是日，风雨昼晦，二将行数十里，仍疏称候饷，皆不行。庚子，曾后庙见，先一日，王遣官用牲预先只见之意，命勋臣芝龙行礼。丙午，大祀天地于南郊，命兵部主事徐孙彦颁诏于四方。
擢浦城知县郑为虹御史，巡仙霞关，仍知浦城，命太仆少卿林兰友巡抚江西，谕之曰：“江西憔悴于贪政久矣，卿往须破情格，以朕‘先教后刑，先情后法’八字行之。又八字曰‘小贪必杖，大贪必杀”。能行此十六字，始不负朕亲简耳。”设兰台馆，纂修《威朝实录》，以曹学佺领之。召闽县老人周良屏，问民疾苦。
冬十月，大清张天禄陷徽州，巡抚都御史金声死之。金堡奏言：“福京倚新安为北门，而臣前至仙霞，见郑鸿逵方遣兵出关，臣度其驻三衢耳，不能长驱也。陷既四十余日矣，我师逗留观望，未有争先之气，新令日行，民心日变，异时以精兵数万仰而攻之，犹当徘徊于衢、严、饶、信之间，能保其必下乎？起义举人汪沐日奔走乞援，曲折素谙，不以此时卷甲疾趋，乃令偕叶向曜借兵借饷，待其集事，须五十日，大事去矣！四方望闽中之兵，如在天上，今兵力将心，臣已窥其大略。上江疑而楚豫断，新安去而三衢危，陛下即欲为王审知，岂可得哉？”堡数危言，王嘉其才气，而郑芝龙不悦，授礼科给事中，出监郑遵谦军。
大清金声桓会兵围抚州，永宁王告急，张家玉言：“腹心之患在南昌，咽喉之患在徽州，既失徽则饶严危，失饶严则广信必不支，而崇关不能守，陛下大事去矣。兵贵速不贵久，贵合不贵分，我以待兔之愚，长彼蚕食之渐，坐而自毙。请急敕郑彩由杉关出抚建，分兵一捣南昌，一援饶州。再令黄光辉、曾德等，由江山直上衢严，袭徽歙，纵不能进，亦可自救。”
诸将施福，陈梧等皆善家玉计，而彩久驻邵武，不肯出关，有诏切责，亦不从，家玉太息而已。
是月，李自成将贺珍击败，张献忠兵于汉中。
十一月十五日，监军张家玉退大清兵于许湾。家玉约陈辉、林习山、蔡钦，三道会许湾。夜入定后，火起，令坚壁，敢救火者斩，且搜暗处置状。旦，兵果大至，四面突击，洪旭争先斩级，兵少却，家玉亲立阵前，督陈黄虎、李明忠、赵珩等出营大战，杀两总兵，获级四百，夺马四十匹，器械无算。午时，协将陈有功战死，大军合数万来战，矢如雨下，沿山举火，赤地震裂。大清将王得仁、邓云龙、侯天宠等，以书来招赵珩，令其劝降，众惶惑多偶语。珩惧互相疑忌，家玉执珩手，拔剑斫案曰：“行间离我兄弟，我等益当戮力，为国吐气。军中敢疑谤者，有剑。”人心始定，然犹无战意。十五日，子时，家玉设高皇帝，关壮缪位，牵诸将泣拜，设赏金于前，使郭毓卿、李明忠、陈良、赵珩，分帅死士百人，伏谷中，遂拔大营走。
大兵合一万来追，入伏，大军纷奔，家玉鼓噪回军，大破之。
步兵五千殆尽，骑兵舍马渡河，溺死过半，抚州围解。论者以是役为福州战功第一。
家玉令都司黄瑛，赍蜡书间道奔入抚州，檄永宁王部将谢志良、阎罗、宋萧声、曹兑光等，乘虚袭老营，十六日，战于金坡，家玉夹击，大军死者五百余人，马死者三百余匹。营中妇女三百四十三人，就近亲戚归之。收其酒米犒军，得乡绅诸生书，悉令烧毁。
时大清兵所至令民剃发，而南军遇无发者，辄杀不问。难民因是多输牛酒，为间导，南军咫只不得虚实，饷导俱绝。家玉设小牌，免死，给与，难民欢呼，来归者千百人。奏请遣人分入乡落解散，有能收复州县者，即以首领官酬之。阵没陈有功、叶寿予，祭葬荫谥，立祠许湾。斩总兵逃者许象乾，俱报可。于是军政明肃，人始用命。家玉奏功俱归永宁王，诏俟恢复南昌日，即封亲王。
是月，鲁王劳军于西兴。拜方国安为大将，统诸营。十二月朔，日有食之。吏部郎赵玉成，与尚书张肯堂同籍江南，上言臣等生长海滨，请以水师千人，从海道直抵君山，袭取南都，以迎陛下。计陛下陆行期，同会于金陵。王大喜，命郑芝龙具艘，芝龙笑诺。会有言水师诸臣宜留其家口，以防逃归者，事不果。于是王决意亲行。是月六日，发芋江，命芝龙留守福京，制置兵骧，兼掌宗人府事。南平、古田县民，远馈酒米。封郑遵谦为忠义伯。前汝南兵备副使郁启，遣赵贵入贺，以启为总理楚豫提督军务讨逆安顺兵部右侍郎，巡抚河南。诏辅臣黄鸣俊出衢州。东会王肃来朝。立春日，受百官朝，勿贺。
大清将张天禄，诱执大学士黄道周于婺源，生致南京，道周死之。是月，监安蒙白土舍沙定洲作乱，据云南，黔国公沐天波奔楚雄，定洲追之，天波走永昌。
大清顺治三年，丙戍，正月，王在芋江。初九日，夜雨雹如拳，唐邓二王及居守百官，行拜贺礼，不受。下诏以三大事自责，群臣俱戴罪。马金岭兵变，命路振飞往浦城安抚。都御史陆清源犒师浙江，鲁王使陈谦奉书称皇叔父，不称陛下，王怒，下谦狱。郑芝龙与谦有旧，钱邦芑出芝龙门，而见亲于王，密奏谦为鲁心腹，与郑至交，不急除，恐变生。王斩谦，浙闽聘好遂绝。川陕总督樊一蘅，遣官入贺。交址日本，皆遣使入贡，并手册答之。敕上游巡抚吴春枝，简练壮丁。赐松滋、东会、滤溪、延津，四王春宴银。广东布政司汤来贺，浮海转饷十万，迁户部右侍郎。江西御史艾南英，劾来贺奸邪，不可信用，不报。
王出师，次于延津，拜泉州布衣蔡鼎为军师；召郭熹、陈秀、引兵赴建宁；命朱成功出永定关；江西巡抚刘广胤，都给事中曾应遴，招抚阎寇；以黄光辉兵败，贬郑鸿逵为少师，责郑彩戴罪；上游巡抚吴春枝罢，以吴闻礼代之；赐降将郝摇旗名永忠，玺书；赐大学士王应熊于四川假便宜举用大小文武官；大雨雹，册皇弟邓王长子琳渼为陈世子，从征视膳，中书官讲读，导以礼仪；加守金华兵部尚书朱大典阁衔，命与方国安和衷同济时艰。
十六日，郑彩逃入永定关，张家玉曰：“新城永定，屏障福京，门户不可弃也。”彩怯，竟弃家玉逃入关，城中兵民皆窜。家玉与知县李翔，仰天恸哭，誓死不去。以乡兵二百人扼守新城，以亲兵百人战于城下，数十合，杀五百余人。大军马步围家玉三周，家玉中流矢，堕马折臂，气绝。都司林雄冒襆被入阵，杀一将，挟家玉还营，家人已遇害。王闻报，大怒曰：“统兵大将，尽走入关，独令文臣陷阵，何以自解？”家玉乞骸，曰：“臣得从八旬王父母，五旬父母生还相见，死无复恨。”优诏慰答。时阎兵在广昌，距新城二百里，家玉啮指血书请救。廿二日，阎兵至南丰，大清兵引退。
是月，沙定洲陷大理，蒙化，屠之。洱海道杨畏知起兵于西，定洲还围楚雄。
二月二日，王驻跸建宁，故何吾驺入觐，以为首辅。闽饷不足，郑芝龙白，遣给事中梁应奇督运广东，奏劾稽饷者数十人，命逮问，亦草应，潮州知府杨球遂止粤界，不敢入。芝龙令抚按以下皆捐助，有官助、绅助、大户助。又从李长倩言，开事例大官爵，部司道三百两，余百两；武紥数十两至于是倡优厮隶，尽列冠裳，拜谒官府，鞭挞里邻。守令莅讼，两造皆称职官，侧立而语，互殴于庭，不可制。受害者延颈大清兵，谣曰：“清行如蟹”，盖迟其来也。
晋张家玉右佥都御史，巡抚广信。制曰：“尔许湾捷而建抚复，壮猷追允文采石之前，新城守而杉关宁，嘉绩在莱公锁钥之上。今者箭疮勿药，宗社赖之，尔其即日领敕长驱，誓于今岁拜我孝陵。”家玉陛辞，言：“募兵制器，非一人一日可理，天下尽忠而且智，臣独忠而且愚，他日有急，陛下无以尹铎为少。”闻者悲壮其言。
先是，李自成已死，其党李锦、高一功等尚数十万众，因湖南巡抚堵胤锡请降。胤锡表闻，乞封锦等为侯，王难之。家玉及检讨蔡之俊合疏，言：“曲突徙薪，事几不再，当乘其锐气，会捣金陵，勿令转合敌人，后悔噬脐。”遂封自成妻高氏为英淑夫人；锦左军侯，赐名赤心；一功右军侯，赐名必正；余皆封侯，军名忠贞营。攻荆州，将克，会大雾，赤心等方蓐食，忽救兵数万至，师大溃，胤锡急令杨国栋、张光翠分守沣州回子河，以固湖南。
晦，命辅臣傅冠及朱成功，督郭熹、陈秀等，拒大清兵于永定关。加谢德溥东阁大学士，制置义兵。张家玉目请墓兵惠潮，王遣之。三月，夺郑彩永胜伯爵及黄钺赐剑。敕书命民被迫翦发者，竖义民旗自别白。命成功招集郑彩逃兵，毋令扰民。
王将取道于汀，命募兵汀州。施福、林顺至建阳，以张名振为捧日将军，副黄斌卿，屯舟山。赠松江死事夏允彝、沈犹龙、章简、李待问、侯承祖等官有差。吴江吴易起兵于太湖，授右副都御史，陈子龙佥都御史，杨廷枢兵部主事。
廿四日，大清兵陷吉安，万元吉退守皂口，傅冠自邵武趋建昌，饷匮，后军不进，拔营归冠乞罢，不许。夏四月，金华行宫成，贵官迎驾。王谕近臣曰：“靖义侯方国安，江上战功独多；勋臣刘孔昭，世臣中深明大义，辞公爵来归；科臣刘中藻，奉使开诏，挺然义形于色；勋臣郑遵谦，起义独先，诚心翊载；勋臣黄斌卿，虽未有恢复显功，而拒守舟山，相继进取。
此数臣者，朕均倚为腹心手足，在廷，其体朕心，毋致嫌疑。”
优诏晋贵州巡抚范矿右都御史。谕云南巡抚吴兆元，卿久镇滇强，无遗朕南顾忧。赠黄土隘死事元体中，李茂德等八人。黄斌卿袭杀副使荆本彻，夺斌卿伯爵。晋汤来贺，兼行在兵部右侍郎，便宜恢剿湖东。立三御营，以郭熹为镇武营，陈秀为威武营，黄光辉为勇武营。五日，王寿节，不受贺。用太牢遥祭二祖列宗，配以唐国祖宗。以程珣巡抚惠潮。
太清兵薄崇安、大学士蒋德璟自请行关诏责施福逗留，曰：“与张家玉守新城，而郑彩逃入关，何异福退？死三尺曷若前向死敌？”德璟请告归泉州。六日，皂口兵溃，万元吉入赣州。故赣督李永茂，自南雄遣吴之蕃、张国祚，帅粤兵五千拔赣、赣城仓皇争窜，元吉欲斩其妾之出署者，人心乃定。
十七日，大清兵围赣州，元吉与兵科给事中杨文荐，悉力拒守，苏观生引所部退走南康。王念国家元气之削，由于靖难，命追复建文年号，立方孝孺祠，设姚广孝像于阶下。又追复吴王允遇，卫王允熞，徐王允熙，及建庶人封谥。册封赵王，命抚臣卢若腾就近行礼。擢袁彭年吏科都给事中，晋土司沐增太仆少卿，沐懿四川右布政，以劝义输。以总兵包象乾守汀州，籍右宁，建瑞，乱民之壮者为兵，汰老弱归农。遣黄兴施福守崇安、林顺、曾德守仙霞，岁满更番。水军都督周崔芝，遣人如日本乞师。
王即位一年，无尺寸功。群臣建议者众，兵尚书吕大器言：“用人太滥，所用人又相援引，虐民丛盗，望治何由？”御史汤芬言：“可发海师直捣吴浙。”主事吴钟峦言：“首克南昌，选锋进取为上策。若舍此他图，关门一有骚动，全闽震惊矣。”王皆善之，而不能行。谕臣民曰：“尔等立朕为君，志在救民雪祖，朕将暂至邵武，相机出关。古人创业中兴，谁不危而后济？朕以‘宁进死，不退生’六字自誓，如有敢请驾回天兴及避幸广东者，立斩以殉。”