闰七月己酉，江苏巡抚张伯行以江南藩库赔补亏空奏稿送江南、江西总督噶礼会奏，不俟噶礼咨复，即行具奏。后噶礼发回奏稿并未划奏，于是张伯行具疏检举请罪。上谕大学士等：“览张伯行奏疏，则伊等不和可知。为人臣者，当以国事为重，协心办理。今以不和之故，于公事两相矛盾，可乎？朕总理机务垂五十年，凡事无不经历，似此违例专擅者，朕未尝令一人得逞其私，尔等将此本批知道了，该部知道。似此者但二三次置之不问，彼自觉无味，渐就消融矣。”
八月癸亥朔，户部议复：“江苏巡抚张伯行奏，江苏所属州县平粜、赈济等项钱粮数目未清。查江苏钱粮，先经总督噶礼参原任布政使宜思恭亏空一案，已经审明，今何得又称署布政使陈鹏年详称司库尚有亏空一十六万两，扣收无着。应令该抚会同该督确查议奏。”得旨：“此事曾令张鹏翮审结，今张伯行又奏未清钱粮数目甚多，不敢容隐。即着原审大臣逐款审明，定议具奏。”
十月癸未，谕大学士、九卿等：“江南亏空钱粮，两次命张鹏翮察审，朕意地方虽有不肖之官侵蚀钱粮，未必多至数十万两。前联南巡时，曾有谕旨，凡沿途所用之物，悉出内帑豫备，未尝丝毫取诸官民。督抚等官不遵朕旨，肆意挪用，以致亏空。朕若不言，内外诸臣谁敢言者。但彼任事之人，离任者已多，若将因公挪用等项，责之新任官赔补，朕心实不忍也。”问张鹏翮曰：“尔往江南讯问此事，地方官有言及南巡者乎？”张鹏翮奏曰：“地方官员愿将俸工逐年扣除，以补诸项亏空，并未言及南巡之事。”上曰：“俸工银两有限，即逐年扣补亦难清理。且官无俸禄，役无工食，必至私派以累民，依尔所言，能保地方官日后不累民乎？朕为天下生民计，豁免各省钱粮已逾万万矣，免此四五十万之银有何足惜。尔等会议具奏。”
十一月辛丑，户部议复：奉差江南审事、户部尚书张鹏翮奏，江宁等府属亏空银两，已议扣康熙四十八年至康熙五十三年各属停工等银抵补。内有四万七千五百余两，原系有着之项，苏州知府陈鹏年署布政使时造入无着数内，殊属不合。应将陈鹏年革任，充发黑龙江。但臣等见奉南巡时，修理行宫、预备纤夫或动用帑银，不准停工抵补之旨，应俟该督抚查明南巡时实在动用数目具奏，到日再议。其议处陈鹏年之处，亦俟奏到日再议。从之。
十二月癸酉，以赫寿为漕运总督。庚辰，河道总督赵世显奏：“御坝、西坝工程请修筑加长，绘图进呈。”上谕大学士等：御坝、西坝关系紧要，甲子年朕南巡时，清流不畅，黄水倒灌，以致洪泽湖上流淤垫。朕指修御坝、西坝，清水遂畅然流出，黄水不至倒灌，淮、黄交会之区始得安澜。但其地甚卑湿，彼时朕步行阅视十余里，泥泞没膝，指授方略。总之，治水如治天下，得其道则治，不可用巧妄行。靳辅善于治河，惟用人力。于成龙心计太过，张鹏翮但遵旧守成而已。张鹏翮系汉人，岂能乘骑在在驰驱料理，惟于朕谕遵行不违，是以河工底绩耳。今御坝、西坝加长工程，俱如所请，令及时兴工修筑。”
五十年五月己酉，谕户部：“江苏巡抚张伯行奏，江苏等府、州、县无着钱粮十八万八千两有奇。此项钱粮朕知之甚悉，系地方官因公动用，未敢申明之项，若着落后任官员赔补，必致科派，扰害百姓，朕殊不忍，着将此项钱粮免其赔补，以示朕轸恤官民至意。”
八月乙酉，礼部议准：“江南学政张元臣奏，子游在圣门十哲之列，其后裔世居常熟县，请照闵子、子贡例，世袭五经博士。”从之。
十月甲子，江南正主考、副都御史左必蕃奏：“臣膺简命，典试江南，兢兢以搜拔人才为务。撤闱后，闻舆论喧传，有句容县知县王曰俞所荐之吴泌、山阳县知县方名所荐之程光奎皆不通文理之人，臣不胜骇愕。或系传递代作文字，或与房官打通关节，亦未可定。祈将新中举人吴泌、程光奎或提至京复试，或发督抚严讯，以正国法，而肃科场。至臣不能查出，罪亦难辞。”得旨：“该部严察议奏。”丁丑，江苏巡抚张伯行奏：“今岁江南文闱榜发后议论纷纷，于九月二十四日，有数百人抬拥财神直入学宫，口称科场不公。臣不敢隐匿，相应奏明。”得旨：“该部严审议奏。”
十一月丙戌，礼部议复：“江南科场一案，应行文该督抚将举人吴泌等解京，到日，请旨复试。如果文义不通，即将情弊严审究拟。”得旨：“这事情着张鹏翮会同江南、江西总督，江苏、安徽巡抚在扬州地方彻底详察，严加审明具奏。左必蕃、赵晋俱着解任，发往质审。”
十二月乙丑，江南、江西总督噶礼奏参江苏按察使焦映汉贪黩性成，蔑视民命，巧诈欺饰。命革职提问。甲戌，以卢询为江苏按察使。
五十一年二月丁巳，江苏巡抚张伯行奏参江南、江西总督噶礼得银五十万两，徇私贿卖，举人程光奎、吴泌等不肯审明，请将噶礼解任严审。得旨：“噶礼着解任，此事着张鹏翮会同总漕赫寿确审具奏。江南、江西总督印务，着江西巡抚郎廷极署理。”噶礼奏参：“张伯行诬臣私卖举人，得银五十万两，乞赐对质。”得旨：“张伯行着解任，此事着张鹏翮会同总漕赫寿确审具奏。江苏巡抚印务，着浙江巡抚王度昭署理。”
五月戊子，刑部奏：“原任江苏布政使宜思恭，叩阍控告总督噶礼等需索银两，以致亏空。应差部、院满、汉堂官往江南审理。”得旨：此案着张鹏翮审明具奏。
六月丁巳，差往江南审事尚书张鹏翮等回奏：“查审噶礼、张伯行互参一案，应将张伯行革职，拟徒准赎，噶礼降一级留任。”上谕大学士等：“张伯行参噶礼索银五十万两，审属情虚。江南一省举人能有几何？纵尽行贿买，亦不能至此数。噶礼若受赃，即五万亦当置之重典。噶礼原非清廉之官，但在地方亦有效力之处。张鹏翮等审噶礼参张伯行，并未审出一款。张伯行原参噶礼内有干系国家之语，亦未讯明审出。似为两边掩饰和解，瞻徇定议。大臣互相参劾，岂可不彻底审明，乃两面调停、草率完结。况督抚等凡遇事故，初参之时率张大其事，以极重之词参奏。及至审时，务必开脱，消释者甚多，此亦陋习，断不可行。此案发回，着大学士、九卿等详看会议具奏。”张鹏翮等又奏：“查察正考官左必蕃奏参吴泌等贿买举人一案，将吴泌等拟绞监候，秋后处决。副考官赵晋、同考官王曰俞、方名俱革职。佥妻发烟瘴地方充军。正考官左必蕃所参虽实，而取中举人革退四名，应将左必蕃革职。”上谕大学士等：“考试举人、进士，所必为国家遴选人才，关系甚大。世祖章皇帝谕旨炳明，即朕为此事屡有谕旨，亦甚严切。从前科场有此等弊发，俱议军法从事。今赵晋干犯国宪，于考试时私受贿赂，暗通关节，张鹏翮等并未将伊拿问严审。且赵晋行止不端，举国无不知者。左必蕃昏愚已甚，被赵晋欺弄，今但照革去举人三、四名之例，仅以革职军流，草率完结，可乎？此案亦发回，着大学士、九卿等详看会议，缮折具奏。”
十月癸丑，谕户部：“江苏、安徽、山东、江西四省除漕项外，康熙五十二年应征地亩银共八百八十二万九千六百四十四两有奇，人丁银共一百三万五千三百二十五两有奇，俱着察明全免。其历年旧欠银二百四十八万三千八百二十八两有奇，亦并着免征。”乙卯，吏部议复：“户部尚书穆和伦等审噶礼、张伯行互参一案，张伯行所参噶礼各款，既经穆和伦等审明皆虚，张伯行畏缩，不能出洋，反诬陷张元隆通盗，不审不结，拖毙多人。不能严拿贼盗，迟延命案，又妄行参奏，有玷大臣之职，应如所奏革职。至噶礼所参张伯行各款，既经穆和伦等审明，俱系从前旧案，不于彼时参奏，亦应议处，但所参张伯行不能出洋等处俱实，应如所奏，免议。”得旨：“张伯行居官清正，天下之人无不尽知，允称廉吏，但才不如守，果系无能。噶礼虽才具有余，办事敏练，而性喜生事，并未闻有清正之名。伊等互参之案皆起于私隙，听信人言所致，诚为可耻！朕临莅天下五十余年，遍谙诸事，于满洲、蒙古、汉军。汉人毫无异视，一以公正处之。且噶礼屡次具参张伯行，朕以张伯行操守为天下第一，断不可参，手批不准，谕旨见在噶礼处。此所议是非颠倒，着九卿、詹事、科道会同矢公据实再议具奏。”又谕大学士等：“阅朕此旨，是则是，非则非，面奏时即从真具奏。朕不但不加责，而且甚喜，汉大臣不可又以皇上圣明，承顺复旨。朕听政五十余载，凡满、汉大臣皆当知朕之居心。满、汉皆系朕之臣子，朕视同一体，并不分别。无知之辈且谓朕为何不护庇噶礼，朕乃天下之主，凡事惟顺理而行，岂可止护庇满洲？明日回奏时，朕另有谕旨。”壬戌，吏部等衙门遵旨再议：“噶礼、张伯行俱系封疆大臣，不思和衷协恭，互相讦参，殊玷大臣之职，应将噶礼、张伯行俱革职。但地方得清正之员，方不贻累百姓，张伯行应否革职留任，伏候圣裁。”得旨：“噶礼着革职，张伯行着革职留任。”丙寅，以赫寿为江南、江西总督，郎廷极为漕运总督。是月，免江南山阳、淮安等州、县水灾额赋有差。