三月戊戌，时江北徐、沛等州、县，河徙不常，岁比告歉，总督漕运都御史高友玑，请浚山东之贾鲁湖，河南之鸳鸯口，令水势分泄，不得偏害一方。”工部复议：“今发卒浚河，未必能分河势，而物力工费，所损已不赀矣。藉令工成河徙，而从山东、河南，则山东、河南之民，又可保其不复为徐、沛乎？万一河流横逆，运道梗阻，则为害愈甚。为今之计，莫如捐治河之费，似恤被水之民，轻徭省赋，而徐、沛安矣，何必以邻省为壑哉？”上从部议。壬子，先是，巡抚应天都御史吴廷举建议：“高淳县原养马二百三十一匹，其后又领蒙城县马三百一十九匹。今宁国府独南陵县养马，宣城等县俱无之。而高淳荡田之利，宣城五县多侵之。宜以高淳县续领马改派宣城等五县，以苏民围。”已奉旨允行。至是，五县豪民何隆等聚众二万余人大噪。知府及宦恐，白巡抚都御史陈凤梧、巡按御史杨鏊，移檄省谕始散。事闻，下抚、按官会议，其改派马匹，仍会南京太仆寺审处，务令便民。于是，议以五县荡田尽还之高淳，高淳马匹亦不得复累五县。其驿传、杂差则令五县朋出，稍分高淳之困。兵部复如其言，因请按隆等劫胁官吏之罪。上是之。
四月癸亥，以南京都察院右都御史聂贤为南京刑部尚书。乙亥，先是，南京有盗，窃天地坛铜盘、漆器百余件。太常寺卿边贡以闻。上曰：“郊坛重器，亡失数多，典守官不得辞责，该署官吏，南京法司逮问。内外守备官严缉前盗，务在必获。”
五月壬寅，改巡抚山东、都察院右佥都御史张九叙为南京都察院右佥都御史，提督操江。
六月壬子，巡按直隶御史刘隅言：“南京沿江洲田，多为豪强占种，概输芦课于南京工部。宜令核实，果新生洲滩，仍输芦课，若地可艺五谷者，户部计亩起科，以广国储。”得旨：“令户、工二部各差官往视，果堪播种，方为起科，毋虚增以病民。”甲子，升南京刑部右侍部李承勋为本部尚书。丁卯，工部管河郎中陈毓贤言：“扬州宝应县范光湖，为粮运必由之路。湖面甚广，水势弥漫，仅以三尺之堤障之。一旦积雨水发，则横奔冲决，不惟阻粮运，而湖堤以东田土，俱成巨浸，此江北第一患也。臣以为障水固所当先，泄水亦不可缓。请于湖堤以东，修筑月河，以分水势。如以工费浩繁，财力有限，则请自淮安而下，自宝应至高邮，建平水闸数处，以泄其流，亦中策也。”得旨：“令治河都御史章拯、总督漕运都御史高友玑会议相度，果开筑月河有益，即定计为之，毋惜小费。”乙亥，应天府尹王爌奏：“本府灾伤，所欠内府及南京各仓税粮俱无征。乞尽赐蠲免。”下户部复议。上曰：“应天根本重地，灾伤重大，内府及各仓粮其尽除之，以示朕悯念小民之意。”戊寅，徐、沛河水溢，坏丰县城。
八月戊午，以水灾免南京应天府夏税有差。
九月戊子，凤阳巡抚都御史高友玑、巡按御史刘隅各奏徐州并丰、沛二县，水患异常。户部复议。诏免征兑军粮米三万石，淮、扬二府半令折银并将嘉靖四年赈剩各项钱粮及明年淮、扬钞关料银，俱准查出存留，以备赈济。上从之。仍令户、工二部议疏浚事宜以闻。乙未，以水灾免徐州丰县马价。己酉，先是，总理粮储、巡抚应天右都御史陈凤梧以苏松诸郡地滨大湖，水利兴废，关系尤重。疏乞仍添设工部官管理。部议谓：“先设郎中专管水利，近以民困停止，工役议罢。已备行浙江管屯佥事兼管，而巡抚总其大纲。宜仍咨都御史陈凤梧，督同佥事蔡乾并通判、判官、主簿、分属管理，庶有专责，官无滥设。”上曰：“佥事专管水利，若果得人，尽心干理，何必添设。巡抚宜督率各官，勤修厥职。蔡乾若才力未能办此，更调别用。”
十月壬子，以旱灾，诏兔征应天、镇江、常州、苏州、松江等府税粮。辛酉，以灾伤，诏免镇江等府丹徒等县带征逋税。甲子，以灾伤，诏免淮、扬二府税粮，停征应解物料，及留淮南盐价四万接济。
十一月戊子，以灾伤免仪真卫及泰州、盐城二所屯粮有差。
十二月丙子，先是，礼部尚书吴一鹏上言：“清河以北，兖州以南，水势弥茫，田庐淹没。请访求涡河湮塞等处，或浚故道，以通其流，或开支河，以分其势。”巡按御史穆相言：“兖南徐北，去东海不远。于此相逐地势，开一渠河，立以坝闸，设以守官，遇水发，分流以杀其势；水小，锁闸以截其流，庶几水有所归，不为民患。且启闭有时，亦不伤运河也。”时，大学士费宏等亦言：“黄河之为祸久矣，禹治洪水，以河为先。汉宋以来，皆专设行河之使，讲求治河之策。我朝河势南趋，自入河南汴梁以东，分为三支。由亳、颍等州地方涡河等处，或出宿迁小河口，或从怀远县至泗州出淮河。其势既分，故虽有冲决之害，亦不甚大。正德之末，闻涡河等河，日就淤浅。黄河大股南趋之势，既无所杀乃从兰阳、考城、曹、濮地方，奔赴沛县之飞云桥、徐州之溜沟等处，悉入运河，泛滥弥漫，茫无畔岸。自徐州至清河一望皆水，耕种失业，递年租税，无从办纳。官民船只，通无牵挽之路，前数年河溢之患也。近来沙河至沛县，浮沙涌塞，随浚随涌，官民船楫，乃从昭阳湖取道往来。况昭阳湖积水不多，春夏之交，湖面浅涸，则运道必至阻塞。京师岁收四百万之粮，何由可达，官军数百万之众，何所仰给，此则可忧之甚者也。为今之计，必须涡河等河如旧通流，分杀河势，然后运道不至泛溢，徐沛之民，乃得免于漂没。若不速为计划，将来河复北决，意外之虑，又有不可言者。”巡按直隶监察御史戴金亦言：“黄河入淮之道有三：一自中牟至荆山合长淮之水，曰涡河。一自开封府至葛冈小坝、丁家道口、马牧集鸳鸯口至徐州，出小浮桥，曰汴河。
一自小坝，经归德城南饮马池，至文家集，经夏邑，至宿迁，曰白河。弘治间黄河变迁，涡河、白河二道，上源年久湮塞，而徐州独受其害。若自小坝至宿迁小河一带，并贾鲁河、鸳鸯口、文家集壅塞之处，逐一挑浚，使之流通，则趋淮之水不止一道，而徐州水患可以少杀矣。”巡按直隶监察御史刘栾言：“曹县梁靖口南岸，原有贾鲁河，南至武家口一十三里，黄沙淤平，必须开浚。武家口下至马牧集鸳鸯口一百一十七里，即小黄河原通徐州故道，水尚不涸，须略疏浚，此系河南归德州地方，俱与徐州相连。乞行议处，兴工挑浚。时，提督漕运总兵官杨宏亦言：徐州上流，若归德州小坝河、丁家道口河、亳州涡河、宿迁小河等处，俱有黄河分流支派故道，宜于此开浚，或有捷路可辟，亦从其便，庶可分杀水势也。漕运都御史高友玑、河道都御史章拯亦屡以为言。俱下工部议复。言：“运河国计所关，开封、大名地方，多有黄河故道，不塞则害运河，此正今日急务。所以黄陵冈、金隆口一带筑浚之工，岁无虚日。所幸地居上流，河向东行，顺河筑堤，堪以保障，是以运道无虞。今徐与丰、沛，正是民患，又居下流，若一例施工，恐穷各郡之力，不能当全河之势。必欲修治，则惟塞支流之口，筑堤障水以护田庐、保城郭，以通漕运牵路。宜行各官勘议被淹之处，有无支流决口，可以筑塞。堪否筑堤障水，俾入正河，免致涝溢，及运船经行河岸，被水淹没，应否增筑高阔，以便牵挽。一一勘议，会奏施行。至于浚贾鲁之故道，开涡河之上源，则工大难成，未可轻举。”又言：“沛县一带，闸河筑浚之工，诚不容缓。宜令各官，逐一相度黄河水势向背，闸河地势高下，讲求疏浚之法。”诏如所议。又以章拯事权未重，命开工部右侍郎兼都察院右佥都御史。令其督同山东、河南、淮、扬抚按官，亲诣地方，逐一相度，将戴金、杨宏所奏事宜，斟酌应筑应浚，选委司府勤能官员，鸠工完事，以济漕运。
六年正月乙未，以灾免南京锦衣卫等四十二卫屯田子粒有差。