祯明三年（隋开皇九年）正月乙丑朔，隋贺若弼自广陵济江，陈人不觉。韩擒虎将五百人自横江宵济采石，守者皆醉，遂克之。晋王广帅大军屯六合镇桃叶山。丙寅，采石戍主徐子建驰启告变。丁卯，召公卿入议军旅。戊辰，下诏内外戒严。护军将军樊毅、中领军鲁广达并为都督；司空司马消难，湘州刺史施文庆并为大监军。遣南豫州刺史樊猛帅舟师出白下。庚午，贺苦弼攻拔京口，执黄恪（《通鉴》原作南徐州刺史，《陈书·本纪》祯明二年十一月，南海王虔代永嘉王彦为南徐州刺史，无黄恪）。俘获六千余人，弼皆释之，给粮劳遣，付以敕书，令分道宣谕，所至风靡。樊猛在建康，其子巡摄行南豫州事。辛未，韩擒虎进攻姑孰，半日，拔之，执巡。樊猛与左卫将军蒋元逊将青龙八十艘于白下游奕，以御六合兵。于是贺若弼自北道，韩擒虎自南道并进，缘江诸戌，望风尽走，弼分兵断曲阿之冲而入。帝命司徒、豫章王叔英屯朝堂，萧摩诃屯乐游苑，樊毅屯耆阁寺，鲁广达屯白土冈，孔范屯宝田寺。己卯，任忠自吴兴入赴，仍屯朱雀门。辛未，贺若弼进据钟山，顿白土冈之东。
遣总管杜彦与韩擒虎合军，步骑二万屯于新林，时建康甲士尚十余万人，帝不达军士，台内处分，一以委施文庆。诸将凡有启请，率皆不行。召萧摩诃等于内殿议军事，任忠曰：“兵法，客贵速战，主贵持重。今国家足兵足食，宜固守台城，缘淮立栅，北军虽来，勿与交战，分兵断江路，勿令彼信得通。给臣精兵一万，金翅三百艘，下江径掩六合，彼大军必自然挫气。淮南士人与臣相知，今闻臣往，必皆景从。臣复扬声欲往徐州，断其归路，则诸军自去。”后主不能从。甲申，后主遣众军与弼合战，鲁广达阵于白土冈，居诸军之南，任忠次之，樊毅、孔范又次之，萧摩诃军最在北。诸军南北亘二十里，首尾进退不相知。贺若弼将轻骑登山，望见众军，因驰下，与所部七总管杨牙、员明等甲士凡八千，勒阵以待之。鲁广达以其徒力战，与弼相当。隋师退走者数四，弼麾下死者二百七十三人，弼纵烟以自隐，窘而复振。
更引兵趋孔范，范兵暂交即走，骑卒乱溃，不可复止，死者五千人。员明擒萧摩诃，送于弼，弼释而礼之。任忠驰入台，见陈主言败状，曰：“陛下唯当具舟楫，就上流众军，臣以死奉卫。”后主信之，敕忠出部分，令官人装束以待之，怪其久不至。时韩擒虎自新林进军，忠已帅数骑迎降于石子冈。蔡徵守朱雀航，闻擒虎将至，众惧而溃。忠引擒虎军直入朱雀门，城内文武百官皆遁，惟尚书仆射袁宪在殿中，尚书令江总、吏部尚书姚察、度支尚书袁权、前度支尚书王瑗、侍中王宽在省中。袁宪请正衣冠，御正殿，后主不从，下榻驰去。曰：“锋刃之下，未可交当，吾自有计！”从宫人十余出后堂景阳殿，将自投于井，宪苦谏不从；后合舍人夏侯公韵以身蔽井；陈主与争，久之，乃得入。既而军人窥井，呼之，不应，将下石，乃闻叫声，以绳引之，惊其太重，及出，乃与张贵妃、孔贵嫔同束而上。
沈后居处如常。太子深年十五，闭而坐，舍人孔伯鱼侍侧，军士叩而入，深安坐，劳之曰：“我旅在途，不至劳也。”军人咸惊。时陈室王侯在建康者百余人，后主恐其为变，皆召入，令屯朝堂，使豫章王叔英总督之，又阴为之备，及台城失守，相率出降。贺若弼乘胜至乐游苑，鲁广达犹督余兵苦战不息，会日暮，乃解甲，面台再拜恸哭，遂就擒。诸门卫皆走，弼夜烧北掖门入，闻韩擒虎已得后主，呼视之，后主流汗股栗，向弼再拜。弼谓之曰：“入朝不失作归命侯，无劳恐惧。”既而耻功在韩擒虎后，与擒虎相询，挺刃而出。弼置后主于德教殿，以兵卫守。高颎先入建康，颎子德弘为晋王广记室，广使德弘驰诣颎所，令留张丽华，颎曰：“昔太公蒙面以斩姐己，今岂可留丽华！”乃斩之于青溪。丙戌，晋王广入建康，以施文庆受委不忠，曲为谄佞以蔽耳目，沈客卿重赋厚敛以悦其上，与太市令阳惠朗，刑法监余析，尚书都令史暨慧景皆为民害，斩于石阙下，以谢三吴。使高颎与元帅府记室裴矩收图籍，封府库，资财一无所取。开府仪同王颁，僧辩之子，夜发陈高祖陵，焚其骨取灰，投水而饮之。既而自缚，归罪于晋王广，广以闻，上命赦之。诏陈高祖、世祖、高宗陵，总给五户分守之。
隋文帝开皇九年二月乙未，废淮南行台省。丙申，陈吴州刺史萧蹴能得物情，陈亡，吴人推为主，右卫大将军宇文述等讨之。青州总管、落丛公燕荣以舟师自东海至，陈永新侯陈君范自晋陵奔，并军拒述。述军且至，琳立栅于晋陵城东，留兵拒述，遣其将王褒守吴州，自义兴入太湖，欲掩述后。述进破其栅，回兵击，大破之；又遣兵别道袭吴州，王褒弃城走。以余众保包山，燕荣击破之。将左右数人匿民家，为人所执。述进至奉公埭，陈东扬州刺史萧岩以会稽降，与皆送长安，斩之。诏建康城邑宫室，并平荡耕垦，更于石头置蒋州。诏晋王广班师，留王韶镇石头城，委以后事。
三月己巳，陈后主叔宝与王公、卿士及内外文武百司发自建康而入长安。诏京城权分人家第宅，以礼接待之；遣使迎劳，陈人至者如归。
四月乙巳，诸军凯入，献俘。陈叔宝及诸王侯将相并乘舆服御、天文图籍等依次行列，从晋王广、秦王俊入于殿庭。拜广为太尉，赐辂车、乘马、衮冕之服、玄圭、白壁。丙辰，帝御广门观，引陈叔宝于前，及太子、诸王二十八人，司空司马消难以下至尚书郎凡二百余人，帝使纳言宣诏劳之，内史令宣诏，责以君臣不能相辅，乃至灭亡。叔宝及群臣皆伏地，屏息不能对。并赦，宥之。庚戌，宴将士，故陈之境内，给复十年。辛酉，命贺若弼登御坐，赐物八千段，加位上柱国、进爵宋国公。仍加赐金宝及陈叔宝妹为妾。进韩擒虎上柱国，赐物八千段。有司劾擒虎放纵士卒，淫污陈宫；坐此不加爵邑。加高颎上柱国，进爵齐公，赐物九千段。以秦王俊为扬州总管四十四州诸军事，镇广陵。以陈氏子弟既多，恐在京城为非，乃分置边州，给田业使为生，岁时赐衣服以安全之。以陈尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑萧摩诃、领军任忠皆为开府仪同三司。嘉袁宪雅操，下诏，以为江表称首，拜昌州刺史。闻陈散骑常侍袁元友数直言于陈叔宝，擢拜主爵侍郎。是年，改吴州为扬州，置总管府；改陈吴州为苏州，置常州于陈常熟县。余陈郡在今江苏长江以南者并废。行军总管韩洪为蒋州刺史，晋州刺史皇甫绩为苏州刺史。
十年十一月，江表自东晋以来，刑法疏缓，世族陵驾寒门，平陈之后，牧民者尽更变之。苏威复作《五教》，使民无长幼悉诵之，士民嗟怨。民间讹言隋欲徙之入关，于是婺州汪文进、越州高智慧、苏州沈玄等皆举兵反，攻陷州县。陈之故境，大抵皆反。诏以杨素为行军总管讨之。素帅舟师自扬子津入，击贼帅朱莫问于京口，破之。进击晋陵贼帅顾世兴、无锡贼帅叶略，皆平之。沈玄桧败走，素追擒之。以并州总管晋王广为扬州总管，秦王俊迁并州。苏州民顾子元举兵应高智慧等，因以攻苏州，刺史皇甫绩相持八旬。子元素感绩恩，于冬至日遣使奉牛酒。绩遗子元书，宜善思活路，晓谕黎元，能早改迷，失道非远。子元得书，于城下顿首陈谢。杨素兵至，合击破之。
十二年正月壬子，苏州刺史皇甫绩迁信州总管。朔州总管郭衍从晋王广出镇扬州，遇江表描逆，命衍为总管，帅精锐万人先屯京口。于贵洲南，与贼战，败之，生擒魁帅，大获舟楫粮储。授蒋州刺史。晋王爱昵之，宴赐隆厚。韩洪迁廉州刺史。是年，移楚州治山阳。开府仪同三司刘权为苏州刺史。（本传：赐爵宗县公。时江南初平，物情尚扰，权抚以恩信，甚得民和。）十四年六月丁卯，诏：“省府州县官，皆给公廨田，不得治生，与人争利。”
十月甲寅，诏：“齐、梁、陈往皆创业一方，既宗祀废绝，……良以怆然。……陈叔宝等，宜令以时修其祭祀。所须器物，有司给之。”是年，以常熟隶苏州，移常州治晋陵。
十五年七月乙丑，晋王广献毛龟。甲戌，遣邳国公苏威省江南。是年，置润州于丹徒（《太平寰宇记》：蒋州之延陵，陵永年常州之曲阿置，取县东之润浦为名）。