时临贺内史欧阳頠监衡州，兰裕、兰京礼扇诱始兴等十郡共攻頠，頠请援于勃，勃令帝救之，悉禽裕等。仍监始兴郡事。帝遣杜僧明、胡颖将二千人顿于岭上，并厚结始兴豪杰，同谋义举，侯安都、张偲等率F来附。萧勃闻之，遣锺休悦说停帝，帝泣谓休悦曰：“君辱臣死，谁敢爱命，仆行计决矣。”时蔡路养起兵据南康，勃遣腹心谭世远为曲江令，与路养相结，同遏义军。
大宝元年正月，帝发始兴，次大庾岭，大破路养军，进顿南康。湘东王绎承制授帝交州刺史，改封南野县伯，于是修理崎头古城徙居之。刘惠骞等望见恒有紫气冒城上，远近惊异，故惠骞等深自结于帝。寻改封长城县侯，南江州刺史。时宁都人刘蔼等资高州刺史李迁仕舟舰兵仗，将袭南康，帝遣杜僧明等据白口御。
二年，僧明禽迁仕，送南康斩之。承制授帝江州刺史。帝发南康，灨石旧有二十四滩，滩多巨石，行旅以为难。帝之发，水暴起数丈，三百里间，巨石皆没。进军顿西昌，有龙见水滨，高五丈，五采鲜曜，军民观者数万人。帝又尝独坐胡床于合下，忽有神光满合，廊庑之间，并得相见。赵知礼侍侧，怪而问帝，帝笑不答。时承制遣征东将军王僧辩督F军讨侯景，次盆城，帝率杜僧明等合三万人将会焉。时西军乏食，帝先贮军粮五十万石，至是分三十万石以资之。仍顿巴丘。会侯景废简文，立豫章嗣王栋，帝遣兼长史沈衮奉表于江陵劝进。承制授帝东扬州刺史，领会稽太守。
三年，帝帅师发自豫章。二月，次桑落洲。时僧辩已发盆城，会帝于白茅湾，乃登岸结坛，刑牲盟约。进次大雷，军人杜棱梦雷池君、周、何神，自称征讨大将军，乘朱航，陈甲仗，称下征侯景，须臾便还，云已杀景竟。
三月，帝与诸军进克姑孰，仍次蔡洲。侯景登石头城，望官军之盛，不悦，曰：“一把子人，何足可打。”密谓左右曰：“此军上有紫气，不易可当。”乃以猫琉贮石，沈塞淮口，缘淮作城，自石头迄青溪十馀里中，楼雉相接。僧辩遣杜崱问计于帝，帝以诸将不敢当锋，请先往立栅。即于石头西横垄筑栅。F军次连八城，直出东北。贼恐西州路断，亦于东北果林作五城，以遏大路。帝曰：“善用兵者，如常山之蛇，使救首救尾，困而无暇。今我师既F，贼徒甚寡，应分贼兵力，以强制弱。”乃命诸将分处置兵，帝与王琳、杜龛等悉力乘之，景F大溃。僧辩S命帝镇京口。
五月，齐遣将辛术围严超达于秦郡，帝命徐度领兵助其固守。齐F起土山，穿地道，攻之甚急；帝乃自率万人解其围，振旅南归。承制授帝征北大将军、开府仪同三司、南徐州刺史，进封长城县公。及王僧辩征陆纳于湘州，承制命帝代镇扬州。承圣二年，湘州平，帝旋镇京口。
三年三月，进帝位司空。及魏平江陵，帝与王僧辩等进S请晋安王乙太宰承制。十二月，晋安王至自寻阳，入居朝堂，给帝班剑二十人。
四年五月，齐送贞阳侯明还主社稷，王僧辩纳之。明即位，改元天成，以晋安王为皇太子。初，齐之纳贞阳也，帝固争之，以为不可，不见从。帝居常愤叹曰：“嗣主高祖之孙，元皇之子，竟有何辜，坐致废黜？假立非次，此情可知。”乃密具袍数千领及锦彩金银，以为赏赐之资。
九月壬寅，帝召徐度、侯安都、周文育，仍部列将士，水陆俱进，夜发南徐州，讨王僧辩。甲辰，帝至石头，前遣勇士自城北踰入。时僧辩方视事，闻外白有兵，遽走。帝大兵寻至，因风纵火，僧辩就禽。是夜缢之，及其子頠。于是废贞阳侯，而奉晋安王即位，改承圣四年为绍泰元年。壬子，诏授帝侍中、大都督中外诸军事、车骑将军、扬南徐二州刺史，持节、司空、班剑、鼓吹并如故。仍诏甲仗百人出入殿省。
震州刺史杜龛据吴兴，与义兴太守韦载举兵逆命。辛未，帝表自东讨，留高州刺史侯安都、石州刺史杜棱宿卫台省。甲戌，军至义兴。秦州刺史徐嗣徽，据城入齐，又要南豫州刺史任约举兵应龛，齐人资其兵食。嗣徽乘虚奄至阙下，侯安都出战，嗣徽等退据石头。丁丑，载及龛从弟北叟来降，帝抚而释之，仍以载兄鼎知郡事。以嗣徽寇逼，卷甲还都，命周文育进讨杜龛。
十一月己卯，齐遣兵五千，度据姑孰，又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩，领兵万人，于胡墅度米粟三万石、马千匹入石头。帝乃遣侯安都领水军夜袭胡墅，烧齐船，周铁武率舟师断齐运输，帝领铁骑自西明门袭之。齐人大溃，嗣徽留达摩等守城，自率亲属腹心，往南州采石，以迎齐援。
先是，太白自十一月丙戌不见，十二月乙卯出于东方。丙辰，帝尽命F军分部甲卒，对冶城立航，度兵攻其水南二栅。柳达摩等度淮置阵，帝督兵疾战，纵火烧栅，烟尘涨天，齐人大溃，尽收其船舰。是日，嗣徽、约等领齐兵还据石头，帝遣侯安都领水军袭破之，嗣徽等单舸脱走。丁巳，拔石头南岸栅，移度北岸起栅，以绝其汲路。又堙塞东门故城中诸井。齐所据城中无水，水一合贸米一升，一升米贸绢一匹，或炒米食之。达摩谓其F曰：“顷在北，童谣云，‘石头捣两裆，捣青复捣黄
’。侯景服青，已倒于此，今吾徒衣黄，岂谣言验邪。”庚申，达摩遣侯子钦、刘士荣等请和，帝许之。乃于城外盟约，其将士恣其南北。辛酉，帝出石头南门陈兵，送齐人归北者。及至，齐人杀之。壬戌，齐和州长史乌丸远自南州奔还历阳，江甯令陈嗣、黄门侍郎曹朗据姑孰，不从。帝命侯安都、徐度等讨平之，聚其首为京观。是月，杜龛以城降。
二年正月癸未，诛龛，其弟翕、从弟北叟、司马沈孝敦并赐死。
三月戊戌，齐遣水军仪同萧轨、库狄伏连、尧难宗、东方老、侍中裴英起、东广州刺史独狐辟恶、洛州刺史李希光并任约、徐嗣徽、王僧愔等F十万出栅口，向梁山，帐内荡主黄丛逆击，败之，烧其前军船舰。齐顿军保芜湖。五月丙申，齐兵至秣陵故城。己亥，帝率宗室王侯及朝臣，于大司马门外白虎阙下，刑牲告天，以齐人背约，发言慷慨，涕泗交流，士卒观者益奋。辛丑，齐军于秣陵故城，跨淮立桥栅，引度兵马。癸卯，自方山进及儿塘，游骑至台，都下震骇。帝潜以精卒三千配沈泰，度江袭齐行台赵彦深于瓜步，获其舟粟。六月甲辰，齐兵潜至锺山龙尾。丁未，进至莫府山。帝遣钱明领水军出江乘，要击齐人粮运，尽获之。齐军大馁，杀马驴而食之。壬子，齐军至玄武湖西北莫府山南，将据北郊坛。F军自覆舟东移，顿郊坛北，与齐人相对。其夜，大雨震电，暴风拔木，平地水丈馀。齐军昼夜坐立泥中，县鬲以爨，足指皆烂。而台中及潮沟北，水退路燥，官军每得番易。甲寅，少霁。是时食尽，调市人馈军，皆是麦屑为饭，以荷叶裹而分给，间以麦绊，兵士皆困。会文帝遣送米三千石，鸭千头，帝即炊米煮鸭，誓申一战。士及防身，计粮数脔，人人裹饭，k以鸭肉。帝命F军蓐食，攻之，齐军大溃。执嗣徽及其弟嗣宗，斩之以徇。虏萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起、王僧智等将帅四十六人。其军士得窜至江者，缚筏以济，中江而溺，流尸至京口者弥岸。惟任约、王僧愔获免。先是童谣云：“虏万夫，入五湖，城南酒家使虏奴。”自晋、宋以后，经絓在魏境江、淮以北，南人皆谓为虏，于时以赏俘贸酒者，一人裁得一醉。丁巳，F军出南州，烧贼舟。己未，斩刘归义、徐嗣#、傅野猪于建康市。是日解严。庚申，诛萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起等。