两宋学术，既受禅宗影响而兴，其工夫见地，又不能深入禅宗心法之奥，灯分余焰，以立理学一门，而成一家之言；其来龙去脉，略如上述。若其讲明心性之理，参究天人之际，罅漏至多，不及详矣。清初诸儒，如黄黎洲、顾亭林、李二曲、颜习斋、王船山辈，以遭逢世乱，鉴于宋明诸儒空疏迂阔之弊，力图矫正；以四朝之平时静坐谈心性，无补时艰者，欲悉举而反之。且目宋明诸儒，均为怪物，若谈虎而色变者然，亦已过矣。以学术而言学术，但论其内容之价值，至措之以收效于治平，而非治学者之责；衡之史乘，千百年间，学为圣贤仙佛者，代不乏人，而治臻上理，比隆前古，反多不觏，此岂为学者所能悉任其咎乎。
无论理学家学术思想之造诣如何，其一己之律己持躬，大都淡泊自甘，不求温饱，善恶之际，辨别尤严，岩岩行履，深有合于佛家之大乘行道，或同于比丘之戒律精严者，此皆足资矜式。宋末如文天祥，虽未标于理学之门，然观其所作《正气歌》，足为其人格之崇高代表，从容就义，殉道以终，非学究天人之际者，其孰能之?明代如王阳明之功业彪炳史册；此外，如李二曲、黄宗羲、顾炎武辈，其学养多从理学中陶冶而来，以成其充实光辉之美；故理学之陶钧万类，鼓铸群伦，其功实不可及。
综观理学之整个体系，可析为一大纲、两宗旨、三方法：一大纲者，要使学问与道体合一，至于极高明而道中庸，此为朱陆及各派之所同；两宗旨者，即朱子以道问学为尚，陆子以尊德性为主。道问学须多识前言往行，以博识弘文为务；尊德性则以体会得心性本然，则本立而后道生，其余皆在其中矣，此朱陆之所以异也。然其宗旨虽异，但皆主张从用工夫入手，至用工夫之方法，则有主敬、主诚、主静之不同；不论其用工夫方法以何者为是，而此所称用工夫之实，稽之先儒，均乏前轨，《语》《孟》之教，未尝及斯，《大学》所举之止、定、静、安、虑、得之次第，不过提示其要略耳。夫用工夫之说，本起源于佛法中之禅定，唐宋间禅宗之辈，不论僧俗，统皆于此致力，儒者效之，乃倡致学之道，必须于静中养其端倪，所谓主敬、存诚，皆止静工夫之一端耳。禅定所诣，差别多途，毫厘有差，谬隔千里；况禅定之极，仅为佛法中一种定解脱之学，至于慧解脱，则当尤有进焉。理学儒者于静定工夫，确有一番心得，但论其极致，大抵至于初禅二禅境地者为多，若言圣凡迥脱，如肇法师所云：能天能人者，岂天人之所能。非其所诣矣。禅宗三祖有言：才有是非，纷然失心。理学家者，尤皆未脱此一圈套，如能进而超越乎此，则两宋理学，当别有一番面目矣。
宋明诸儒之论心性、理气、性情、中和、形上、形下、已发、未发之理，皆有其独到之处，故认心身性命之学，宇宙万有本体之元，都已透彻见到，只从此一理上出发，未免有草率之嫌。充其所学，只是心理学上最高修养，使妄心意识，磨砻干净，留个荡荡无碍，清明在躬，即认为是妄心净尽，天理流行，衡之唯识家言，正是澄明湛寂之处，尚为第七末那识窠臼也。以言禅宗门下，正好痛吃辣棒，此中理则，比引繁多，姑置毋论。
以去人欲之私，存天理之正，为理学家修养之鹄的，如程明道云：天理二字，是我自家体贴出来。程伊川云：人只有个天理，却不能存得，更做甚圣人。周敦颐主诚，平生以默坐澄心，体认天理。伊川及朱晦庵(熹)则主敬，上蔡之常惺，龟山主静中观喜怒哀乐未发前，作为气象。和靖之使其心收至不容一物。虽皆精辟独到，要之不外乎有个澄澄湛湛境象，都是识阴区宇，若到禅宗门下，首须痛捧一顿，教令放下，直叫大死一番，贬轧得无地可容，而后转身一路，方可认得从来门户；若此之不落凡情，即取圣量，尚非知解宗徒所取，以言证悟，戛戛乎难矣。以此而论宇宙万有本体，终不外以思量分别之心，从我此心内之宇宙，比拟万有之宇宙，以推测其似，非究竟之理也。禅宗心法则超于是；故理学家言，若引之哲学思想范畴，则有可取，谓其进乎道矣，实为大有问题。
明儒王阳明，远绍陆象山心法，世称其已近于禅，其着名之四句教，为毕生学术思想中心，至有以之与禅宗心法并提者，实则大误。四句教云：无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶为良知，为善去恶是格物。若心之体，本无善恶，则此体为一废物，意动而忽生善恶，此善恶之来，纯出无根，而其于心体两不相关，何须为善去恶；为善去恶又与心之体有何关系?纵不为善去恶，心之体亦自无善无恶也，此其误一。心既有体，在善恶之意未动以前，非绝无善恶，为潜伏于体中耳；此心可称之曰性善，亦可称之曰性恶；因善恶两俱潜伏。如心之体，在意未动前，是净明无过；则应准《大学》之义称之曰至善；否则当用《荀子》之意，称之曰本恶；何得言无善无恶。无与有乃相对意义，各代表绝对之词；天下之无，何能生有，既认有心之体，而云无善无恶；于辩正名词上，不免过失；不若以无易非之为有当矣，此其误二。四句教中，为学得力处，只是一个知字；良知得辨其善恶，是以用为善去恶工夫，返此动意之初；如返之于无，则终成一个废物，明此心性何用?最不解者，此知之一字，又从何处生起?良知若从心体自生，心体绝非无物，良知若从外来，于心体绝无交涉；况此一知者，为是意动，为非意动?若为意动，落在善恶中矣；若非意动，知之一字，即为心之体，何云无善无恶为心之体，此其误三。阳明以一代儒宗，其四句教纲领，大误如此，世不之察，推为心性理学之极则，殊为识者所惜!儒师针石老人者，尝为文辨之，论说颇当。
大慧杲禅师有言曰：
而今学者，往往以仁义理智信为学，以格物忠恕一以贯之类为道；只管如博谜子相似；又如众盲摸象，各说异端。释不云乎!以思惟心测度如来圆觉境界，如取萤火，烧须弥山，临生死祸福之际，却不得力，盖由此也。杨子曰：学者所言复性，性即道也。黄面老子云：性成无上道。圭峰云：作有义事，是惺悟心，作无义事，是狂乱心；狂乱由情念，临终被业牵，惺悟不由情，临终能转业。所谓义者，是义理之义，非仁义之义；而今看来，这老子亦未免析虚空为两处；仁为性之仁，义乃性之义，礼乃性之礼，智乃性之智，信乃性之信；义理之义，亦性也；作无义事，即背此性，作有义事，即顺此性，然顺背在人，不在性也；仁义礼智信在性，不在人也；人有贤愚，性即无也；若仁义礼智信在贤而不在愚，则圣人之道有拣择取舍矣；如天降雨，择地则下矣。
所以云：仁义礼智信，在性不在人也；贤愚顺背在人，而不在性也。杨子所谓修性，性亦不可修，亦顺背贤愚而已矣；圭峰所谓惺悟狂乱是也；赵州所谓使得十二时，不被十二时使也。若识得仁义礼智信之性起处，则格物忠恕一以贯之在其中矣。
肇法师云：能天能人者，岂天人之所能哉!所以云：为学为道一也。(示人)儒者之见，若能进而体会于善恶、心物、理气之外，打破漆桶，则知佛出世入世之言，与乎心性修齐治平之道，悉在其中，何被滞于化迹，析虚空为两橛哉！