在君此文前半篇的用意不过是要说明两点：一、科学的对象并不是“死物质”，只是概念和推理——都是心理的现象；二、各色各样的“人生观”，都是概念和推论，当然都应该受科学方法的审查评判。
但很不幸的是在君提出了所谓“科学的知识论”——“存疑的唯心论”——把问题引到“知识论”上去了，引起了后来不少的争论。（后来君劢《再论人生观与科学》，其中“所谓科学的知识论”章就占了十页。林宰平先生《读丁在君的玄学与科学》，全文四十页，而这个知识论问题也占了一大半。）在君后来（《答张君劢》）也说这种“知识论本来是理论，本来有讨论之余地的”。他又解释他说这种知识论是“科学的”，并不是说这是已经“有定论的”，只是“因为这种知识论是根据于可以用科学方法试验的觉官感触”。在君也承认这种理论“所根据的事实本来很复杂的，我用了二千字来说明，我自己本来觉得不透彻，可以讨论的地方很多。”他也承认他说的这种知识论最近于马哈（Mach）的唯觉论，和杜威一派的行为派心理学，和罗素所代表的新唯实论，“都可以说是科学的，因为他们都是用科学的结果同科学的方法来解决知识论的。”
在君这样再三说明，可见得他当初提出“科学的知识论”是一件不幸的事。把本题岔到别的问题上去了，所以是不幸的。
什么是在君的《玄学与科学》一篇长文的“本题”呢？他后来在《玄学与科学的讨论的余兴》（《努力》第五十六期，十二年六月十日）里，曾对林宰平先生说：
读者要记得，科学方法是否有益于人生观，欧洲的破产是不是科学的责任，是这一次讨论里面最重要的问题。
当日旁观的吴稚晖先生也曾说：
最近张、丁科学之争，……主旨所在，大家抛却，惟斗些学问的法宝，纵然工力悉敌，不免混闹一阵。实在的主旨，张先生是说科学是成就了物质文明，物质文明是促起了空前大战，是祸世殃民的东西。他的人生观是用不着物质文明的。就是免不了，也大家住着高粱杆子的土房，拉拉洋车，让多数青年懂些宋明理学，也就够了。于是丁先生发了气，要矫正他这种人生观，却气极了谩骂了玄学鬼一场，官司就打到别处去了。后来他终究对着林宰平先生把他的初意简单的说了出来。（《箴洋八股化之理学》）
我们现在应该把“官司”打回到“本题”上来，依照吴先生的看法，把在君自己点出的两个本题的次第倒过来：
第一：欧洲的破产是不是科学的责任？
第二：科学方法是否有益于人生观？
第一个本题是：欧洲的破产是不是科学的责任？在君此文的第五段说“科学与玄学战争的历史”，第八段论“欧洲文化破产的责任”，应该合起来看，因为这两段都是历史的叙述，叙述的是欧洲中世纪以来玄学与科学的关系。在君指出，在欧洲的中世起，所谓“玄学”（Metaphysics）始终没有同“神学”分家。宇宙的问题，人生的问题，都得由神学同玄学解答的。十七世纪的新天文学和新物理学的祖宗嘉列刘（即葛理略Galileo，君劢译作盖理雷）发明地球是动的，当时罗马教的神学家再三警告他，宇宙的问题不是科学所能解答的。嘉列刘不服从罗马教的警戒，于是1633年6月22日主教大会正式宣言：
说地球不是宇宙的中心，非静而动，且每日旋转，照哲学上神学上讲起来，都是虚妄的。
但十七世纪以来，科学逐渐占胜利，向来属于玄学范围的“宇宙”就被科学抢过去了。到了十九世纪中叶以后，经过激烈的斗争，生物学也变成科学了。到了十九世纪的末年，“连玄学家当做看家狗的心理学也宣告独立了”。
但是，科学方法在知识界尽管处处胜利，神学的势力仍然存留在社会、教育、政治各方面。在君在英国住了七年，又常在欧洲大陆旅行，所以他很明白这种情形。他说：
就在十九世纪之初，高等学校的教育依然在神学家手里。……
一直到了《物种由来》出版〔之后〕，斯宾塞（Spencer）同赫胥黎（Huxley）极力鼓吹科学教育，维多利亚女皇的丈夫亚尔巴特亲王改革大学教育，在伦敦设科学博物馆、科学院、医学院，伦敦才有高等教育的机关；化学、地质学、生物学才逐渐的侵入大学。然而中学里的科学依然缺乏。故至今英国大学的入学试验没有物理化学。在几个最有势力的中学里面，天然科学都是选科，设备也很不完备。有天才的子弟，在中学的教育几乎全是拉丁、希腊文字同粗浅的算学。入了大学以后，若不是改入理科，就终身同科学告辞了。这种怪状，一直到二十年前作者到英国留学的时代，还没有变更。……
到了二十世纪，科学同神学的战争可算是告一段落。……〔然而〕教育界的地盘都在神学人手里。全国有名的中学的校长，无一个不是教士。牛津剑桥两处的分院院长，十个有九个是教士。从这种学校出来的学生在社会政治上势力最大，而最与科学隔膜。〔例如大政治家首相格兰斯顿（Gladstone）极力反对达尔文，至死不变。〕近来做过首相的巴尔福（Balfour）……著的一部书叫《信仰的根本》，就是反对科学的。社会上的人对于直接有用的科学，或是可以供工业界利用的科目，还肯提倡，还肯花钱。真正科学的精神，他们依然没有了解；处世立身，还是变相的基督教。
这种情形，不但英国如此，大陆各国同美国亦大抵如此。
所以在君对于当时的“科学破产”、“物质文明破产”的呼声，是这样答复的：
欧洲文化纵然是破产（目前并无此事），科学绝对不负这种责任。因为破产的大原因是国际战争。对于战争最应该负责的人是政治家同教育家，这两种人多数仍然是不科学的。……
这班人的心理很像我们的张之洞，要以玄学为体，科学为用。……所以欧美的工业虽然利用科学的发明，他们的政治社会却绝对的缺乏科学精神。……人生观不能统一，也是为此。战争不能废止，也是为此。……
到如今，欧洲的国家果然都因为战争破了产了，然而一班应负责任的玄学家、教育家、政治家，却丝毫不肯悔过，反要把物质文明的罪名加到纯洁高尚的科学身上，说他“务外逐物”，岂不可怜！
第二个本题是：科学方法是否有益于人生观？在君对这问题毫无犹豫。他深信“真正科学的精神”是最好的“处世立身”的教育，是最高尚的人生观。他说《玄学与科学》长文里最精采的一段是这一段：