原来谢琰素无将略，朝廷以资望迁擢，使开方面。到任后，日与宾客饮酒赋诗，谓贼不复来，全无防御。诸将咸谏曰：“贼近在海浦，伺人形便，宜修武事，潜为之备。前凝之以疏防失守，愿勿复然。”琰怒曰：“荷坚之众百万，尚送死淮南，孙恩小贼，败逃入海，何能复出！若其果来，是天欲杀之也。”于是谈咏如故。
哪知恩在海岛，息兵一年，仍复入寇，据余姚，破上虞，进及邢浦，杀得官军大败，长驱直至会稽。琰方食，闻报，投箸而起曰：“要当灭此而后食。”跨马出战，兵败，为贼所杀。
会稽复陷。牢之闻之，星夜来救，与贼战于城下，大破之，贼始退走。乃以大军屯上虞，使刘裕戍句章。句章城墙卑下，战士不盈数百，为贼出入要路，屡被攻围，守城者朝不保夕。裕至，率众固守。贼来犯，辄败之。恩知城不可拔，乃舍之北去，由海盐进兵，裕尾而追之，筑城于海盐故治。贼将姚盛来攻，裕开城出战，谓盛曰：“汝识我乎？敢来送死耶？”盛见裕，心已怯，强斗数合，手足慌乱，裕大喝一声，斩之马下。贼众皆溃。恩闻盛死，大怒，悉起大队来攻。裕选敢死士三百人，脱甲胄，执短刀，鼓噪而出，劲捷若飞，贼不能御，又大败。明日复来索战，裕不出。至夜掩旗息鼓，若已遁者。明晨开门，使赢疾数人立城上，贼见之，遥问：“刘裕何在？”曰：“夜已走矣。”贼闻裕走，争入城，裕猝起奋击，贼大骇，皆弃甲抛戈而走。乘势追击，斩获无数。恩知裕不可克，乃改计引兵向沪读。裕复弃城追之，海盐令鲍陋，遣其子嗣之，帅吴兵一千，请为前驱。裕曰：“贼锋甚锐，吴人不习战，若前驱失利，必败我军，可在后为声势。”嗣之不服，恃勇先进。裕知其必败，乃多伏旗鼓于左右。前驱既交，诸伏皆起，举旗鸣鼓，声震山谷，贼以为四面有兵，遂退，故得不败。嗣之益自喜，率军追之。裕止之不及，全军尽没。后阵丧气，亦大败，裕走。贼追之急，裕忽停骑，令左右脱死人衣，以示闲暇。贼见当走反止，疑犹有伏，不敢逼，裕乃徐收散卒，结阵而还。
却说贼将卢循，谓恩曰：“自吾起兵海隅，朝廷专以浙东为事，强兵猛将，悉聚于此，建康必虚，不若罄吾全力，溯长江而进，直捣京师，倾其根本，诸路自服。若专在此用兵，时得时失，非长计也。”恩从之，敛兵出海口，悉起其众，合战士十余万，楼船千余艘，浮海溯江，奄至丹徒，建康大震。牢之闻之，乃使裕自海盐入援，身率大军继进。时裕兵不满千人，倍道兼行，尽皆劳疲。及至丹徒，贼方率众登蒜山，扬旗鼓噪，居民惶惶，皆荷担而立。裕欲击之，人以为众寡不敌，必无克理。裕怒气如雷，身先士卒，上山奋击。众皆鼓勇而进，呼声震地，无不一当百。贼大溃，投岸赴水，死者弥满江口。恩狼狈还船，遂不攻丹徒，整兵直向建康。牢之至，见裕已胜，大喜，谓裕曰：“今虽胜之，而贼势甚强，彼船高大，吾战舰小，不能御之，奈何？”裕曰：“楼船非风不进，近日风静，未能即至建康。君以重兵拒之于前，吾以舟师尾之于后，以火攻之，无忧不克也。”牢之从其计，驰至石头，严兵以待。裕装火船廿只，亲自押后，乘夜风便，一齐点着，迳向楼船冲去。贼见火至，方欲扑灭，楼船已被烧着。风烈火猛、当之者皆焦头烂额，于是不依队伍，四路乱窜。牢之望见火起，送出舟师击之。前后夹攻，贼众大败。是役也，贼丧师徒数万，楼船几尽，登陆者又被官军随处截击。恩左右皆尽，所存残兵，不及十之一二，遂自使口远窜入海，三吴乃宁。牢之上裕功，诏以裕为建武将军，下邳太守，仍参牢之军事。裕是时方受命于朝，今且按下。
且说道子世子元显，年十六，性聪警，颇涉文义，志气果锐，常以朝廷受制外藩，必成后患，屡劝其父早为之计。道子乃拜元显骠骑将军，以其卫府甲士，及徐州文武隶之，使参国政。元显既当大任，以谯王尚之，及其弟休之为心腹，张法顺为谋主，以司马王愉为江州刺史，兼督豫州四郡，用为形援。时庚楷领豫州，闻之不乐，上疏言：江州内地，而西府北带寇戎，不应割其四郡，使愉分督。朝廷不许。楷大怒，知王恭与道子有隙，乃遣使说恭曰：“尚之兄弟，复秉几衡，过于国宝，欲假朝权，削弱藩镇，惩艾前事，为祸不小，及其谋议未成，宜早图之。”恭自诛国宝后，自谓威无不克，遂许之，以告仲堪、桓玄，二人欣然听命，推恭为盟主，刻期向阙。牢之闻之，来谏恭曰：“将军，国之元舅，会稽王，天子叔父也。会稽王又当国秉政，向为将军戮其所爱国宝兄弟，其深服将军多矣。顷所授者，虽未允惬，亦非大失。割庚楷四郡，以配王愉，于将军何损？晋扬之甲，岂可数兴乎！”恭不从，坚邀共事。牢之不得已许之。
再说仲堪多疑少决，虽应恭命，而兵不遽起。其时南郡相杨佺期，为仲堪心腹，有勇名，自谓汉太尉杨震之后，祖父皆为贵臣。矜其门第，江左莫及，而时流以其晚过江，婚宦失类，常排抑之。佺期每慷慨切齿，欲因事际，以逞其志，力劝仲堪速发。仲堪于是勒兵，使佺期率舟师五千为前锋，桓玄次之，己又次之，合兵三万，相继东下。元显闻变，知衅由庚楷，乃以道子书遗之曰：
昔我与卿，恩如骨肉，帐中之饮，结带之言，可谓亲矣。卿今弃旧交，结新援。忘王恭昔日陵侮之言乎？若欲委体而臣之，使恭得志，必以卿为反覆之人，安肯深相亲信？首领且不可保，况富贵乎？
时楷已应恭檄，征集士马，事难中止。乃复书曰：
王孝伯昔赴山陵，相王忧惧无计。我知事急，勒兵而至，恭不敢发。去年之事，我亦俟命而动，我事相王，无相负者，相王不能拒恭，反杀国宝，自尔已来，谁敢复为相王尽力？庾楷实不能以百口助人屠灭也。
书返，道子不知所为，谓元显曰：“国家事，任汝为之，我不与矣。”于是，元显自为征讨大都督，遣卫将军王珣、右将军王雅将兵讨恭，谯王尚之将兵讨庾楷。已亥，尚之大破庾楷于牛渚，楷单骑奔去。尚之乘胜，遂与西军战于横江，孰知杀得大败，所领水军尽没。元显大恐，问计于僚左。张法顺口：“北来诸将，吾皆得其情矣。王恭素以才地陵物，人皆恶其傲，既杀国宝，其志益骄。仗牢之为爪牙，而仍以部曲将遇之，牢之负其才，深怀耻恨。今与同反，非其本心。若以辨士说之，使取王恭，许事成即以恭之位号授之，牢之必喜而叛恭，倒戈相向，摧王恭之众，如拉朽矣。首恶既除，余党自解，何惧之有？”元显从之，乃致书牢之，为陈祸福，密相要结。牢之心动，谓其子敬宣曰：“王恭昔受先帝大恩，今为元舅，不能翼戴王室，自恃其强，举兵频向京师，吾未审其志，事捷之日，必能为天子相王下乎？吾欲奉国威以顺讨逆，何如？”敬宣曰：“大人言是也。朝廷虽无成、康之美，亦无幽、厉之恶，而恭恃其兵威，暴蔑王室，大人亲非骨肉，义非君臣，虽共事少时，意好不协，今日讨之，于情义何有？”牢之意遂决，以书报元显，许为之应。
时恭有参军何澹，至牢之营，相语久之，归谓恭曰：“吾观牢之颇有异志，直深防之。”恭不信，置酒请牢之，结为兄弟。悉取军中坚甲利兵配之，使帐下督颜延为前锋，与之俱进，且命速发。牢之至竹里，诱颜延入帐斩之，下令还兵袭恭。是时恭方出城耀兵，甲仗鲜明，行阵肃穆，观者环堵。敬宣突至，纵骑横击之，喊曰：“奉诏诛王恭，降者勿杀！”一军大乱，恭不意有变，惶急无措，回骑入城，门已闭。牢之婿高雅之，从城上射之，矢下如雨，左右皆散，恭进退无路，单骑而逃。又素不习马，行至曲阿，髀肉生疮，呼船求载，为人所执，送至京师，元显斩之于倪塘。恭临刑，犹理须鬓，神色自若，谓监刑者曰：“我暗于信人，所以至此。原其本心，岂不忠于朝廷乎？但令百世之下，知有王恭耳。”其子弟与党羽皆死。诏以牢之代其任，镇京口。