画面回到博物馆，两个忍者一边吟诗作对，一边往旅行包里装奇珍异宝，那是一个不亦乐乎啊！东洋馆窗外的一棵老槐树上的树梢上，又一个紫衣人轻轻的噫了一声，
月光透过树枝的空隙照下来，也就是英国科学家发现的丁达尔效应，可以看见紫衣人的眼瞳居然是紫色的，当真是怪异了。
又一个黑衣人风驰电掣般转瞬即至，看见自己的同伴顷刻之间死于非命，怒从心头起，恶从胆边生，身上弥漫着的一股肃杀之气近乎实质化，惊的四方飞禽走兽四散而逃，对接下来的血雨腥风唯恐避之不及。
黑衣人已经看出来了两个忍者一个是土遁一个是木遁，端的是诡异难缠，黑衣人也不是泥捏的。三尺之内任你是大罗金仙也必死无疑。
随着黑衣人一步一步的靠近，拉开了战斗的序幕，忍者一看就是中忍级别，忍者的分类为，「上忍」、「中忍」、「下忍」。
「上忍」一般认为，能力愈强愈利害的忍者，经过一定的测试才能进阶，如果要这样分，的确也没有错，但是其实真正的分类方式是，上忍又称「智囊忍」，专门策略作战整体计划。
「中忍」，是实际作战时的指挥头子，当然忍术也得超群出众才行。
「下忍」又称「体忍」，相当于现代的特殊部队，在最前线实际作战的忍者。彼此之间等级关系泾渭分明。
「下忍」对「中忍」唯命是从，「中忍」对「上忍」俯首帖耳。可见其武功修为已达登峰造极之极，黑衣人即然有把握与之一战可见武功也是炼的炉火纯青，如果说一开始的黑衣人已达筑基期直指结丹之境，那么现在这个黑衣人的修为已达元婴之境。
接下来将上演怎样的刀光剑影呢？
画面回到东京西郊一户民宅里，江户川柯南在家看着电视，喝着咖啡酒井慧子坐在沙发上看着杂志，麻生和渡边则是在室内打台球，玩的那是一个不亦乐乎，各得其乐，柯南所料不错今晚的确是一个无眠之夜，伊藤早已出去收网去了。
画面回到博物馆内，黑衣人在奔跑的过程中抽出了自己的铁碎牙（也就是他的武士刀），向着两个忍者冲去，这一下犹如狼入羊群，两个中忍被打的只有招架之功没有还手之力，树上的紫衣人眉头都皱成一条线了，嘴里狠狠的哼了一声道：“两个废物！”你还别说树上的黑衣人说的还真的不假，他的修为是他们都无法比拟的，虽然打的天昏地暗，但是外面听不到什么声音，因为紫衣人早已用无上神通制造了一个结界。他可不愿意在没有得手之前提前暴露……
在这些忍者高手面前，不可一世的一三一部队形同虚设，这也无可厚非，毕竟不是一个等级上的概念。
刀光剑影每一招都是之攻要害，转眼间三人都挂了彩，树上的紫衣人实在是看不下去了，手捏无相指印，吸起地上的一片枯叶，一招拈花指就断了黑衣人一只手臂，端的是好生厉害，血染九天，发舞苍穹，争斗中的黑衣人立时老羞成怒，力劈华山将两个忍者逼退数丈之远，
后来这一幕被传为了佳话，据说鲁迅在仙台学医时听到后，立时弃医从文，毅然回国，在《纪念刘和珍君》中是这样写黑衣人的：“真的猛士，敢于直面惨淡的人生，敢于正视淋淋的鲜血……”当然这都是后话了。
在忍者狂风暴雨般的反攻中，黑衣人终于招架不住，精疲力竭的倒在血泊中。
两个忍者此时也已是强弩之末，按照原定路线撤退，并且按照原定计划将装满国宝的旅行包放在了博物馆外的垃圾桶里。
一切完毕后，两人迅速回到了自己的家乡——甲贺，也就是另一个忍者文化的发源地，经次一战，两人回去后必须闭关休养生息，受的内伤真的太严重了，但是他们能够顺利的回去吗？
日本全国震惊，在东京任何一个地方都可以听见警车的鸣笛声，东京的大街小巷都站满了人，打着哈欠相互询问到底是发生了什么事情，弄的如此兴师动众扰人清梦。
至于系统内的人员早已在第一时间得知了国立博物馆被盗的消息，内阁大臣洪泽小泉在小蜜家里乐不思蜀，一向慢条斯理的他当接到电话后，连裤子都来不及系就向着楼下自己的丰田奔去。
东京首相第一时间出现在了东京公安厅的专案讨论会上，由于警界的精英也就是别动队的父辈们正在着手调查总本部设在兵库县神户市滩区筱原本町的山口组（ろくだいめやまぐちぐみ）和一个日本极左派武装组织，被美国国务院认定为国际恐怖组织之一的赤军，又称赤军旅的火拼事件而分手乏术。
但此事已到了刻不容缓的地步，不尽早将国宝追回，损失不可估量后果不堪设想啊！这足见日本警务人员的储备是多么的匮乏，经过在三斟酌后，此次国宝失窃事件又移交给了江户川柯南的少年别动队。
虽然不被看好，但事到如今，只能死马当作活马医了。
柯南一组，在当天夜里就接受了任命，全权负责这起案子，追回失窃的国宝。柯南夜里动身就到博物馆进行了堪察，伊藤将狄安娜押回住所后也赶了过去。在小树林里发现了那件还是湿湿的裤子，经过酒井慧子的判断上面的液体乃是忍者惯用的醉嗅液，具有刺激性气味，短时间内可致嗅觉失灵，精神混乱，属于下三滥的手段。
伊藤施展“潜伏决”也发现了那个被移动过的下水道井盖。
麻生也斩获颇丰，在与值班室人员交谈中发现他们一个个言辞闪烁，眼眸中有着异样的神色闪现，在呼吸间发现空气中弥漫着一种淡淡的香味，轻轻嗅了嗅就发现这是女人身上特有的体味，对此他是在熟悉不过了。
根据他的经验判断这种体味的拥有者一定是一个“尤物”低头看见值班人员裤裆上那一道道还没有消散而触目惊心的褶皱时，麻生好像渐渐明白了什么，麻生对着值班人员说道：“检查所有设备的运转情况，把案发地点和中控室的视频记录给我调出来”值班人员见事情即将暴露吓的是魂不附体啊！
支支吾吾的说道：“是……是……”当麻生看见视频里黑衣人和忍者大战时也是惊出了一身冷汗，它总结出了五个字“很黄很暴力！”当看见中控室的视频时他整张脸都阴沉了下来，值班人员更是吓的魂飞天外，腿如簸糠，一个个都跪倒在地哀求道：“大人饶命啊！我等虽然玩乎职守，但对帝国绝无二心啊！望大人在给一次机会将功补过啊！”
麻生完全没有理会他们，只是呆呆得望着视频里的那道倩影怔怔的出神，心中暗道一声好美后，不耐烦的打断了他们的哀求“你们罪大恶极死有余辜，切腹向天皇赎罪吧”话落带着两本录像带走了出去。
身后却响起了一片片利刃与身体摩擦的响声，和强忍着疼痛的闷哼声。
作为皇室成员的麻生次朗深知这些人秉性，决对不能姑息养奸，许多大事都是坏在这些小角色身上的，只能宰了以儆校尤，不杀不足以平民愤，不杀不足以消众怒，身处于争权夺利的皇室之中，也造就了麻生的杀伐果断，因为这种环境中生长的人是不允许有丝毫妇人之仁的。
而于此同时，当伊藤看见东洋馆插入墙壁上的枯叶时，也深深的感到了问题的棘手，暗自思忖到“这内力好生雄厚，恐怕不在我之下，是个劲敌啊！”看见伊藤皱了下眉梢，
柯南问道；“伊藤，这事你怎么看”伊藤收敛心神沉吟片刻后答道；“大人，我觉得这是一起有预谋盗窃案，而且两方窃匪发生激烈的打斗，根据树叶插入的角度，我断定当时树上还有一位真正的高手，我抓到了一个嫌疑人，等待大人回去审问”柯南微微低头，红唇轻启；“也不像螳螂捕蚕，黄雀在后啊！会是谁呢？”
“…竹下君你怎么看”话峰一转柯南对着博物馆馆长说道，竹下深深的看了一眼伊藤后，回答道；“还是等他们回来在说吧，现在下结论尚且为时过早。”
柯南也不好在多问什么，轻恩一声后就去检察那具被砍的血肉模糊的黑衣人尸体了，在一无所获后又走向那位断臂倒在血泊中的黑衣人，在揭开脸上黑巾时，竹下浑身一震“是他”“哦？竹下君此人是谁？”柯南抬头向竹下问道，“他是博物馆的领事之一冈村啊！怎么会身着夜行衣倒在这里啊，他就是窃贼吗？”