是年，西宁王定国自武冈还，入广西，围肇庆，新泰侯郝尚久以潮州应定国，平南王尚可喜救肇庆，定国退。靖南王耿继茂、将军哈哈木急攻潮州，尚久以鸿逵前人揭阳，有隙。至是，因郝文兴来乞师，成功遣陈六御救之，竟疑，不敢开城纳兵。九月，潮州破，六御乃攻鸥汀埧等寨，引还。
定国之在肇庆也，以书抵成功，请会师。成功得书，往报师期，并上诸将战勋于行在。是年张名振复退大军于崇明之平洋沙。西甯王定国进封晋王。
八月，平国公芝龙遣家仆李德归闽，讲抚，成功缪诺，因以休士观衅。因朝命金砺撤兵还浙，而封芝龙同安侯、学士郑库纳赉诏及海澄公敕印授成功，封鸿逵奉化伯，芝豹左都督。
成功宴使者安平，辞以未裂土，不受爵。而遗书总督刘清泰，谓数十万众按甲待和，岂能枵腹？欲就漳、泉、兴、福各属，权宜借饷。不待报，遽遣官四出。清泰密谕诸城守敛戌避。郑虾还言成功三议：一先割四府，二不奉调，三不受部抚节制。
又比高丽不剃头，恐如姜骧、金声桓等降后激变。芝龙恐其子不受诏，复为书与弟鸿逵，使劝之。鸿逵复书，述：“大侄在中左，弟在白沙，兼渠行师所居靡定，相见尤罕，其肯听弟之言乎？”芝龙怅然，无可奈何。
甲午，成功伪设六官，改中左所为思明州，以邓会知州事。
月上鲁王豚米及滤溪、宁靖，诸宗室，礼待乡绅王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华朝荐、徐孚远等，军国大事，辄以相谘。考诸生学秀者入储贤馆。
是年，张名振、阮骏再入崇明所，夺北舟及归者至五日余艘。别将顾忠至天津，邀粮艘百余。名振登金山，望哭崇祯先帝，哀动三军。及议和，成功以不便劳师远征，使人召还，义师多不欲南，半引去。其后名振遇毒，议者皆咎成功，以故失浙海将士心。
岛上军以科饷为名，纵横衍蔓，上游延建俱有海兵出没。
闽抚佟国器密疏成功异志，恐以抚始终自误。上密勒福省督抚镇将，严饬守备，毋堕彼计。
其年夏秋，晋王定国自廉州出师，下高州，拔高明，围新会，广东震动。定国遣使成功请婚，且趣师。十月，使辅明侯林察总督南征，会晋王攻广州，闽安侯周瑞惮不敢进，于是西师大败。成功怒，欲斩瑞，诸将为请杖八十，革其职。
十一月，漳州守将以郡城约降。成功自思明州入海澄，夜勒兵，诸将未知所向，四鼓直抵漳城，开门迎入。守将朴世用、魏标、魏其志、知府房星耀、知县周琼、李奇生、范进等降，泉州诸县望风溃。成功复取同安。未几，甘辉攻仙游县，开地道入之，屠掠几无遗，和议遂绝。
大清命乌金世子统大军入闽。乙未夏五月，成功遣忠振伯洪旭，北镇陈六卿，取舟山，守把巴臣兴举军降。以六御守舟山，洪旭攻台温，召臣兴归思明。六月，堕安平镇及漳郡、惠安、南安、同安城撤兵，聚思明。以贝子将至，权清野敛戍也。
晋王定国复致成功书。
十二月乌金世子至泉州，遣人赉论至思明招降，不纳。易函称书，以祖大寿，洪承畴为辞，成功依违答之。丙申三月，贝子会泉州水师攻两岛，成功遣林顺，陈泽以炮舟出御。大舟先为飓风所飘，多登而遁，十余人浮至金门。断手刖耳鼻遣之。
别将攻白沙，不克而还。
六月，前冲黄梧以海澄来降，封海澄公。海澄军储多，成功使王秀奇、统黄梧、苏明同守。明兄茂先为施琅副将，琅之得罪也，茂实逸之。及茂从黄廷、黄梧人揭阳失利，遂军按法诛茂，并梧戴罪，故梧、明皆怨成功。贝子之入闽也，漳泉属邑皆下，惟海澄未复，梧、明惮秀奇，不敢动。适秀奇出计事，二人遂举城降。
时贝子重兵在漳，成功议率众北向以肄之，克期解缆。闻海澄变，诸将皆失色，成功奋然曰：“吾欲图大，岂以澄邑阻事？有不行者斩！”遂扬帆下闽安镇，省会震动。督抚出王进于狱，使治守具。南军屡攻不利，乃城牛心塔，以陈斌戍之。
梧封海澄公。明母犹在海上。召明入京为内大臣，梧因献平海策：请发郑氏冢，诛求亲党，设五商及迁海等事。
成功用法严，其下常惧诛，礼官陈宝钥、黄开泰，先后出降，大清辄贵显之，以招岛上人，岛上人多动心。然降将亦慕成功赉子殊渥，第宅供帐，与已无异。以故郝文兴等，迄死不贰。
是年，台州镇将马信，宁波镇将张私德，降于成功。各予白金五千两，蟒衣玉带一，信母妻各白金五百两，珠冠霞帔一。
是年，晋王定国奉桂王入云南。八月，大军复舟山，总制陈六御，英义伯阮骏死。丁酉春正月，晋王定国率兵讨孙可望，可望来奔。三月，定国公鸿逵卒于金门。大军复闽安镇，岛将引还。陈斌孤军守牛心塔，不得出。遣人招降，至福州，杀之，屠其军甘辉等还自闽安，攻宁德，满将阿克襄赴援，恃其骁勇，轻进，马蹶，裹创步战，为辉所杀。
戊戌，成功议大举取南京，曰：“据长江则江南半壁，皆吾囊中矣。”诸将多言南京道远城固，须数万人，不如近攻完利。惟马信力赞，乃以黄廷为前提督，洪旭为兵官，郑泰为户官，居守思明。自率中提督甘辉、后提督万礼、武卫林胜、统领余新虎、卫左镇陈魁、水陆甲士五万，号十万，举帆入浙。
攻陷乐清诸县，将进长江；次羊山，暴风覆舟，亡数千人。退泊舟山，整固舟辑，以图再举。
桂王遣周金汤由广东龙门航海，至思明，封成功为延平王，诸将升擢有差。成功以未有恢复功，辞王爵，称招讨大将军如故。是年，大清师入贵州，李定国、白文选等皆败。
已亥五月，成功全军北出，抵崇明，以兵部尚书张煌言尝从定西侯名振三入长江，知虚实，用为前驱。煌言请定崇沙为老营，不听。金焦沿江置炮，岛人乘南风盛，径抵瓜洲城下。
我师出御，死者千余，乘胜克其诚。以柯平为同知，守瓜洲。
成功留攻镇江，令煌言先捣观音门、仪真，官民迎降。六月廿四日，镇江军阵江口，成功登陆击之。战未合，周全斌率所部先登，陷阵。时大雨泞，骑皆陷于淖，海上军徒跣击刺，往来剽轻，我师竟败。提督管效忠走，朱操江被执，江南北大震。
成功入城，以全斌违令先动，将杀之，诸将力请，乃免。于是全斌带伤守镇江。七月，成功进围南京，移檄远近。
张煌言至芜湖、庐凤、甯、徽、池，太守令将吏，日纳款军门，凡得府四、州三、县二十四。金陵守御虽坚，亦欲议降。
煌言将向江西，驰书劝成功急攻南京，而分兵下成功不许。
崇明副将梁化凤先已降，又不时调化凤侦丹阳无备，遂引兵突入南京，乘南军怠，夜开城出，大有斩获。次日，满汉军倾城出战，袭破余新军，诸军皆溃，争赴舟，溺死无算，成功仅得登舟。获都督甘辉，杀之。
成功收溃军，犹数万人，扬帆出海，并弃瓜镇。镇江书生罗子木，抱成功足涕泣请留，不听。奉其父以从。成功攻崇明，不克而归。上江军闻之，亦溃，煌言跳身间行，得达台州。诸纳款者屠戮无遗，江右义旅陈九思众数万，保南饶山中，闻金陵之败，乃降。
是年，大军尽取云南，桂王出奔缅，李定国攻缅，迎桂王，不克。庚子，台州守将张承恩书诣张煌言，请降。明安达理出浙海，士卒病死大半，不战而归。达素两道指思明：大舡出漳州，小舡出同安，许隆、苏利等皆以兵会。成功使陈鹏守高崎，遏同安；郑泰出浯屿、御隆利。自率周全斌、陈辉、黄庭，次海门。五月十日旦，漳州兵乘风顺流迫海门，成功传令按舟勿动，俟大军齐出，乃击。呼吸间漳舡已至，击破闽安侯周瑞船，瑞与五府陈尧策皆死。遂攻陈辉船，辉举火药烧之，满兵跃起，且战且却。近午，风作潮涌，成功亲率巨舰冲之，郑泰自浯屿引舟合击，大军败，横尸浮海。有满兵二百力战，遣马信招降，乘夜沉之同安。
满兵向高崎、陈鹏约降，戒所部无动。满兵恃有内应，未及岸，弃舟争前。鹏部将陈蟒请曰：“事急矣，岂可待死？”
及殿兵镇隆璋齐出，大军皆指言鹏降，争赴之，比至，战遂不支，蹈海死者十七八。收鹏凌迟，以蟒代之。许隆等闻败引还。