明万历（二）九年正月庚辰，户部题称：“顷奉旨议裁革淮、凤营田佥事，一应钱粮文卷归并徐、淮、颍三道，各照所辖州、县，划地督率招垦，年终抚按核实具奏。其原给牛具，行道、府官每年春冬各查烙一次。限三年变价，陆续还官。实在粮银，收贮府库，遇有饥民、流民，酌量赈贷。闻开田之后，额粮飞洒者甚多，宜委官清丈，田分荒熟，粮分新旧，务使实额不失。”得旨：“给过牛只，每年免行查烙。余俱依拟行。”辛巳，诏裁革南京各衙门官吏：礼、兵、刑、工侍郎各一员，大理寺寺丞一员，太常寺少卿一员；户部湖广司员外郎一员，山西、云南司主事各一员；工部虞衡司主事一员，大理寺左、右评事各—员，太常寺山川坛署奉祀一员，鸿胪寺鸣赞一员，应天府管马通判一员，五城兵马副指挥各一员，留守五卫千户所吏目各一员。
二月丙午，汰苏州等府兵备所辖官兵七百七十九员名，岁省饷六千六百两有奇。
三月甲申，裁革应天福建仓大使等冗官四十六员。
四月乙巳，户部郎中梁承学奏称：“查勘过凤、淮、徐三府所属共垦田一万一千八百六十余顷，招复三千九百一十六户，男妇一万六千五百一十九名。买牛、建仓等项用银四万七千九百四十两有奇。但原报开田十分，今计止二分；招复人户十分，今查止四分。府、州、县治农等官，均应参究。”部复分别上请。上以各官捏报招垦虚数，罔上要功，降周守愚二级，余依拟行。先是，盗劫丹阳县乡官贺邦泰家，科臣王致祥疏其事。兵部言：”地方官不行奏报缉捕，乃蒙蔽延迟。如科臣所言，该道、府、县罪固不可逃，而抚按并应量加罚治。”上谓：“镇江失盗，是去年秋间事，其伙盗已于别处捕获。抚按官如何说是十月间事，上下蒙蔽，法度不行，职守何在？罚孙光佑、田乐俸三月，李熙半年，锺庚阳等俱住俸缉捕。”仍命有怠玩偾事者，两京科道劾奏。甲寅，应天抚按孙光佑等题称：“应天、苏、松等十一府、州、县条编均徭、里甲、驿传，每岁原编银八十七万八千六百三十余两，今递减公费等银七万八千五百余两，又改入平米银一万一千七百四十余两，实编银七十七万八千三百八十余两。乞刊册颁布，以便遵守。”部复如拟。乙卯，户部复：南京给事中傅作舟奏南直灾伤。疏上。命南京户部发银七万两，江北四万两，江南三万两，即差官二员，分投赍付。各抚按官，查各在仓米谷及未解南粮，设法赈济务使贫民得沾实惠。余俱依拟。甲子，升太常寺少卿吕藿为南京右佥都御史，提督操江兼巡江事。
五月戊辰，兵部题复：“科臣、抚按等官七疏皆谓镇江丹阳、丹徒二县，自去年十月以来，失事六次，未获一人，各官俱务欺蔽，致黠恣纵横。知府锺庚阳、知县管应凤、海防同知张廷榜、杨栋等当照例降调。兵备李颐、巡按田乐等，并乞再加罚治。”上曰：“地方屡次失事，各官通不申报，反威胁失主，不许告认。又不亟行缉捕，以致盗贼公行，良民被灾，本当都拿问，姑从轻。锺庚阳、张廷榜着各降三级调用，管应凤、杨栋边方杂职；徐桓到任未久，与李颐、吴继臣等俱住俸，戴罪缉捕；田乐再罚俸半年。”丙子，户部题复：“凤阳抚按凌云翼等奏称，淮安府属安东县治，滨临河海。嘉靖间，河决草湾口，水势直趋该县，田土淹没。后虽筑塞，冷沙淤积，不长五谷。前巡抚吴桂芳有废县之议。今两河工完，草湾口渐复淤塞，而士民安土重迁，俱不愿废。况该县盐盗充斥，废县必须设兵，反滋多事。县治仍旧存留，惟一应差粮，须破格优处。乞严敕该县掌印、治农等官，用心抚绥，设法招复。勿滥准词状，以生骚扰，勿过索供费，以肆诛求。如三年之内，民安地垦，县官疏荐擢用；不职者，即行参处。”允行。
六月乙未，南京兵部尚书潘季驯言：“南京各衙门节次裁革官员直堂银，应减二千二十五两，宜行各省、直审极冲疲州县，免编其柴薪，银两照旧征解。”部复从之。丁未，户部复：“漕运尚书凌云翼所议五事：一议、减免滥造，以补缺船；一议、更番兑运，以苏困苦；一议、就近给饷，以恤运军；一议、扩充盐场，以革包揽；一议、申严责成，以保漕船。”上允行之。已未，升四川左布政使刘庠为应天府府尹。
七月壬戌，总督漕运凌云翼奏称：“仪真闸税，宜酌水势，不必拘泥取盈。其瓜、仪各闸坝，应归并南河郎中管事，不必添设主事。”部复如议。因言：“河道岁修钱粮，宜敕督臣照各边年饷事例，岁费若干，存留若干，悉解工部贮库，遇河工缺乏，通融请给。”从之。戊子，诏淮安、扬州等府属州、县，自八年以前积欠马价等银，都准豁免，以苏民困。从南太仆寺卿李辅等议各府连岁灾疲故也。
十月壬寅，裁操江军饷供费银三百三十余两，及应革军舍余丁岁减粮饷—千五百五十余石。戊申，稽查应天等府书院，先后共六十四处，或改公署，或给原主，或行毁废。其紫阳、崇正、金山、石门、天泉五书院，存留如故。庚戌，户部题称：“赃罚银两，追收罪犯为甚难，滥充私费为甚易；数官存积为甚难，一官支销为甚易。南直操江都御史，自元年起至八年，总计咨报二万一千五百余两。今都御史吕藿咨称各府、州、县在库仅银一千六百两。虽节年修船、操赏等费皆在取给，未见支销细数，不无私馈情弊，合行通查。”上命南科差给事中一员，同操江都御史查明具奏，不许隐护。工部复：“应天抚按疏言，苏郡四门官塘、嘉定海塘、武进、无锡二县芙蓉湖堤及各州、县渠岸桥闸修浚工完，用银一万六百九十余两。御史林应训区划四年，劳久功多，宜行纪录；及知府穆炜、朱文科，应分别开俸优奖。”从之。丁巳，以淮、徐所属荒田重多，诏各掌印、治农官，自十年为始，照依每年分数，设法开垦。年终抚按官分别参奏，其卫所屯田不许混入有司开垦数内，以滋烦扰。
十一月辛酉朔，以南京都察院右都御史刘斯洁为南京礼部尚书。壬午，起用致仕户部尚书殷正茂为南京刑部尚书。甲申，革南京五城有役弓兵先后八十四名，白役弓兵三百四十一名。除白役原无工食外，其有役弓兵工食尽行裁革，俱于苏、松等府疲惫县份酌量免编及嘉靖元年至隆庆六年，果系小民拖欠者，悉蠲之；万历元年至九年，每年带征三分解部。从南京兵部尚书潘季驯议也。
十二月乙未，以清丈田亩怠缓，松江知府阎邦宁住俸，戴罪管事。
十年正月辛未，通、泰、淮安三分司所属丰利等三十场风雨暴作，海水泛涨。一时淹死男妇二千六百七十余丁口，淹消盐课二十四万八千八百余引。巡盐御史任养心以闻，请将两淮库贮经纪、换帖、纳稻等银一万二百一十二两有奇，准令照数动支，分别赈济。其淹消银课，行令各该总灶，陆续完补，听候商人关支。部亦以为言。诏曰：可。壬午，户部复：“凤阳巡抚凌云翼题，淮安府属安东县，原额六十一里；徐州属萧县四十六里，沛县三十八里。迩因黄河变迁，地失人逃。议并安东县为四十里，萧县三十七里，沛县三十里。仍严督各县官查现存人户，照军、民、匠、灶原籍，归附里甲当差，添注赋役册，永为遵守。”报可。
二月丙申，诏：“朕闻各处带征未完钱粮，苦累小民。户部其查节年所欠几何？即今应否蠲免？止将现年正供之数勒限完纳。会同兵，工二部议处以闻。”户部因言：“查得江南苏、松等府，拖欠本折银七十一万一千三百五十余两；淮、扬等府二十三万九千六百三十余两，一体蠲免。”从之。丁巳，命南京吏科给事中吴琯巡视南京营务。