六月，起用阮大铖，卧子疏劾之。十月，卧子告归，先生亦杜门不出。
「社事始末」：南中建国，贵阳马士英为娄东好友，一时拥戴窃柄，甚引重东林。及福藩恣用私人，搜罗璫孽，而阮大铖辈尽起而谋国是；外则附贵阳以招权纳贿，内则为党人作翻局计。授意督学御史朱国昌氏，娄东门下悉置三等。吾郡同社闻而战栗。时彝仲先生在忧，卧子先生请告终养，无能为同社解忧者。而社中文会选刻仍不辍。闇公先生亦自惊疑，故「七集」之刻委於徐子丽冲允贞、夏子昇略维节。「诗义」之选，则委之王子胜时、钱子子璧、张子处中三人，以避党魁之目。
是年，鲁王以海南奔至京口，福王命暂驻处州。十一月，移台州（「明通监」）。
宏光元年（顺治二年）乙酉（一六四五），四十七岁。
五月，清豫王兵至南京，明福王奔太平，忻城伯赵之龙、魏国公徐允爵、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等迎降。广昌伯刘良佐兵次上新河，亦降於清，遂自太平擒福王至南京自效（「通监辑览」、「明通监」、「金陵通纪」）。
六月，行薙发令。先生指发而誓曰；此即苏武之节矣。我宁全发而死，必不去发而生。从容就义，非难事也，但今天下大势，犹父母之病危难无生理，为子者岂有先死而不顾者乎？倘我高皇帝有一线可延，我惟竭力至死而已（王澐「东海先生传」）！与卧子、彝仲等起兵，逐安抚使洪恩炳，推故兵部侍郎沈云升（犹龙）主城守。
乙酉五月，大兵南下，松守姚序之弃官去，华亭令张大年举城降。豫府在金陵，命参将洪恩炳为安抚使，与大年偕来。恩炳骄蹇入郡坐堂皇，命大年匍匐谒见，郡人颇议之。时吏部考功司主事兵科给事中陈子龙方以国亡谋奔海外，而群忠义之，愤於安抚者日以民之怨难为言。举人徐孚远好奇计，与子龙善。诸生张密者，故尝佐何刚练水师，好言兵；子龙内弟也。两人日夜以义声说子龙。子龙谋於允彝。允彝曰：是不可为也，而义不可已也，姑听之。孚远闻大喜，即部署诸喜事少年，得数百人。起兵有日矣，而副总兵吴志葵适以吴淞兵至，遂率舟师由黄浦抵城下，至则洪已去，张大年逃。志葵入，尽取府县库藏，劫诸缙绅助饷，燔烧图籍，收漕艘，谋挟之归海。允彝等持不可。其将鲁之璵曰：今有万人之众，幸有余粮，进足以观变，何乃退也？志葵不得已，议进师。而城守有常寿宁者，郡人，素无赖，以世职谄事志葵，漫言城守事。志葵令以便宜从事，而身与之璵尽率所部由泖淀趋苏州。时故兵部侍郎沈犹龙在籍，寿宁以书索饷。犹龙曰：若以起义劫我家耶？我亦且起义！召子龙、孚远等议事，推犹龙主城守而废寿宁（见「松江府志」）。
陈子龙自订「年谱」：闰六月，各郡义兵起，予亦从同郡诸公後奔走戎索。而所召募多市人，又饷无所办。兵虽众，固知其不堪，而义不前止。
七月，清贝勒勒克德浑拜平南大将军，代豫王守南京。土国宝为江宁巡抚，移驻苏州（「金陵续通纪」）。
是月，明唐王聿键下诏亲征。先是，唐王以闰六月二十七日即帝位於福州城内南安伯府，以七月一日为隆武元年。改福建省为福京，福州府为天兴府。封郑芝龙为平虏侯，进巡抚都御史张肯堂为吏部尚书。至是下诏，择八月亲征。寻诏封芝龙子森为忠孝伯，赐姓名朱成功（东南纪事）。浙东诸将奉鲁王监国於绍兴（「鲁春秋」、「海东逸史」）。
八月初三日，清兵破松江，犹龙死之。初六日，败吴志葵军於黄浦，彝仲赴水死；先生奔太湖，入吴日生（易）军。
「明史」沈犹龙传：闰六月，吴淞总兵吴志葵自海入江，结水寨於泖湖。会总兵官黄蜚拥千艘自无锡至，与合。犹龙乃偕里人李待问、章简等募壮士数千人守城，与二将相犄角。八月，城破，犹龙出走，中矢死。待问、简俱被杀。
杨陆荣「殷顽录」：南都破，子龙集众起事，结营泖湖间，军号振武。沈犹龙守松江，子龙不与城守。王师围松江，子龙与吴志葵结营自固，不敢援。
「松江府志」：初六日，蜚与志葵始连营归海，大兵邀之黄浦，蜚等大败，俱被获。允彝闻之曰：谋人之军者，师败则死之；遂赴水死。
洙按：张穆亭林年谱记此事，谓志葵为允彝之门人，他书无之。洙又按：朱明镐「小山杂着」：是役，李成栋破松江，屠四、五万人。
二十五日，吴日生军败於长白荡，先生长子世威殉焉。
「明末忠烈纪实」：吴易字日生，吴江人。与孙兆奎等起兵。时邑城已失，乃以水师千余人屯长白荡。八月二十四日，出战於塘口，获舟二十艘。次日大雨，为大兵所败，易孑身走，父承绪、妻沈氏及女皆溺死，一军尽覆。
王澐「东海先生传」：先生与夏考功、陈黄门谋勤王，事不克，入於湖。湖中遇兵，与家相失，姚氏赴水免，长子度辽殉焉。
「松江府志」：孚远与吴江举人吴易举兵太湖，世威亦在营。乙酉八月二十五日，大雨，为吴圣兆所败，一军尽覆，世威死之。
杜登春诗：徐生美白晰，昂然七尺躯。握槊上楼船，战没在须臾。书生慷慨志，一死良不虚。束发数友生，懆烈君先驱。
钱澄之「孙武公传」：乙酉秋，予过云间，遇君於黄祯臻中丞舟次，陈、徐二君俱在。未数日，三吴兵散，予泛宅汾湖，将与仲驭由震泽入新安，武公与复斋至，遂联舟行。又「哭仲驭文」：此至震泽，风月甚佳，桥畔闻吹箫之声，市上无谈兵之事。弟与闇公、克咸怀刺登岸，兄同吴子监在解带维舟，羽箭突如，戈船蝟集。又「先妻方氏行略」：芦衢兵溃，仲驭将入新安，取道震泽。其夜月甚明，桥上人吹箫度曲如故。次早，予偕诸子孥舟往问新安讯，未及里许，闻河中炮声甚急。回遇吴监在赤脚流血，挥予速转曰：死矣。问谁死？曰：仲驭死矣。子舟已焚，妻子已赴水矣。予犹前行，望见烧船烟焰不可近，乃返，同诸子投宿八都沈圣符宅。又「祭先生文」：震泽之难，仲驭陨命。繄我与兄，罹祸更惨。兄惟孺人得全，我留一子不死。满眼骨肉，枕籍波涛。行路伤心，举市酸鼻。人非木石，何以为情？犹记遇难之夕，投宿沈圣符之听轩，监在、克咸，同栖一榻。明月忽敛，苦雨凄然。中夜陡寒，牛衣共寝。弟扶病起立，徘徊达晓，兄枕吾儿以寝，儿抱兄足以泣。兄虽吞声无语，彻夜涕零。诘朝收爱子於江湄，归老妻於闾里，挥手长号，有血无泪。於是先生自信州奔赴唐王行在，诏除天兴司李。
林霍「间公先生传」：先生航海入闽，道信州，晋谒黄道周。公一见如旧识，又为疏荐於朝。时福州改为天兴，先生为天兴司李，断狱平正。
钱澄之「寄黄石斋书」：展转奔闽，冀得望见左右，初不知旌节之在关外也。十月尽，抵行在。既蒙与徐生孚远、鸣时、吴生德操同登荐牍。二徐业已授官，生与德操特请俟乡试，奉旨下部试用。计其资格，当得吏职。然在朝同人，不以一官为先生喜，皆以得大贤之荐争相羡也。又祭先生文：追赴行在，漳浦夫子奇兄之节，悯弟之痴，并登荐章，均授司李。维时十月，兄补天兴（洙按：钱澄之有「同监在、蕴修集闇公司李署诗」）。
王澐「东海先生传」：先生间道徒跣，涉江踰岭，奔赴行在。时同郡张公鲵渊在闽，见之惊喜，为具汤沐，治衣冠，奏闻行在，诏除福京司李。忠勤辛苦，不避艰难（按先生以漳浦疏荐，除司李；次年以鲵渊荐，擢兵科给事中。王传误）。是年秋，先生继母赵儒人卒（年六十一）。冬，在闽娶戴氏。
黄定文「东井文钞」：戴氏者，从亡总兵戴某女也。与闇公善，谓闇公文弱，风涛戎马，难以自全，而其女有文武才，以妻闇公。戴戎装握刀上程，艰危奔走，即赖其力以免。今松江人传其戎服遗像。
是年，安南黎氏使阮仁政等求封於唐王（「大越史记」）。