同日，日军分路攻剿：一由新竹大路，一出安平镇，一援三角涌。
中坜平顶各路尚未疏通，沿山之民时常逼城。日军分三路攻剿。一枝兵出新竹大路。一枝出安平镇新埔，遇新埔义民胡嘉猷扼守竹围，回环重叠，日军伤亡百余人，力疲收队而回。一枝兵出三角涌，遇三角涌义民黄晓潭、苏力、蔡国梁、黄国添、张龙安等率众力拒，开地窟以陷马足，沿山埋伏，日军路径生疏，为疑兵诱入，死伤亦百余人。适台北闻报，添兵派将，由大嵙崁驰援。有降将余清胜引导，由小路俯攻三角涌，遂破之。但平顶之民，恒聚众劫粮，杂沓纷至，日军颇形局蹐。闰五月初六日（西历六月二十七日），新竹绅民迎日军入城安民。
自二十三日北白川宫亲王率师团军队全力攻击大湖口等庄，大战三次，吴汤兴、吴光亮等及土勇接仗大败，死者二百余名，伤者百八十名。前扎新竹城栋字营傅德陞、郑以金等兵勇撤回。吴汤兴、徐骧等皆战败，奔回苗栗县。新竹绅士郑林等率众迎请日军入城安民。时日军止有二千余人，仅守城中，昼夜巡缉甚严，派兵数名在香山塘稽查行人来往。时台人伪造八条章程：一除去竹围，二割发，三借女人御用，四人死焚葬等事，印分各县；台人闻之，咸惧。
论曰：日军入新竹者只二千余人。新楚军扎在头份，傅德陞、郑以金扎近新竹南门外笔尖山。日军山根少将日夜防守，但人少不足分派驻扎，城内绅富乃雇勇协守，新楚军始不能克复新竹。外间谣言，新楚军如入新竹，必尽行斩杀，居民反生惶恐，遂致雇勇协守也。
同日，台湾府黎景嵩令生员林安澜、赖澄江等奉黎府命至三角涌，谕义民由山后攻击。
彰化北门外李来成素入山贩卖，熟悉新竹山内路径；同林、赖二生员、粮科书办陈周，请黎府给发公牌，及由府新颁银票万余，与三角涌义民黄晓潭、苏力、蔡国梁、张龙安等从山后攻击日军，险履崎岖，备尝艰苦。
闰五月初七日（西历六月二十八日），日军探至老科崎，为义民小挫。
日军既得新竹，将骑兵直赶到老科崎。忽徐骧等埋伏击之，直逼至新竹城外数里始回。
同日，台湾府黎景嵩使篮翎副将杨载云统领新楚军二营、傅德陞一营、郑以金一营进攻新竹。
日军驻竹止二千余人，派二守备兵把守香山大路，查察行人，擒拏山贼（以土人抗拒者为山贼）。吴汤兴率生员徐骧扼拒头份，大小数十战，不分胜负。黎府所招土勇已成，遂命副将杨载云（楚人）统领，并令栋军傅德陞、郑以金再隶新楚军。葫芦墩土人陈瑞昌亦招募土勇一营，绅富林姓助其军械，一齐并扎头份，每日邀战，以图恢复新竹。
同日，福州人葛竹轩由海道往台北，谒日人民政局长水野遵领护照；日人询以进取中路方略。黎府闻知，旋下狱。
葛竹轩，福州人，曾为栋军账房。自彰化梧栖港由海道到台北，向郊户算脑金。见伊泽修二学务部长，引见民政局长，请领护照。日方询以台中情形，葛谓富绅内渡，无复斗心；彰化饷匮，亦不足恃。此事岳裔所言，按即邱师爷，前与竹轩同为林荫堂幕友。后黎知府侦知，将葛竹轩下狱。后林家保出。
同日，台湾兵备道兼提督学政陈文騄回籍，绅民恭送登舟，以其印交刘永福。