耗共一十三万七千余石。岁比不登，小民重困，乞敕该部查免。”户部题复，从之。
戊申，升原任陕西布政使司右参政孟春为应天府府尹。
九月辛酉，南京工科给事中王纪言：“南京甲字等库，额设季夫服役。自成化间修葺九库，因借京邑居民以助工作，工竣而夫役不释，遂令岁纳工价一千余两。内外花园，旧有食粮人匠树艺其中，偶以输运花木，亦借民为之，遂占留八十名，每岁纳工价五百余两。各处守御屯军有余丁者，虽无屯田耕种，亦令照丁输税。自此军民胥病，不能聊生，幸一切查革。”户部复奏。上曰：“库夫人匠，如旧例留用，借拨人夫发回本县，勿复更差。诸额外无由之税，悉蠲之。”庚午，南京刑部主事黄伟疏言：“南京内外守备官，为留守旧都设，其一切庶狱不得兼理。今新江口防守之备，漫不为意，顾逾越职守，滥受讼词。请申明旧制饬戒。”从之。癸酉，南京府军左等一十四卫屯田，为水冲塌，守臣谓除其粮，于南京锦衣卫新增土田每亩加增银一厘，以补其数。户部议上。从之。
十一月戊午，总督漕运兼巡抚凤阳等处都御史陶琰奏：“淮、徐连岁灾伤，乞蠲免田租。并请两淮运司余盐银及淮、扬二钞关船料银十五万两给赈。”户部议：“盐银供边难借，从其船料。”议上，以淮、徐要地，许船料之外，仍发太仓银三万两赈之。