先是，帝造游击将军何澹之，左右见帝光曜满室，以告澹之，澹之以白玄，玄不以为意，至是，闻义兵起，甚惧。或曰：“裕等甚弱，陛下何虑之深？”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万，何无忌，刘牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成。”时F推帝为盟主，以孟昶为长史，总后事，檀凭之为司马，百姓愿从者千馀人。军次竹里，移檄都下曰：
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇圣明。自我大晋，屡遘阳九，隆安以来，皇家多故，贞良弊于豺狼，忠臣碎于虎口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑，天未忘难，凶力实繁，踰年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沈辱，七庙毁坠，虽夏后之离浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于兹，未足为喻。自玄篡逆，于今历载，弥年亢旱，人不聊生，士庶疲于转输，文武困于板筑，室家分析，父子乖离，岂惟大东有杼轴之悲，摽梅有顷筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而可存，孰有可亡！凡在有心，谁不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑S处者也。
是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，过于履虎，乘机奋发，义不图全。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、甯远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈俟奋，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长人收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等潜相连结，以为内应。同力协契，所在蜂起，即日斩扌熘荽淌钒渤?王修、青州刺史弘。义F既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以辑。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之节，翦馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俛眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之运，接势于已替之机，丹诚未宣，感慨愤激。望霄汉以永怀，眄山川以增伫，投檄之日，神驰贼庭。
三月戊午，遇吴甫之于江乘，帝躬执长刀，大呼，即斩甫之。进至罗落桥，遇皇甫敷，檀凭之战败，死之，F退，帝进战弥厉，又斩敷首。初，帝建大谋，有工相者相帝与无忌等近当大贵，惟云凭之无相。至是，凭之战死，帝知其事必捷。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
庚申，帝镇石头城，立留台百官，焚桓温主于宣阳门外，造晋新主于太庙。遣诸将追玄，命尚书王嘏率百官奉迎乘舆。司徒王谧与F议推帝领扬州，帝固辞，乃以谧为录尚书事、领扬州刺史，帝为镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。
初，晋陵人韦叟善相术，桓修令相帝当得州不，叟曰
：“当得边州刺史。”退而私于帝曰：“君相贵不可言。”帝笑曰：”若中，当相用为司马。”至是，叟诣帝曰：“成王不负桐叶之信，公亦应不忘司马之言。今不敢希镇军司马，愿得领军
佐。”于是用焉。
时诸葛长人失期，为刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之为具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志，并及诛。
四月戊子，奉武陵王遵为大将军，承制，大赦，惟桓玄一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，F谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：“王驹无罪而诛，此是翦除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？”驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝笺白大将军迎还，复其位。
玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，F军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之时为玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚F应振。为玄举哀，立丧庭。谦率F官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其馀封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。