秋，七月，乙未，会稽山崩。
九月，庚申，以窦宪为大将军，中郎将刘尚为车骑将军，封宪武阳侯，食邑二万户；宪固辞封爵，诏许之。旧，大将军位在三公下，至是，诏宪位次太傅下、三公上；长史、司马秩中二千石。封耿秉为美阳侯。窦氏兄弟骄纵，而执金吾景尤甚，奴客缇骑强夺人财货，篡取罪人，妻略妇女。商贾闭塞，如避寇仇。又擅发缘边诸郡突骑有才力者，有司莫敢举奏，袁安劾景“擅发边兵，惊惑吏民；二千石不待符信而辄承景檄，当伏显诛。”又奏“司隶校尉河南尹阿附贵戚，不举劾，请免官案罪。”并寝不报。驸马都尉瑰，独好经书，节约自修。
尚书何敞上封事曰：“昔郑武姜之幸叔段，卫庄公之宠州吁，爱而不教，终至凶戾。由是观之，爱子若此，犹饥而食之以毒，适所以害之也。伏见大将军宪，始遭大忧，公卿比奏，欲令典干国事。宪深执谦退，固辞盛位，恳恳勤勤，言之深至，天下闻之，莫不悦喜。今逾年未几，大礼未终，卒然中改，兄弟专朝，宪秉三军之重，笃、景总宫卫之权，而虐用百姓，奢侈僭逼，诛戳无罪，肆心自快。今者论议讻讻，咸谓叔段、州吁复生于汉。臣观公卿怀持两端，不肯极言者，以为宪等若有匪懈之志，则已受吉甫褒申伯之功；如宪等陷于罪辜，则自取陈平、周勃顺吕后之权，终不以宪等吉凶为忧也！臣敞区区诚欲计策两安，绝其绵绵，塞其涓涓，上不欲令皇太后损文母之号、陛下有誓泉之讥，下使宪等得长保其福佑也。驸马都尉瑰，比请退身，愿抑家权，可与参谋，听顺其意，诚宗庙至计，窦氏之福！”时济南王康尊贵骄甚，宪乃白出敞为济南太傅。康有违失，敞辄谏争，康虽不能从，然素敬重敞，无所嫌牾焉。
冬，十月，庚子，阜陵质王延薨。
是岁，郡国九大水。
肃宗孝章皇帝下永元二年（庚寅，公元九零年）
春，正月，丁丑，赦天下。
二月，壬午，日有食之。
夏，五月，丙辰，封皇弟寿为济北王，开为河间王，淑为城阳王；绍封故淮南顷王子侧为常山王。
窦宪遣副校尉阎盘将二千馀骑掩击北匈奴之守伊吾者，复取其地。车师震慑，前、后王各遣子入侍。
月氏求尚公主，班超拒还其使，由是怨恨，遣其副王谢将兵七万攻超。超众少，皆大恐；超譬军士曰：“月氏兵虽多，然数千里逾葱岭来，非有运输，何足忧邪！但当收谷坚守，彼饥穷自降，不过数十日决矣！”谢遂前攻超，不下，又钞掠无所得。超度其粮将尽，必从龟兹求食，乃遣兵数百于东界要之。谢果遣骑赍金银珠玉以赂龟兹，超伏兵遮击，尽杀之，持其使首以示谢。谢大惊，即遣使请罪，愿得生归，超纵遣之。月氏由是大震，岁奉贡献。
初，北海哀王无后，肃宗以齐武王首创大业而后嗣废绝，心常愍之，遗诏令复齐、北海二国。丁卯，封芜湖侯无忌为齐王，北海敬王庶子威为北海王。
六月，辛卯，中山简王焉薨。焉，东海恭王之母弟，而窦太后，恭王之甥也；故加赙钱一亿，大为修冢茔，平夷吏民冢墓以千数，作者万馀人，凡征发摇动六州十八郡。
诏封窦宪为冠军侯，笃为郾侯，瑰为夏阳侯；宪独不受封。
秋，十月，乙卯，窦宪出屯凉州，以侍中邓叠行征西将军事为副。
北单于以汉还其侍弟，九月，复遣使款塞称臣，欲入朝见。冬十月，窦宪遣班固、梁讽迎之。会南单于复上书求灭北庭，于是遣左谷蠡王师子等将左右部八千骑出鸡鹿塞，中郎将耿谭遣从事将护之，袭击北单于。夜至，围之，北单于被创，仅而得免，获阏氏及男女五人，斩首八千级，生虏数千口。班固至私渠海而还。是时，南部党众益盛，邻户三万四千，胜兵五万。
肃宗孝章皇帝下永元三年（辛卯，公元九一年）
春，正月，甲子，帝用曹褒新礼，加元服；擢褒监羽林左骑。
窦宪以北匈奴微弱，欲遂灭之，二月，遣左校尉耿夔、司马任尚出居延塞，围北单于于金微山，大破之，获其母阏氏、名王以下五千馀级，北单于逃走，不知所在，出塞五千馀里而还，自汉出师所未尝至也。封夔为粟邑侯。
窦宪既立大功，威名益盛，以耿夔、任尚等为爪牙，邓叠、郭璜为心腹，班固、傅毅之徒典文章，刺史、守、令，多出其门，竞赋敛吏民，共为赂遗。司徒袁安、司空任隗举奏诸二千石并所连及，贬秩免官者四十馀人，窦氏大恨；但安、隗素行高，亦未有以害之。尚书仆射乐恢，刺举无所回避，宪等疾之。恢上疏曰：“陛下富于春秋，纂承大业，诸舅不宜干正王室，以示天下之私。方今之宜，上以义自割，下以谦自引，四舅可长保爵土之荣，皇太后永无惭负宗庙之忧，诚策之上者也。”书奏，不省。恢称疾乞骸骨，归长陵；宪风厉州郡，迫胁恢饮药死。于是朝臣震慑，望风承旨，无敢违者。袁安以天子幼弱，外戚擅权，每朝会进见及与公卿言国家事，未尝不喑呜流涕；自天子及大臣，皆恃赖之。
冬，十月，癸未，上行幸长安，诏求萧、曹近亲宜为嗣者，绍其封邑。
诏窦宪与车驾会长安。宪至，尚书以下议欲拜之，伏称万岁，尚书韩棱正色曰：“夫上交不谄，下交不黩；礼无人臣称万岁之制！”议者皆惭而止。尚书左丞王龙私奏记、上牛酒于宪，棱举奏龙，论为城旦。
龟兹、姑墨、温宿诸国皆降。十二月，复置西域都护、骑都尉、戊己校尉官。以班超为都护，徐干为长史。拜龟兹侍子白霸为龟兹王，遣司马姚光送之。超与光共胁龟兹，废其王尤利多而立白霸，使光将尤利多还诣京师。超居龟兹它乾城，徐干屯疏勒，惟焉耆、危须、尉犁以前没都护，犹怀二心，其馀悉定。
庚辰，上至自长安。
初，北单于既亡，其弟右谷蠡王于除鞬自立为单于，将众数千人止蒲类海，遣使款塞。窦宪请遣使立于除鞬为单于，置中郎将领护，如南单于故事。事下公卿议，宋由等以为可许；袁安、任隗奏以为：“光武招怀南虏，非谓可永安内地，正以权时之算，可得扞御北狄故也。今朔漠既定，宜令南单于反其北庭，并领降众，无缘复更立于除鞬以增国费。”事奏，未以时定。安惧宪计遂行，乃独上封事曰：“南单于屯先父举众归德，自蒙恩以来四十馀年，三帝积累以遗陛下，陛下深宜遵述先志，成就其业，况屯首唱大谋，空尽北虏，辍而弗图，更立新降；以一朝之计，违三世之规，失信于所养，建立于无功。《论语》曰：‘言忠信，行笃敬，虽蛮貊行焉。’今若失信于一屯，则百蛮不敢复保誓矣。又，乌桓、鲜卑新杀北单于，凡人之情，咸畏仇雠，今立其弟，则二虏怀怨。且汉故事，供给南单于，费直岁一亿九十馀万，西域岁七千四百八十万；今北庭弥远，其费过倍，是乃空尽天下而非建策之要地。”诏下其议，安又与宪更相难折。宪险急负执，言辞骄讦，至诋毁安，称光武诛韩歆、戴涉故事，安终不移；然上竟从宪策。