同治元年春三月，彰化警报至，知府洪毓琛（润堂，山东人，进士）已升汉黄德道，卸府篆。或劝之速行，对曰：「吾受朝廷厚恩，民情爱戴，一旦有变，委而去之，于心何安」！于是修城垣，备器械，抽厘劝捐，调选兵勇，以备战守。毓琛历任台湾，声望素洽，民有「洪菩萨」之称。旋以绅民恳留，奏调台澎道。时贼势猖獗，所在风鹤，兼之羽书旁午，请兵请饷，日不暇给。毓琛百计维持，以顾大局，人心倚以为重。二十三日，设立腰站，探报军情。时郡北处处皆贼，截抢文报，派往胥役，间被杀害，仅据细字印函潜通消息。设筹防局于郡垣，筹借洋商十五万两，于关税项下抵还，各营始有饷可给。时记名总兵曾玉明军抵鹿港，挂印总兵林向荣全师北上，洪道内顾守城，并筹备粮饷及器械铅药，由陆路接济林镇，使知府陈锷、同知凌定国、县丞姚〈氵靓〉、王建勳由水道接济曾镇。又准就鹿港郊商设法汇兑。又函饬鹿港盐馆，将盐价尽数提付曾镇。其竭力维持，不分畛域，皆此类也。
五月，地大震，郡垣倒坍百数十丈。洪道会同署城守参将石渠及在城绅士举人黄景祺等出赀重修。洪道率署知府马枢辉、署台防同知秦煦、署知县章觐文、候补同知图塔本、通判王恒修、萧澈、王衢昼夜巡防。饬委佐杂官十六员分门防守，稽查出入。获奸细李刣狗、罗海洋，诛之。近城之萧垄庄复有陈盖、杨毛、戴分、黄文滔等竖旗应贼，洪道以计擒之。
六月，游击陈鹰飞（厦门人，世袭云骑尉）以兵六百名至，遂出驻城外。时郡治兵力单薄，奸民岌岌欲动，至是人心稍安。已而师老无功，旋调赴吴帅军前差遣。毓琛以嘉义为郡治屏蔽，斗六又为嘉义藩篱，故催林向荣进军以规复彰邑。
秋九月，林镇至斗六，被围，告急文书猝至；毓琛屡派员运饷，俱不能达。未几，败耗继至，远近大震。乃委署府经王仲汶内渡请援。谕令城内挨抽壮丁，造册查点，无事各安生业，有警协同登陴。派兵每日出哨一次，于离城较近之南、北、东三路探有贼踪，即往掩捕。人心稍定。
十二月，署福建水师提督吴鸿源（春波，同安人）统兵抵郡。洪道以客兵道路生疏，须用本地人为向导，添调精兵屯勇千余名随军前往。洪道屡飞书内地请饷，巡抚徐宗干（树人，南通州进士）准其就地劝捐。时兵荒之际，富户避匿，乃激劝官幕，分上、中、下三等，筹捐十余万金，不能敷用；不得已权用票钞，通行郡治，以济眉急。出其服用玩器，命易钱以赡军。时已积劳成疾，又以逆贼未平，兵饷支绌，悲愤增剧。每与僚属议筹时务，未尝不泣下。弥留犹倚枕力疾作书示诸属僚，前后数十纸，皆剿贼事宜也。
二年六月，按察使司衔分巡台澎兵备道兼提督学政洪毓琛卒于任。洪公莅台数载，廉洁爱民，民丧之如失慈母。巡抚徐宗干奏请从优议恤，赠太常寺卿，荫一子入监读书。乡宦左赞善赵新、主事施琼芳等佥呈，以毓琛毁家纾难，保障全台，请援已故江甯布政使王梦龄、南河河营参将蔡天禄之例，于城内建专祠，查取在官事蹟，宣付史馆立传，并请饬下闽省督抚，转饬道府各官，将该故员灵柩照料回籍各情，都察院左都御史宗室灵桂据情代奏。奉旨该部议奏。
论曰：洪公岂弟君子，民之父母，于将略似非所长，然艰难拮据，策应前敌，保全郡城，力持危局，所谓以死勤事者，殆其人欤！赵赞善谓其保障全台，谅矣。又岂草草一死，轻同注瓦，以贻无穷之祸者，所得相提并论哉？