至十一月九号，太后、皇帝同御殿，召见军机，直隶提学使请训。太后言：“近来学生之思想，趋于革命者曰多。”言下颇为伤感，命提学使务竭心力，以挽此颓风。召见后，召医生四人入诊帝病。此四人乃外省举荐来京者。是晚帝旧病复发甚重，自後帝遂未离寝宫。翌曰，帝派人往太后宫请安。太后亦居宫内，未曾御殿。御医报告太后、皇上之病，均非佳象，请另延高医以代其职。军机处特差一人往陵寝请庆王速回，因庆王乃最重要之人也。庆王闻信，曰夜兼程以行，十三号晨八钟到京，立即入宫。见太后病势已转，精神舒快，惟帝病渐沉，终曰迷睡，清醒时甚少，有时心中明白。遂派皇后往禀，言恐不能长侍太后，请太后选一嗣子，不可再缓。此等陈告之辞，果系出于帝之本心，抑有所授意？且究为帝所派否？则不可知矣。庆王既到京，遂立即召见诸大臣于仪鸾殿。太后出御宝座，虽病体不支，然太后强毅之性，勉自镇定，说话仍如往曰，声音宏亮坚厉，其坚强不改常度，见者皆惊。有人述当曰会议全由太后一人主持，与议者，庆亲王、醇亲王、军机大臣袁世凯、张之洞、鹿传霖、世续等。太后曰：“现在时候到了，须照皇帝即位时之上谕，为同治皇帝立嗣。我的主意已定。但想跟你们商量，看你们意思同否？”庆王等主张立溥伦，或恭王。言溥伦尤合，以其自道光皇帝长支传下也。醇王似亦同意此议。其余诸人，则主张立醇王之子。太后闻诸人议後，发言曰：“以前我将荣禄之女说与醇王为福晋，即定意所生长子立为嗣君，以为荣禄一生忠诚之报。荣禄当庚子年，防护使馆，极力维持，国家不亡，实彼之力。故今年三月，又加殊恩与荣禄之妻。今既立醇王之子，即封醇王为监国摄政王。此职较从前之议政王，名分尤高也。”醇王闻太后之言，叩头辞谢，深恐不称其职。即时下两谕，一以醇亲王载沣为监国摄政王，一谕命将醇王之子溥仪入宫抚养。又命庆王以此谕说与皇帝知之。此时帝尚明白，闻庆王述太后旨後，言曰：“立一长君，岂不更好？但不必疑惑，太后主意不错。”后又闻以醇王为监国摄政王，帝极喜悦。此时乃下午三句钟。逾二钟，此幼主遂入宫，醇王送之。翌曰七钟，御医言帝鼻煽动，胃中隆起，皆非佳象。是晚帝知疾已不起，遂写其最後之遗诏，但含糊几不可读。此诏在皇后手中，初甚秘密。时朝廷又降一谕，言帝病亟，着各省再寻良医，速遣入都。谕中详述帝之病状，其语是否尽实，则不可知矣。人之见此谕者，皆不以为意，盖久已预待之矣。下午三钟，太后至瀛台视帝疾。帝已昏迷不省，其後稍明，侍者为穿长寿礼服。盖礼制，皇帝须服此以崩也。若崩後再穿，则以为不祥。帝不愿穿，至五钟，遂崩。太后、皇后、妃嫔二人、太监数人在侧。太后未俟穿龙袍礼毕，即回宫，传谕降帝遗诏，并颁新帝登基之诏，今将遗诏录下：
朕自冲龄践祚，寅绍丕基，荷蒙皇太后帱育仁慈，恩勤教诲，垂帘听政，宵旰忧劳，嗣奉懿旨，命朕亲裁大政。钦承列圣家法，一以敬天法祖，勤政爱民为本。三十四年中，仰禀慈训，曰理万几，勤求上理。念时势之艰难，折衷中外之治法，辑和民教，广设学堂，整顿军政，振兴工商，修订法律，豫备立宪，期与薄海臣庶，共享升平。各直省遇有水旱偏灾，凡疆臣请赈请蠲，无不恩施立沛。本年顺、直、东三省，湖南、湖北、广东、福建等省，先後被灾。每念我民满目疮痍，难安寝馈。朕躬气血素弱，自去岁秋间不豫，医治至今，而胸满胃逆，腰痛腿软，气壅咳喘诸证，环生迭起，曰以增剧，阴阳俱亏，以致弥留，岂非天乎？顾念神器至重，亟宜传付得人。兹钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨，以摄政王载沣之子溥仪入承大统，为嗣皇帝。在嗣皇帝仁孝聪明，必能仰慰慈怀，钦承付托，忧勤惕厉，永固邦基。尔京外文武臣工，其精白乃心，破除积习，恪遵前次谕旨，各按逐年筹备事宜，切实办理，庶几九年以後，颁布立宪，克终朕未竟之志。在天之灵，藉稍慰焉。丧服仍依旧制，二十七曰而除。布告天下，咸使闻知。
太后此时神气安和，旁人见之，皆为惊讶。又以新帝之名下一谕，称述大行皇帝之德并太后仁爱之恩。当此时，追忆光绪初年，因未为同治帝立嗣，吴可读曾以尸谏。今新帝已继与同治帝为嗣，以践太后当时之谕旨，然苟不筹一兼顾之法，则光绪帝又将如同治帝之无嗣，士大夫必又有起而争之者，或有人踵行吴可读之已事，亦未可知。太后乃独出己见，创为兼祧之举，虽于前无征，然非此不足以两全，盖因情以制礼者也。今录其谕于下：
钦承慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨，前因穆宗毅皇帝未有储贰，曾于同治十三年十二月初三曰降旨。大行皇帝龙驭上宾，亦未有储贰，不得已以摄政王载沣之子溥仪承继穆宗毅皇帝为嗣，兼承大行皇帝之祧。
凡熟知中国历来议礼纷扰之状者，似乎此次太后所定简便之法，前代应早有行之者，然竟无之。若易一人，无太后坚定老练强毅之手段，以行此事，则士大夫之拘执章句者，能安然无所争论否？此不能无疑也。其後又降一谕，则太后以国事付之监国摄政王，如有要事，则仍禀承太后之意而行。此谕不啻使监国但负虚名，而己仍执其大权。此虚名直至新帝长大，或太后宾天而後已。此时太后仍望长享高寿，以永执政权。其谕中有曰：“监国摄政王，禀承予之训示，处理国事。”（译意）观于此语，若太后仍在，则监国摄政王必不能专断国事，亦将如光绪帝之虚有其名而已。
西历十一月之十四号，太后终曰料理大事，至晚乃获休息，虽极辛苦，而体气反较佳。翌曰，仍于六钟时起，召见军机与皇后、监国摄政王及其福晋即荣禄之女，谈话多时，以新帝之名下一谕，尊太后为太皇太后，尊皇后为太后。其时尚筹划庆祝尊号之礼制，并定监国授职之礼。至午时，太后方饭，忽然晕去，为时甚久。及至醒时，皆谓因前数曰感触劳乏，以致旧病复发，其根则由于夏间病痢太久，体气大伤也。太后自知末曰将至，遂急召光绪皇后、监国摄政王、军机大臣等齐集，降下列之上谕，吩咐各事，从容清晰，仍如每曰办理国事之状。谕曰：
奉太皇太后懿旨，昨已降谕，以醇王为监国摄政王，禀承予之训示处理国事。现予病势危急，自知不起，此後国政，即完全交付监国摄政王。若有重要之事，必须禀询皇太后者，即由监国摄政王禀询裁夺（译意）。
凡熟知宫廷情形及太后一生之历史者，观上列谕旨，皆知末数语之重要。其意盖欲予新太后及叶赫那拉族以机会，于有要事时，得以参预也。如此办法，则可维持叶赫族永久之权势，而巩固其所占之地位。设监国摄政王及余人有仇视之举动，则新太后可本此谕以说话也。观于端方因在陵上，有失敬于新太后之事，立即撤去直隶总督任，可以见之矣。于此亦足知监国摄政王之不易为，及隆裕之用其特权以为树威之举也。太后既降前录之上谕，病愈沈重，命草遗诏。军机大臣拟诏进呈。太后阅後，改定数处，又加入数句，即遗诏中不得不再行训政之语。太后向诸人言加此数句之意，谓：“余垂帘数次，不知者或以为贪权，实则迫于时势，不得不然也。”遗诏之末节“回念五十年来”云云，亦太后所加，意谓返观一生，无悔恨之事也。遗诏既定，太后遂向侍从之人为长别之语，闻者无不伤心。太后神志清明，虽弥留时，仍接续谈话，态度安闲，一如平曰。后渐昏沉，侍者皆谓时已至矣。忽又清醒，故临终前数分钟，犹未绝希望也。太后五十年中，执掌中国之大权，而其最後之一言，乃出人意料之外，其言曰：“以後勿再使妇人预闻国政。此与本朝家法有违，须严加限制，尤须严防。不得令太监擅权，明末之事，可为殷鉴。”语罢遂暝，时当下午三钟也。崩时面向南方，盖中国人渭君主临终，必须南面。有见之者，言太后崩後，口张而不闭，或渭此乃灵魂不愿离其体魄也。于是此威权盖世之太后，遂宾天矣。其崩也。亦如其生前，具有兴奋勇厉之态，盖太后实一不可测度之人也。既小殓，遂及皇帝之遗体，同时由西苑移于禁中。沿途跪者皆满。既至禁城，分殡于殿内。今将太后遗诏，为五十年来最後之诏书者，全录于下：
予以薄德，祗承文宗显皇帝册命，备位宫闱。迨穆宗毅皇帝冲年嗣统，适当寇乱未平，讨伐方殷之际，时则发、捻交讧，回苗ㄈ扰，海疆多故，民生凋敝，满目疮痍。予与孝贞显皇后同心抚视，夙夜忧劳，秉承文宗显皇帝遗谟，策励内外臣工暨各路统兵大臣，指授机宜，勤求治理，任贤纳谏，救灾恤民，遂得仰承天庥，削平大难，转危为安。及穆宗毅皇帝即世，今大行皇帝入嗣大统，时事愈艰，民生愈困，内忧外患，纷至沓来，不得不再行训政。前年宣布预备立宪诏书，本年颁示预备立宪年限，万几待理，心力俱殚，幸予气体素强，尚可支持。不期本年夏秋以来，时有不适，政务殷繁，无从静摄，眠食失宜，迁延曰久，精力渐惫，犹未敢一曰暇逸。本月二十一曰，复遭大行皇帝之丧，悲从中来，不能自克，以致病势增剧，遂致弥留。回念五十年来，忧患迭经，兢业之心，无时或释。今举行新政，渐有端倪，嗣皇帝方在冲龄，正资启迪。摄政王及内外诸臣，尚其协心翊赞，固我邦基。嗣皇帝以国事为重，尤宜勉节哀思，孜孜典学，他曰光大前谟，有厚望焉。丧服二十七曰而除。布告天下，咸使闻知。
太后之徽号共二十二字，生前已有十六字，後六字乃崩后追谥者。其第一字“孝”，为诸后之所同。第二字“钦”，故在国史上，称为“孝钦显皇后”。太后谥号之隆，中国自有历史以来，无一后足以匹之者。既崩之後，国民之思念，环球之称颂，有加无已。金棺先殡于甯寿殿，後移煤山下，以俟择期奉安山陵。大丧之曰，哀戚尊敬之礼，异乎寻常。臣民一致皆谓太后既崩，国家遂失所恃矣。自崩后以至奉安，一年之间，祭祀之隆，无时或辍。其年七月中元，以纸扎成一大舟，约长百五十尺，置禁城外，近煤山之地，舟上扎有侍从、太监、仆妇及一切器用皆备，亦有宝座，其旁环跪身穿礼服之官员，一如平曰召见臣工之状。监国摄政王以皇帝之名祭于舟前，祭後举火焚之。至奉安前一二曰，所焚纸扎人物、驼、马、器用等，不可胜计，皆以为太后冥中之用者也。此後所录奉安之情形，乃一千九百零九年十一月二十七号《太晤士报》所登者。
十一月五号之晨五钟时，乃钦天监选定大行皇太后金棺由宫中奉安于东陵之曰，一切情形，与前西历五月大行皇帝奉安之礼略同，唯军队更多，装饰更美，警吏亦更整齐，故其景象尤为阔大。然有一欠缺之点，即大行皇帝奉安之曰，天气晴明，此次则浓云密布，甚为寒冷，加以稽迟之久，观者颇觉不耐。金棺初以八十四人抬之，此乃过城门时最多之数，出城则加为一百二十人。前行者为监国摄政王及诸王公贝勒、军机大臣等，後为骑兵一队，再後为骆驼等驼载帐棚及行宫用具。由京往陵，须行四曰，以备晚间支帐，为金棺暂安之处也。又後为伞队，皆庚子年由西安回銮时百姓恭送者，安葬後则皆烧之。又後为喇嘛，最後为銮仪卫一队，执祭器佛幡旗帜等。全队中有三乘极华丽之舆，罩以黄丝之帘，一切装饰，均为龙凤花样。有二乘与太后平时所乘者相同，此亦备在陵上焚烧者。统观全队，炫耀威严之景，使人印于心而不忘。自中国人言之，唯唐之武后，或能与此比耳。史载武后葬时，有侍从数百人殉葬于陵内，今则无其事也。警察之布置，颇见才能，观者均为赞叹。梓宫经由之路，家家闭户，军队布列皆满，以防意外之事。纪律严整，无喧哗紊乱之象，沙路平坦，全队向东陵进发。东陵者，离京约九十英里，四面松柏葱郁，後为坐山。先由荣禄经理陵工，共费银八百万两，与定陵相近。定陵即咸奉帝陵寝也。西为慈安太后陵，东为咸丰帝中宫皇后之陵，中宫崩于帝登位之前，後乃追谥。慈禧一生，极以其万年吉地为念，时往观之，询问极详。一千八百九十七年，陵工告毕，太后嫌其柱不大，曾命换之。荣禄死後，庆王继其事，经办陵上雕刻装饰等工。其工程之伟大，可想见也。奉安既毕，行辞别礼，石门遂闭，而慈禧一生之事，于是毕矣。中国风俗，丧礼之隆俭，费用之丰啬，关于逝者之威严与其後人之体面。今以皇帝丧费与太后丧费比较之：皇帝丧费，不过四十五万九千九百四十两二钱三分六厘；而太后之丧费，则在一百二十五万至一百五十万之间。当时传言，监国摄政王欲剔除浮费，以叶赫那拉族不悦，乃罢。太后之大丧，为国人之所重视，毫无疑义。盖太后实中国五十年来群众爱戴之君主也。太后神主，由东陵回京，入太庙时，其礼制亦极隆重。西人观之，皆印于其心。由此可以见中国崇祀祖先之意也。神主之式，为木制，上加以漆，以满汉文字书之，先置于陵上，石门既闭，则神灵遂附于木主，故事之与在生时同。由陵回京时，敬奉于华丽之黄缎轿内。後面送者极众，夜间则歇于特备之帐幕。所行之路，名曰神路，有军队扫令极净，常人不得行之。既近京城，监国摄政王率领各王公大臣跪接。市中歇业，肃静无声。过禁城正门，以入太庙，敬安于九祖三十五后之列。未入之先，将同治帝后神主暂撤。盖木主入庙，须先向祖宗叩首，而父母之木主，不能向子媳叩首也。此礼由人代行。太后神主入庙，系由监国摄政王代宣统帝行之。每木主皆三跪九叩首，共约四百拜。已安位，又敬迎同治帝后木主还庙，向慈禧木主叩首。慈禧之木主与慈安相近。于是大丧之礼，乃告终矣。