帝召寻阳王长史行会稽郡事孔觊为太子詹事，以平西司马庾业代之；又遣都水使者孔璪入东慰劳。璪说凯以“建康虚弱，不如拥五郡以应袁、邓。”觊遂发兵，驰檄奉寻阳。吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、义兴太守刘延熙、晋陵太守袁标皆据郡应之。上又以庾业代延熙为义兴，业至长塘湖，即与延熙合。
益州刺史萧惠开，闻晋安王子勋举兵，集将佐谓之曰：“湘东，太祖之昭；晋安，世祖之穆；其于当璧，并无不可。但景和虽昏，本是世祖之嗣；不任社稷，其次犹多。吾荷世祖之眷，当推奉九江。”乃遣巴郡太守费欣寿将五千人东下。于是湘州行事何慧文、广州刺史袁昙远、梁州刺史柳元怙、山阳太守程天祚皆附于子勋。元怙，元景之从兄也。
是岁，四方贡计皆归寻阳，朝廷所保，唯丹阳、淮南等数郡，其间诸县或应子勋。东兵已至永世，宫省危惧。上集群臣以谋成败。蔡兴宗曰：“今普天同叛，人有异志。宜镇之以静，至信待人。叛者亲戚布在宫省，若绳之以法，则士崩立至，宜明罪不相及之义。物情既定，人有战心，六军精勇，器甲犀利，以待不习之兵，其势相万耳。愿陛下勿忧。”上善之。
建武司马刘顺说豫州刺史殷琰使应寻阳，琰以家在建康，未许。右卫将军柳光世自省内出奔彭城，过寿阳，言建康必不能守。琰信之，且素无部曲，为土豪前右军参军杜叔宝等所制，不得已而从之。琰以叔宝为长史，内外军事，皆叔宝专之。上谓蔡兴宗曰：“诸处未平，殷琰已复同逆；顷日人情云何？事当济不？”兴宗曰：“逆之与顺，臣无以辨。今商旅断绝，米甚丰贱，四方云合，而人情更安。以此卜之，清荡可必。但臣之所忧，更在事后，犹羊公言：‘既平之后，方当劳圣虑耳。’”上曰：“诚如卿言。”上知琰附寻阳非本意，乃更厚抚其家以招之。
汝南、新蔡二郡太守周矜起兵于悬瓠以应建康。袁顗诱矜司马汝南常珍奇执矜，斩之，以珍奇代为太守。
上使冗从仆射垣荣祖还徐州说薛安都，安都曰：“今京都无百里地，不论攻围取胜，自可拍手笑杀；且我不欲负孝武。”荣祖曰：“孝武之行，足致馀殃，今虽天下雷同，正是速死，无能为也。”安都不从，因留荣祖使为将。荣祖，崇祖之从父兄也。
兖州刺史殷孝祖之甥司法参军颍川葛僧韶，请殷孝祖入朝，上遣之。时薛索儿屯据津迳，僧韶间行得至，说孝祖曰：“景和凶狂，开辟未有；朝野危极，假命漏刻。主上夷山翦暴，更造天地，国乱朝危，宜立长君。而群迷相煽，构造无端，贪利幼弱，竞怀希望。使天道助逆，群凶事申，则主幼时艰，权柄不一，兵难互起，岂有自容之地！舅少有立功之志，若能控济主勇，还奉朝廷，非唯匡主静乱，乃可以垂名竹帛。”孝祖具问朝廷消息，僧韶随方酬譬，并陈兵甲精强，主上欲委以前驱之任。孝祖即日委妻子于瑕丘，帅文武二千人，随僧韶还建康。时四方皆附寻阳，朝廷唯保丹阳一郡；而永世令孔景宣复叛，义兴兵垂至延陵，内外忧危，咸欲奔散。孝祖忽至，众力不少，并伧楚壮士，人情大安。甲辰，进孝祖号抚军将军，假节、督前锋诸军事，遣向虎槛，宠赉甚厚。
初，上遣东平毕众敬诣兖州募人，至彭城，薛安都以利害说之，矫上命以众敬行兖州事，众敬从之。殷孝祖使司马刘文石守瑕丘，众敬引兵击杀之。安都素与孝祖有隙，使众敬杀孝祖诸子。州境皆附之，唯东平太守申纂据无盐，不从。纂，钟之曾孙也。
丙午，上亲总兵，出顿中堂。辛亥，以山阳王休佑为豫州刺史，督辅国将军彭城刘勔、宁朔将军广陵吕安国等诸军西讨殷琰。巴陵王休若督建威将军吴兴沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等诸军东讨孔凯。时将士多东方人，父兄子弟皆已附凯。上因送军，普加宣示曰：“朕方务德简刑，使父子兄弟罪不相及，助顺同逆者，一以所从为断。卿等当深达此怀，勿以亲戚为虑也。”众于是大悦。凡叛者亲党在建康者，皆使居职如故。
壬子，路太后殂。
孔觊遣其孙昙瓘等军于晋陵九里，部陈甚盛。沈怀明至奔牛，所令寡弱，乃筑垒自固。张永至曲阿，未知怀明安否；百姓惊扰，永退还延陵，就巴陵王休若，诸将帅咸劝休若退保破冈。其日，大寒，风雪甚猛，塘埭决坏，众无固心。休若宣令：“敢有言退者斩！”众小定，乃筑垒息甲。寻得怀明书，贼定未进，军主刘亮又至，兵力转盛，人情乃安。亮，怀慎之从孙也。
殿中御史吴喜以主书事世祖，稍迁至河东太守。至是，请得精兵三百，致死于东。上假喜建武将军，简羽林勇士配之。议者以“喜刀笔主者，未尝为将，不可遣。”中书舍人巢尚之曰：“喜昔随沈庆之，屡经军旅，性既勇决，又习战陈；若能任之，必有成绩。诸人纷纭，皆是不别才耳。”乃遣之。喜先时数奉使东吴，性宽厚，所至人并怀之。百姓闻吴河东来，皆望风降散，故喜所至克捷。
永世人徐崇之攻孔景宣，斩之，喜版崇之领县事。喜至国山，遇东军，进击，大破之。自国山进屯吴城，刘延熙遣其将杨玄等拒战。喜兵力甚弱，玄等众盛。喜奋击，斩之，进逼义兴。延熙栅断长桥，保郡自守，喜筑垒与之相持。
庾业于长塘湖口夹岸筑城，有众七千人，与延熙遥相应接。沈怀明、张永与晋陵军相持，久不决。外监朱幼举司徒参军督护任农夫骁果有胆力，上以四百人配之，使助东讨。农夫自延陵出长塘，农夫驰往攻之，力战，大破之，庾业弃城走义兴。农夫收其船仗，进向义兴，助吴喜。二月，己未朔，喜渡水攻郡城，分兵击诸垒，登高指麾，若令四面俱进者。义兴人大惧，诸垒皆溃。延熙赴水死，遂克义兴。
魏丞相太原王乙浑专制朝权，多所诛杀。安远将军贾秀掌吏曹事，浑屡言于秀，为其妻求称公主，秀曰：“公主岂庶姓所宜称！秀宁取死今日，不可取笑后世！”浑怒，骂曰：“老奴官，悭！”会侍中拓跋丕告浑谋反，庚申，冯太后收浑，诛之。秀，彝之子；丕，烈帝之玄孙也。太后临朝称制，引中书令高允、中书侍郎渔阳高闾及贾秀共参大政。
沈怀明、张永、萧道成等军于九里西，与东军相持。东军闻义兴败，皆震恐。上遣积射将军济阳江方兴、御史王道隆至晋陵视东军形势。孔凯将孙昙扞、程扞宗等列五城，互相连带。扞宗城犹未固，王道隆与诸将谋曰：“扞宗城既未立，可以藉手，上副圣旨，下成众气。”辛酉，道隆帅所领急攻，拔之，斩扞宗首。永等因乘胜进击昙瓘等，壬戌，昙瓘等兵败，与袁村俱弃城走，遂克晋陵。
吴喜军至义乡。孔璪屯吴兴南亭，太守王昙生诣璪计事；闻台军已近，璪大惧，堕床，曰：“悬赏所购，唯我而已；今不遽走，将为人擒！”遂与昙生奔钱唐。喜入吴兴，任农夫引兵向吴郡，顾琛弃郡奔会稽。上以四郡既平，乃留吴喜使统沈怀明等诸将东击会稽，召张永等北击彭城，江方兴等南击寻阳。
以吏部尚书蔡兴宗为左仆射，侍中褚渊为吏部尚书。
丁卯，吴喜至钱唐，孔璪、王昙生奔浙东。喜遣强弩将军任农夫等引兵向黄山浦；东军据岸结寨，农夫等击破之。喜自柳浦渡，取西陵，击斩庚业。会稽人大惧，将士多奔亡，孔凯不能制。戊寅，上虞令王晏起兵攻郡，凯逃奔嵴山；车骑从事中郎张绥封府库以待吴喜。己卯，王晏入城，杀绥，执寻阳王子房于别署。纵兵大掠，府库皆空；获孔璪，杀之。庚辰，嵴山民缚孔凯送晏，晏谓之曰：“此事孔璪所为，无预卿事，可作首辞，当相为申上。”凯曰：“江东处分，莫不由身；委罪求活，便是君辈行意耳。”晏乃斩之。顾琛、王昙生、袁标等诣吴喜归罪，喜皆宥之。东军主凡七十六人，于陈斩十七人，其馀皆原宥。
薛索儿攻申阐，久不下；使申令孙入睢陵说阐，阐出降，索儿并令孙杀之。
山阳王休佑在历阳，辅国将军刘勔进军小岘。殷琰所署南汝阴太守裴季之以合肥来降。
邓琬性鄙暗贪吝，既执大权，父子卖官鬻爵，使婢仆出市道贩卖；酣歌博弈，日夜不休；大自矜遇，宾客到门，历旬不得前；内事悉委褚灵嗣等三人，群小横恣，竞为威福。于是士民仇怨，内外离心。
琬遣孙冲帅龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等兵一万为前锋，据赭圻。冲之于道与晋安王子勋书曰：“舟楫已办，器械亦整，三军踊跃，人争效命；便欲沿流挂帆，直取白下。愿速遣陶亮众军兼行相接，分据新亭、南州，则一麾定矣。”子勋加冲左卫将军；以陶亮变右卫将军，统郢、荆、湘、梁、雍五州兵合二万人，一时俱下。陶亮本无干略，闻建安王休仁自上，殷孝祖又至，不敢进，屯军鹊洲。
殷孝祖负其诚节，陵轹诸将，台军有父子兄弟在南者，孝祖悉欲推治。由是人情乖离，莫乐为用。宁朔将军沈攸之，内抚将士，外谐群帅，众并赖之。孝祖每战，常以鼓盖自随，军中人相谓：“殷统军可谓死将矣！今与贼交锋，而以羽仪自标显，若善射者十人共射之，欲不毙，得乎？”三月，庚寅，众军水陆并进，攻赭圻；陶亮等引兵救之，孝祖于陈为流矢所中，死。军主范潜帅五百人降于亮。人情震骇，并谓沈攸之宜代孝祖为统。
时建安王休仁屯虎槛，遣宁朔将军江方兴、龙骧将军襄阳刘灵遗各将三千人赴赭圻。攸之以为孝祖既死，亮等有乘胜之心，明日若不更攻，则示之以弱。方兴各位相亚，必不为己下；军政不壹，致败之由也。乃帅诸军主诣方兴曰：“今四方并反，国家所保，无复百里之地。唯有殷孝祖为朝廷所委赖，锋镝裁交，舆尸而反，文武丧气，朝野危心。事之济否，唯在时旦一战；战若不捷，则大事去矣。诘朝之事，诸人或谓吾应统之，自卜懦薄，干略不如卿。今辄相推为统，但当相与戮力耳。”方兴甚悦，许诺。攸之既出，诸军主并尤之，攸之曰：“吾本以济国活家，岂计此之升降！且我能下彼，彼必不能下我。共济艰难，岂可自措同异也！”孙冲之谓陶亮曰：“孝祖枭将，一战便死，天下事定矣，不须复战，便当直取京都。”亮不从。