六月，甲戌朔，以赵公世民为尚书令，黄台公瑗为刑部侍郎，相国府长史裴寂为右仆射、知政事，司马刘文静为纳言，司录窦威为内史令，李纲为礼部尚书、参掌选事，掾殷开山为吏部侍郎，属赵慈景为兵部侍郎，韦义节为礼部侍郎，主簿陈叔达、博陵崔民干并为黄门侍郎，唐俭为内史侍郎，录事参军裴曦为尚书右丞；以隋民部尚书萧瑀为内史令，礼部尚书窦璡为户部尚书，蒋公屈突通为兵部尚书，长安令独孤怀恩为工部尚书。瑗，上之从子；怀恩，舅子也。
上待裴寂特厚，群臣无与为比，赏赐服玩，不可胜纪；命尚书奉御日以御膳赐寂，视朝必引与同坐，入阁则延之卧内；言无不从，称为裴监而不名。委萧瑀以庶政，事无大小，莫不关掌。瑀亦孜孜尽力，绳违举过，人皆惮之，毁之者众，终不自理。上尝有敕而内史不时宣行，上责其迟，瑀对曰：“大业之世，内史宣敕，或前后相违，有司不知所从，其易在前，其难在后；臣在省日久，备见其事。今王业经始，事系安危，远方有疑，恐失机会，故臣每受一敕必勘审，使与前敕不违，始敢宣行；稽缓之愆，实由于此。”上曰：“卿用心如是，吾复何忧！”
初，帝遣马元规慰抚山南，南阳郡丞河东吕子臧独据郡不从；元规遣使数辈谕之，皆为子臧所杀。及炀帝遇弑，子臧发丧成礼，然后请降；拜邓州刺史，封南郡公。
废大业律令，颁新格。
上每视事，自称名，引贵臣同榻而坐。刘文静谏曰：“昔王导有言：‘若太阳俯同万物，使群生何以仰照！’今贵贱失位，非常久之道。”上曰：“昔汉光武与严子陵共寝，子陵加足于帝腹。今诸公皆名德旧齿，平生亲友，宿昔之欢，何可忘也。公勿以为嫌！”
戊寅，隋安阳令吕珉以相州来降，以为相州刺史。
己卯，祔四亲庙主。追尊皇高祖瀛州府君曰宣简公；皇曾祖司空曰懿王；皇祖景王曰景皇帝，庙号太祖，祖妣曰景烈皇后；皇考元王曰元皇帝，庙号世祖，妣独孤氏曰元贞皇后；追谥妃窦氏曰穆皇后。每岁祀昊天上帝、皇地礻氏、神州地礻氏，以景帝配，感生帝、明堂，以元帝配。庚辰，立世子建成为皇太子，赵公世民为秦王，齐公元吉为齐王，宗室黄瓜公白驹为平原王，蜀公孝基为永安王，柱国道玄为淮阳王，长平公叔良为长平王，郑公神通为永康王，安吉公神符为襄邑王，柱国德良为新兴王，上柱国博叉为陇西王，上柱国奉慈为勃海王。孝基、叔良、神符、德良，帝之从父弟；博叉、奉慈，弟子；道玄，从父兄子也。
癸未，薛举寇泾州。以秦王世民为元帅，将八总管兵以拒之。
遣太仆卿宇文明达招慰山东，以永安王孝基为陕州总管。时天下未定，凡边要之州，皆置总管府，以统数州之兵。
乙酉，奉隋帝为酅国公。诏曰：“近世以来，时运迁革，前代亲族，莫不诛夷。兴亡之效，岂伊人力！其隋蔡王智积等子孙，并付所司，量才选用。”
东都闻宇文化及西来，上下震惧。有盖琮者，上疏请说李密与之合势拒化及。元文都谓卢楚等曰：“今仇耻未雪而兵力不足，若赦密罪使击化及，两贼自斗，吾徐承其弊。化及既破，密兵亦疲；又其将士利吾官赏，易可离间，并密亦可擒也。”楚等皆以为然，即以琮为通直散骑常侍，赍敕书赐密。
丙申，隋信都郡丞东莱麹棱来降，拜冀州刺史。
丁酉，万年县法曹武城孙伏伽上表，以为：“隋以恶闻其过亡天下。陛下龙飞晋阳，远近响应，未期年而登帝位；徒知得之之易，不知隋失之之不难也。臣谓宜易其覆辙，务尽下情。凡人君言动，不可不慎。窃见陛下今日即位而明日有献鹞雏者，此乃少年之事，岂圣主所须哉！又，百戏散乐，亡国淫声。近太常于民间借妇女裙襦五百馀袭以充妓衣，拟五月五日玄武门游戏，此亦非所以为子孙法也。凡如此类，悉宜废罢。善恶之习，朝夕渐染，易以移人。皇太子、诸王参僚左右，宜谨择其人；其有门风不能雍睦，为人素无行义，专好奢靡，以声色游猎为事者，皆不可使之亲近也。自古及今，骨肉乖离，以至败国亡家，未有不因左右离间而然也。愿陛下慎之。”上省表大悦，下诏褒称，擢为治书侍御史，赐帛三百匹，仍颁示远近。
辛丑，内史令延安靖公窦威薨。以将作大匠窦抗兼纳言，黄门侍郎陈叔达判纳言。
宇文化及留辎重于滑台，以王轨为刑部尚书，使守之，引兵北趣黎阳。李密将徐世积据黎阳，畏其军锋，以兵西保仓城。化及渡河，保黎阳，分兵围世积。密帅步骑二万，壁于清淇，与世积以烽火相应，深沟高垒，不与化及战。化及每攻仓城，密辄引兵以掎其后。密与化及隔水而语，密数之曰：“卿本匈奴皁隶破野头耳，父兄子弟，并受隋恩，富贵累世，举朝莫二。主上失德，不能死谏，反行弑逆，欲规篡夺。不追诸葛瞻之忠诚，乃为霍禹之恶逆，天地所不容，将欲何之！若速来归我，尚可得全后嗣。”化及默然，俯视良久，瞋目大言曰：“与尔论相杀事，何须作书语邪！”密谓从者曰：“化及庸愚如此，忽欲图为帝王，吾当折杖驱之耳！”化及盛修攻具以逼仓城，世积于城外掘深沟以固守，化及阻堑，不得至城下。世积于堑中为地道，出兵击之，化及大败，焚其攻具。
时密与东都相持日久，又东拒化及，常畏东都议其后。见盖琮至，大喜，遂上表乞降，请讨灭化及以赎罪，送所获凶党雄武郎将于洪建，遣元帅府记室参军李俭、上开府徐师誉等入见。皇泰主命戮洪建于左掖门外，如斛斯政之法。元文都等以密降为诚实，盛饰宾馆于宣仁门东。皇泰主引见俭等，以俭为司农卿，师誉为尚书右丞，使具导从，列铙吹，还馆，玉帛酒馔，中使相望。册拜密太尉、尚书令、东南道大行台行军元帅、魏国公，令先平化及，然后入朝辅政。以徐世积为右武候大将军。仍下诏称密忠款，且曰：“其用兵机略，一禀魏公节度。”
元文都等喜于和解，谓天下可定，于上东门置酒作乐，自段达已下皆起舞。王世充作色谓起居侍郎崔长文曰：“朝廷官爵，乃以与贼，其志欲何为邪！”文都等亦疑世充欲以城应化及，由是有隙，然犹外相弥缝，阳为亲善。
秋，七月，皇泰主遣大理卿张权、鸿胪卿崔善福赐李密书曰：“今日以前，咸共刷荡；使至以后，彼此通怀。七政之重，伫公匡弼；九伐之利，委公指挥。”权等既至，密北面拜受诏书。既无西虑，悉以精兵东击化及。密知化及军粮且尽，因伪与和；化及大喜，恣其兵食，冀密馈之。会密下有人获罪，亡抵化及，具言其情，化及大怒；其食又尽，乃渡永济渠，与密战于童山之下，自辰达酉；密为流矢所中，堕马闷绝，左右奔散。追兵且至，唯秦叔宝独扞卫之，密由是获免。叔宝复收兵与之力战，化及乃退。化及入汲郡求军粮，又遣使拷掠东郡吏民以责米粟。王轨等不堪其弊，遣通事舍人许敬宗诣密请降；密以轨为滑州总管，以敬宗为元帅府记室，与魏征共掌文翰。敬宗，善心之子也。房公苏威在东郡，随众降密，密以其隋氏大臣，虚心礼之。威见密，初不言帝室艰危，唯再三舞蹈，称“不图今日复睹圣明！”时人鄙之。化及闻王轨叛，大惧，自汲郡引兵欲取以北诸郡，其将陈智略帅岭南骁果万馀人，樊文超帅江淮排，张童儿帅江东骁果数千人，皆降于密。文超，子盖之子也。化及犹有众二万，北趣魏县；密知其无能为，西还巩洛，留徐世积以备之。
乙巳，宣州刺史周超击朱粲，败之。
丁未，梁师都寇灵州，骠骑将军蔺兴粲击破之。
突厥阙可汗遣使内附。初，阙可汗附于李轨；隋西戎使者曹琼据甘州诱之，乃更附琼，与之拒轨；为轨所败，窜于达斗拔谷，与吐谷浑相表里，至是内附，上厚加慰抚。寻为李轨所灭。
薛举进逼高墌，游兵至于豳、岐，秦王世民深沟高垒不与战。会世民得疟疾，委军事于长史、纳言刘文静、司马殷开山，且戒之曰：“薛举悬军深入，食少兵疲，若来挑战，慎勿应也。俟吾疾愈，为君等破之。”开山退，谓文静曰：“王虑公不能办，故有此言耳。且贼闻王有疾，必轻我，宜曜武以威之。”乃陈于高墌西南，恃众而不设备。举潜师掩其后，壬子，战于浅水原，八总管皆败，士卒死者什五六，大将军慕容罗睺、李安远、刘弘基皆没，世民引兵还长安。举遂拔高墌，收唐兵死者为京观；文静等皆坐除名。
乙卯，榆林贼帅郭子和遣使来降。以为灵州总管。
李密每战胜，辄遣使告捷于皇泰主。隋人皆喜，王世充独谓其麾下曰：“元文都辈，刀笔吏耳，吾观其势，必为李密所擒。且吾军士屡与密战，没其父兄子弟，前后已多，一旦为之下，吾属无类矣！”欲以激怒其众。文都闻之，大惧，与卢楚等谋因世充入朝，伏甲诛之。段达性庸懦，恐事不就，遣其婿张志以楚等谋告世充。戊午夜三鼓，世充勒兵袭含嘉门。元文都闻变，入奉皇泰主御乾阳殿，陈兵自卫，命诸将闭门拒守。将军跋野纲将兵出，遇世充，下马降之。将军费曜、田阇战于门外，不利。文都自将宿卫兵欲出玄武门以袭其后，长秋监段瑜称求门钥不获，稽留遂久。天且曙，文都引兵复欲出太阳门逆战，还至乾阳殿，世充已攻太阳门得入。皇甫无逸弃母及妻子，斫右掖门，西奔长安。卢楚匿于太官署，世充之党擒之，至兴教门，见世充，世充令乱斩杀之；进攻紫微宫门。皇泰主使人登紫微观。问：“称兵欲何为？”世充下马谢曰：“元文都、卢楚等横见规图；请杀文都，甘从刑典。”段达乃令将军黄桃树执送文都。文都顾谓皇泰主曰：“臣今朝死，陛下夕及矣！”皇泰主恸哭遣之，出兴教门，乱斩如卢楚，并杀卢、元诸子。段达又以皇泰主命开门纳世充，世充悉遣人代宿卫者，然后入见皇泰主于乾阳殿。皇泰主谓世充曰：“擅相诛杀，曾不闻奏，岂为臣之道乎！公欲肆其强力，敢及我邪！”世充拜伏流涕谢曰：“臣蒙先皇采拔，粉骨非报。文都等苞藏祸心，欲召李密以危社稷，疾臣违异，深积猜嫌；臣迫于救死，不暇闻奏。若内怀不臧，违负陛下，天地日月，实所照临，使臣阖门殄灭，无复遗类。”词泪俱发。皇泰主以为诚，引令升殿，与语久之，因与俱入见皇太后；世充被发为誓，称不敢有贰心。乃以世充为左仆射、总督内外诸军事。比及日中，捕获赵长文、郭文懿，杀之。然后巡城，告谕以诛元、卢之意。世充自含嘉城移居尚书省，渐结党援，恣行威福。用兄世恽为内史令，入居禁中，子弟咸典兵马，分政事为十头，悉以其党主之，势震内外，莫不趋附，皇泰主拱手而已。