二年正月庚申，应天府府尹王震致仕，以南京科，道交论其不职也。辛未，南京守备、魏国公徐鹏举等奉旨会议应天府匠役人夫事条例以上：“一、南京司礼监神帛堂匠役，洪武时，定额四百户，后太监安宁奏增四十户，俱免杂差，奸民利之，夤绎窜籍其中，至一千一百十四户。顷奉明诏，以正德时投充者，革去百八十九名。而该监仍复护留，请查旧例，复四百四十户之数，余尽革之；一、南京内府九库，洪武时，额编库夫五十七名。宣德、成化间，有修理之役，暂借人夫百五十一名。工竣仅以二十三名发回两县，而占留百二十八名。南京里，外花园，原额匠九十名，而后复借占八十名。南京内官监，原额军民匠三千九百余名，天顺间复借占百五十五名，俱非制，宜尽革；一、各监、局人匠有逃故者，宜行原籍勾补，户绝者宜除。今使上元、江宁两县赔偿不便；一、南京鲥鱼厂，岁取里长二十名，索银二十两。正德时，复倍取其数。起运内臣索茶果银百二十两，水夫银二百两，及鲜船将发，又取夫四千三百有奇，民不堪命，宜有以禁之。”兵部复议。得旨，俱遵旧例行。
二月己丑，户部请定淮盐每引七钱，报可。庚寅，升广东布政司左布政使孙禄为应天府府尹。
三月甲辰，南京礼部尚书杨廉致仕。壬子，升户部侍郎秦金为南京礼部尚书。御史秦钺言：“顷以套虏征兵及辽左缺饷，尽发两淮正德十五年余盐七万九千余引于辽东开中。夫余盐不许开中，止令本商纳价输部济边，此御史卢楫之疏，先朝已着为令，诚于国课有裨。盖本商自纳，每引计银一两，各边开中，每引计银八钱。况正盐母也，余盐子也，正盐守支搬运，候久费多，故愿中者少。余盐勘合一到，即时有赏，故愿中者多。今若舍母求子，余盐无自而积矣。请以辽东所中引，改派嘉靖元年正额。嗣后申明前令，本商自纳余盐之价，慎勿开中，庶几上有定法，下有定守。”户部复议：“两边引目，业已发去，姑以淮北余盐积至七万九千余引，给所中商人，以全夫信。嗣后悉如前例。”上是之，敕余盐存留，纳价输部济边。辛酉，南京神乐观火，御制圣旨碑文二道皆毁。乙丑，改南京户部尚书杨旦为南京吏部尚书。
四月壬申朔，升南京刑部右侍郎王镇为南京户部尚书。戊寅，户部言：“遮洋一总漂流漕粮二万余石，布花银钞不赀，官军溺死者五十余人，请治把总王缵等罪。”诏下漕运都御史按问追偿。壬辰，户部尚书孙交等以参奏漕运把总漂粮千石以上者并论总兵杨宏，因自劾稽迟粮运，请罚治。上切责把总等官，薄其罪，宥杨宏等。以交等引咎自责，悉勿问。
五月庚寅，仪真、江都二县，有官塘五区，筑闸蓄水，以溉民田。后豪民规以为业，古迹废坏，真、扬之间，运道梗阻，御史秦钺请复之。得旨，命总理河道侍郎及管河郎中相视修筑，占种盗决者，处以重法，仍追地租入官。
六月乙卯，吏部复：“南京吏部尚书杨旦奏，南京国子监监生数多，拨历壅滞。请府、部、诸司量增历事人数，并请三月考勤附选，如在京例。”报可。
七月丁丑，南京大疫，军民死者甚众。巡按御史郑光琬以闻。命抚、按、有司加意优恤。戊寅，淮安、徐州、扬州等府、州、县大水，漂房屋六百家，溺死男妇八十余名口。甲午，南京监察御史陶俨以应天等府旱灾，民多流亡失业，请大发内帑及余盐、赃罚银两，以备赈恤。上敕巡抚、尚书，都御史李充嗣行之。南京兵科给事中鲁纶言：“南京官吏军匠共九万四千三百七十九人，每月食粮九万八千二百石有奇。今计京储止四十五万余石，仅可供四月。恐食尽军饥，患生不测。乞照正德十四年例，量留江西运米，及南京刑部诸衙门赃罚银以济。”下户部议。尚书孙交言：“漕运计程已过淮、徐，况系京仓四百万数，截留非宜。惟苏、松、湖州三府折色米解京者，可量留十万。各衙门赃罚在仓粮米，间月支放，各处屡年应解南粮，督令完纳。如催征辗转，无以济急，或将嘉靖三、四年苏、常诸府该运府、部衙门粮米，改拨一万石于南京。”诏俱从之。
八月戊戌朔，直隶苏州、松江、常州、镇江府大水没禾稼。己亥，改南京礼部尚书秦金为南京兵部尚书。辛丑，南京应天府等处大饥，民死徙相望。南京户部尚书王缜等以状闻，因条陈救灾十事。户部议：“缜等言皆是，惟漕粮渡淮，且京储也，不宜留。余如议行。”乙巳，升刑部左侍郎颜颐寿为南京礼部尚书。乙卯，命巡抚山西、都察院右副都御史胡锭总督漕运兼巡抚凤阳等处。己未，诏以两淮运司余盐银三万两，淮、扬二钞关船料银三万余两，补给淮安等卫所欠缺军粮。从巡抚都御史俞谏请也。庚申，刑科给事中沈汉言：“吴在春秋为荆蛮，朴野不文。赖吴公言偃，北学仲尼，而东南学者，始知圣贤之道。今其子孙微弱，下同编氓，祠守仅存，隘陋弗称。乞照颜、孟、朱熹例，官其子孙一人，以奉其祀，改建庙庭，为置祀田。”部议：“以子孙世远，难据授官，惟从其广庙给田之请。”报可。壬戌，升南京通政使司右通政闻湖为应天府府尹。
九月己卯，兵部议复：“南京进鲜等项船只，务照尚书乔宇所奏事例，每船内拣选纲头，给付花栏小票，明开船只装扛水夫之数，于经过管河等衙门投递验放，有司驲递，照票应付。如遇生事害人者，即申巡抚、兵备等官指实参奏。再乞敕南京内守备，戒谕各监、局进鲜官员，不准多带好徒生事，仍张榜于沿河地方禁约。”上是之。甲午，户部奉旨会议上赈恤事宜：“一、折漕粮。请将江南等处被灾地方，本年应纳改兑粮米准改折银九十万石，内直隶江南各府五十万石，江北各府四十万石，行各抚、按通融分派。每石连脚耗征银七钱，以备月粮折放。所余运船，听令修艌存恤；一、发内帑。请将内帑太仓银各发十五万两，直隶江南十万两，江北五万两，差官运送巡抚衙门，量灾轻重给发州、县官，与预备仓粮、赃赎相兼给赈；一，惩侵欺。
言江南钱粮多被粮吏将已征在官者侵费，贿嘱官吏，捏作未征，冀幸赦免。请访拿到官，责限完解，违者从重问遣；一、任抚牧。请行各巡抚官捐停不急，专区处钱谷，择属分赈。其应征钱粮，听巡抚便宜从事，或酌丰俭均节，或即赈数代补，务于征派中存赈恤之意；一、行劝借。请于被灾地方，军民有出粟千石赈饥者，有司建坊旌之，仍给冠带。有出粟借贷者，官为籍记，候年丰加息偿之。不愿偿者，听照近例，准银二十两者，授冠带义民；三十两者，授正九品散官；四十两授正八品；五十两授正七品；各免本身杂差。仍禁有司逼强及饥民挟骗等弊；一、处财用。谓今议赈者，或欲捐赋发帑，或欲补官补吏，或欲借余财，省快船，或欲借抽分，折竹木，为说不一，均切民瘼。但事各有掌，擅难议覆。乞敕各部，随宜详复施行。”议上。命发太仓银二十万两，分给赈济，余悉如议。乙来，兵部言：“南直隶地方灾伤，应天极重，派去马价，暂且停征。”从之。
十月辛丑，升工部右侍郎沈冬魁为南京礼部尚书。己未，命借留直隶、江、浙漕运京粮三十万石于南京给军，似南运粮每石折银七钱解补，不为例。
十一月丁卯朔，改南京参赞机务、兵部尚书秦金为户部尚书。庚午，以旱灾免镇江、苏州、常州、松江等府税粮有差。辛未，以应天等府灾伤，暂停征所欠马价。
壬午，改巡抚应天李充嗣为南京兵部尚书，参赞机务，太子少保如故。戊子，升南京户部右侍郎吴廷举为都察院右都御史、总理粮储，兼巡抚应天等处地方。升户部左侍郎边宪为南京刑部尚书，庚寅，先是，大学士杨廷和等以直隶江北水灾异常，疏请集议赈救，并蠲一应岁派额办钱粮。上令户部集廷臣条陈救荒八事。疏入，上曰，灾伤重大，军民困苦，存留起运粮米，岁办等项钱粮，尽与停免。癸巳，孝陵神官监太监杜震等以陵寝墙垣颓损，奏乞修理。命南京工部，会同内外守备官，即相度修理。甲午，命南京兵部右侍郎席书兼都察院右佥都御史，赈济江北地方。