三年二月，南康王为相国，以帝为征东将军。戊申，帝发襄阳。自冬积霰，至是开霁，士卒咸悦。帝遂留弟伟守襄阳城，谓曰：“当置心于襄阳人腹中，推诚信之，勿有疑也。天下一家，乃当相见。”遂移檄建邺，阐扬威武。及至竟陵，命长史王茂与太守曹景宗为前军，中兵参军张法安守竟陵城。茂、景宗帅F济岸，进顿九里。其日，郢州刺史张冲迎战，茂等大破之。荆州遣冠军将军邓元起、军主王世兴、田安等会大军于夏口。帝筑汉口城以守鲁山，命水军主张惠绍、朱思远等游遏中江，绝郢、鲁二城信使。时张冲死，其F推军主薛元嗣及冲长史程茂为主。
三月乙巳，南康王即帝位于江陵。遥废东昏为涪陵王，以帝为尚书左仆射，加征东大将军、都督征讨诸军，假黄钺。西台又遣冠军将军萧颖达领兵来会。四月，帝出沔，命王茂、萧颖达等逼郢城。五月己酉，帝移屯汉南。是日，有紫云如盖，荫于垒幕。甲寅，东昏遣甯朔将军吴子阳、光子衿等十三军救郢州，进据巴口。七月，帝命王茂帅军主曹仲宗、康绚、武会超等潜师袭加湖，将逼子阳。水涸不通舰，子衿喜。其夜流星坠其城，四更中无雨而水暴长，F军乘流齐进，鼓噪攻之，俄而大溃，子阳等窜走，F尽溺于江，王茂虏其馀而旋。郢、鲁二城相视夺气。
先是，东昏遣冠军将军陈伯之镇江州，为子阳等声援。帝谓诸将曰：“夫征讨未必须实力，所听威声耳。今加湖之败，谁不讋服。陈武牙即伯之之子，狼狈奔归，彼间人情，理当凶惧。我谓九江传檄可定也。”因命搜所获俘囚，得伯之幢主苏隆之，厚加赏赐，使致命焉。
戊午，鲁山城主孙乐祖降。己未夜，郢城有数百毛人踰堞且泣，因投黄鹄矶，盖城之精也。及旦，其城主程茂、薛元嗣遣参军朱晓求降。帝谓曰：“城中自可不识天命，何意恒骂？“晓曰：“明公未之思耳，桀犬何尝不吠尧。”初，郢城之闭，将佐文武男女口十余万人，疾疫流肿死者十七八。及城开，帝并加隐恤，其死者命给棺槥。
东昏闻郢城没，乃为城守计，简二尚方二冶囚徒以配军。其不可活者，于朱雀门内日斩百馀人。尚书令王亮苦谏，不从。陈伯之遣苏隆之反命，求未便进军。帝曰：“伯之此言，意怀首鼠，可及其犹豫逼之。”乃命邓元起即日沿流。八月，天子遣兼黄门郎苏回劳军。帝登舟，命诸军以次进路，留上庸太守韦叡守郢城，行州事。邓元起将至寻阳，陈伯之犹惧，乃收兵退保湖口，留其子武牙守盆城。及帝至，乃束甲请罪。
九月，天子诏帝平定东夏，以便宜从事。前军之次芜湖，南豫州刺史申胄弃姑孰走，至是大军进据之。自发雍州，帝所乘舰恒有两龙导引，左右莫不见者。缘道奉迎百姓，皆如挟纩。仍遣曹景宗、萧颖达领马步进顿江宁。东昏遣征虏将军李居士迎战，景宗击走之。于是王茂、邓元起、吕僧珍进据赤鼻逻，曹景宗、陈伯之为游兵。是日，新亭城主江道林率兵出战，F军禽之于阵。大军次新林，建康士庶倾都而至，送款或以血为书。命王茂进据越城，曹景宗据皁荚桥，邓元起据道士墩，陈伯之据篱门。道林馀F退屯航南，迫之，因复散走，退保朱雀，凭淮自固。时李居士犹据新亭垒，请东昏烧南岸邑屋，以开战场。自大航以西，新亭以北，荡然矣。
十月，东昏石头军主朱僧勇归降。东昏又遣征虏将军王珍国列阵于航南大路，悉配精手利器，尚十余万，阉人王伥子持白虎幡督诸军。王茂、曹景宗等掎角奔之，珍国之F，一时土崩。F军追至宣阳门，李居士以新亭垒，徐元瑜以东府城降，石头、白下诸军并宵溃。壬午，帝镇石头，命F军围六门。东昏悉焚门内，驱逼营署官府并入城，有F二十万。青州刺史桓和绐东昏出战，因降。先是，俗语谓密相欺变者为“和欺”。于是虫儿、法珍等曰：“今日败于桓和，可谓和欺矣。”帝命诸军筑长围。
初，F军既逼，东昏遣军主左僧庆镇京口，常僧景镇广陵，李叔献屯瓜步。及申胄自姑孰奔归，又使屯破墩，以为东北声援。至是帝遣晓喻，并降。帝乃遣弟辅国将军秀镇京口，辅国将军恢屯破墩，从弟甯朔将军景镇广陵。吴郡太守蔡夤弃郡赴降。
十二月丙寅，兼卫尉张稷、北徐州刺史王珍国斩东昏，其夜以黄油裹首送军。帝命吕僧珍、张弥勒兵封府库及图籍。帝乃入，收嬖妾潘妃诛之，及凶党王咺之以下四十八人属吏，以宫女二千人，分赉将士。宣德皇后令追废涪陵王为东昏侯，授帝中书监、大司马、录尚书、骠骑大将军、都督、扬州刺史，封建安郡公，食邑万户，给班剑四十人，黄钺、侍中、征讨诸军事并如故。依晋武陵王遵承制故事，百僚致敬。己卯，帝入屯阅武堂，下令大赦。丙戌，入镇殿内。是日，凤皇集建邺。又下令：“凡昏制谬赋、淫刑滥役，外可详检前源，悉皆除荡。其主守散失，诸所损耗，精立科条，咸从原例。”丁亥，遣豫州刺史李元履以兵五千慰劳东方十二郡。
二年正月辛卯，下令：“通检尚书F曹东昏时诸诤讼失理及主者淹停不时施行者，精加讯辩，依事议奏。其义师临阵致命，疾病死亡者，并加葬敛，收恤遗孤。”甲午，天子遣兼侍中席阐文、兼黄门侍郎乐法才慰劳都下。追赠皇祖散骑常侍、左光禄大夫，皇考侍中、丞相。乙未，下令：“朱雀之捷，逆徒送死者，特许家人殡葬；若无亲属，或有贫苦，二县长尉即为埋掩。建康城内不达天命，自取沦灭，亦同此科。”又下令减损浮费，自非奉粢盛，修绂冕，习礼乐之容，缮甲兵之备，此外一皆禁绝。御府中署，量宜罢省，命外详为条格。
戊戌，宣德皇后临朝，入居内殿，拜帝大司马，解承制，百僚致敬如前。壬寅，诏进帝都督中外诸军事，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前后部羽葆、鼓吹，置左右长史、司马、从事中郎、掾、属各四人，并依旧辟士，馀并如故。甲寅，齐帝进帝位相国，总百揆，封十郡为梁公，备九锡之礼，加远游冠，绿綟绶，位在诸王上。策曰：
上天不造，难锺皇室，世祖以休明早崩，世宗以仁德不嗣。高宗袭统，宸居弗永，虽夙夜劬劳，而隆平不洽。嗣君昏暴，书契弗睹，朝权国柄，委之群孽，剿戮忠贤，诛残台辅，含冤抱痛，M类靡馀。公藉昏明之期，因兆庶之愿，爰率群后，翊成中兴，宗社之危已固，天人之望允塞，此实公纽我绝纲，大造皇家者也。