成吉思汗与王罕的决裂——克烈部被征服
在王罕先行不义的情况下，成吉思汗仍然扮演着忠实奴仆的角色，并无二心，他自信已经无可非议地向王罕尽了自己作为一名臣仆的义务。蒙古英雄成吉思汗向克烈部的君主提出了一个要求，希望王罕能够把女儿察兀儿别乞公主嫁给他的儿子术赤。王罕认为成吉思汗简直是异想天开，毫不犹豫地拒绝了，这一拒绝深深刺痛了成吉思汗的心。
对于日后发生的一切，毫无疑问，克烈部王罕承担着不可推卸的责任。他根本就没有想到这个臣仆有朝一日会成为他的竞争对手，因此也就不会想到公元1196年成吉思汗自称汗王，更不会想到要去除掉这个日后的障碍。自然，等他听到别人或多或少的议论，自己也多少有所察觉的时候，一切都已经太晚了。他已经年老体衰、满头银发，只希望平平安安地度过余生，最不愿看到的就是战火与硝烟。王罕的儿子、着名的桑昆（蒙语，意思同汉语的“将军”）开始催促其父亲同成吉思汗决裂，并建议同札木合联手抵抗成吉思汗。王罕同札木合私下里就一直有联系，当初札木合就是在王罕的煽动下才发动王室政变的。政变失败后，他一直避难于克烈部。札木合和桑昆经过密谋后，札木合对王罕说，“无论在气候恶劣的冬夏还是在温暖和旭的春秋，我都是一只生活在固定地方的白翎雀儿，而铁木真则是一只冬季外逃的雁儿。”与此同时，过去蒙古汗王的正宗继承人阿勒坛，因为将王室拱手让给他人，一直郁郁寡欢，他也趁此机会投入王罕的门下，并极力鼓动王罕向过去的同盟者成吉思汗宣战。
至此，成吉思汗结束了他作为王罕杰出助手的历史使命。公元1203年，成吉思汗同克烈部正式决裂。对成吉思汗的一生而言，这次决裂是一个决定性的转折点。从此，他开始为个人的地位和蒙古的未来而战斗。在桑昆的煽动下，克烈部人设下了计谋，装出要和成吉思汗和谈的样子，将其骗来准备在会谈中下手。后来由于阴谋败露，他们便将和谈改为突然袭击，希望在混乱中将成吉思汗一举擒下。克烈部的将领也客扯连向他的部下透露了这一计划，不想被两个名叫乞失里黑与巴歹的牧人无意中听到了。他俩连夜赶去向成吉思汗通报消息，为了感谢他们，成吉思汗给他们两人封官加爵。
得到了消息后，成吉思汗急忙开始准备战斗。据《秘史》记载，成吉思汗首先将人马撤至卯温儿山高地，在那里布置下一支精悍的防守队伍。第二天，他继续向后撤退至一座阿兰山（《元史》称作“阿兰”或“纳兰”，拉施特·哀丁将其称之为“哈剌丁阿尔”，夏真特将之称为“哈剌浑奥拉”，也就是《秘史》中的合剌合勒只惕额列惕，位于喀尔喀敦勒河发源地附近，属于兴安岭山脉的一个支脉）的附近。尽管事先得到了消息、作了准备，但成吉思汗还是遭遇了他平生最艰难的一次战争。战斗十分激烈，成吉思汗的两员猛将——兀鲁兀氏族的首领老主儿扯歹那颜与忙兀氏族的首领忽亦勒答儿薛禅发誓一定要拿下这场战争。忽亦勒答儿薛禅在穿越了敌人的重重封锁之后，终于把一面称作“蠹”的成吉思汗的战旗插上了敌人阵地背后的山岭上；老主儿扯歹那颜也不示弱，一箭射在克烈部桑昆的脸上。老主儿扯歹那颜与忽亦勒答儿薛禅在这场战争中立下了奇功。但终因寡不敌众，当天夜里成吉思汗不得不率部下撤离了战场。撤退中，成吉思汗的三儿子窝阔台和两个最忠实战将孛斡儿出与孛罗忽勒不见了踪影，他在旷野中四处呼喊却没有回音。后来还是他们自己追了上来，窝阔台颈部受箭伤，躺在孛罗忽勒的怀里。此情此景令素有“铁石心肠”之称的成吉思汗也不禁流下了眼泪。
成吉思汗沿着喀尔喀郭勒河，向贝尔湖与达赖湖北岸（《元史》中称作“东科湖”）撤退。成吉思汗妻子的娘家部落翁吉剌部人就生活在喀尔喀河与贝加尔湖的交界处。成吉思汗求助于翁吉剌部人，很快就得到了他们的大力支持和帮助。
就在达赖湖北岸，成吉思汗派人给王罕捎去口信，口信的内容有很多史料曾经引证或介绍过。在信中，成吉思汗回忆了过去那么多年中他和王罕之间的纯洁友谊，以及他曾为王罕所做的一些事情，希望借此感动王罕这个从前的主人。信中他称呼王罕为“父罕”，即他的父亲，以表明他仍然在小心地充当着他的臣仆。他说，他只要求父罕能够宽恕他（桑昆反驳说这是为了麻痹王罕，使他放松警惕性）。在信中，他还回忆起古代蒙古王室的后裔阿勒坛，说他自己之所以接受“汗王”称号，是因为阿勒坛和王室的其他继承人都拒绝继承王位。在这种史诗般的抒情诗句中，蒙古首领成吉思汗向他从前的宗主表明，自己在这个位置上是感到十分惭愧的。同时将自己对权力的轻蔑，以及作为臣仆的效忠之心，在这段着名的文字中也表露无遗。现在我们可以肯定地说，王罕对成吉思汗的坚强性格是丝毫不了解的，当他后来醒悟过来已经有些迟了，因此最初他毫无戒心地为成吉思汗提供保护，是欠考虑的。之后，他根本没有能力找到有力借口就放弃盟约，转而攻击成吉思汗，将机会拱手让给了自己的政敌。在成吉思汗与王罕的这场较量中，克烈部老国王始终表现得优柔寡断、胆小怕事，他所做的一切不过是迫于周围的形势和压力。直到他的儿子桑昆叛乱时，他都没有感到危机四伏。因此从本质上说，他根本不具备同成吉思汗较量的能力。
与此同时，在合兰真失败之后，成吉思汗的一部分随从弃他而去。这段日子，是成吉思汗作为一名统治者所渡过的最痛苦也是最艰难的日子。本来就寡不敌众，现在在人数上更加处于劣势，成吉思汗只得继续向北而行，直到西伯利亚（蒙古边境地区，也就是现在的外贝加尔省的边境）。成吉思汗带领剩下的这群忠实的追随者，最终停留在“赤塔以南，土喇河的发源地”（巴渚纳湖附近）。在那里，他们只能靠湖中的污水解渴，吃的东西也十分有限。他们就这样度过了公元1203年的夏天。与他一同在这里患难与共、艰苦共尝的人们后来都被称作“巴渚纳人”，成吉思汗成就伟业后也没有忘了这些忠实的追随者，给了他们丰厚的回报。就在成吉思汗卧薪尝胆的时候，他的反对者们结成的联盟又一次自行瓦解了。这些随着季节游牧的人们对于战争是毫无定性的。根据拉施特·哀丁的记载，答里台、火察尔、阿勒坛、札木合等几位同成吉思汗有仇的蒙古酋长，在投降于王罕之后，又秘密组织了一次暗杀克烈部国王的行动。结果他们的阴谋被王罕及时识破，王罕转而去攻打这些曾经的同盟者，他们只得仓皇逃窜，逃亡中给王罕留下了大批的牛羊、财宝。札木合、火察儿与阿勒坛到乃蛮部落避难，答里台却又一次被成吉思汗降服。
至此，形势已完全改变。公元1203年秋季，成吉思汗从巴渚纳出发一直到了鄂嫩河畔，准备向王罕发起新的攻击。成吉思汗的弟弟合撒儿一直在克烈部人手中，他通过弟弟给王罕传去一封信，信中他用虚情假意打消了王罕的疑惑，并作出保证，希望同王罕进行和谈。王罕答应了谈判，并给成吉思汗送来了“盛在牛角中的酒”，以便盟誓时使用。在麻痹王罕的同时，成吉思汗开始秘密进军，克烈部军队在猝不及防中四散而逃。这次战争的地点位于土喇河与克鲁伦河两河的发源地之间的者者额儿温都山（即《元史》上的折折儿运都山）。正是这次战役保证了成吉思汗最终的完全胜利。王罕脱黑鲁勒和他的儿子桑昆不得不向西方逃跑。他们逃到乃蛮部之后，王罕被一个并不认识他的乃蛮军官豁里速别赤杀死。他的头颅被砍下送给了塔阳，塔阳的母亲古儿别速拿着王罕的头颅作为供品，向死者灵魂奉祀，“为死者奏乐致敬”。王罕的儿子桑昆则横穿戈壁，逃到了额济纳附近的西夏王国边境。后来他在柴达木盆地过了一段时期的抢掠生活，最后到了库车的回纥人那里。在没有人注意的情况下，桑昆不知什么原因自杀了。
克烈部向成吉思汗投降，表示从此效忠于他。但成吉思汗却不能完全信任他们，他小心谨慎地将克烈部人派到蒙古的各氏族中，分散了他们的力量。但成吉思汗对王罕的弟弟札阿绀孛的部下却表现出了特别的关照，因为他自己曾经娶了札阿绀孛的女儿伊八合别乞，而他的小儿子拖雷则娶了札阿绀孛的另外一个女儿唆鲁忽帖尼公主，在后面的文章中我们将看到她在成吉思汗家庭中所起的重要作用。