嘉靖三十九年（庚申）
三月，倭大掠连江诸村。自德安、保安、嘉贤、中鹄、安义、仁贤、清河等里，穷谷深山，无不焚毁屠戮，财物罄掠无遗，凡三阅月。时倭舟尚屯沿海，感掠省会诸村，城门昼闭弥月。巡抚刘焘亲率兵追贼於闽安镇，贼遁去。
四月，倭犯长乐，刘焘复溃之。
嘉靖四十年（辛酉）
四月，倭寇长乐南北乡，杀掠无算，复往福清，抵福州。
嘉靖四十一年（壬戌）
四月，倭寇长乐，往福清，陷宁德。是岁，倭大举犯福建，巡抚游震得告急於浙督胡宗宪，檄参将戚继光率都司戴冲霄、把总胡守仁剿之，破贼於福清，余党走兴化；而都督刘显亦屡破贼，闽宿寇几尽。
嘉靖四十二年（癸亥）
三月，倭寇长乐。
四月，总兵戚继光至自浙（时入浙募兵），破倭於连江马鼻之百丈岩。巡抚谭纶自将中军，总兵官刘显、俞大猷将左右，合攻贼於平海。继光复以中军薄战，左右军继之，因风纵火，贼尽糜巢中，复兴化城。遂分别诸将趋福州，合击倭之支党於长乐，破之，倭悉遁去。残贼由北岭窥会城，千总胡世斌驱之，多赴海死。
十月，倭复大举入寇，戚继光遣兵分路剿之，把总傅应嘉又破之於连江小埕。
十一月，倭复犯连江东岱堡（同时扰莆田、晋江、福宁、惠安沿海各地），戚继光檄各卫所设疑兵防守，自与监军汪道昆屯兴化，进击之於仙游，大败之。
嘉靖四十三年（甲子）
贼续至，犯福清，戚继光尽擒斩之。
五月，尽歼屯海坛（今为平潭县）余倭。
嘉靖四十四年（乙丑）
四月，倭犯小埕，把总蒋伯清等击败之。时倭分港入寇，戚继光分遣击之，倭败遁，入福安、宁德，昼伏夜行，间多饿毙。官兵搜山剿捕，无免者。
十一月，指挥秦经国邀击倭舰於蓑衣渡，沈其三，追至北茭，斩首六十余级。
论曰：方明之兴也，方国珍、张士诚辈相继诛夷，余党入海，辄纠倭剽掠山东、浙江、福建沿海各地。太祖迭命汤和、周德兴於海上筑城堡，置卫所，专务防御，而海警渐息。及成祖以後，则非入贡不来。至是许栋等又引倭互市。逮栋败灭，汪直更资岛人为羽翼，入寇者遂络绎矣。东南告劫，皆汪直致之也。自嘉靖壬子後，十余间，滨海罹祸，中外骚然，财力俱诎。且是时武备久弛，控驭乖方，而内地奸民复勾引向导，遂令荼毒蔓延，生灵涂炭。微戚继光荡平之，其有宁宇耶？初，汪直引寇行劫，倭大获利，恒连岛而来，数岁杀戮殆尽，至有全无孑遗者。噫！讵足相偿哉！
闽海倭氛後记（附）
倭之来中国也，始与闽浙沿海奸民为市，各巨姓出母钱以资恶少，而没其利，阴为主持勾引，遂以成俗。然倭初惟劫以自资，既获厚利，势不自已，乃以数船之众横行各郡，佐以奸民及海上群盗，则非当时委靡之兵船水将及诸营佽飞所能敌矣。嘉靖丁未，诏用朱纨巡抚浙江，以绝祸本，因严海禁，重勾连主藏者之法。通倭奸豪以不利於己，蜚语中之。纨为言者所劾自杀，禁因日弛。於是徽人汪直、徐惟学、毛勳、李七、浙人徐海、陈东、叶明、闽人曾一本、许栋、广人许恩之流，争挟倭为难。自淮扬讫广海万余里，无不被其残杀，而闽祸始惨矣。向使能早严海禁，从朱纨徙薪之谋，则海滨蹂躏，何至若是烈哉？虽戚继光从浙提兵转战，与俞大猷蒐山捣海，竭智穷力，拯闽人於水火血肉之中，盖自嘉靖壬子迄丙寅，历时已十有五年矣。自是海宇虽略见清宁，洎万历壬子，禁遂益弛，不五十年间，奸民复相率与倭互市，而海氛又作矣。
先是长崎倭酋等安与荷兰人（时据鸡笼）构难，遣船寻其子秋安诘倭好乱者，遂煽传倭使蔡钦所陈思兰子督船三百艘来复仇，以考功郎董应举曾疏请严禁通倭，而海道石某（字楚阳）置二人於法也。丙辰五月，有明石道友者舣船东涌（海岛名）。谣讹既张，上下震骇，城门昼闭。巡抚黄承元（字玉田，按涌幢小品作与参）募人出探，无敢应者。最後以重犒得董伯起，至则登山，谨见二倭艖栖南风澳、布袋澳间，而潜伺其一於南礁。伯起被掩执，乃危辞以耸之。倭曰：“无他，欲借首军报命免死耳”。首军者，彼头目之称也。竟挟伯起去。是冬，黄公召宁海废将沈有容为水标参将，建牙东岐（在闽县合北里，即府志之翁崎）。有容治兵练械，振法周防，极见信任焉。明年四月，道友投诚，送伯起归。未几，倭渠桃烟门者，将二百余倭，杀掳浙兵，突入闽疆，夺渔船，掠渔户，而舟触东沙（海礁也）碎焉。然犹登陆，乘间出肆害。黄公乃檄沈便宜行事，各寨游俱听节制。沈遣王居华言道友受抚状，以动烟门。烟门欲得书为徵。已而果降，遂收桃等还报。是役始末计三年，不遗一簇而巨憝厥角，论者谓沈之功出於黄之善将将，亮哉。疏闻而黄卒於官，有容亦以谤毁日兴，改任山东矣。
闽海海寇始末记
天启六年（丙寅）
春，泉州海盗郑芝龙与弟芝虎据海岛，截商粟，树旗招兵，犯中左所。
初，泉州饥民剽掳海上，出没无恒，而芝龙为之魁。
五月，游击卢毓英攻郑芝龙不克，攻入中左所。
七月，郑芝龙劫商船，势寖大，其党谋攻广东海丰嵌头村以为穴。
芝龙初只聚船十余只，渐至百只。及福海严米禁，饥民附者益众，遂达千艘。
十二月，郑芝龙入闽，袭漳浦旧镇，杀守将。
巡抚朱一冯遣都司洪先春率舟师击之，不利。时芝龙有求抚意，泉州知府王猷遣谕退守海外，仍许立功赎罪。