永历十七年（康熙二年）癸卯（一六六三），六十五岁。
郑经自台还思明，仍奉永历正朔。九月，鲁王殂於金门。十月，清耿继茂等破思明、金门，堕其城。经退守铜山。
先生自思明至铜山，将挈眷还乡，不果；止於粤潮之饶平。
林霍与怀瀚书：忆先师当癸卯岛破，漂泊铜山，将南帆。临别，执敝郡沈佺期公手曰：吾居岛十有四载，只为一片乾净土耳。今遇倾覆，不得已南奔，得送儿子登岸，守先人宗祧，即返而与卢牧舟、王愧两诸公共颠沛流离大海中，虽百死吾无恨也。讵知事与心违，从此入粤，遂不得继见。
沈浩然诗自注：闇公壬寅以提督吴六奇庇之，得至潮，完发而卒。
郑郊祭先生文：二岛尽覆，始挈其家依於饶镇，杜门块处，愤极而哭，哭已复愤，誓以一死全其素衣。
诸书记先生晚节详略互异。「明史」谓其因松江破，遁入海，死岛中。「泉州府志」谓其居厦之曾厝垵，卒。「福建通志」本「龙溪县志」，谓其游龙溪後不知所终。「南疆逸史」、「鲒埼亭集」均谓其殁於台湾。「鹭江志」亦言其垂老更适台湾，挈家佃於新港，躬耕没世。「同安县志」因之。「野乘」谓康熙癸卯岛破，诸缙绅多东渡，独闇公驾船归华亭：并属传闻之误。
洙按：吴六奇於顺治七年以总兵守韶州降清。其使六奇守韶州者，为李成栋之子元胤。六奇，潮州海阳人。「饶平县志」记六奇事甚略。「海阳县志」谓六奇少读书，不事家人生产。明季投笔从戎，委守丰顺，摧灭山寇。清师至粤，六奇景附，授挂印总兵，开阃饶平云云。查李成栋先为清将入粤，六奇後日既为元胤所使，则其为成栋部将可知。考顺治二年八月松江之役，清将即系李成栋，其素谂闇公先生之品望可知。六奇之投笔从戎，得为李成栋部将，或即在成栋以清将入粤之始。其在部下，必非一载。闇公之品望，成栋知之，元胤六奇安有不知之理？其後六奇守韶降清，开阃饶平之黄冈，时郑成功部将陈斌屡攻饶平，均见「海阳」等志。闇公在厦之踪迹，六奇当更知之。且宋尚木先一年已到潮郡太守任，清兵之攻厦也，往往闽海及潮郡碣石各出船若干，此见於「东南纪事」者；此次或亦由潮郡出兵为声援，安知尚木不阴以先生之事力嘱六奇？故「东南纪事」记先生於安南还後，直谓至广东降於清。夫以先生之为人，何至不屈於安南而转降於清？此殆吴六奇欲为保全先生之计，不得不伪言先生之降以涂饰清廷耳目，而免自身受庇护先生之咎。自非然者，以当日之禁令森严，先生安能全发优游，歌啸自若，时往来於镇署及山谷间哉？故六奇之授挂印总兵，为在成栋部下事；及开阃黄冈，乃守韶州降清以後之事。「饶平县志」连书而下若为一事者然，此乃载笔者浑括之词，余特表而出之，俾读者晓然於六奇所以庇先生之故。若「潮州府志」「寓贤」门先生传，谓先生依六奇於黄冈，旋辞去，不知所终；此则传闻之误也。若「香祖笔记」及他说部载六奇崇祯间流浪江、浙，遇查伊璜受惠，其後报德云云，或六奇早年在苏、浙间已知闇公之名，然无实据可证。观其能报伊璜之德，则其能庇闇公也又可知。君子谓六奇盖一代之贤豪也。六奇着有「忠孝堂集」，安得访而读之？
是年，安南黎维禧遣陪臣黎〈艹陵〉奶Ｊ贡於清（「皇朝文献通考」）。
洙按：合观顺治十七、八年及本年所引「清文献通考」，则知安南之於清，在十七年以前必已输诚内向，然後始有十七年之贡。十八年，清礼部议奏中且云安南有协力讨贼之劳，例应奖赐等情。其所谓贼，即指桂王余众之沦入安南者而言。於此益恍然於不能接待闇公之故，而闇公之幸而未见执送於清军，则实其孤忠硕望，有足令安南致敬者，非有他也。此次陪臣即系黎〈艹陵〉，尤可於「大越史记」外得一确证。
永历十八年（康熙三年）甲辰（一六六四）六十六岁。
先生在饶平。
七月，煌言被执於桃花山，至杭，死之。
是年先生有「自寿遣兴」诗一章：行年六十六何为？岁岁伤心两翅垂，槎上波涛争日月，谷中花鸟笑须髭。邓芝受律虽犹晚，苏武还朝正此时。笔健尚能题甲子，移山填海故非痴。
观此诗之第三、四句，盖此时先生居山谷可证。
永历十九年（康熙四年）乙巳（一六六五）六十七岁。
三月，始识郑牧仲（郊）。五月二十七日，痛哭而卒。张子退（密）、郑牧仲经纪其丧。
郑郊祭先生文：予以暮春浪游〈氵匪〉川，叩门握手，懽若平生；杯酒流连，堂阶促膝，破涕为笑，破笑为颦，破颦为愤，愤极复哭。筹咨去就之道，惟以一死自祈。仲夏末旬，予买舟丰镇，过晤闇公，出门执手，语余速归。不意别未及旬，而闇公已致其六十七年之命，而遂其平生祈死之志矣。
王澐「东海先生传」：同郡宋尚木时守潮，属友张子退经纪其丧。
林霍与怀瀚书：当其逝也，莆田郑郊，霍之先友，亲预经纪其丧。
次子永贞侍母戴氏，扶柩还乡。
张宪挽武静诗自注：武静，闇公弟，曾入制府幕，幸邀国恩，许伯氏生还，而闇公已先不食死，是以其柩得归。
康熙十三年四月，永贞亦卒（钱澄之哭孝先诗自注：孝先葬亲傍祖茔，为同室所殴，不得葬而死），无後，以凤彩孙怀瀚为嗣。怀瀚名诸生，着「十三经同文编」。十八年十一月，怀瀚奉先生暨配姚氏、戴氏、永贞配宋氏，葬於鹤塘泾祖茔。
按吴梅村「九峰草堂歌」：相看徐孺与陈郎。徐孺指永贞，时康熙丁未，年十七，卒年二十四，着「十七史枕中秘」。又汪蛟门亦有赠孝先诗。
时沈浩然有哭徐复斋归榇诗（自注：徐闇公壬寅後以提督吴六奇庇之，得至潮完发而卒）：白雁随舟旐，归来谷水间。登堂一长恸，羡汝不生还。
又萧中素有挽徐闇公先生归榇兼寄武静先生诗：廿载沧溟自楚音，去家万里叹升沈。岭阳身类田横死，江左人虚梁父吟。绝海有天空吐气，故园无地可埋心。忘机最是南村叟，亦向西风泪满襟！天家数运丁阳九，南国孤臣去住难。海外渐更新岁月，岛中空老旧衣冠。半生血泪千山雨，三寸桐棺万里滩。此日得归华表鹤，鶺鴒声断暮云寒。
又钱澄之有遥哭松江徐复庵诗：三吴遗老见全稀，拟过松江愿又违。绝岛闇闻徐福返，渡辽虚盼管宁归。艰难令弟穷途死，惆怅孤儿旧业非。我有拊棺无限泪，含来宿草墓前挥。钱澄之又有哭徐孝先诗：忆昨相持哭，初逢扶榇归。那知不尽泪，今又为君挥。嗣子床前弱，亲交户外稀。忠魂长已矣，寡母欲谁依！万里还乡志，翻成呕血徂。老亲犹暴露，孝子竟捐躯（自注：孝先葬亲傍其祖茔，为同室所殴，不得葬而死）。薄俗遂如此，苍天何处呼。飘零遗稿在，尚秘枕中无。
又王澐「粤哀」（自注：哀孝廉孚远也，客死潮阳）：徐公恢大度，郁然起名世。网罗百家言，纷纶五经笥。高谈王霸略，感叹兴亡异。世本相韩家，心怀帝秦耻。五湖失扁舟，空山断客趾。徒跣奔行在，举朝争惊喜。朝闻临轩命，夕拜金门里。翘首望朝阳，转盼返蒙泛。无诸风既衰，有穷凶益肆。属车蒙清尘，文武顿坠地。茫茫大九州，大瀛环所止。御风列子行，乘桴尼父至。野鸥押忘机，长鲸亦弭耳。迹历沃焦外，道通日月际。绝域被声教，遐荒慕高义。礼失且求野，天丧无後起。虽同幼安默，犹存精卫志。岭表逢故人，重说先朝事。仰天呼高皇，号咷忽长逝。精神贯白日，妻子轻脱屣。尚有平生言，同心吴季子。金散原陵交，信重婴杵谊。缯戈将安施，羽毛悲摧敝。夜从下邳游，老向胶西死。呜呼徐君墓，挂剑今已矣（自注：公与禾城吴君祖锡同志，殁後数年，吴客死胶西）。又王澐「会葬闇公、武静，赋呈丽冲、安士」（自注：丽冲，圣期子；安士，武静子；俱闇公侄）：先朝国士数三徐（自注：闇公、圣期、武静），羔雁成群列草庐。今日旧游零落尽，满空风雨送輀车。南园风雅集群英，及见先民旧典型。新咏竞推徐孝穆，经师独让郑康成（自注：南园，公与陈、夏诸公读书处）。秋夜明河星影稀，烟波一去杳亡归。愿为精卫长衔石，肯向辽城化鹤飞（自注：乙酉七夕，别公於泖上）。间关万死赴南征，裂眦冲冠意不平。可是弃家韩相国，何如蹈海鲁先生？薄游漳海类飘蓬，天外飞鸿送远风。渐负秣陵书未报，闇挥双泪雨蒙蒙（自注：癸巳在漳南，公寄信至）。萧骚白发闇神伤，岭表风烟客路长。孤负羊城成永诀，临行惟有哭高皇（自注：公一日与故人别，痛哭而卒）。公家文贞少司空，公友黄门夏考功，相见九京无别语，同将浩气射长虹。沧溟来往狎飞鲸，负戴相从共死生。此日泉台同笑语，望夫石上有余情（自注：戴夫人扶柩归里）。玉树摧残未足悲，卞公二子自追随。一门节义垂青史，愧杀人间有道碑（自注：公长子殉难，次子夭殁）。阿咸早预竹林游，负士今看雪满头。莫向松楸频洒泪，千年兄弟乐斯邱（自注：丽冲伯闇公营葬，同日葬母与圣期合兆）。君方束发我垂髫，狎主齐盟笑我骄。五十年来如昨日，白杨风雨自萧萧（自注：四章端哭武静）。年少论交不厌多，高堂置酒缓声歌。客来便请投车辖，老至空悲设雀罗。令原风急雨泛澜，覆巢倾卵复成完。急难独君真悌弟，羽毛摧剥不知寒。故旧晨星我尚留，平生欲语泪先流。告君陟屺无遗憾，幸尔慈孙已报刘（自注：安士同日奉大母合葬祖墓）。
又莆田郑郊有「哭公徐徐老社翁」诗：握手方三月，闻声已有年。蚤时芳草盛，壮岁华山颠。短剑挥残日，长歌起暮筵。〈山敛〉岩闽越路，飘颭东南烟。田横辞孤岛，谢翱哭夕鹃。交南亲破浪，行在欲先鞭。拜疏风前落，乘槎日角还。须眉霜雪恨，岁月短长篇。促膝谈流血，当杯愤詈天。一时凤羽尽，千载龙门捐。平淡诗尊古，风骚语不玄。手钞书满架，自纂史连编。何、李骨休，夏、陈魄尚鲜。夜台同痛哭，厉鬼觉蹁跹。落月旅魂冷，扁舟丹旐悬。酬君一死愿，负我三生缘。梦醒形如在，思来泪满咽。可怜岭表石，不见後人镌（自注：何悫人、李存我、夏彞仲、陈卧子，皆公同社死国难者也）。
时张子退送孝先扶榇归里，王澐有「怀张子退」二诗，录下：海内交游尽转蓬，故园烽火夕阳中。四愁伊郁凭谁语，三户飘摇室半空。犹幸他乡逢剧孟，自怜同日愧章洪。那堪重听离群雁，魂断关山诉朔风。三十无家为报韩，海天东望暮云端。鶺鴒原上肠应断，杜宇声中泪未乾。赵氏孤儿文褓护，荆卿宾客白衣寒。知君念我同裳侣，读罢离骚更倚栏。