宗教改革运动和反宗教改革运动的三杰是路德、加尔文和罗耀拉。在思想认识上，所有这三人和紧在他们以前的意大利人比起来，或者和埃拉斯摩与莫尔一类的人比起来，他们的哲学观是中古式的。按哲学讲，宗教改革开始以后的一个世纪是个不毛的世纪。路德和加尔文又返回圣奥古斯丁，不过只保存他的教义中讲灵魂与神的关系那一部分，不保留关于教会的部分。他们的神学是一种削弱教会权力的神学。炼狱中的亡者灵魂能靠弥撒祭拯救出来，他们废弃了炼狱。教皇收入有一大部分仰赖免罪说，他们否定这一说。根据豫定说，把死后灵魂的宿命讲得与祭司的举措完全无关。这种种革新虽然在对教皇的斗争上起了助力，却阻碍各新教教会在新教国家做到像旧教教会在旧教国家那样有势力。新教牧师（至少在起初）也和旧教神学家一样偏狂执拗，但是他们的势力较小，所以为害也较少。
几乎从刚一开始，新教徒中间关于国家在宗教事务中的权限问题就有了分歧。不管哪国君主，只要他奉新教，路德就愿意承认他是本国的宗教首脑。在英国，亨利八世和伊丽莎白一世极力坚持自己有这方面的权力；德意志、斯堪的纳维亚以及（叛离西班牙后的）荷兰的新教君主们，也都采取同样态度。这加速了既有的王权扩张趋势。
但是对宗教改革的个人主义各方面认真看待的新教徒们，不愿意屈从教皇，也同样不甘心顺服国王。德意志的再洗礼派被镇压下去了，但是这派的教义传播到荷兰和英国。
克伦威尔与长期国会的争斗有许多方面；在神学方面，这争斗一部分是国家在宗教事务中应有裁决权这个意见的反对者与赞同者之间的争斗。逐渐，由于宗教战争闹得人疲惫倦怠，宗教宽容信念滋长起来，这信念是发展成为十八、十九世纪自由主义的那派运动的一个源泉。
新教徒的成功最初一日千里，主要因罗耀拉创立耶稣会才受了挫折。罗耀拉原先当过军人，他的教团是照军队榜样建立的；对总会长必须无条件服从，每一个耶稣会员应当认为自己正从事对异端的战斗。早在土伦特宗教会议时，耶稣会人就开始有声势。他们有纪律、精明强干、彻底献身于事业、善于宣传。他们的神学正是新教神学的反面；他们否定圣奥古斯丁的教义中为新教徒所强调的那些成分。他们信自由意志，反对豫定说。得救不是仅仗信仰做到的，而靠信仰和功德双方面。耶稣会人凭布道热忱，特别在远东博得了威信。他们作听神工的神父受到欢迎，因为（假使巴斯卡尔的话可信）他们除对异端外，比别种教士宽厚慈悲。他们倾注全力办教育，因而牢牢把握住青年人的心。他们所施的教育在不夹缠着神学的时候，总是无可他求的良好教育。后文要讲，他们传授给笛卡尔的大量数学知识是他在别处学不到的。在政治上，他们是团结而有纪律的单一整体，不避危险，不辞劳苦；他们敦促旧教君主进行残酷迫害，尾随着胜利者西班牙军的战尘，甚至在享有了将近一个世纪思想自由的意大利，再树立起异端审判所的恐怖气氛。
宗教改革和反宗教改革在知识界中的后果，起初纯是不良的，但是终局却是有益的。通过三十年战争，人人深信无论新教徒或旧教徒，哪一方也不能获全胜；统一教义这个中世纪的愿望必须放弃，这于是扩大了甚至在种种根本问题上人的独立思考的自由。不同国家的宗教信条各异，因此便有可能靠侨居外国逃脱迫害。有才能的人由于厌恶神学中的争斗，越来越把注意力转到现世学问，特别转到数学和自然科学上。一部分由于这些原因，虽然路德兴起后的十六世纪在哲学上是个不毛时期，十七世纪却拥有最伟大人物的名字，标示出希腊时代以来最可注目的进展。这进展由科学开端，下一章就来讨论。
近代世界与先前各世纪的区别，几乎每一点都能归源于科学，科学在十七世纪收到了极奇伟壮丽的成功。意大利文艺复兴时期虽然不是中古光景，可是也没有近代气象；倒比较类似希腊的全盛年代。十六世纪耽溺在神学里面，中古风比马基雅弗利的世界还重。按思想见解讲，近代从十七世纪开始。文艺复兴时期的意大利人，没一个会让柏拉图或亚里士多德感觉不可解；路德会吓坏托马斯?阿奎那，但是阿奎那要理解路德总不是难事。论十七世纪，那就不同了：柏拉图和亚里士多德、阿奎那和奥卡姆，对牛顿会根本摸不着头脑。
科学带来的新概念对近代哲学发生了深刻的影响。笛卡尔在某个意义上可说是近代哲学的始祖，他本人就是十七世纪科学的一个创造者。为了能够理解近代哲学发源时期的精神气氛，必须先就天文学和物理学的方法与成果谈一谈。
在创立科学方面，有四个不同凡响的伟人，即哥白尼、开普勒、伽利略和牛顿。其中哥白尼是属于十六世纪的人，不过他在生前并没有什么威望。
哥白尼（1473—1543）是一位波兰教士，抱着真纯无瑕的正统信仰。他在年轻的时候旅居意大利，接受了一些文艺复兴气氛的熏陶。1500年，他在罗马获得数学讲师或教授的职位，但是1503年就回故国，作弗劳恩堡大教堂的僧侣会员。
他的时光有一大部分好像花在抗击德意志人和改革币制上面，但是他利用余暇致力于天文学。他很早就已经相信太阳处在宇宙中央，而地球则作双重运动，即每日间的自转和一年一度的绕日回转。尽管他也让大家知道他个人的意见，但由于害怕教会的谴责，他迟迟没有公开发表。他的主要着作西盟全本小说网www.weiaijia.com《天体回转论》（DeRevolutionibusOrbiumCBlestium）是在他逝世那年（1543）出版的，附有他的朋友奥羡德写的一篇序，序里讲太阳中心说无非是当作一个假说提出来的。哥白尼对这点声明究竟有几分认可固然不确实知道，但他自己在书的正文中也作了一些类似的声明，所以这问题不大关紧要。这本书题献给教皇，在伽利略时代以前逃过了天主教会的正式断罪。哥白尼生存时代的教会，和土伦特宗教会议、耶稣会人以及复活的异端审判所发挥出作用后的教会相比，算是比较宽大的。
哥白尼的着作的气氛并不是近代气氛，也许倒不如说它是一种毕达哥拉斯哲学的气氛。一切天体运动必是等速圆周运动，这在他认为是公理；而且他也像希腊人一样，听任自己为审美上的动机所左右。在他的体系中仍旧有“周转圆”，只不过其中心是太阳，或说得确切一点，邻近太阳。太阳不恰在中央，这件事破坏了他的学说的单纯性。哥白尼虽然对毕达哥拉斯的理论有耳闻，他似乎并不知道亚里士达克的太阳中心说，但是他的理论当中没有丝毫东西是希腊的天文学家所不可能想到的。他的成就的重要处在于将地球撵下了几何学位置独尊的宝座。从长远说，这一来基督教神学中赋予人类在宇宙间的重要地位便难以归到人身上了。但是他的学说所产生的这种后果，哥白尼是不会承认的；他的正统信仰很真诚，他反对认为他的学说与圣经抵触的看法。