二十有三日（壬辰），总兵柴大纪复诸罗，获伪军师侯元。
诸罗既复，代理府事同知杨廷理以陞知州陈良翼素得民心，请於台湾道永，檄令代理县事。福防同知杨绍裘奉委来台视府事。
二十有四日（癸巳），闽安协副将徐鼎士领兵抵艋舺。
艋舺环绕大河，为淡水要路，副将驻兵於此，有义民万余人协同守护。时诸宵小煽动，泉、粤各庄悉怀疑虑，赖寿同春开诚劝谕，民乃宁辑。
二十有七日（丙申），兴化协副将格绷额领兵一千六百人随汀州镇总兵普吉保至。
总兵普吉保船被风漂至凤山打鼓港，提督黄仕简令其统兵往北路会攻斗六门。
二月二十有三日（辛酉），复凤山。
先是，总兵郝壮猷久困大湖，郡城防兵仅千人，请援莫应。适福宁镇游击延山领兵一千人来郡，台湾道永福、同知杨廷理、知县王露拨所领义民一千五百人，请於提督黄，饬令游击延山率所领之兵，安平游击郑嵩率兵二百人同往大湖协剿，遂复凤山城。
三月八日（丙子），凤山复陷，游击延山、郑嵩、同知王隽死之。
时总兵郝壮猷遣游击郑嵩往新港剿捕，参将瑚图里往山猪毛汛会署都司邵振纲剿捕。而贼分攻粤庄及凤山城，伪遣人賫都司邵请援公文，钤用南路参将印。总兵郝不知其计，遂遣游击郑嵩领兵援之。贼先於硫磺溪筑坝蓄水，乘我兵甫渡，掘坝决水，贼众突出，兵民溺死者数百人。提督黄又调游击蔡攀龙兵八百人回郡，而凤山城兵单势弱，遂复陷。
九日（丁丑），总督常青奉命渡台督剿，原任台湾道杨廷桦补授台湾府知府。
总督常青甫入鹿耳门，即得凤山重陷信，飞札调兵，令同知杨廷理选募义民六千人分防协守，游击蔡攀龙领兵九百人仍守小南门外之桶盘栈，游击曾绍龙、守备李步云领兵六百人守东门外之草店尾，游击邱维扬、守备黄象新领兵七百人守北门外之柴头港，副将丁朝雄领兵三百人防护海口，参将潘韬领兵五百人守护城中。奉旨以黄仕简、任承恩调度失机，均革职递刑部治罪。其水师提督印务暂交总督常青代理，陆路提督印务以江南提督蓝元枚飞渡鹿港代理，授参赞。又特简原任两湖总督李侍尧总督闽浙，筹办军需粮饷事务，驻扎厦门。总督常青特授两湖总督衔，督守台湾郡城。总兵郝壮猷自打鼓港师散遁回，奉命即於军前斩之。先是陆路提督任承恩，自正月〔六日〕（乙亥）至鹿港，时彰化城经义民恢复之後，空城难守，把总陈邦光退驻鹿港。鹿港距彰化城二十里。提督任在许厝寮剿贼。千总黄荣、吴联贵阵亡，遂因兵少贼多，久住不战。贼匪则屯聚外快官、瓦磘尾等庄，连陷柳树岚、吴厝庄、凉伞树等粤庄、内快官、倒廍、北投、本县等泉庄。总兵普吉保及副将林天洛所领兵六千人，经提督黄仕简奏令会同总兵柴大纪合攻斗六门。总兵普吉保由诸罗取道鹿场，直抵鹿港，驻浦心庄。时逆爽及陈泮等屯聚大里杙、乌日庄、大墩、八卦山等处，叶省、蔡福等屯聚斗六门、水沙连、庵古坑等处，肆行焚劫。愚民皆被迫胁，是以日聚日多，披猖殊甚。
二十有七日（乙未），贼众攻郡，败之。庄锡舍来降。
郡城自贼重踞凤山後，匪众日炽，间日围攻。〔二十六日〕（甲午），南路贼庄大田至离城十五里之崁顶，先遣贼目分营挑战以示弱。〔二十七日〕（乙未），逆田率攻大东、小南二门，庄锡舍攻大南门，番妇金娘攻小东门，北路贼许尚等分攻大小北门。自卯至午，箐坎中贼众蚁聚，旗帜纷列，枪炮若雨。安平副将丁朝雄於红毛城中得旧贮大炮十余位，掘地得大炮子百枚，连夜运置各营，贼至辄轰击之，直达数里，歼贼无算。庄锡舍，泉人也，有弟庄达德者，劝其归顺，遣丁庄允赴郡，告之庄子才。子才时馆於道役，因给以书，被台湾道永令同知杨廷理讯问得实，令其賫札往谕来归。及锡舍攻大南门，先夕遣人来告。总督常遣参将特克什布率兵二百人往侦之，锡舍乘间入诣投诚。总督常即令其率党建功。时贼四面攻击，日夕将退，锡舍倒戈相向，呼声动地。同知杨与游击蔡乘势追杀，贼败去，锡舍即住札大湖，冀得擒贼，以功赎罪焉。自是贼匪或时来侵扰，或假道攻击，皆先期预知者，锡舍败其谋也。逆田闻锡舍既降，旋诱至离城十五里之南潭，阴使人羁縻之，而日虚张声势，每夜沿庄放火，城中兵少，未能分剿，日惟固守。而诸罗、大埔林、打猫、牛稠山等处贼匪分屯，亦不时攻扰。总兵柴大纪数请添兵於总督常，因令参将潘韬领兵一千人由海道往援之。
夏四月八日（乙巳），广东肇庆协副将官福领兵二千五百人、香山协副将谢廷选领兵一千五百人至。
时麻豆等三十八庄庄民请兵协剿，总督常乃拨兵三百人应之。庄旋陷，千总卢思聪阵亡。
五月三日（己巳），总兵柴大纪、普吉保会兵於土库。
比为此会者，议攻斗六门也，不果而还。於是良民被胁，尽为贼有。
八日（甲戌），新任淡水同知徐梦麟会副将徐鼎士、都司朱龙章、幕友寿同春抵白石湖山下，安抚居民。
淡水自寿同春克复之後，漳、泉、粤民尚能和辑，而大甲溪逼近贼巢，寿因率义勇赴鹿港谒提台任，意图合攻。既以兵少辞归堑城。而白石湖、金包里、七堵、八堵、三貂等处之漳、泉、粤人分庄互杀，漳人半屯於白石湖山上。同知徐梦麟自泉州领印抵艋舺，延寿同春为幕友，驰檄晓众，遣逻卒往白石湖传谕开导，约以五月八日下山就抚。至期，会副将徐鼎士、都司朱龙章、幕友寿同春及新庄巡检王增錞抵山下，就抚者仅数十人，余怀疑不果。即将数十人挈回安置。越五日，复往山中，人争来就抚。惟原任竹堑都司彭喜自知罪重，潜伏不出，旋为兵役所获。金包里、七堵、八堵等处，闻风解散，不下万余人。
十有一日（丁丑），总督常青帅师克南潭。
时庄锡舍擒伪女军师金娘及其贼众，又获南路伪元帅王坑郎及贼党林洪，槛送京师，伏诛。山猪毛义民副理刘绳组率义民一千三百余人，护送凤山参将瑚图里领兵百余人来郡。
十有九日（乙酉），福州将军参赞恒瑞协同侍卫八人领兵一千人及温州镇总兵魏大斌领兵一千人至。
是时，郡城粮富兵足，而凤山久陷。总督常青议进兵，令副将蔡攀龙、参将特克什布、同知杨廷理为前队，以溽暑不能速行，於城外扎营七处。
六月八日（甲辰），会兵於大甲溪。
大甲之为溪也，两山对峙，南彰、北淡，溪间其中，源发内山，湍流迅急，直达於海。迫近牛骂头、葫芦墩、红圳头，与大里杙唇齿相依，地势由高而下，稍平坦，易於俯制。时溪南皆贼，惟千总袁良熺率兵二百人同义民守御，力疲粮匮，各怀去志，而贼势愈张。同知徐梦麟招集义民，倚大甲之溪而扼其险，申请提督蓝发兵，檄请副将徐鼎士自艋舺移兵来援，兵久不至，淡北居民困甚。既而提督蓝委守备潘国材率兵六百人赴大甲会剿，副将徐亦领兵八百人同都司朱龙章会於大甲。同知徐复招募义民、番兵数千人，结营溪口、六块厝、南浦旧社分守之。命工铸大小炮二百余位，屡用溃贼。至是，淡北遂恃以无恐。
二十有四日（庚申），援诸罗，杀贼目叶省。
贼攻盐水港甚猛，总兵柴大纪告急於总督常。檄总兵魏大斌、副将詹殿擢领兵一千五百人往援，困於鹿仔草，不能进。复令游击蓝田玉率兵千人，由海道往援。贼集如蚁，以数万计
中点大炮击之，毙贼目叶省。